법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에서는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 경우 그 가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가에 의하고 예외적으로 회생계획인가의 결정을 받은 법인이나 부실징후기업, 금융기관 등이 채무를 출자전환하는 경우에는 출자전환된 채권의 장부가액에 의하는 것으로 규정하고 있는데, 청구법인이 위의 예외적인 경우에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 취득가액은 시가로 산정함이 타당한 점 등에서 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 2016사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입한 것은 잘못이 없다고 판단됨
OOO세무서장이 2020.5.12.과 2020.7.6. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원 포함)과 2016사업연도 법인세 OOO원(납부불성실가산세)의 부과처분은, 청구법인이 채권의 출자전환으로 취득한 주식회사 AAA의 발행주식 OOO주의 시가OOO와 발행가액(OOO원)의 차액인 OOO원을 익금에 가산한 것과 관련된 과소신고가산세와 납부불성실가산세는 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 이 건 법인세 부과처분의 과세근거로 구 법인세법 시행령(2017.1.1. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제4호의2를 들고 있으나, 이는 익금의 범위가 아닌 자산의 취득가액에 관한 규정에 불과하고, 그 중에서도 출자전환에 따라 발행된 주식의 취득가액에 관한 규정인바, 이는 어디까지나 법정관리기업 등 출자전환으로 손실이 발생한 경우를 상정한 것으로 채권금융기관이 출자전환으로 발생한 손실을 주식의 처분 시점이 아닌 출자전환 시점에 앞당겨 인식하도록 하여 기업의 손실분담을 통한 경영의 조기 정상화를 지원하는 데 그 취지가 있다. 청구법인은 금융기관이 아닌 채권자로서 완전자회사인 AAA의 동의하에 채권 상계방식으로 주금납입채무를 대신한 것일 뿐(2018.11.11. 법률 제14969호로 개정되기 전의상법제421조 제2항 참조), 위 규정이 예정한 출자전환을 한 것으로 볼 수 없는바, 이와 같이 법인이 특수관계가 있는 법인으로부터 주식을 취득하는 경우에는 구 법인세법 시행령제72조 제2항 제1호가 적용되므로 쟁점주식의 경우 취득당시의 시가가 아닌 실제 매입한 가액을 취득가액으로 인식하여야 한다. 설령, 이 건에서 출자전환이 있었다고 보더라도 자산의 취득가액이나 손금의 인식이 아닌 익금의 범위에 관하여는 2017.1.1. 법률 제14386호로 개정되기 전의 구법인세법제15조 내지 제18조 및 같은 법 시행령 제11조 내지 제17조의3에서 규정하고 있는데, 여기에 따르면 자본거래는 애초에 법인의 순자산을 증가시키지 않아 익금을 발생시키는 거래로 볼 수 없고(법 제15조), 자산의 평가이익은 아직 실현되지 않은 이익이어서 역시 익금산입 대상에서 제외(법 제18조)되는 것인바, 출자전환은 채권자가 채권을 출자하여 채무자인 법인의 주주가 되는 엄연한 자본거래이고, 채권의 장부가액보다 높은 시가의 주식을 받아 기존에 보유하던 채권 평가이익만큼 출자전환으로 이익이 발생하였다고 보더라도, 아직 실현되지 않은 이익을 과세할 아무런 법적근거가 없다 할 것이다. 특히, 이 건과 같이 채권자가 이미 100% 주주로 있는 완전자회사에 대한 채권과 주금납입채무를 상계하는 방식으로 주식을 추가로 취득한 경우, 출자자 입장에서 주식의 취득 전후 보유하는 총 자산의 가치는 동일하고, 어떠한 이익도 발생하거나 실현되지 않아 실질적으로 아무런 순자산 증가가 없는바, 예컨대 당초 법인의 주주가 아니었던 금융기관이 장부가액 50의 채권을 출자하여 시가 100의 주식을 취득함으로써 새로이 채무자인 법인의 주주가 되는 경우, 취득한 주식의 시가와 채권의 장부가액 간 차액만큼 50의 채권 평가이익이 발생하였다고 볼 여지가 있는 반면, 금융기관 외 100% 주주인 완전모회사가 장부가액 50의 채권을 상계하는 방식으로 주금납입하여 시가 100의 주식을 추가로 취득한 경우, 애초에 회사의 주식을 전부 보유하고 있었던 출자자 입장에서 주식의 취득 전후 보유하는 총 자산 가치는 200으로 동일하고, 순자산 증감은 전혀 없게 된다. 그럼에도 처분청은 아무런 합리적인 법적근거 없이 100% 주주인 완전모회사의 추가적인 주식 취득으로 이익이 발생하였으며 이를 익금에 산입하여야 한다는 상식적으로도 무리한 주장을 개진하고 있는바,법인세법은 완전모자회사 간 합병의 경우 경제적 실질에 변화가 없음을 고려하여 이른바 적격합병으로 보아 피합병법인의 양도차익과 합병법인의 합병매수차익 모두 합병 시점에 인식하지 않을 수 있도록 하는 과세 특례 규정을 두고 있을 뿐만 아니라(법 제44조 제3항, 제44조의3 제1항·제3항), 세법의 해석 및 적용에 있어서 과세형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 관계 법령의 적용을 받는 다른 납세자에 비하여 특정 조항의 적용을 받는 납세자의 재산권이 부당하게 침해될 수는 없는 것이므로(헌법 제11조 제1항, 제23조 제1항,국세기본법제18조 제1항), 즉 완전모자회사간 합병, 출자전환 모두 아무런 순자산 증가를 가져오지 않는 거래임에도, 그 중 이 건에서 문제된 완전모자회사간 상계 방식의 주식취득에 대해서만 주식의 처분 시점이 아닌 취득 시점에 익금을 산입하도록 강제하여 약 OOO 원에 이르는 법인세를 추가로 과세하였으므로 이는 부당하다.
1. (가) 세부적으로 살펴보면, 먼저 처분청이 과세근거로 든 조항은 채권금융기관의 현물출자로 인한 손실을 조기에 인식하기 위한 규정에 불과하여, 이 건 처분의 근거가 될 수 없다.
법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2는 ‘익금의 범위’에 관한 구법인세법제15조 내지 제17조와 별개로 현물출자로 취득한 주식의 취득가액 산정에 관한 규정인바, 구체적인 입법 연혁을 살펴보면, 동 조항은 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 발행가액보다 낮아 평가손실이 발생한 경우 조기에 손금을 인식할 수 있도록 채권금융기관(출자자)에게 혜택을 부여하기 위해 도입된 규정으로, 이 건에서와 같이 (i) 금융기관이 아닌 일반 법인이 대여금을 상계하는 방식으로 주금납입하여 취득한 주식의 ‘취득가액’ 산정에 관한 근거 규정이 될 수 없고, (ii) 특히 주식의 시가가 발행가액을 초과하는 경우 익금을 인식하는 근거 규정이 될 여지는 더더욱 없다. 채권 상계방식의 주식 취득에 대하여는 구 법인세법 시행령제72조 제2항 제1호를 적용하여 ‘실제 매입한 가액’을 ‘취득가액’으로 산정해야 하고, 설령 주식 취득을 출자전환에 의한 것으로 보더라도 시가가 발행가액을 초과하는 경우로서 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에 따라 ‘취득가액’으로 인식한 시가와 발행가액의 차액을 익금에 산입한다는 별도의 근거 규정이 없는 이상 주식의 취득시점에 차액 상당을 익금으로 보아 과세할 수 없음은 분명하다. 2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 법인세법 시행령제72조 제1항 제4호는 “현물출자, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등”의 취득가액을 “취득 당시의 시가”로 한다고 정하고 있을 뿐, “채무의 출자전환”에 의하여 취득한 주식의 취득가액에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니하고, 기존에 국세청은 출자전환으로 취득한 주식의 가액은상법제416조에 의하여 당해 주식의 시가가 아닌 발행가액으로 한다는 입장이었으나OOO, 2003.3.5. 종전의 회신 내용을 변경하여 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 는 출자전환의 경우에도 준용되므로 “당해 주식의 취득 당시의 시가”로 하는 것이라 회신OOO하였는바, 위 질의 회신에서 문제된 사안은 기업구조조정 투자회사가 채권 금융기관으로부터 약정체결기업에 대한 채권을 이전 받아 약정체결기업의 경영정상화를 위해 출자전환함에 있어 OOO주당 발행가액(OOO원)이 시가(OOO원)를 초과하여 채권의 평가손실이 발생하였던 사안으로, 국세청은 조기에 경영을 정상화하기 위한 출자전환의 취지 등을 고려하여 취득가액을 시가로 보아 취득시점에 미리 평가손실을 인식할 수 있도록 하였던 것이다. 위 국세청 회신 내용을 반영하여 2004.4.1. 신설된 “ 법인세법 기본통칙” 41-72…3은 법정관리 중인 법인의 채권을 보유하고 있는 법인이 법정관리계획에 따라 당해채권을 출자전환하는 경우 당해 출자전환으로 취득하는 주식의 가액은 법인세법 시행령제72조 제1항 제4호의 규정에 따라 출자전환 당시의 당해 주식의 시가로 한다고 정하였고, 이후 2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정된 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호에서는 “현물출자, 합병 또는 분할”과 마찬가지로 “채무의 출자전환”에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등의 취득가액 역시 “취득 당시의 시가”로 산정하도록 명문화하면서 2008.7.25. 위법인세법기본통칙 조항은 삭제되었으며, 그 후 구 법인세법 시행령제72조 제2항은 “현물출자”는 제4호에서, “채무의 출자전환”은 제4호의2 에서 각각 별도로 분리하여 정하고 있지만, 출자전환으로 취득한 주 식 등의 취득가액 산정에 관한 실질적인 규율 내용은 종전과 동일한바, 위와 같이 구 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2는 법정관리 중인 법인 등에 대한 채권의 출자전환 과정에서 발생하는 평가 손실을 주식의 처분 시점 이전인 취득 시점으로 앞당겨 인식할 수 있도록 하여 채권금융기관의 세부담을 완화하고 법인의 경영정상화를 장려하기 위한 규정으로 금융기관 아닌 채권자인 청구법인이 상계 방식에 의한 주금납입으로 취득한 쟁점주식의 취득가액 산정 근거 조항이 될 수 없다. 또한, 2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되어 삭제되기 전의상법제334조는 “주주는 납입에 관하여 상계로써 회사에 대항하지 못한다”고 하여 현실적인 주금의 납입을 요구하였고, 다만 대법원 등기예규는 기업구조조정을 위하여 금융기관이 채권자인 경우에 한하여 예외적으로 주금을 현금으로 납입하지 않고 대출채권을 상계하는 방식의 출자전환을 허용하였으며(대법원 1999.1.25. 등기예규 제960호), 그와 반대로 채권자가 금융기관이 아닌 경우에는 상계 방식에 의한 출자전환을 허용하지 않았고(대법원 1999.8.24. 상업등기선례 제1-190호), 다만 비금융기관의 채권도 현물출자의 목적물은 될 수 있었기에 당해 회사에 대한 동 채권을 현물출자의 방법으로 출자하는 것만 가능하였으며, 이 경우 반드시 검사인에 의한 조사 절차를 거쳐야 했고(대법원 2002.8.26. 등기 3402-463, 2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의상법제422조 제1항), 이후 2011.4.14.상법개정으로 제334조가 삭제되고 제421조 제2항이 신설됨으로써 회사의 동의가 있으면 금융기관이 아닌 법인이 채권자인 경우에도 현물출자 방식이 아닌 상계 방식에 의한 주금납입도 가능하게 되었는바, 이 건에서 금융기관이 아닌 청구법인도 2016년경 개정 후상법제421조 제2항에 따라 AAA에 대한 대여금을 주금납입채무와 상계하는 방식으로 쟁점주식을 취득한 것이므로 구 법인세법 시행령제72조 제2항 제1호에 따라 “실제 매입한 가액”을 취득가액으로 산정하여야 한다. 설령, 쟁점주식의 취득을 출자전환으로 보더라도 애초에 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2는 자산의 ‘취득가액’에 관한 규정일 뿐 익금산입의 근거규정이 아닌바, 쟁점주식 취득을 출자전환으로 보아 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2를 적용하고, 출자전환을 경제적 효과 측면에서 자산(유가증권)의 저가 매입에 준하는 것으로 보더라도 취득가액에 관한 동 규정과 별도로 차액 상당을 익금에 산입한다는 근거 규정이 있어야만 취득시점에 과세가 가능하다. 출자전환으로 발행한 주식의 시가가 발행가액을 초과하는 경우에는 구법인세법제15조 제2항 제1호와 같이 매입시점에 시가와 발행가액의 차액 상당 이익을 익금에 산입하여 과세하는 규정이 존재하지 아니하고, 특수관계 있는 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우와 달리 매입시점에 익금을 조기인식하여 과세할 특별한 사정이 있는 것도 아닌바, 따라서 출자전환 시점(매입시점)에 청구법인이 마치 AAA로부터 주식을 저가로 매입한 것으로 취급하더라도, 취득가액에 관한 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2 외에 아무런 익금 산입의 근거 조항 없이 시가와 발행가액의 차액 상당 이익을 출자전환 시점(매입시점)에 과세할 수는 없고, 국세청 실무도 이와 같은 견해를 취하고 있다. 특히, 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2의 개정 경위가 되는 국세청 유권해석OOO에서는 출자전환에 의해서는 어떠한 이익도 실현되지 않고, 채권의 평가이익이 발생하는 경우에는 손실이 발생하는 경우와 달리 주식의 취득 시점이 아닌 매각 시점에 과세하는 것이 타당하다는 점을 확인할 수 있다. 요컨대, 쟁점주식 취득을 금융기관의 경우와 마찬가지로 출자전환으로 보더라도, 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에만 근거하여 출자전환으로 발생한 미실현이익인 평가이익을 주식의 처분 시점이 아닌 취득 시점에 앞당겨 과세하여야 한다는 처분청의 의견은 아무런 합리적 근거가 없을 뿐만 아니라, 오히려 실현된 과세소득이 없음에도 불구하고 납세자의 세부담을 가중시키는 것으로서 당초 경 영정상화를 위해 마련된 동 조항의 입법 취지에도 정면으로 위배된다.
3. (나) 쟁점주식 취득은 근본적으로 익금의 범위에 관한 구법인세법제15조 내지 제17조에 의하여 아무런 순자산 증가를 가져오지 않는 거래로서 익금 산입이 인정될 여지가 없다.
5. 구체적으로 쟁점주식 취득을 통해 청구법인은 AAA에 대하여 보유하던 대여금 채권 OOO원이 감소하는 대신 주식 OOO원을 새로이 취득하게 되었는바, 쟁점주식 취득은 출자자인 청구법인 입장에서도 순수한 자본거래로서 순자산증가를 가져오지 않으므로법인세법상 익금을 발생시키는 거래로 볼 수 없고, 특히 현물출자가 아닌 주금납입 채무와 대여금 채권 간의 상계방식으로 이루어진 쟁점주식 취득은 자산의 양도가 아닌 채무의 상환에 불과하여 미실현이익이 실현되는 손익거래로 보기 어려우며,법인세법상 자산의 평가이익(미실현이익)은 익금에 산입하지 않는 것이 확고한 원칙이므로(법인세법제18조) 자산의 취득가액에 관한 위 규정만을 근거로 출자전환 시점에 아직 실현되지 않은 채권의 평가이익을 익금에 산입하여야 한다는 처분청 의견은 부당하다.
6. 피출자법인은 출자법인이 영업활동을 하기 위해 설립한 개념적 도구에 지나지 않고, 출자법인이 영업활동(손익거래)을 하기 위하여 피출자법인에 자본을 이전하는 행위(자본거래)는 영업활동 그 자체와 명확히 구분되며, 자본의 이전행위에 대한 대가로 출자법인이 받는 반대급부(이익)는 없고, 피출자법인으로부터 받는 주식은 자본의 이전에 대한 증서로서 그것이 표창하는 피출자법인의 자산을 떠나서는 독립하여 경제적 효용을 갖지 못하는데, 자본거래를 통한 피출자법인의 자산 증가는 피출자법인 입장에서 익금으로 인식하지 않을 뿐만 아니라 출자법인이 보유해 오던 자산으로, 즉, 출자전환을 통해 자산(채권)을 출자하여 피출자법인의 순자산을 표방하는 주식을 취득한 출자법인 입장에서도 익금산입 대상인 순자산 증가가 없음은 분명하다. 법인이 보유하는 자산을 평가한 시가가 장부가액을 초과하는 경우 그 차액을 자산의 평가이익이라고 하는데, 기업회계는 기업으로 하여금 자산의 공정가치 평가를 허용하여 원칙적으로 자산의 평가이익을 인정하는 반면 세법은 원칙적으로 취득원가주의를 채택하여 모든 자산에 대하여 임의적 평가이익(미실현이익)을 인정하지 않고 익금불산입하고 있으므로, 따라서 출자전환으로 채권의 장부가액보다 높은 시가의 주식을 받는 경우 출자자 입장에서 시가와 장부가액의 차액 상당 채권의 평가이익이 발생하는 것으로 보더라도, 이는 출자전환(주식의 취득) 시점에 아직 실현되지 않은 이익으로서 세법상 익금산입 대상에 해당하지 아니하고, 특히 쟁점주식 취득의 경우, 청구법인이 100% 주주로 있는 완전자회사인 AAA에 대한 대여금을 동일한 금액의 주금납입채무와 상계하여 그로부터 주식을 취득한 것으로서 청구법인이 보유하는 총 자산의 평가손익은 “0”으로 수렴하므로 미실현손익을 포함하여 청구법인 입장에서는 익금산입 대상이 되는 순자산의 총 가치에는 아무런 변동이 없다.
7. 또한, 현물출자의 경우 출자자가 법인에 자산을 양도하는 손익거래의 성격을 가지고 있으므로(구 법인세법 시행령제11조 제2호), 출자자 입장에서 현물출자를 통해 자산의 평가이익 상당액이 양도차익으로 실현된다고 볼 수 있으나, 통상 상계방식으로 이루어지는 출자전환은 그 법적 성격이 “대물변제의 수령”인지 “상계 계약”인지에 관하여 다툼이 있을 뿐OOO, 어느 모로 보더라도 채무상환임은 분명하고, 만약 출자전환을 현물출자와 마찬가지로 자산의 양도로 본다면 채무자가 양수한 채권은 혼동(민법제507조)으로 소멸하게 되는데, 양수인 입장에서 취득과 동시에 소멸할 자산을 양수하리라고 기대하기는 어려우며, 오히려 채무자 입장에서 변제나 상계를 통하여 채무를 상환함으로써 소멸시키려는 거래로 봄이 자연스러운 것인바, 출자전환은 출자자 입장에서 법인으로부터 채무를 상환받는 거래에 불과하여 채권의 평가이익이 실현되는 거래로 보기 어렵다.
8. 따라서, 처분청으로서는 구법인세법제18조에도 불구하고 주식의 취득시점에 미실현이익인 채권의 평가이익을 예외적으로 과세한다는 명시적인 근거 조항을 제시하여야 하고, 위와 같은 채권 상계에 의한 주식 취득의 법적 성질에 비추어 채권의 평가손실을 예외적으로 인식하기 위한 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2 규정을 과세의 근거로 삼아서는 아니된다. (다) 완전자회사에 대한 채권의 출자전환으로 평가이익이 발생한 경우 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2를 적용하여 주식의 취득 시점에 익금을 산입하도록 한다면, 처분청으로서는 이 건 과세는 유지할 수 있겠지만 향후 납세자가 동일한 과세 논리에 기해 각종 조 세 회피 수단을 악용하더라도 이를 적절히 막지 못할 위험에 놓일 수 있다. 즉, 완전모회사 입장에서 출자전환 전후로 보유자산의 형태가 주식 또는 채권으로 변형될 뿐 순자산의 변동이 전혀 없음에도 출자전환 시점에 평가이익을 익금에 산입할 수 있는데, 주식의 양도 이전에 익금의 귀속 사업연도를 자의적으로 조정하여 결손금제도를 이용한 조세 회피가 가능하다 할 것이고, 결국 이러한 부수적 효과까지 감안한다면 이 건 처분을 정당화하기 위한 목적으로 완전자회사에 대한 채권의 출자전환으로 발생한 채권 평가이익에 대해서까지 평가손실이 발생한 경우와 같이 출자전환 시점을 손익의 귀속 시기로 삼을 수 없음은 분명하다.
(2) 처분청이 주장하는 ‘시가’와 발행가액의 차액을 익금산입할 수 있다고 보더라도, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 부과하지 아니할 ‘정당한 사유’가 인정되므로 취소되어야 한다.
10. 가산세는 납세의무자에게 세법상 본래적 의미의 납세의무 이외에 과세표준 신고, 과세자료 제출 등 각종 세법상의 협력 의무 이행을 촉진하고 그 위반을 방지하기 위한 제도적 장치로서, 의무위반에 대한 책임을 묻는 ‘ 행정상의 제재 ’이고(국세기본법제2조 제4호, OOO 판결, OOO 결정 등 참조), 이와 같은 가산세 부과의 이유와 성격에 비추어 세법상 의무 위반에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 는 것이 대법원의 일관된 입장이며 (OOO 판결 등), 나아가 이러한 법리는 2007년 개정된국세기본법제48조 제1항 에 반영되어 가산세의 종류를 불문하고 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 가산세를 부과하지 아니한다 는 점이 명문화되었다.
11. 대법원이 ‘정당한 사유’로 인정한 사안의 유형은 다양한 한편, 그 대표적인 유형으로 세법 해석상 의의(疑意)로 인해 견해가 대립되어 그 의무의 내용이 불명확한 경우 가 있는데, 세법은 광범위하고 변화무쌍한 경제 현상과 거래를 규제대상으로 삼고 있고, 그 분량이 방대하고 내용이 복잡하며 기술적인 특징을 가지고 있으며, 이와 같은 세법의 본질적 특징으로 인해 세법 해석과 관련하여서는 다양한 견해의 대립이 발생할 가능성이 높고, 이에 대법원 은 “ 법률상 해석의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 또는 차이가 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당화할 수 있는 사정이 있는 경우 가산세 면제의 ‘정당한 사유’로 인정 하였다(OOO 판결 등).
12. 예컨대 납세자가 건설공사에 착공하여 아파트를 준공하였고, 공사기간 동안 법인세를 신고함에 있어 ‘공사진행기준’을 채택하였으나 과세관청은 ‘완성기준’로 신고해야 한다고 보아 경정 결정을 한 사안에서, 법원은 ‘ 완성기준’에 의해 신고해야 한다고 보면서도 납세자가 이를 잘못 신고한 것은 손익귀속시기에 관한 세법이 기술적이어서 그 해석이 극히 어렵다 는 점에 기인한 것이고 이에 대해서는 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 수 있음을 근거로, 납세자에게 의무 해태를 탓할 수 없는 ‘정당한 사유’가 있다고 보아 가산세 부과처분을 위법하다 판단하였다(OOO).
13. 산업기지개발촉진법에 따라 산업기지개발사업을 시행한 납세자가 관련 법령에 근거하여 특별부가세 납세의무가 없다고 보아 신고납부의무를 이행하지 않았으나 과세관청이 특별부가세와 함께 가산세를 부과한 사안에서도 법원은 구법인세법및 구 조세특례제한법 부칙의 경과규정 해석에 있어 종전 규정과 마찬가지로 이해할 여지가 상당하였고, 납세자가 전문가의 조언에 따라 신고를 하였다는 점 등을 고려 하여 ‘정당한 사유’로 인정하였다 OOO). 그 밖에 납세의무자가 구소득세법제96조 제2항 제4호의 ‘취득 후 1년 이내의 부동산인 경우’의 의미를 ‘취득 후 1년 미만의 부동산인 경우’로 해석하여 적용한 경우(OOO 판결), 파산관재업무에 대한 보수가 ‘기타소득’인지 ‘사업소득’인지에 관하여 세법 해석상 견해의 대립이 있었던 사안(OOO 판결)들에서 모두 ‘정당한 사유’가 인정되었다.
관련 법령의 문언, 체계, 개정 연혁, 구체적 사실관계에 비추어 구 법인세법령상 쟁점주식의 시가와 발행가액의 차액 상당 손익귀속시기가 취득시점인지 처분시점인지에 관한 세법상 의의(疑意)가 존재한다.
15. 처분청이 근거로 들고 있는 선례들은 아래와 같이 이 사건과 사실관계가 본질적으로 다르고, 이 사건과 같이 채권금융기관이 아닌 일반 법인이 채권 상계방식으로 발행가액보다 높은 시가에 주식을 취득한 경우 에도 법인세법령에 기반한 익금 산입이 가능한지 여부에 대해서는 아직 명확한 법원 또는 조세심판원의 선례가 없는 상황이다.
17. 보다 근본적으로 이 건 거래의 구체적인 사실관계에 비추어 보았을 때, 이 건 거래는 완전모회사가 기존에 보유하던 완전자회사의 채권을 출자전환하여 완전자회사의 주식으로 보유하게 되는 거래, 즉 완전모자회사간 상계 방식에 의한 주식 취득 이라는 점에서, 당해 거래시점에 완전모회사가 익금으로 인식할 어떠한 ‘순자산 증가’도 없고, 시가가 발행가액보다 높더라도 그 차액 상당 이익이 실현되어 익금으로 확정되는 시점은 ‘처분 시점’이라 보아, ‘취득시점’이 아닌 ‘처분 시점’을 손익귀속시기로 해석하는 것도 상당히 설득력이 있으며, 더군다나 완전모자회사인 경우라면 완전모자회사가 아닌 경우와 달리 부당행위계산부인 규정에 의해서도 출자전환을 통한 주식취득거래에 대해 취득시점 과세가 불가능하다는 여러 기획재정부와 국세청 예규OOO)가 있으므로 세법상 해석에 의의가 있다고 보아야 하는 것이다.
(1) 청구법인이 자회사에 대한 채권을 출자로 전환하면서 취득한 쟁점주식의 평가차액[시가-발행가(채권가액)] 상당액을 법인의 익금으로 보아 과세한 처분은 다음과 같은 사유로 정당하다. (가) 청구법인은 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2가 채권금융기관의 현물출자로 인한 손실을 조기에 인식하기 위한 규정에 불과하고, 쟁점주식의 취득가액은 매입가액으로 하여야 한다고 주장하나, 이는 법적 근거가 없는 주장이다. 채무의 출자전환으로 취득한 주식의 가액은법인세법제41조 제1항에 따라 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4호의2에서 취득당시의 시가로 하도록 규정하고 있으며, 출자전환의 경제적 실질은 일종의 교환이므로 교환으로 취득하는 자산의 가액을 시가로 보는 것과도 부합하고, 다만 예외적으로 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2 단서 조항에 따라 일정요건을 갖춘 채무의 출자전환인 경우 장부가액으로 하도록 규정하고 있는 것이다. 청구법인의 경우 상기 단서 조항에서 규정한 구 법인세법 시행령제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환에 해당하지도 아니하고, 타인으로부터 매입한 자산에도 해당하지도 않는바, 쟁점 출자전환으로 취득한 주식의 가액을 시가 이외의 금액으로 해야 할 근거가 전혀 없다. 일반적으로 출자전환으로 인한 채무면제이익은 주식시가가 채권가액보다 적은 경우로서 채무자는 익금으로 과세소득을 구성하고, 채권자는 정당한 사유가 있는 경우 손금(대손금)인 경우를 제외하고는 접대비 또는 기부금에 해당되어 손금불산입하게 되는바, 이는 일정요건(회생계획인가, 부실징후기업, 경영정상화계획 이행협약 체결법인의 출자전환시)을 갖춘 채무의 출자전환인 경우에만 제한적으로 채권자는 주식의 가액을 장부가액으로 하여 과세문제가 발생하지 않도록 하는 것으로 이는 법인세법 시행령제72조의 개정(2006.2.9. 대통령령 제19328호, 개정 이후 최초로 출자전환하는 분부터 적용)에 따른 것이고, 청구법인은 이에 해당하지 아니한다. 또한, 청구법인이 주장하는 채권금융기관의 경우조세특례제한법제44조에 따라 적용 대상 요건(회생계획인가, 부실징후기업, 경영정상화계획 이행협약 체결법인의 출자전환시)을 충족한 채무면제이익에 대하여 채무자는 3년 거치 3년 분할하여 익금산입하고, 채권자는 면제한 채무 상당액을 손금 산입하도록 하는 등 조세지원제도로 법령에서 별도로 규정하고 있는데, 청구법인은 이에 해당하지 아니하고, 쟁점출자전환은 주식시가가 채권가액(발행가액)을 초과하여 채권자인 청구법인에게 채권 처분이익인 순자산의 증가(익금)가 있었으므로 아무런 순자산의 변동이 없어 익금산입으로 과세할 수 없다는 청구법인의 주장은 이유가 없다. (나) 청구법인은 쟁점출자전환으로 인한 쟁점주식 취득이 자신의 입장에서는 아무런 순자산의 증가가 없는 순수한 자본거래이므로 익금의 범위로 볼 수 없다고 주장하나, 이는 완전자회사인 AAA에 대한 것으로 모회사이자 채권 법인인 청구법인에 법인세를 과세한 이 건과는 전혀 관련이 없는 것이고, AAA와 청구법인의 회계처리를 요약하면 아래 <표3>과 같은바, 청구주장은 이유 없다. <표3> AAA와 청구법의 쟁점주식 취득가액 회계처리 (다) 쟁점출자전환으로 취득한 주식의 가액은 제3자인 타인으로부터 매입한 자산도 아니고, 자기가 제조·생산 또는 건설한 자산도 아닌 그 이외의 자산이므로 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에 따라 취득당시의 시가에 의하여야 하는 것이며, 따라서 취득가액 과소신고분에 대하여 시가와 채권가액의 차액을 익금산입 유보로 과세처분한 것은 정당하고, 쟁점출자전환으로 취득한 자산의 과소신고(주식시가-발행가액)에 대하여 과세가 이루어진 것이므로, 자산의 평가이익(미실현이익)에 과세하였다는 청구주장은 이유가 없다. (2) 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에서 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등은 자산의 취득가액을 취득당시의 시가로 한다고 명백하게 규정하고 있으므로, 쟁점주식의 취득가액과 관련하여 청구주장대로 세법 해석상 의의가 있다고 보기 어렵고, 납세자가 주의 의무를 기울이면 충분히 알 수 있었던 사항에 대해서는 가산세 감면의 정당한 사유로 인정되지 않는 것이며, 단순한 법령의 부지나 오해는 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우므로 청구주장은 타당하지 아니하다(OOO 판결 등 참조).
① 청구법인이 자회사에 대한 채권을 출자로 전환하면서 취득한 쟁점주식의 평가차액[시가-발행가(채권가액)] 상당액을 법인의 익금으로 보아 과세한 처분의 당부(주위적)
② 시가와 발행가액의 차액을 익금으로 보는 경우에도 가산세 면제의 정당한 사유가 존재하므로 가산세를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적)
(1) 법인세법(2017.1.1. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제15조 [익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.
1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 제17조 [자본거래로 인한 수익의 익금불산입] ① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
1. 주식발행액면초과액: 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식 등의 제52조제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다. 제18조 [평가이익 등의 익금불산입] 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
1. 자산의 평가이익. 다만, 제42조 제1항 각 호에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가이익은 제외한다. 제41조 [자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금 액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조 [자산·부채의 평가] ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.보험업법이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)
2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가 (2) 법인세법 시행령(2017.1.1. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제11조 [수익의 범위] 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
제15조 [주식발행액면초과액 등] ④ 법 제17조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 규정에 따른 금액을 말한다. 1.채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하여 발행된 금액 2.기업구조조정촉진법에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액
3. 당해 법인에 대하여 채권을 보유하고 있는금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관과 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 법인이 채무를 출자로 전환하는 경우로서 당해 주식등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에 서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 제72조 [자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]
4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식 등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액
③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.
1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 (3) 법인세법 시행령 제89조 [시가의 범위 등]
① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조・제39조・제39조의2・제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항・제2항을 준용할 때 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)은 각각 직전 6개월로 본다. (4) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되어 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제72조 [자산의 취득가액 등] ① 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.
4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제34조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으로 하고, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 같은 항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다. (5) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조 [자산의 취득가액 등] ①법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
4. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 같은 항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.
(6) 상법(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되어 2018.11.1. 법률 제14969호로 개정되기 전의 것) 제421조 [주식에 대한 납입] ② 신주의 인수인은 회사의 동의 없이 제1항의 납입채무와 주식회사에 대한 채권을 상계할 수 없다.
(7) 상법(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제422조 [현물출자의 검사] ① 현물출자를 하는 자가 있는 경우에는 이사는 제416조 제4호의 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다. 이 경우 공인된 감정인의 감정으로 검사인의 조사에 갈음할 수 있다.
(1) 청구법인의 쟁점주식 취득 전후 피출자법인인 AAA의 발행주식수 및 청구법인의 지분율 현황과 조사청의 익금산입액 산정내역표 등에 의하면, AAA의 쟁점출자전환 전 보충적 평가방법에 의한 OOO주당 가액은 OOO원이고, 출자전환으로 인한 쟁점주식 취득 후, AAA 발행주식의 보충적 평가방법에 의한 OOO주당 가액은 OOO원[OOO]으로, 처분청은 쟁점출자전환으로 취득한 쟁점주식의 시가 OOO원에서 발행가액 OOO원을 차감한 OOO원(쟁점금액)을 익금산입하고 유보로 처분한 것으로 나타난다.
(2) 청구법인과 AAA가 쟁점출자전환과 관련하여 회계처리한 내역은 위 처분개요 <표2>의 내용과 같은바, 청구법인은 차변에 지분법적용투자주식 OOO원, 대변에 단기대여금 OOO원을, AAA는 차변에 단기차입금 OOO원, 대변에 자본금 OOO원으로 부기한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인이 제시한 AAA의 쟁점출자전환 관련 이사회 의사록에 의하면, 2016.11.22.자 임시주주총회를 통해 회사 발행주식총수를 OOO주로 한다는 내용의 정관변경을 승인하였고, 같은 날 OOO주당 가액 OOO원인 신주식 OOO주를 발행하고 AAA에 대한 청구법인의 채권 OOO원을 상계처리 한다고 의결한 것으로 나타난다(2016.11.28. 공증).
(4) 청구법인이 우리 원에 추가로 제시한 항변서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 처분청이 과세처분의 근거로 들고 있는 OOO 결정례와 OOO 판례는 “채권금융기관이 약정에 따라 보유하고 있던 채권을 채무법인의 경영악화로 인해 출자전환”한 사안이고, OOO 결정례(OOO 판결을 거쳐 OOO 판결로 확정)와 OOO 결정례는 “특수관계인에 대한 채권을 장부가액보다 낮은 가격으로 현물출자”한 사안에 대해 부당행위계산부인 또는 업무무관가지급금 관련 대손금의 손금불산입규정을 적용한 것으로 이 건과는 문제된 사안이 본질적으로 달라 원용될 수 없다. (나) 청구법인의 쟁점주식 취득 거래는 현물출자 방식의 출자전환이 아닌 채권상계 방식에 의한 주식취득에 불과하여 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2가 적용될 수 없다. 동 규정은 채권금융기관이 출자전환으로 발생한 손실을 주식의 처분 시점이 아닌 출자전환 시점에 앞당겨 인식하도록 하여 채무자 경영의 조기 정상화를 지원하기 위해 “ 법인세법 기본통칙”으로 규율되던 것이 2006.2.9. 개정 당시 시행령 조항 내에 도입된 규정인데, 2006년 당시 구상법및 대법원 등기 예규상으로 금융기관에 대해서만 상계 방식의 출자전환이 허용되었고, 일반법인(비금융기관)인 경우 상계 방식의 출자전환은 허용되지 않았으며,상법상 엄격한 요건을 갖춘 현물출자에 의한 주식취득만이 가능하였는바(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의상법제334조, 대법원 1995.1.25. 등기예규 제960호, 대법원 1999.8.24. 상업등기선례 제1-190호, 대법원 2002.8.26. 등기 3402-463), 따라서 위 규정에서 취득가액을 취득 당시의 시가로 하는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등은 금융기관이 출자전환으로 취득한 주식 또는 일반법인(비금융기관)이 현물출자 방식으로 취득한 주식만을 의미하는 것으로 해석된다. 현행 세법은 현물출자의 경우 출자자 입장에서 출자대상 법인주식을 취득하여 주주가 되는 자본거래에 더하여, 자산을 법인에게 양도하는 손익거래의 성격을 동시에 가지는 것으로 취급하는데, 물론 자본거래이자 손익거래의 성격을 둘 다 가지는 현물출자를 세법상 과세의 계기로 삼을 것인지 여부는 입법정책적 문제이지만, 처분청 의견과 같이 교환도 세법상 양도 개념에 포함된다는 전제에서, 부동산 또는 주식과 주식 간 교환거래의 성격을 가지는 현물출자도 양도소득세 과세대상에 포함시키고 있고(소득세법제88조 제1항), 처분청이 제시한 심판결정례OOO 에서도 확인되듯이법인세법은 무상 내지 저가의 현물출자도 양도와 같은 손익거래에 관한 부당행위계산부인 유형으로 열거하기도 하는바(법인세법 시행령제88조 제1항 제3호), 요컨대 현물출자는 손익거래 중에서도 양도와 마찬가지의 처분행위이므로, 그러한 행위를 한 법인에게 출자한 자산의 평가 가치(양도가액)와 장부가액(취득가액)의 차액상당의 처분손익이 실현되는 결과를 가져오는 것이다. 반면, 채권상계는 현물출자와 같이 이익이 실현되는 처분 행위로 보기 어려운바, 상계는 본질적으로 채권자와 채무자 쌍방이 서로 부담하는 동종 채무를 양 채무의 이행기가 도래한 때에 대등한 액수에서 소멸시키기로 하는 의사표시이기 때문이고(민법제493조 제2항), 이러한 법리는 채권자가 출자자가 되어 주금납입채무와 채무자에 대한 기존 채무를 상계하는 방식으로 주식을 취득하는 경우, 즉 상계방식의 출자전환에서도 동일하게 적용되는 것이다(OOO 판결 참고). 이 건에서 쟁점출자전환은 상계방식으로 이루어졌는데, 이를 구체적으로 분석해 보면 청구법인의 신주인수로 인한 주금납입채무의 발생(1단계)과 동 주금납입채무와 기존 채권 간의 상계(2단계)로 나누어 볼 수 있고, 상계 결과 주금납입채무와 기존 채권 역시 대등한 액수에서 소멸하므로 만약 기존 채권의 장부가액보다 취득한 주식의 시가가 높다면 출자전환 시점 기존 채권의 평가 가치가 장부가액보다 높거나, 주금납입채무에 상응하는 주식의 발행가액이 주식의 시가보다 낮게 결정된 데 기인하는 것이며, 이 때 전자와 같이 채권의 평가가치와 장부가액간의 차액은 처분청 의견과 달리 엄연히 채권의 처분이익이 아닌 평가이익이고, 후자의 주식 시가와 발행가액간의 차액은 원칙적으로 취득한 주식의 처분 시점에 과세되는 주식의 평가이익에 해당하는 것이다. 청구법인으로서는 기존 채권을 현금으로 변제받은 뒤 이를 주금납입대금으로 납입할 수도 있어 현금변제나 상계나 모두 기존 채권의 장부가액만큼 상환받는 효과를 가져오므로 결국 경제적 실질에 있어서 아무런 차이가 없고, 청구법인 입장에서 종국적인 회계상 효과에도 차이가 없으며, 단지 거래를 쪼개어 볼 때 각 단계별 회계처리 방식에 차이가 발생한다는 이유만으로 익금이 발생하는 거래라는 주장은 실질과세 원칙에 비추어 보더라도 부당하다. 결국, 청구법인이 보유하던 기존 채권의 장부가액과 취득한 쟁점주식의 발행가액(청구인이 상계로 변제한 주금납입채무)은 OOO원으로 같고, 이에 대하여 처분청이 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2를 적용하여 주식의 시가로 주장하는 금액은 OOO원인데, 이는 주식의 발행가액이 주식의 시가보다 낮게 결정되어 청구법인 입장에서는 소멸한 채권의 장부가액과 취득한 주식의 시가 간에 차액이 발생한 사안으로, AAA는 청구법인의 완전자회사로 특수관계법인이어서법인세법제15조 제2항 제1호가 적용되지 않고, 달리 상계로 주식을 취득한 시점에 주식평가이익을 익금산입할 아무런 근거가 없으므로 이를 현물출자에서 발생하는 채권 처분이익이라고 보아 과세해야 한다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다.
18. (다) 완전자회사에 대한 출자전환시 출자자 입장에서는 자산의 평가이익을 포함하여 아무런 순자산의 변동이 없다.
20. 이 건 거래와 같이 완전자회사에 대하여 보유하는 채권을 상계하여 주식을 추가로 취득한 경우 출자자인 청구법인 입장에서는 기존에 보유하던 자산의 형태가 채권에서 주식으로 변형될 뿐, 주식의 평가이익을 포함하여 어떤 이익도 실현되거나 발생하지도 않는 것인데, 이는 심판청구이유서에서 상세히 설명 한 바와 같이, 기존에 주식을 보유하고 있던 청구법인이 시가보다 낮은 발행가액에 주식을 추가로 취득하는 경우 취득한 주식의 평가이익만큼 기존에 보유하던 주식의 평가손실이 발생하기 때문이다.
22. 처분청은 단지 취득한 자산의 과소신고(주식시가-발행가액)에 대하여 과세가 이루어진 것이고, 자산의 평가이익에 대하여 과세한 것이 아니라고 주장만 하고 있을 뿐, 순자산 변동을 가져오는 이익의 발생이나 실현이 없더라도 자산의 취득가액에 관한 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2만으로 취득한 주식의 시가와 발행가액 간의 차액을 과세할 수 있다는 근거에 대해 합리적인 설명을 하지 못하고 있는바, 이는 자본 또는 출자의 납입을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입의 금액을 익금으로 보아 과세한다는 순자산증가설의 대원칙(법인세법제15조 제1항)에 위배되는 해석으로 부당하다.
23.
(5) 처분청이 우리 원에 추가로 제시한 답변서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 상계방식의 주식취득이든 아니든 청구법인의 채권가액과 취득한 주식의 가치가 동일한 가치가 아니므로 그 차이에 해당하는 순자산의 증가가 발생하였고 그 차액은 익금산입 대상이다. 채무의 출자전환으로 취득하는 자산의 가액은 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에 따라 시가에 의하도록 하고 있고, 그 대가로 상계한 청구법인의 매출채권액과의 차이(채권처분이익)가 발생하여 순자산이 증가하였으므로, 청구주장은 이유 없다. (나)상법에 따라 출자전환의 효력이 발생하였고, 법적 형식이 다른 금전에 의한 주금납입과 채무의 상계방식에 따른 출자전환이 법률 효과가 구별된다 하여 임의로 이 건 출자전환에 따른 세법의 적용을 배제할 수는 없는 것이고, 청구법인은 이사회결의에 따라 출자전환을 승인하여상법상 요건을 충족한 채무의 출자전환을 하였으며, 그 결과 주식수가 늘어났으므로, 취득한 주식의 시가가 발행가액을 초과하여 주식발행액면초과금의 범위를 벗어난 가액은 익금에 해당하는 것으로서상법상 절차에 따라 채무의 출자전환을 선택하여 거래를 하였다면 세금부담은 그 거래의 법률관계에 따라 결정되어야 하는 것이다(OOO 참고). (다) 마지막으로법인세법제17조 제1항 제1호(2006.1.1.시행) 단서규정은 당초 구 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것) 제15조에서 채무 출자전환으로 발행한 주식의 발행가액과 액면가액의 차이 중 시가를 초과하는 금액은 실제 납입한 금액이 아니므로 채무면제이익으로 보도록 한 재정경제부 유권해석OOO을 반영하였으나, 동 시행령 규정은 시가가 발행가액 이하인 경우만 규정하고 있어 시가가 발행가액을 초과하는 경우도 주식발행액면초과액과 구분할 수 있도록 그 범위를 명확하게 하기 위하여 단서 규정으로 이관시킨 것인바, 동 개정 취지는 주식을 발행하는 경우에 주식발행액면초과액의 범위를 벗어난 가액은법인세법상 자본거래로 인한 수익의 익금불산입 사항에 해당하지 않는 것임을 법으로 명확화한 것이다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 과세근거로 들고 있는 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2 규정이법인세법제15조 내지 제17조와 같이 법인의 소득금액에 가산하는 익금의 범위를 정한 규정이 아니어서 위 규정에 따라 취득가액으로 인식한 시가와 발행가액의 차액을 익금에 가산한 것은 부당하다고 주장하나,법인세법제41조 제1항은 내국법인이 취득한 자산의 취득가액에 관하여 타인으로부터 매입한 자산이나 자기가 제조𐩐생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산을 제외한 나머지 자산에 관하여는 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액으로 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령제72조 제2항 제4호의2에서는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 경우 그 가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가에 의하고 예외적으로 회생계획인가의 결정을 받은 법인이나 부실징후기업, 금융기관 등이 채무를 출자전환하는 경우에는 출자전환된 채권의 장부가액에 의하는 것으로 규정하고 있는데, 청구법인이 위의 예외적인 경우에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 취득가액은 시가로 산정함이 타당한 점, 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미한다 할 것인데, 이 건에 있어 시가로 볼 수 있는 객관적인 교환가치가 확인되지 아니하므로상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 OOO주당 OOO원을 시가로 봄이 합리적인 점, 청구법인에게는 쟁점주식의 시가와 발행가액의 차이인 OOO주당 OOO원의 순자산 가치가 증가하였으므로 쟁점주식의 취득시점에 쟁점금액 상당의 익금이 발생하였다고 보이는 점 등에서 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 2016사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
(7) 쟁점②에 대하여 살피건대, 법률상 해석의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 또는 차이가 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당화할 수 있는 사정이 있는 경우 가산세 면제의 정당한 사유한 사유가 존재한다 할 것인바 (OOO 판결 등 참조), 처분청은 쟁점주식의 취득가액과 관련하여 세법 해석상 의의가 있다고 보기 어려우므로 이 건 가산세 부과처분이 정당하다는 의견이나, 처분청이 이 건 과세처분의 근거로 든 법인세법 시행령제72 조 제2항 제4호의2호 규정은 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등의 경우 취득당시의 시가로 취득가액을 정한다는 것으로, 그 밖에 시가와 발행가액의 차액이 법인의 소득금액 계산상 익금에 해당한다고 명확히 규정하고 있는 조항은 없는 점, 유사 심판 결정례에서도 전환사채 전환청구로 취득하는 자산인 주식과 소멸하는 자산인 전환사채의 세무상 가치는 동일하여 전환으로 취득한 주식을 양도하기 전까지는 그 처분손익은 발생하지 아니하는 것으로 사업연도 소득에 포함시킬 수 없다고 판단(OOO)한 점, 그 밖에 채무의 출자전환으로 취득한 주식의 시가와 발행가액의 차액에 대하여 과세한 사례가 확인되지 아니하는 점 등에서 쟁점금액이법인세법상 익금에 해당하는지 여부에 대하여는 세법 해석상의 의의가 존재한다고 보이므로, 청구법인이 쟁점금액을 과소신고한 데에는 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 할 것이어서 결국, 이 건 법인세 부과처분 중 쟁점금액과 관련된 가산세 부분은 취소함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같습니다.