쟁점이월공제액을 개정 전 법률에 따라 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보아 이월공제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1976.2.24. 설립되어 전기전자부품 제조 및 판매업을 영위하고 있는 중소기업이 아닌 사업자로 기업부설연구소 및 연구개발전담부서에 석․박사를 연구업무에 종사하는 직원으로 채용하여 2011사업연도 법인세 신고 시 해당 석․박사의 인건비를 포함한 연구․인력개발비에 대해 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전조세특례제한법(이하 개정되기 전의 것을 “개정 전 조특법”, 개정된 것을 “개정 조특법”이라 한다) 제10조에 따라 OOO원의 세액공제를 신청하였으나, 2011사업연도에 납부할 세액이 없어 세액공제의 적용을 받지 못하였고 이후 2013사업연도까지 계속해서 세액공제의 적용을 받지 못하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2014ㆍ2015사업연도에 위 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제144조 제1항에 따라 이월공제하면서 이를 개정 조특법 제132조 제1항에 따른 최저한세 적용대상으로 보아 법인세를 신고·납부하였다가, 2020.3.27. 위 연구ㆍ인력개발비 세액공제액 OOO원 중 석ㆍ박사의 인건비가 차지하는 비율에 해당하는 세액공제액인 OOO원은 개정 전 조특법 제132조 제1항 제3호에 따라 최저한세 적용대상이 아니라는 이유로 2014사업연도 법인세 OOO원, 2015사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 청구법인의 경정청구를 받은 날부터 2개월이 되는 날(2020.5.27.)까지 이에 대해 아무런 통지를 하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 국세기본법제45조의2 제3항에 따라 2020.8.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2011사업연도에 지출한 석․박사 인건비 관련 연구․인력개발비 세액공제액 OOO원(이하 “쟁점이월공제액”이라 한다)은 개정 전 조특법에 따라 최저한세 적용대상이 아니다.

(1) 개정 전 조특법 제132조 제1항 제3호는 “중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액”을 뺀 금액을 최저한세 적용대상으로 하고 있었으므로 2011사업연도 법인세를 계산함에 있어 쟁점이월공제액은 최저한세 적용대상이 아니었다.

(2) 그러나 개정 조특법은 중소기업이 아닌 자가 지출하는 석사 및 박사의 인건비 관련 연구ㆍ인력개발비 세액공제액이 최저한세 적용대상에 해당하는 것으로 변경되었다.

(3) 청구법인은 결손으로 인하여 2011사업연도부터 2013사업연도까지 쟁점이월공제액을 포함한 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 받지 못함에 따라 이를 다음 사업연도로 계속해서 이월하는 것으로 신고하였고, 2014ㆍ2015사업연도 법인세를 신고할 때에는 쟁점이월공제액을 포함한 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용대상이 되는 것으로 보아 법인세를 계산하였다.

(4) 그러나 대법원은 최근 ‘개정 조특법은 2012.1.1. 이후 발생하는 석ㆍ박사 인건비 세액공제액부터 적용되는 것이고, 2012.1.1. 이전 발생하여 이월공제하는 석ㆍ박사 인건비 세액공제액은 개정 전 조특법 제132조 제1항 제3호에 따라 최저한세가 적용되지 않는 것OOO이라고 판시하였다.

(5) 처분청은 대법원 2009.6.11. OOO 판결을 주요 근거로 제시하였으나, OOO 판결의 1심 법원인 OOO행정법원은 위 판결은 납세자에게 불리하게 개정된 이 건과 다른 사안이라서 그대로 적용할 수 없다OOO는 취지로 판시하였다.

(6) 따라서 대법원 OOO 판결의 내용과 마찬가지로 청구법인의 2014ㆍ2015사업연도 법인세를 계산함에 있어 2011사업연도에 발생한 쟁점이월공제액을 개정 전 조특법 제132조 제1항 제3호에 따라 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보아야 한다.

• 나. 처분청 의견 쟁점이월공제액은 개정 조특법에 따라 최저한세 적용대상으로 보아야 한다.

(1) 2011.12.31. 조특법 개정이후 중소기업이 아닌 자의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액은 모두 최저한세 적용대상으로 변경되었고, 개정 조특법 부칙 제2조 제1항은 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.”고 명시하고 있는바, 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙을 고려하여 법문에 규정된 대로 이월된 세액공제액도 개정 조특법에 따라 최저한세 적용대상으로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 개정 전 조특법에 따라 쟁점이월공제액이 최저한세 적용대상이 아니라고 보는 것이 납세자의 신뢰보호, 예측가능성 및 조세법규에 대한 해석의 원칙 등에 부합한다고 주장하나, 이월공제의 적용에 있어 납세자의 상황에 따라 납세자의 유불리는 다양하게 발생할 수 있는 것이고, 이월공제액의 최저한세 적용여부를 판단함에 있어 공제를 적용받는 사업연도 법인세에 적용되는 조특법을 기준으로 판단하는 것이 납세자의 신뢰보호, 예측가능성 및 조세법규에 대한 해석의 원칙 등에 더욱 부합하는 것이다.

(3) 대법원도 2003.12.30. 개정된 조특법에 따라 이월된 세액공제액이 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 사업연도 법인세에 적용되는 개정규정에 따라 결정되어야 한다고 판시한 바 있고OOO, 기획재정부와 국세청 역시 이월된 중소기업 외 법인의 연구․인력개발비 세액공제액 중 석․박사의 인건비 해당액은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세 적용대상에 해당하는 것이라고 일관되게 해석하고 있다OOO

(4) 쟁점이월공제액을 2014ㆍ2015사업연도에 이월하여 공제받을 경우 해당 사업연도에 적용되는 개정 조특법에 따라 법인세를 계산하여야 하는 것인바, 이는 소급과세금지의 원칙도 반하지 않는다.

(5) 현행 최저한세 제도는 정책목적상 세금을 감면하는 경우라도 조세부담의 형평성, 국민개납, 재정확보 측면에서 소득이 있으면 누구나 최소한의 세금을 내도록 하기 위해 도입된 것이고, 개정 조특법 제132조 제1항 제3호는 “R&D에 대하여 충분히 세제지원이 이루어지고 있는 점과 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여” 중소기업이 아닌 자의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용대상으로 변경한 것인바, 이와 같은 최저한세의 도입취지, 개정 조특법의 입법취지를 보더라도 쟁점이월공제액은 최저한세 적용대상으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점이월공제액을 개정 전 법률에 따라 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보아 이월공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. ∼3. (생 략) 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[괄호 생략]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다. 부칙<2011.12.30.> 제1조【시행일】이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[괄호 생략]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액[제26조 제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)을 포함한다]은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 제26조 제1항 단서에 따라 해당 과세연도에 공제받지 못하여 이월된 금액(제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)에 대하여는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 하여 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제126조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】③ 법 제132조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액"이란 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구및인력개발비 중 석사 및 박사의 소득세법 제20조 제2항 의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(4) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상액 중 석사 및 박사 인건비 해당액과 그 이외 금액에 대하여 같은 법 제132조 제1항에 따른 최저한세를 적용할 것인지 여부에 관한 조특법의 개정연혁을 정리하면 아래 <표>와 같다. <표> 연구ㆍ인력개발비 세액공제액 중 석사 및 박사 인건비 해당액과 그 이외 금액에 대한 최저한세 적용여부의 개정연혁 OOO

(2) 2003.12.30. 개정된 조특법에 관한 ‘2003 간추린 개정세법’의 주요 내용은 아래와 같다. OOO

(3) 2011.12.31. 개정된 조특법에 관한 ‘2011 간추린 개정세법’의 주요 내용은 아래와 같다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이월공제액에 대해 개정 전 조특법을 적용하여 이를 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 보아야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것으로OOO, 개정 조특법 부칙 제2조 제1항은 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”고 정하고 있는바, 개정 조특법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월되어 온 이월세액공제액이 그 과세연도에 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 개정 조특법 부칙 제2조 제1항에 따라 개정 조특법 제132조 제1항의 규정에 의하여 결정되어야 하므로OOO 개정 조특법 시행일인 2012.1.1. 이후 개시하는 2014․2015사업연도로 이월되어온 쟁점이월공제액의 경우 개정 조특법 제132조 제1항에 따라 최저한세 적용대상에 해당하는 것으로 보아야 하는 점, 개정 전 조특법 제132조 제1항 제3호는 연구개발 활성화를 지원하기 위해 대기업의 석․박사인건비에 해당하는 연구․인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용대상이 아닌 것으로 규정하였다가 연구․인력개발에 대한 충분한 세제지원이 있고 다른 세액공제와의 과세형평성을 고려하여 다시 대기업의 석사 및 박사인건비에 해당하는 연구․인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용대상으로 변경한 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.