처분청은 쟁점법인에 대한 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서상 거래상대방으로부터 장부, 금융계좌내역 및 기타 거래증빙 등을 제출받아 이를 근거로 쟁점법인의 매출누락액이 얼마인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
처분청은 쟁점법인에 대한 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서상 거래상대방으로부터 장부, 금융계좌내역 및 기타 거래증빙 등을 제출받아 이를 근거로 쟁점법인의 매출누락액이 얼마인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
OOO세무서장이 2019.11.20. 청구인에게 한 2016년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은, 유한회사 OOO 농업회사법인의 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서상 거래상대방에 대한 실지조사 등을 통하여 실제 매출누락액이 얼마인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구인은 2015.11.11.부터 2017.12.19.까지 쟁점법인의 명목상 대표이사로 등재된 사실은 있으나, 위 기간 동안 실질적인 사업주는 청구인의 누나 OOO의 아들인 OOO이고 위 법인의 실질대표이사는 OOO이므로 청구인이 쟁점법인의 실질대표자임을 전제로 한 이 건 처분은 취소됨이 타당하다. (가) 청구인은 1978.6.1.～2010.12.31. 기간 동안 공무원으로 재직하다가 퇴직한 후 OOO의 감언이설에 속아 2015.11.19. OOO원을 사기당한 사실이 있고(이에 대하여는 별도로 OOO를 고소하여 OOO지방법원에 기소된 상태임), 쟁점법인의 업무를 총괄한 OOO도 쟁점법인의 실질사업주가 OOO임을 확인하고 있다. (나) 청구인은 쟁점법인으로부터 급여를 지급받은 사실이 없고, 어떠한 서류에 결재를 하거나 출근하여 업무를 지시한 바도 없는 등 쟁점법인의 업무에 관여한 사실이 전혀 없는 반면, OOO는 2016.4.15. 쟁점법인 소유부동산인 OOO 토지에 OOO원의 근저당권을 설정한 사실이 있고, OOO의 딸인 OOO(약사로서 약국 및 OOO에서 근무하고 있음)이 2018.8.24.～2019.7.10. 기간 동안 쟁점법인의 대표이사로 등재된 사실도 확인된다. (다) 쟁점법인은 OOO과 2017.6.15. 이전까지 동일한 사업장인 OOO 소재지에서 사업을 영위하였는데, OOO은 그 당시 위 법인의 대표이사로 재직하며 OOO의 지시를 받아 위 법인을 운영하였다고 진술하였다. 또한 청구인이 OOO를 횡령으로 고소한 사건에서도 쟁점법인의 실질사업주는 OOO이고 실질대표자는 OOO이라는 사실이 밝혀졌다. 따라서 청구인을 쟁점법인의 대표이사로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 조사청이 이 건 과세근거인 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서를 확보하였을 당시 쟁점법인이 신고한 2016사업연도 매출액은 OOO원에 불과하고 2017사업연도의 경우 매출액이 전혀 발생하지 아니하였으며, 위 명세서 중 대부분의 매출을 차지하는 ‘OOO’는 현재 사업을 하지 아니하고 ‘OOO’는 2017.12.11. 폐업한 상태이다. 위와 같은 경우 관할세무서장은 법인세법 제66조 제3항 단서에 따라 추계에 의하여 법인세를 부과하고, 쟁점법인이 수산물가공업을 영위하는 업체이므로 같은 법 시행령 제105조가 정하는 바에 따라 소득금액을 추계하여야 하며, 이 때 추계소득금액이 장부에 계상되지 아니한 경우 그 소득금액을 같은 법 제67조에 따라 대표이사에 대한 상여로 소득처분을 하여야 한다. 이에 따라 쟁점법인의 2016사업연도 경정매출액 OOO원에 단순경비율(92.8%)을 적용하여 추계소득금액을 산정하면 OOO원(OOO×6.7%)이 산출되는데, 이는 조사청이 산정한 추계소득금액인 OOO원과 상당한 차이가 있다. 과세관청은 법인세법 제105조 제2항 에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정하는 경우 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있다면 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 하는바, 통상적으로 수산물가공업의 이익률이 6.7%에 불과한 점을 감안하면 조사청이 쟁점금액에 대하여 추계한 소득금액은 지나치게 과다하다. 따라서 조사청이 쟁점법인의 장부, 법인통장 및 거래처에 대한 조사를 실시하였더라면 쟁점금액 대부분이 가공매출액임을 확인할 수 있었을 것임에도 이에 대한 조사 없이 곧바로 추계의 방법으로 소득금액을 산정하여 청구인에게 상여로 소득처분한 이 건 처분은 위법하다.
(1) ‘법인’이란 법률에 의하여 권리·의무의 주체가 될 수 있는 자격 내지 지위를 가진 인격체로서 설립등기를 함으로써 법인격을 취득하게 된다. 상법 제635조 에서 등기해태에 관한 과태료를 규정하고 있는 만큼 법인의 등기는 중요하므로, 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다. (가) 청구인이 이 건 이의신청시 첨부한 고소장의 내용에서 확인할 수 있듯이 청구인은 대표이사를 맡아주면 법인카드와 월급 OOO원의 지급을 약속받고 대표이사를 승낙한 것으로 쟁점법인의 대표이사 등재를 모르고 이루어진 것이라고 볼 수 없고, 청구인은 쟁점법인의 실질사업주는 ‘OOO’라고 하면서도 실질대표자는 ‘OOO’이라고 주장하고 있어서 실질대표자를 특정하지 못하고 있을 뿐만 아니라 ‘OOO’은 확인서를 통하여 ‘OOO’가 실제운영자라고 주장하고 있다. (나) 또한 OOO가 근저당권을 설정해 준 사실이나 그 딸인 OOO이 대표이사로 등재된 사실은 이 건의 실질적인 대표이사를 밝히는 증거가 될 수 없고, OOO을 OOO이 운영하였다 하더라도 청구인은 사업장 소재지가 같다는 사실 외에는 쟁점법인과의 관계를 밝히는 증빙자료 등을 제시하지 못하고 있다. (다) 청구인은 OOO를 횡령죄로 고소하여 기소되었다고 주장하나, OOO지방검찰청의 ‘불기소이유 통지서’에는 청구인이 OOO를 횡령죄로 고소한 사건에 대하여 “혐의 없음(증거불충분)”으로 불기소처분을 하였다는 내용이 기재되어 있어서 이를 실질적인 대표자가 청구인이 아님을 입증할 수 있는 객관적 증빙으로 보기는 어렵다.
(2) 쟁점법인의 주요거래처인 ‘OOO’ 및 ‘OOO’는 2018년 8월 및 2017년 12월 각각 폐업하였으나, 2016년에는 정상적인 사업자였으므로 쟁점법인의 허위매출계산서 발행은 청구인의 단순한 의심일 뿐이며, 허위 발행이라는 증빙이 제출되지 아니하는 이상 쟁점금액을 가공매출이라고 단정할 수 없다. 또한 청구인이 쟁점법인의 추계소득금액 산정시 적용한 ‘단순경비율’은 해당 과세기간에 폐업한 소기업의 경우 해당하는 것으로서(법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호) 쟁점법인에는 적용할 수 없으며, 조사청은 소득금액을 계산함에 있어서 쟁점법인이 계산에 필요한 장부 또는 증빙서류를 보관하지 아니하여 추계의 방법을 적용한 것일 뿐이므로 쟁점법인의 매출액에 비하여 매입액이 과소하다고 하여 허위매출계산서 발행 또는 매입원가 누락으로 보는 것은 청구인의 추측에 불과하다. 한편 법인세법상 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있으며(대법원 1992.7.14. 선고 92누3120 판결 참조), 법인세법 제67조 등에 의하면 사외에 유출된 금액을 소득처분함에 있어 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 상여로 소득처분하도록 규정하고 있고, 당해법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기상의 대표자를 그 법인의 대표자로 보도록 규정하고 있다. 따라서 청구인은 객관적인 증빙을 제출하거나 법원의 판결에 의해 쟁점법인의 대표자가 아님을 객관적으로 입증하지 못하였으므로 조사청이 쟁점법인의 등기부상 대표이사인 청구인에게 쟁점금액에 상당하는 추계소득금액을 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
① 청구인이 쟁점법인의 실질대표이사가 아니라는 청구주장의 당부
② 쟁점금액이 가공매출에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법
○ 국세기본법 제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
(2) 법인세법
○ 법인세법 제66조 [결정 및 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우(중 략)
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.
○ 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령
○ 법인세법 시행령 제104조 [추계결정 및 경정] ① 법 제66조 제3항 단서에서 대통령령으로 정하는 사유란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
- 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
- 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
- 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 기준경비율이라 한다)을 곱하여 계산한 금액
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.
3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루 혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법
- 가. 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액
- 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액
- 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액(이하 생략)
○ 법인세법 시행령 제105조 [추계결정·경정시의 사업수입금액 계산] ① 내국법인의 각 사업연도의 사업수입금액을 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 사업수입금액의 계산은 다음 각 호의 방법에 의한다.
1. 기장이 정당하다고 인정되어 기장에 의하여 조사결정한 동일업종의 업황이 유사한 다른 법인의 사업수입금액을 참작하여 계산하는 방법
2. 국세청장이 사업의 종류ㆍ지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적ㆍ물적 시설(종업원ㆍ객실ㆍ사업장ㆍ차량ㆍ수도ㆍ전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법
3. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 당해 사업연도 중에 매출된 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법
4. 국세청장이 사업의 종류별ㆍ지역별로 정한 다음 각 목의 1에 해당하는 기준에 의하여 계산하는 방법(각 목 생략)
5. 추계결정ㆍ경정 대상법인에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법
6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 업종에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법
② 제1항에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다.
○ 법인세법 시행령 제106조 [소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(4) 조세특례제한법
○ 조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제6조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 대통령령으로 정하는 소기업이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 평균매출액등은 매출액으로 본다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점법인이 2016사업연도 법인세에 대한 기한 후 신고를 함에 따라 조사청은 동 신고서와 쟁점법인의 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서를 검토한 결과, 쟁점법인이 쟁점금액을 매출로 신고하지 아니한 것으로 보아 이를 익금산입하여 아래 OOO과 같이 쟁점법인에게 2016사업연도 법인세를 경정·고지하는 한편, 쟁점금액에 상당하는 추계소득금액을 산정하여 당시 대표이사인 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 처분청은 이에 따라 동 상여액을 청구인의 소득금액에 합산하여 아래 OOO와 같이 이 건 종합소득세를 결정·고지하였다. OOO OOO
(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점법인의 등기부등본상 2015.11.11.～2017.12.18. 기간 동안 대표이사로 등재되어 있었는바, 쟁점법인의 등기부등본상 대표이사 변경이력은 아래 OOO과 같다. OOO (나) 국세청의 통합전산시스템에 의하면 쟁점법인의 2015～2016사업연도 주주현황은 아래 OOO와 같다. OOO (다) 국세청의 통합전산시스템에 의하면 청구인의 총 사업이력은 아래 OOO와 같다. OOO (라) 국세청의 통합전산시스템에 의하면 청구인이 쟁점법인의 실질사업주라고 주장하는 OOO의 근로소득 발생내역은 아래 OOO과 같고, 그 이외의 사업이력 및 사업소득 발생 사실은 조회되지 아니한다. OOO (마) 이 건 처분의 주요 과세근거인 쟁점법인에 대한 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서의 주요 내용은 아래 OOO과 같고, 주요 거래처들 중 OOO는 2017.12.11., 자연마을 식자재는 2018.6.14. 각각 폐업한 것으로 나타난다. OOO (바) 청구인은 쟁점금액에 대하여 단순경비율(92.8%)을 적용하여 추계소득금액을 산정하여야 한다고 주장하나, 처분청은 쟁점법인이 폐업한 소기업에 해당하지 아니하여 기준경비율(10.2%)을 적용하여 아래 OOO과 같이 산정한 것으로 나타나고, 쟁점법인은 매출액을 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원 및 2017사업연도 OOO원으로 각각 신고한 것으로 확인된다. OOO (사) 청구인은 2019년 12월 OOO를 횡령죄로 고소하였는데, 이 건 고소장에 의하면 청구인은 OOO가 쟁점법인의 대표이사를 맡아주면 법인카드와 월급 OOO원 정도를 지급하겠다고 제안함에 따라 이를 신뢰하여 2015.11.11. 명의를 대여하였다는 내용이 기재되어 있다. (아) OOO지방검찰청은 2020.5.25. 위 고소사건과 관련하여 OOO를 혐의없음(중거불충분)으로 불기소처분(2020형제 제9696호)한 것으로 나타나는바, 불기소이유통지서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (자) 청구인은 2019.12.28. OOO와의 통화를 녹음한 녹취록을 제시하였는데, 관련 내용을 발췌하면 다음과 같다. OOO (차) 그 밖에 청구인은 OOO이 쟁점법인의 업무를 총괄하였다고 주장하며 OOO이 자필로 작성한 확인서를 제시하고 있는데, 동 확인서에는 쟁점법인의 실질소유자가 OOO임을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2015.11.11.부터 2017.12.19.까지 쟁점법인의 대표이사로 등재된 사실은 있으나 명목상 대표이사에 불과하다고 주장하나, 법인등기부등본상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 하는 것인바, 청구인은 2015.11.11.～2017.12.18. 기간 동안 쟁점법인의 등기부등본상 대표이사로 등재되어 있는 점, 청구인은 2019년 12월 쟁점법인의 실질사주라고 주장하는 OOO를 횡령죄로 고소하였는데, 동 고소장에 의하면 청구인은 OOO가 쟁점법인의 대표이사를 맡아주면 법인카드와 월급 OOO원 정도를 지급하겠다고 제안함에 따라 이를 자의에 의하여 수락한 것으로 보이므로 명의도용이 아닌 이상 청구인이 쟁점법인의 업무에 사실상 관여하지 아니하였다고 하더라도 이는 업무상 권한을 실무자들에게 허여한 것으로 볼 수 있으므로 그에 대한 책임을 면하기는 어려워 보이는 점, 그 밖에 국세청의 국세통합시스템에 의하면 청구인이 2015～2016사업연도 동안 쟁점법인의 지분 40%(8,000주)를 보유한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구인을 쟁점법인의 명목상 대표이사에 불과하다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인을 쟁점법인의 대표이사로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 쟁점법인의 매출누락액으로 보아 추계소득금액 상당액을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세하였으나, 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이지만, 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실액을 밝힐 수 있는 근거과세의 방법이 없는 때에는 추계의 방법으로 과세표준 등을 결정할 수 있고, 이러한 추계과세의 요건은 과세관청이 이를 입증하여야 할 것이다. 이 건의 경우 조사청은 쟁점법인의 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서상 거래처들의 매입액과 쟁점법인의 매출액 간의 차이금액 전액을 쟁점법인의 매출누락액(OOO원)으로 산정하였는데, 쟁점금액 대부분을 매입한 ‘OOO’ 및 ‘OOO’가 2017.12.11. 및 2018.6.14. 각각 폐업한 사실을 감안할 때 거래상대방으로부터 장부, 금융계좌내역 및 기타 거래증빙 등을 제출받아 이에 대한 실지조사를 거치지 아니한 채 당해 업체들의 신고내용만을 그대로 신뢰하기에는 객관성이 부족하고, 매출액이 2014사업연도 OOO원 및 2015사업연도 OOO원에 불과한 쟁점법인의 2016사업연도 경정매출액이 OOO원으로 급증한 데에 특별한 사유가 있었다고 보기도 어려운 점, 그 외 통상적인 수산물가공업의 평균이익률(6.7%)에 비하여 조사청이 쟁점법인의 2016사업연도 수입금액(OOO원)에 대하여 산정한 추계소득금액(OOO원)은 지나치게 과다한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액 전액을 쟁점법인의 매출누락액으로 보기는 과세근거가 부족하다 할 것이다. 따라서 처분청은 쟁점법인에 대한 2016사업연도 계산서합계표 제출일람표 불부합명세서상 거래상대방으로부터 장부, 금융계좌내역 및 기타 거래증빙 등을 제출받아 이를 근거로 쟁점법인의 매출누락액이 얼마인지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.