청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않으므로 이 건 처분은 잘못이 없음
청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않으므로 이 건 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다
(1) 장기임대주택을 보유하는 경우 조세특례제한법제97조 제2항에 의하여 1995.1.1. 이후 시행된 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 보유주택으로 보지 아니하는 것이고, 청구인의 경우 쟁점임대주택을 주택의 수로 보지 아니하는 경우 일시적 1세대2주택에 해당하므로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득을 계산할 때는 장기보유특별공제를 하여야 하며, 양도소득에 대하여 증과세율이 아닌 일반세율을 적용하는 것이 타당하므로 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다. (가) 모든 국민은 거주ㆍ이전의 자유를 가지고(헌법 제14조), 국가도 거주ㆍ이전에 따라 세금이 부담되지 않도록 노력하고 있으며, 1주택을 소유한 자가 그 주택(종전 주택)을 양도하는 때에 대체로 새로운 주택(대체 주택)을 취득하는 경우가 대부분인데, 이 경우 종전 주택의 양도와 대체 주택의 취득에는 ① 대체 주택을 먼저 취득한 후 종전 주택을 나중에 양도하는 경우(일시적 1세대2주택)와 ② 종전 주택을 먼저 양도한 후 대체 주택을 나중에 취득하는 경우(1세대1주택)가 있다. ①의 방법이든 ②의 방법이든 소득세법의 제한 규정(보유기간, 처분기한)을 반하지 않으면 비과세(고가주택은 OOO원)를 하고 있다. 이는 국민(납세자)이 거주 이전의 자유를 가지고 행복을 추구하며 평화롭게 살 수 있는 권리를 보장하기 위함이다. 처분청과 같이 ①의 경우를 과세한다면 이는 ①과 ②를 차별하게 되어 부당하게 헌법상 보장된 평등권, 거주이전의 자유, 재산권 보장 등의 기본권을 어떠한 합리적인 이유도 없이 부당하게 침해하는 것이다. (나) 한편 소득세법에서는 1세대1주택의 비과세 규정을 적용하는 경우 고가주택에 대하여는소득세법제89조 제1항 제3호 및 제95조 제1항, 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제160조의 규정에 따라 양도가액 중 OOO원 상당액에 대하여는 비과세하고 그 나머지 금액에 대하여는 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있고, 해당 규정은 1995.1.1. 시행된 이후 한 번도 개정된 바 없다. 또한, 조세특례제한법은 장기임대주택에 대하여 많은 조세특례를 규정하고 있는데, 이는 장기임대주택의 활성화를 기하고, 공급 과잉된 미분양 주택(주로 아파트)에 대한 주택수요를 창출함으로써, 서민들의 주거안정에도 기여하려는 정책 목적이 있다고 본다. 실질적인 이유로서 장기임대주택에 대한 혜택은 자금의 여유가 있는 계층이 주로 소형의 주택을 취득하여 낮은 월세, 전세 등으로 서민에게 임대하게 함으로써, 여유자에게는 투자처를 제공하고, 저소득자에게는 안정적인 전월세를 누릴 수 있으며, 만성적인 공급과잉으로 인한 주택건설업자에 대한 미분양 주택을 해소하도록 하는 1석2조가 아닌 1석3조의 효과를 거두기 위한 정책적인 세법 규정이라고 판단된다. (다) 청구인은 쟁점주택을 2003.6.28. 취득하여 15년 이상 보유하다가 2018.8.9. 양도하였고, 쟁점임대주택은 2013.7.31. 취득하여 의무임대기간 5년이 경과한 2019.1.18. 양도하였다. 쟁점임대주택을 제외하는 경우 일시적 1세대2주택으로 비과세 요건을 충족하고 있었고, 조세특례제한법제97조 제2항에 의하면, 장기임대주택을 보유하는 경우 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 현재까지의 장기임대주택을 소유주택으로 보지 아니하고 일시적 1세대2주택 규정을 적용하는 것이라는 취지의 국세청의 예규, 조세심판원의 결정 사례, 대법원 판례 등이 다수 생산된 바 있고, 대법원은 이 건과 같이 장기임대주택을 보유한 1세대가 대체주택을 취득하여 3주택에 해당하는 상황에서 일반주택을 양도한 사안에서 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다고 판결(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)한 바 있다. (라) 조세심판원의 선결정례(조심 2020서421, 2020.6.25. 등)는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호 및 제10호에서 장기임대주택과 일반주택을 1세대 3주택으로 보지 않는다고 법문상 명확히 규정하고 있음을 간과한 결정이다.
(2) 청구인은 2018.8.9. 쟁점주택을 양도한 바, 양도 당시에 장기임대주택 보유시 주택의 수에 포함하지 않는 국세청 등의 언동에 따른 비과세 관행에 의하여 양도소득세를 신고하였음에도 처분청은 쟁점주택이 양도된 후인 2019.11.1.이 되어서야 새로운 해석으로 청구인의 신고를 인정하지 아니하고, 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 20% 할증과세한 것은 법적 안정성, 신의칙 및 국세기본법상 불소급원칙에도 위반되는 위법ㆍ부당한 처분이다. 과세관청과 납세자에게 일반적으로 비과세 관행이 받아들여진 이후에 새로운 해석으로 과세하려는 경우에는 새로운 해석 이전이 이루어진 양도에 대하여는 적용될 수 없다. 국세청 예규와 조세심판원 결정례, 대법원 판례 등에서 모두 장기임대주택을 보유하는 경우 일시적 1세대2주택(장기임대주택 포함 일시적 1세대3주택) 비과세 규정을 적용하는 것이 옳다고 계속적으로 해석, 결정, 판시하여 왔다. 국세청은 단 한 번의 예규(사전법령해석재산-368, 2019.11.1.)에서만 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 중과세율을 적용하는 것으로 해석하였으나, 그 이전은 물론 그 이후 예규(사전법령해석재산 2019-694, 2019.12.18.)에서 조차도 일시적 1세대2주택 비과세 규정이 적용 가능하다고 회신한 바 있다(금반언의 원칙). 조세심판원의 결정문에서도 장기임대주택은 주택의 수에 포함되지 않는다고 설시한 바 있고, 대법원 판례에서도 장기임대주택을 제외하고 일시적 1세대2주택은 투기목적이 없다고 보아 중과세하는 것은 부당하다고 판시한 바 있다. 결론적으로 장기임대주택을 포함하여 일시적 1세대3주택의 비과세 규정은 오랜 기간 동안 납세자 및 과세관청에서 관행으로 여겨져 온 것이다. 국세청이 오랜 기간 동안의 기존의 해석을 뒤집어서 중과세율 적용과 장기보유특별공제를 배제한다고 해석하는 것은민법상 신의칙에도 위반된 것이고,국세기본법제18조 제3항에서 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는바, 과세관청과 납세자 사이에서 형성된 오랜 기간 동안의 비과세 관행을 뒤집어 과세를 하려는 것은 소급과세에 해당하는 것이므로 새로운 해석은 해석이 실행되기 이전의 양도에 대하여는 종전의 해석 관행에 따르는 것이 법적 안정성 및 신의칙, 세법 해석의 소급과세 금지원칙에도 합당하다. 설령, 처분청이 종전의 해석을 뒤집은 새로운 해석으로 과세하려는 경우에는 새로운 해석 이전에 양도된 것은 종전의 해석에 따르는 것이 타당하다.
(3) 청구인은 양도 당시까지도 적용ㆍ통용되는 국세청의 세법해석에 따라 양도소득세를 신고한 것이므로 청구인의 신고에 대한 경정처분시 가산세까지 가산하여 결정고지한 이 건 양도소득세 과세처분은 위법ㆍ부당한 처분이므로 가산세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원)을 취소하여야 한다. 상술한 바와 같이 장기임대주택을 보유한 때에 장기임대주택을 포함하여 1세대3주택으로서 장기임대주택을 제외하고 일시적 1세대2주택인 경우 종전 주택(쟁점주택)의 양도에 대하여는 일관되게 비과세(고가주택은 OOO원) 대상에 해당하는 것으로 해석하여 왔다. 장기임대주택을 보유하는 때에 종전 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제를 배제한다거나, 양도소득금액에 대한 중과세율을 적용하는 것이 타당하다는 취지의 결정례나 판결 등이 잘 검색되지 않는 것으로 보아 더욱더 비과세 관행이 정착되어 있었다고 볼 수 있다. 한편,국세기본법제48조의 제1항 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호에서 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의․회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 청구인은 상술한 바와 같이 장기임대주택을 포함하여 3주택인 경우 일시적 1세대2주택의 비과세 해석이 쟁점주택 양도 당시까지 계속되어 왔고, 이는 청구인에게 책임을 돌릴 수 없는 것으로, 국세기본법상 가산세가 부과되지 않는 납세의무 이행에 정당한 사유에 해당하므로 청구인에게 가산세까지 부과하는 것은 위법·부당한 처분이다.
(1) 쟁점주택은 고가주택으로서 소득세법 시행령제167조의3에서 규정하는 양도 당시 3주택에 해당하여 전체양도차익 중 OOO원 초과분에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(기본세율+20%)를 적용한 이 건 부과처분은 적법하다. (가) 소득세법제89조 제1항 제3호에서는 ① 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 또는 ② 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택의 양도로 발생하는 소득을 비과세 양도소득으로 규정하면서, ‘양도당시의 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 고가주택’은 비과세 양도소득에서 제외하도록 규정하였다. 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 경우에는 같은 법 시행령 제160조에 따라 전체 양도차익 중 양도가액에서 OOO원을 초과하는 양도차익만을 계산하도록 되어 있는바, 쟁점주택이 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하므로 처분청은 전체 양도차익 OOO원 중 양도가액 OOO원 초과분인 양도차익 OOO원에 대해 이 건 양도소득세를 계산하였다. (나) 그러나 청구인은 조정대상지역에 소재한 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점임대주택과 쟁점대체주택을 보유하고 있어 소득세법 시행령제167조의3에서 규정하는 양도 당시 3주택에 해당하므로, 처분청은 소득세법 시행령제95조【양도소득금액】제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조【양도소득세의 세율】제7항 제3호에 따라 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 것이다. (다) 이와 사실관계가 유사한 조세심판결정(조심 2020서489, 2020.3.24. 외 다수)에서도, “소득세법령상 1세대1주택 비과세규정과 다주택자에 대한 중과세규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점, 소득세법제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면, 취득 당시 기준으로 일시적으로 3주택에 해당한다는 등의 사유로 위 규정의 적용을 배제하라는 명문규정이 없는 점, 1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제되는 주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려우며, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 조정대상지역 내 3주택자의 양도로서 중과세율을 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다”고 결정한바 있다. (라) 또한 유권해석에 의하면, 거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 신규주택을 보유하다 장기임대주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우, 거주주택과 장기임대주택이 소득세법 시행령제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득, 신규주택 취득일로부터 3년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하며, 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것이고, 이 때 적용할 세율은 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율에 100분의20을 더한 세율을 적용하고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니하는 것이다(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1.).
(2) 청구인은 이 건 부과처분이국세기본법제18조에서 규정하는 소급과세 금지의 원칙이나 비과세관행에 위배된다고 주장하나, 국세기본법제18조는 “국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해 그 성립 후 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 조정대상지역의 다주택 중과제도 관련 법령은 2017.12.19. 신설되고 2018.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로, 쟁점주택의 양도는 2018.8.9.로써 조정대상지역 다주택 중과제도 시행 이후 양도에 해당하므로 이 건 부과처분은 소급과세 금지의 원칙에 위배되지 아니함이 명백하다. 또한, 국세기본법제18조에서 규정하는 비과세관행에 관하여 대법원은 비과세관행은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결, 대법원 2006.6.29. 선고 2005두2858 판결 등 참조). 또한 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 등 참조)고 판시한 바 있다. 이 건 부과처분은 조정대상지역에 소재한 고가주택인 쟁점주택이 양도 당시 소득세법 시행령제167조의3에서 규정하는 양도 당시 3주택에 해당하여 전체양도차익 중 OOO원 초과분에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(기본세율+20%)을 적용한 것이고, 이와 관련한 조정대상지역의 다주택 중과 관련 법령은 2017.12.19. 신설되고 2018.4.1. 이후 양도분부터 적용하는 것으로, 해당 법령 시행 이후 조정대상지역 고가주택 양도자 중 다주택자에 대해 양도가액 OOO원 초과분에 해당하는 양도차익에 관하여 장기보유특별공제를 적용한다거나, 기본세율을 적용하는 것으로 해석된 사례도 없고, 그러한 국세행정의 관행이 이루어진 사실도 없다.
(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것으로(대법원 1995.11.7. 선고 95누92 판결 등 참조), 앞선 사실관계를 대법원 판례에 비추어 볼 때, 청구인이 이 건 부과처분과 관련하여국세기본법제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나, 납세자의 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려우므로 청구주장은 이유 없다.
① 쟁점주택 양도 당시 장기임대주택 및 대체주택 등 3주택을 보유한 청구인에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부
② 비과세 관행에도 불구하고 새로운 해석에 따라 과세한 것으로 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
③ 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.
⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.
③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
1. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것
2. 5년 이상 임대하는 것일 것
3. 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것
4. 수도권 밖의 지역에 소재할 것
5. 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}
3. 조세특례제한법 제97조·제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)
4. 종업원(사용자의 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 "의무무상기간"이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 "장기사원용주택"이라 한다)
5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택
6. 제155조 제6항 제1호에 해당하는 문화재주택
7. 제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 8의2. 1세대의 구성원이 영유아보육법 제13조 1항 에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)
(3) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (4) 국세기본법 시행령 제10조(세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법) ① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다. 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우
② 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.
1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액
2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)
③ 제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.
④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다.
(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점주택의 양도 당시 청구인은 위 OOO과 같이 쟁점주택을 포함한 총 3개의 주택을 보유하고 있었다. (나) 청구인은 2013.5.13. 쟁점임대주택에 관하여 OOO에게 구임대주택법제6조에 따른 임대사업자등록을 하였고, 2013.6.1.을 개업일로 하여 처분청에 사업자등록을 하였다. (다) 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인이 당초 신고한 내역과 처분청이 경정ㆍ고지한 내역을 비교하면 아래 OOO와 같다. OOO (라) 쟁점주택의 양도 당시 OOO 25개구 전역이 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)으로 지정되어 있었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고, 양도소득세율을 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 ‘1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 각 들고 있다. 청구인은 쟁점주택을 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인 및 배우자는 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택 1채 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이다. 또한 청구인은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 OOO원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, OOO 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다고 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제및 중과세율을 정하고 있는 규정(소득세법 제95조
• 제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는다고 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 비과세 관행에도 불구하고 새로운 해석에 따라 과세한 것으로 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 국세기본법제18조에서 규정하는 비과세관행은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있는 것인 점(대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결, 대법원 2006.6.29. 선고 2005두2858 판결 등 참조), 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는 점(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 등 참조), 이 건 부과처분은 조정대상지역에 소재한 고가주택인 쟁점주택이 양도 당시 소득세법 시행령제167조의3에서 규정하는 양도 당시 3주택에 해당하여 전체양도차익 중 OOO원 초과분에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(기본세율+20%)를 적용한 처분이고, 조정대상지역의 다주택 중과 관련 법령이 신설된 2017.12.19. 이후 조정대상지역 고가주택 양도자 중 다주택자에 대해 양도가액 OOO 초과분에 해당하는 양도차익에 관하여 장기보유특별공제를 적용한다거나, 기본세율을 적용하는 것으로 해석된 사례가 없고, 유사 사안에 대한 대법원 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결) 상 문제가 된 과세연도가 2009년인 점에 비추어 그러한 국세행정의 관행이 있었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것으로(대법원 1995.11.7. 선고 95누92 판결 등 참조), 청구인이 이 건 부과처분과 관련하여국세기본법제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나, 납세자의 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려운 점, 청구인이 제시한 쟁점주택 양도 이전 유권해석은 모두 쟁점주택이 1세대1주택 비과세 대상에 해당한다는 취지의 해석일 뿐, 장기보유특별공제 적용 및 중과세율 적용 여부에 대한 해석이 아니므로 국세기본법 시행령제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”