제2차 납세의무자 지정‧납부통지에 대한 심판청구가 적법한지 여부

1. OOO서장이 2020.6.23. 청구인에게 한 <별지1>

② 기재의 제2차 납세의무자 지정ㆍ납부통지에 대한 청구는 각하하고,

2. OOO서장이 2020.7.31. 청구인에게 한 2017년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 소득발생처인 주식회사 AAA이 제시한 2017사업연도 과세자료를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 주식회사 AAA(대표이사는 BBB이고 이하 “쟁점법인” 이라 한다)은 OOO 설립되어 교육서비스업을 영위하고 있다.
• 나. 처분청(OOO서장)은 2020.1.7.∼2020.3.9. 기간 동안 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점법인이 자신의 수입금액을 사단법인 AAA(대표: CCC)의 수입금액으로 계상하는 한편 평생교육사를 고용한 것으로 가장하여 평생교육법상 평생교육원으로 등록하고 교육컨텐츠를 판매(이하 “쟁점용역”이라 한다)한 것으로 보아 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 하며, 위 수입금액을 익금산입하고 평생교육사에 대한 인건비를 손금불산입한 다음, 2014∼2016사업연도분은 장부로, 2017사업연도분은 추계로 해당 수입금액에 대한 법인세 소득금액을 결정하여 아래와 같은 과세처분 등을 하였다. (1) 처분청(OOO서장)은 2020.5.8. 쟁점법인에게 <별지1> ① 기재와 같이 2014년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2014∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원 (이하 이들 세액을 합하여 “쟁점세액”이라 한다)을 각 경정ㆍ 고지하였으나, 쟁점법인이 이를 납부하지 아니하자 2020.6.23. <별지1>

② 기재와 같이 쟁점법인의 지분 OOO%를 보유하고 쟁점법인의 실질대표자인 청구인을 쟁점세액의 해당 지분율 상당액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하여 납부통지하였다가, 2020.8.7. 이를 취소하였다. (2) 처분청(OOO서장)은 위 쟁점법인에 대한 소득금액의 경정시 세무조정한 2014년∼2017년 귀속 합계 OOO원을 쟁점법인의 실질대표자인 청구인의 상여로 소득처분하여 쟁점법인에게 이에 대한 소득금액변동통지를 하면서 관련한 과세자료를 통보하였고, 처분청(OOO서장)은 쟁점법인이 이에 대한 원천세의 수정신고를 하지 아니하자 2020.5.28. 및 2020.7.31. <별지2> 기재와 같이 청구인에게 2014년∼2017년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

• 다. 청구인은 이 건 제2차 납세의무자 지정ㆍ납부통지 및 이 건 과세처분 중 2017년 귀속분에 불복하여 2020.8.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점법인이 과세자료를 제출하였으므로 2017사업연도 소득금액을 추계결정한 이 건 처분을 취소하고 적법한 세액을 확정할 수 있도록 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분 중 2017년 귀속분도 경정하여야 한다. 쟁점법인은 관련한 형사사건(OOO법원 2018.7.31. 선고 OOO 판결 및 OOO법원 2019.2.21. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점형사사건”이라 한다)에서 ‘쟁점법인이 평생교육사 자격이 있는 직원을 제대로 고용한 것이 아니라 단순히 대여한 것이고 이에 대한 급여는 쟁점법인의 회장인 청구인이 횡령한 것이라는 판결’을 받았고, 쟁점형사사건으로 인하여 강제로 영업을 중단하게 됨에 따라 처분청 및 수사기관에 과세자료를 미처 제출하지 못하였으나, 과세관청은 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 한하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있으므로 관련 과세자료가 있다면 그 자료가 추후에 제출되더라도 추계조사 결정을 할 수 없다. 처분청은 과세자료가 없어서 쟁점법인의 2017사업연도 소득금액을 추계결정을 하였다는 의견이나, 쟁점법인의 대리인이 과세자료의 존재 여부를 확인해 본 결과 쟁점법인의 2017년 1월부터 6월까지의 과세자료(다수의 쟁점법인 계좌의 이체 내역 및 세금계산서)를 확보하여 이 건 심판청구시 제출하였으므로 이를 2017사업연도에 대한 장부 및 관련 증빙으로 보아 쟁점법인의 해당 사업연도 소득금액을 다시 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 처분청은 2020.6.23. 이 건 제2차 납세의무자 지정ㆍ납부통지를 하였다가 2020.8.7. 취소하였으므로 이에 대한 청구는 부적법하다. (2) 처분청은 세무조사 당시 쟁점법인의 장부를 확인할 수 없었고 이 건 심판청구시 제출된 금융거래내역 등의 증빙만으로는 적정한 소득금액을 계산할 수 없으므로 쟁점법인의 2017사업연도에 대한 소득금액을 추계결정한 것을 근거로 이 건 과세처분을 한 것은 적법 ㆍ정당하다.

① 쟁점법인은 2017사업연도 법인세를 무신고하였고, 이에 따라 처분청(OOO서장)은 쟁점법인에 대한 세무조사 당시 2017사업연도의 실지조사 결정을 위해 수사기관 등에 공문을 발송하고 방문하여 PC, 장부 및 증빙서류 등을 확인하고자 하였으나 확인할 수 없었던 점, ② 처분청은 2020.

20. OOO에 출장하여 쟁점법인의 실소유자인 청구인에게 검찰에 압수되지 않고 보관하고 있는 쟁점법인의 장부를 제출할 것을 요구하였으나 청구인이 없다고 한 점, ③ 처분청은 쟁점법인의 대표인 BBB 등에게 장부의 제출을 요구하였으나 BBB 등도 장부를 보관하고 있지 아니하다고 진술한 점, ④ 청구인 및 쟁점법인이 이 건 심판청구 및 관련한 심판청구 당시 제출한 자료는 일부의 수입과 비용에 대한 입출금 내역만 기록된 통장거래내역 등을 바탕으로 사후에 작성한 것에 불과하여 이를 근거로 쟁점법인의 진실된 소득금액을 계산할 수는 없는 점, ⑤󰌴경찰은 쟁점법인이 불우아동에 대한 후원을 명목으로 OOO원의 교육컨텐츠를 판매한 행위에 대해 처분청에 이 건 세무조사를 의뢰하였고 이는 구체적인 탈세제보가 있는 경우에 해당하여 납세자의 성실성 추정이 배제되는 점 등을 감안할 때, 쟁점법인이 위 추가 제출한 자료를 근거로 쟁점법인의 2017사업연도 소득금액을 다시 경정하여야 한다는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점

① 이 건 제2차 납세의무자 지정ㆍ납부통지에 대한 심판청구가 적법한지 여부

② 이 건 과세처분의 근거인 소득금액변동통지의 소득발생처인 쟁점법인의 2017사업연도 소득금액을 재조사하여 이 건 과세처분 중 2017년 귀속분을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제55조 (불복)

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 생략)

② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자 (2) 법인세법 제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. (3) 법인세법 제67조 (소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출 (其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 (4) 법인세법 시행령 제104조 (추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

• 가. 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액
• 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액
• 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액 (5) 법인세법 시행령 제106조 (소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. (후단 생략)

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (6) 법인세법 시행규칙 제53조 (추계결정방법 등)

① 영 제104조 제2항을 적용할 때에 기준경비율이 있는 업종과 기준경비율이 없는 업종을 겸영하는 법인의 경우 기준경비율이 있는 업종에 대하여는 같은 항 제1호에 따르고 기준경비율이 없는 업종에 대하여는 같은 항 제2호에 따른다.

② 영 제104조 제2항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

2. 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

3. 거래상대방이 조세범처벌법에 따른 범칙행위를 하여 조사를 받고, 조사과정에서 해당 법인과의 거래내용이 파악된 경우

4. 법인의 사업내용, 대표자의 재산상황 등을 고려할 때 명백한 탈루혐의가 있다고 인정되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점형사사건 판결의 주요 내용은 다음과 같다. (2) 청구인은 쟁점법인의 2017사업연도 소득금액을 재조사하여야 한다고 주장하면서 아래 <표> 기재의 자료를 제출하였다. <표> 재조사 근거자료 (3) 처분청(OOO서장)은 2020.6.23. 청구인을 쟁점세액 중 청구인의 쟁점법인에 대한 지분율(OOO%) 상당액에 대한 제2차 납세의무자로 지정ㆍ납부통지하였다가, 2020.8.7. 이를 취소하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 이 건 제2차 납세의무자 지정ㆍ납부통지에 대하여 살피건대, 이에 대한 심판청구는 처분청에서 직권으로 청구인에 대한 제2차 납세의무의 지정을 취소하였는바, 심리일 현재 청구대상이 되는 처분이 없으므로 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 이 건 과세처분 중 2017년 귀속분에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인과 쟁점법인이 이 건 심판청구 및 관련한 심판청구OOO 당시 제출한 금융거래내역 등만으로는 쟁점법인의 2017사업연도 법인세 소득금액을 결정할 수 없다는 의견이나, 쟁점법인은 쟁점형사사건으로 인하여 과세자료를 제출하지 못한 것으로 보이는 점, 쟁점법인들이 제시한 자료는 세금계산서와 금융거래자료 등이라 객관성이 있다고 보이므로 이를 확인할 필요가 있는 점 등에 비추어 이에 대한 재조사를 실시하여 그 결과에 따라 소득발생처인 쟁점법인의 과세표준과 세액을 경정한 다음, 이를 근거로 이 건 과세처분 중 2017년 귀속분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2020서2870, 2021.8.11. 등, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 쟁점체납세액ㆍ이 건 제2차 납세의무 지정ㆍ납부통지 내역