조특법 시행령 제65조 제5항 규정이 모법의 위임범위를 벗어나 위법이라거나 새로운 감면요건을 창설하고 있어 무효라는 청구주장은 타당하지 아니하므로 청구인이 청구법인에 대한 영농조합법인 법인세 감면 적용을 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
조특법 시행령 제65조 제5항 규정이 모법의 위임범위를 벗어나 위법이라거나 새로운 감면요건을 창설하고 있어 무효라는 청구주장은 타당하지 아니하므로 청구인이 청구법인에 대한 영농조합법인 법인세 감면 적용을 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효이고, 위 규정에 근거하여 이루어진 이 건 부과처분은 모두 위법하다. (가) 농업회사법인에 대한 법인세 감면과 관련하여 조특법 제68조 제1항은 농업회사법인일 것과 그 소득이 식량작물재배업소득이거나 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생한 소득은 대통령령으로 정하는 범위 내의 것일 것을 감면의 요건으로 정하고 있고, 제5항에서는 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다고 하여 신청절차를 대통령령에 위임하고 있는바, 조특법 시행령 제65조 제5항은 위와 같이 법 제68조 제5항의 위임에 따라 ‘신청의 절차’를 정하고 있는 대통령령 규정이고, 법에서 정한 감면 요건을 모두 갖추어 감면을 신청하려는 농업회사법인은 시행규칙에서 정한 서식에 따른 세액감면신청서 및 면제세액계산서 등을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다는 절차적 사항을 정하고 있었는데, 조특법 시행령 제65조 제5항이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하도록 규정하였다. (나) 농업회사법인이 농어업경영체 등록확인서를 제출하기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농어업경영정보 등록을 하여야 하는데, 이는 농업회사법인의 설립 요건 또는 조특법상 감면 요건과 전혀 관계가 없는 새로운 의무에 해당하고, 앞서 살펴본 바와 같이 2014.2.21. 개정된 조특법 시행령은 농업회사법인이 세액감면을 받기 위해서는 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 정하고 있었는데, 이때 농어업경영체 등록확인서란 농어업경영체법 제4조 에 따른 농어업경영체 등록에 대한 확인서를 의미하는 것이므로(조특법 시행령 제63조 제7항) 농업회사법인이 등록확인서를 제출하기 위해서는 농어업경영체법 제4조 에 따른 등록을 해야만 하였다. 그런데, 농어업경영체법상 농어업경영정보의 등록은 모든 농어업경영체(농업인과 농업회사법인, 어업인과 어업회사법인)에게 의무적으로 부여되는 것이 아니고, 융자‧보조금 등을 지원받으려는 자에 한해서만 등록이 필요한 것인데, 즉 농어업경영체법은 농업인과 농업생산자단체에 한하여 농업의 경영이나 농산물의 유통‧가공‧판매를 기업적으로 하려는 자는 농업회사법인을 설립할 수 있다고 정하고 있고(농어업경영체법 제19조 제1항 및 제2항), 그러한 농업회사법인 중 농어업‧농어촌에 관련된 융자‧보조금 등을 지원받으려는 자에 한하여 농지 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 등 정보를 등록하도록 정하고 있다(같은 법 제4조 제1항 제1호). 따라서, 농업회사법인은 별도로 농어업‧농어촌에 관련된 융자‧보조금 등을 지원받을 계획이 없는 이상 농어업경영정보를 등록하지 않아도 되고, 조특법 제68조 제1항이 농업회사법인으로 하여금 법인세 감면을 받기 위해 농어업경영정보를 등록해야 한다고 정하고 있지도 않은바, 즉 농어업경영정보의 등록은 농업회사법인이 설립되고 농업을 영위하면서 법인세를 감면받는 데 있어서 농어업경영체법 제19조 또는 조특법 제68조 제1항에서 필수적으로 요구하고 있지 않은 요건으로서, 오로지 2014.2.21. 개정된 조특법 시행령 제65조 제5항에서만 창설적으로 요구하고 있는 별도의 새로운 의무인 것이다. (다) 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법으로부터 신청 절차만을 위임받았음에도 불구하고 ‘농어업경영체 등록 및 등록확인서 제출’이라는 새로운 요건을 창설하고 있다는 점에서 위임범위를 벗어나 무효이다. 위에서 언급한 바와 같이 조특법 제68조 제5항이 신청절차만을 시행령에 위임하고 있음에도 불구하고 조특법 시행령 제65조 제5항은 감면을 받기 위해서는 신청인이 농어업경영체 등록을 하고 그 확인서를 제출하여야 하도록 정하여 조특법에서는 정하고 있지 않은 감면요건을 시행령이 별도의 위임 근거 없이 정하고 있고, 청구법인의 경우 조특법 제68조 제1항이 정하는 감면의 요건을 모두 충족하였음에도 불구하고 동법 시행령 제65조 제5항에 따른 농어업경영체 등록을 하지 않아 등록확인서를 제출하지 않았다는 이유만으로 감면 요건을 충족하지 못하였다고 하여 감면을 배제하였으므로 이는 부당하다. 구상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”’이라 함)에서는 특정법인과의 거래를 통하여 최대주주 등이 ‘이익을 얻은 경우’에 한하여 증여이익 및 증여세 납부의무가 성립한다고 정하면서 이익의 계산 방법만을 시행령에 위임하고 있었고, 시행령에서는 특정법인이 얻은 이익이 바로 주주 등이 얻은 이익이 된다고 하여 실제로 이익을 얻지 않은 경우에도 증여재산가액이 계산되도록 규정한 입법례가 있었는데, 이에 대하여 대법원은 시행령의 규정은 모법의 규정취지에 반할 뿐 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 판단(대법원 2009.3.19. 선고 2006두19693 전원합의체 판결)한 바 있다. 이 건에 있어서도 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법으로부터 법인세 감면 신청절차만을 위임받고 있음에도 불구하고 감면을 받기 위해서는 농어업경영체 등록을 하고 등록확인서를 제출하도록 하는 요건을 창설하여 규정하였으므로, 이는 모법의 규정취지에 반할 뿐 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 무효에 해당한다. (라) 조특법 시행령에서 신청 절차를 정하는 다른 규정들은 감면 요건을 창설하고 있지 않다는 점에서, 법령의 체계적 해석상으로도 조특법 시행령 제65조 제5항은 부당하다. 조특법에는 이건 관련 법령 외에도 법에서 규정하는 감면 혜택을 받기 위한 신청절차 등을 시행령에서 정할 수 있도록 하는 위임 규정이 있는바, 예컨대 조특법 제16조의2 내지 제16조의3에서는 벤처기업의 임원 또는 종업원이 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권에 기한 이익에 대한 비과세 또는 납부에 대한 특례를 적용받기 위한 신청절차와 그 밖의 필요한 사항에 대해서 대통령령에 위임하고 있고, 동법 시행령 제14조의3 제2항에서는 법에서 정한 특례의 적용을 받기 위해서는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 특례적용신청서를 원천징수의무자에게 제출해야 한다고 규정하고 있으며, 특례적용신청서는 원천징수의무자에 대한 간단한 인적사항과 특례의 적용을 받을 주식매수선택권 행사이익이 발생한 날짜 정도만을 간단하게 요구하고 있다. 이와 같이 이 건 관련 법령을 제외하고 조특법 시행령에서 감면 신청 절차를 정한 규정에서 요구하고 있는 서류들은 납세자가 감면을 신청한다는 의사를 확인하거나 법에서 정한 감면 요건을 충족하였는지 여부를 확인할 수 있는 정도의 정보를 기재하는 것에 한정되는 것이고, 법에서 전혀 감면 요건으로 정하고 있지 않은 것을 새로 기재하거나 제출하도록 하는 규정은 없다. 농업회사법인의 감면신청 절차를 정한 조특법 시행령 제65조도 2014.2.21. 개정되기 전에는 동 시행령의 다른 절차 규정들과 마찬가지로 감면신청서와 면제세액계산서의 제출만을 규정하고 있었으나, 2014.2.21. 동 시행령이 개정되면서 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출해야만 하는 것으로 변경되면서 결국 납세자는 농업경영체 등록확인서를 발급을 받기 위해서 농어업경영체법에 따른 농업경영체로 등록을 하여야 하는 등 납세자가 감면 혜택을 받기 위해서는 법에 규정되지 아니한 추가적인 의무를 이행해야 하는 결과를 초래하게 되었는바, 이처럼 조특법을 체계적으로 해석하여 보더라도 유사한 위임을 받은 타 규정과 달리 신청절차를 넘어 감면 요건을 창설하고 있는 조특법 시행령 제65조 제5항은 부당하다 할 것이다. (마) 결국, 조특법 시행령 제65조 제5항의 의의와 연혁, 농어업경영체법에 따른 농어업경영정보 등록은 농업회사법인의 설립 요건 또는 조특법상 감면 요건과는 전혀 관계가 없는 새로운 의무라는 점, 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법으로부터 신청 절차만을 위임받았음에도 불구하고 ‘농어업경영체 등록 및 등록확인서 제출’이라는 새로운 요건을 창설하고 있다는 점에서 위임 범위를 벗어나 무효라는 점, 조특법 시행령상 다른 신청 절차 규정은 감면 요건을 창설하고 있지 않다는 점에서 체계적 해석상으로도 조특법 시행령 제65조 제5항은 부당하다는 점 등을 종합하면, 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효이고, 위 규정에 근거하여 이루어진 이 건 부과처분은 모두 위법하다 할 것이다.
(2) 만약 견해를 달리하여 조특법 시행령 제65조 제5항이 무효가 아니라고 보더라도, 이 건 각 부과처분 중 가산세 부분은 청구법인이 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 취소되어야 한다. (가) 구국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16079호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항은 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”고 정하고 있고, 대법원은 위 ‘정당한 사유’의 판단기준에 대하여, “가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다.”고 판시(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2017.7.11. 선고 2017두36885 판결)한 바 있다. (나) 이 건의 경우 앞에 언급한 바와 같이 조특법 시행령 제65조 제5항은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 해석할 가능성이 매우 높고, 이에 대하여는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 가능성이 충분히 있었으며, 그 방증으로 이 건 청구법인 뿐 아니라 많은 농어업경영체들이 이 건과 같은 이유로 면제 요건을 충족하지 못하였다고 판단되어 과세처분을 받고 현재 불복을 진행하였거나 진행중에 있다. 대법원도 세법해석상 견해대립이 타당한 경우에는 정당한 사유를 인정하여 왔는데, 대법원 92누2936 판결(1992.10.23.)에서는 본래 광범하고 항상 변동하는 경제적 현상과 거래를 그 규제대상으로 하고 있는 세법은 기술적이어서 그 해석이 극히 어렵다 할 것이고, 특히 손익의 귀속시기에 대하여는 그러하다 할 것이어서 이에 대하여는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 수 있다 할 것이고 이 경우 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다는 점 등을 종합하여 원고가 결과적으로 그 의무이행을 해태하였다 하더라도 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보았는바, 이 건에서도 조특법 시행령 제65조 제5항의 해석은 위임 범위가 명확치 않은 듯 해석이 어렵고, 충분히 해석상 견해의 대립이 생길 수 있으며, 더욱이 청구법인은 농업회사법인으로서 조특법이 법인세 감면 혜택을 부여하겠다고 정한 식량작물재배업 등 농업을 영위하면서 법인세 감면을 받아 왔고, 2014년 조특법 시행령 개정을 통해 2015년부터는 감면 요건으로서 농어엽경영체 등록이 필요했다는 점이 세법 해석상 명확했다면 굳이 그러한 감면 요건을 갖추지 않을 이유가 없었다. 따라서, 원고가 2015년과 2016년 법인세 신고 및 감면신청 당시에 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 것에는 납세자인 청구법인에게 그 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있고, 만약 납세자와 견해를 달리하여 조특법 시행령 제65조 제5항이 무효가 아니라고 보더라도국세기본법제48조 제1항에 따라 이 건 각 부과처분 중 가산세 부분은 취소되어야 하는 것이다.
(1) 대법원에서는 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 등 참조)하였다. 조특법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항에서는 2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대하여 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였고, 같은 조 제5항에서는 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다고 규정하였으며, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 조특법 시행령 제65조 제5항에서는 조특법 제68조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 농업회사법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하였는바, 따라서 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면을 적용하기 위한 요건으로 농업경영체 등록이 없어 확인서를 제출하지 못하는 법인에 대하여는 법인세 감면을 적용할 수 없다. 청구법인은 조특법 시행령 제65조 제5항이 모법의 위임범위를 벗어나 무효라고 주장하나, OOO지방법원 2018구합73097 판결에서는 영농조합법인이 법인세를 면제받기 위해 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정한 조특법 시행령 제63조 제7항이 조특법 제66조 제8항의 위임에 따른 것으로 위임의 한계를 벗어나지 않으며 적법하다고 판결한 바도 있다.
(2) 대법원에서는 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 판시(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 등 참조)하였는바, 청구법인은 조특법 시행령 제65조 제5항이 위임범위가 명확치 않아 해석이 어렵고 해석상 견해의 대립이 생길 수 있어 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 동 시행령에 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명시되어 있고, 당시 보도, 국세청 홈페이지 법인세 신고 안내에서도 반드시 제출하도록 안내하고 있음을 볼 때, 이는 청구법인의 법률의 부지나 착오로 보아야 하므로 이는 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어려워 청구주장을 받아들이기 어렵다.
① 농업회사법인의 농업경영체 등록확인서 제출 등을 규정한 조특법 시행령 제65조 제5항이 모법의 위임을 벗어난 무효의 규정이므로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다.
⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 법률 제25211호로 개정된 것) 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】
⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. 농업인이란 농업.농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다.
3. 농업경영체란 농업인과 농업법인을 말한다. 제4조【농어업경영정보의 등록】농어업.농어촌에 관련된 융자.보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 농어업경영정보라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지, 축사, 원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자, 보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】
① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.
(1) 심판청구 이유서 및 법인 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2014.1.3. 농어업경영체법에 따라 농산물의 공동출하 생산, 제조, 유통, 가공판매, 수출입업 등을 사업목적으로 하고, 자본금을 OOO원으로 하여 성립된 것으로 나타난다.
(2) 청구법인의 2015〜2016사업연도분 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 의하면, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득에 대하여 각 사업연도별로 OOO의 세액감면을 신청한 것으로 나타나고, 농업경영체 등록일(2017.9.19.)이 속하는 2017사업연도에는 OOO의 세액감면을 신청한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인은 조특법 시행령 제65조 제5항에서 법 제68조 제5항의 위임에 따라 법에서 정한 감면 요건을 모두 갖추어 감면을 신청하려는 농업회사법인은 시행규칙에서 정한 서식에 따른 세액감면신청서 및 면제세액계산서 등을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다는 절차적 사항을 정하고 있었는데, 동 시행령 조항이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하였고, 농업회사법인이 농어업경영체 등록확인서를 제출하기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농어업경영정보 등록을 하여야 하는데, 이는 농업회사법인의 설립 요건 또는 조특법상 감면 요건과 전혀 관계가 없는 새로운 의무에 해당한다고 주장하며, 아래 <표1>의 시행령 개정 관련 내역을 제시하였다. OOO 또한, 조특법은 감면 특례를 적용받기 위해서 필요한 서류를 각 시행령에서 규정할 수 있도록 위임하고 있는데, 이때 신청서 등은 특례적용에 필요한 형식적인 내용을 요구할 뿐이고, 감면 요건을 창설하고 있지 않으므로 법령의 체계적 해석상으로도 조특법 시행령 제65조 제5항은 부당하다고 주장하며, 그 증빙으로 아래 <표2>의 관련 법령 규정 사례표를 제시하였다. OOO
(4) 농업경영체등록관리시스템 정보열람자료에 의하면, 청구법인은 2017.9.19. 최초 농업경영체로 등록하였고, 경영체 등록번호는 OOO인 것으로 나타난다.
(5) 국세청 홈페이지에 게시된 2015년 법인세 신고시 유의할 사항 안내 자료에 의하면, 고소득 농업회사법인의 작물재배업 관련 소득 등에 대하여 2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도분에 대한 법인세 신고시 면제신청에 있어 농어업경영체 등록확인서를 함께 제출하도록 한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임). (나) 조특법 제68조 제1항에서는 농어업경영체법에 따른 농업회사법인의 2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지의 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제65조 제5항에서 농업회사법인은 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 및 면제세액계산서와 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하고 있는바, 이 건에 있어 청구법인은 처분청이 조특법 시행령 제65조 제5항에 규정하는 농어업경영체 등록확인서 제출 규정을 감면요건 규정으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 위 조특법 시행령에서 농업경영체 등록확인서 제출을 농업회사법인의 세액 감면요건으로 명확하게 규정하고 있고, 이는 법 제68조 제5항의 위임에 따른 규정으로 보이는 점, 농어업경영체법 제4조 제1항 에서는 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 농어업경영정보를 등록하여야 한다고 규정하고 있는데, 농어업경영체 등록이 융자ㆍ보조금의 지원 등을 위한 것일 뿐 아니라, 이에 대한 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 동시에 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 달리 감면요건을 충족하는 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것으로 그 자체로 감면요건에 해당한다고 보이는 점, 실제로 청구법인이 2017.9.19. 농어업경영체로 등록을 하였고, 이 건 법인세 부과처분은 그 전 사업연도분을 대상으로 하고 있는 점 등에 비추어 조특법 시행령 제65조 제5항 규정이 모법의 위임범위를 벗어나 위법이라거나 새로운 감면요건을 창설하고 있어 무효라는 청구주장은 타당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에 대한 영농조합법인 법인세 감면 적용을 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에서 규정한 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반하는 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 다만 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 당해 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 불가피한 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수가 없다 할 것이다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결). (나) 청구법인은 조특법 시행령 제65조 제5항이 위임범위가 명확하지 않아 해석이 어렵고, 해석상 견해의 대립이 생길수 있어 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 동 시행령에 농업회사법인에 대한 법인세의 면제를 받으려는 농업회사법인은 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명시되어 있고, 국세청 홈페이지의 2015년도 법인세 신고 안내 자료에서도 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 안내한 바 있으므로 여기에 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기는 어려워 이 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”