2015사업연도에 대한 조사관서의 경정은 추후 쟁점토지의 양도 등이 있는 때에 그 금액을 손금산입하라는 취지일 뿐, 위 경정으로 인하여 그 손익의 귀속시기가 변동되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
2015사업연도에 대한 조사관서의 경정은 추후 쟁점토지의 양도 등이 있는 때에 그 금액을 손금산입하라는 취지일 뿐, 위 경정으로 인하여 그 손익의 귀속시기가 변동되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유가 있는 경우, ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)’에 경정을 청구하여야 하는데, 청구법인은 2019년 7월에 조사관서의 세무조사시 2015사업연도에 쟁점토지 관련 자산을 잡손실로 처리하여 감액한 사실이 있음을 시인하는 확인서를 작성해 제출한 사실이 있고, 청구법인은 2019.9.10. 조사관서로부터 2015사업연도 법인세 경정에 대한 ‘세무조사결과통지서’를 수취하였으며, 청구법인은 2015년에 대한 회계감사시에도 외부감사인으로부터 쟁점금액에 대한 자산성이 없는 것을 통지 받아 쟁점금액은 2002∼2014사업연도의 손금에 해당함을 알았음에도 2020.1.6.에 이르러 이 건 경정청구를 제기하여 그 경정청구기한을 경과하였다. 또한 후발적 경정청구 사유인 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’와 관련하여, 이에 손익 귀속시기란 공사진행율 등 신고조정사항을 말하는 것(기획재정부 조세법령운용과-1312, 2017.12.4.)이고 손익귀속시기를 임의 변경한 것에 대하여 과세관청이 경정하는 것은 후발적 경정청구 대상이 아니라고 본 예규(국세청 서면-2015-법령해석기본-22259, 2015.12.16.)에 비추어, 청구법인은 당초 2002∼2013사업연도에 손금산입하였어야 할 쟁점금액을 청구법인의 실수로 자산으로 회계처리한 것이므로 이는 후발적 경정청구 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.
(2) 청구법인은 유예기간 중 지출된 쟁점①금액과 유예기간 경과 후 지출되었으나 이미 손금불산입하였던 쟁점②금액을 2015사업연도에 잡손실로 회계처리한 것을 조사관서의 세무조사를 거쳐 처분청이 손금불산입한 것에 대하여 ‘당초 쟁점재산세등의 발생시점인 2002∼2013사업연도의 손금임에도 2015사업연도에 일시에 손금계상한 것으로 기간귀속 오류로 보아 손금불산입한 것’이라 주장하나, 조사관서는 청구법인이 쟁점재산세등과 관련한 증빙서류를 보관하지 않아 쟁점재산세등을 실제 지출한 사실을 전표 등 객관적 자료에 의해 입증하지 못하여 손금불산입(유보)한 것이고 청구법인은 경정청구 이후에도 관련 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 이는 쟁점토지의 처분시 손금산입할 사항에 불과하다 할 것이다.
(2) 청구법인이 보유한 비업무용 부동산과 관련하여, 유예기간 중 부과된 재산세 등인 쟁점①금액을 자산으로 처리하였으므로 이를 그 지출 당시 손금으로 인정하여야 하고, 유예기간 이후 부과된 재산세 등인 쟁점②금액을 자산으로 처리하였으나 착오로 손금불산입 세무조정하였으므로 이를 다시 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인은 쟁점토지와 관련한 쟁점지방세등에 대하여 이를 모두 자산(미완성공사)으로 회계처리하였는데, 이 중 유예기간 후에 지출된 OOO에 대하여는 그 법인세 신고시 비용으로 계상하지 않았음에도 ‘업무무관비용’으로 손금불산입(기타사외유출)로 세무조정한 바, 그 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 당초 쟁점지방세등의 회계처리 및 세무조정 청구법인은 2015사업연도와 관련한 결산시 위 OOO이 자산이 아닌 비용에 해당한다는 외부감사인의 의견에 따라 이를 모두 잡손실로 계상하였으나 2015사업연도 법인세 신고시 이에 대한 세무조정은 하지 아니하였다.
(2) 조사관서는 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 잡손실로 계상한 금액 중 2002∼2013사업연도와 관련한 OOO을 손금불산입하여야 한다고 통보하여 처분청은 2019.10.11. 2015사업연도 법인세를 경정·고지처분하였다. (3) 청구법인은 위 처분청의 손금불산입 및 경정처분과 관련하여 ‘기간귀속 차이’에 따른 것으로, 당초 쟁점지방세등의 잡손실 처리와 관련한 청구법인의 내부 품의서를 제출한 바, 위 품의서에는 아래 <표2>․<표3>과 같이 쟁점①토지와 관련하여 ‘2002∼2014년 보유세, 수목관리용역 및 부지 타당성 검토용역’과 관련한 약 OOO에 대하여 비용처리하는 것으로, 쟁점②토지와 관련하여 ‘2009∼2014년 재산세 및 종합부동산세’ 약 OOO에 대하여 당초 ‘미완성공사비(건설 재고자산)에서 전사 판관비(세금과 공과)로 정리 ‘사업진행 불가로 당기비용으로 처리’하는 것으로 기재되어 있다. <표2> 쟁점①토지의 손실처리와 관련한 내부품의서 <표3> 쟁점②토지의 손실처리와 관련한 내부품의서 조사관서의 조사당시 소액 비용처리에 대한 증빙자료들은 보관기간 경과로 모두 폐기하여 납세증명서 등을 통해 확인되는 쟁점재산세등 지출내역을 제외하고 실물 증빙이 남아 있지 아니한 용역비 등에 대해서만 증빙 미제출에 관한 확인서를 요청하여 청구법인은 2019.7.10. 아래 <표4>와 같이 작성·제출한 것이라는 주장으로 이와 함께 쟁점①금액과 관련한 전자세금계산서 및 쟁점토지에 대한 ‘지방세 세목별 과세증명서’ 등을 제출하였다. <표4> 청구법인의 쟁점①토지 관련 용역비 증빙 미제출 사유서 처분청은 당초 손금불산입 및 경정처분은 청구법인이 쟁점재산세등과 관련한 증빙서류를 보관하지 않아 그 실제 지출한 사실을 전표 등 객관적 자료에 의해 입증하지 못하여 손금불산입된 것이라는 의견으로, 청구법인이 세무조사 중인 2019년 7월 쟁점지방세등의 잡손실 처리와 관련한 확인서를 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 청구법인이 세무조사시 작성한 확인서 (4) 청구법인이 제기한 경정청구 중 쟁점①금액은 유예기간 내 지출된 쟁점지방세등에 대한 것이고, 쟁점②금액은 유예기간 후 지출된 것 중 청구법인이 이미 손금불산입하였던 것으로 아래 <표6>와 같고, 사업연도별 내역은 아래 <표7>와 같은바, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 2020.3.9. 이를 거부하였는데, 그 처리사유에는 ‘청구이유없어 기각결정’으로 기재되어 있다. <표6> 청구법인의 경정청구 제기내용 <표7> 청구법인의 사업연도별 경정청구 내용
(5) 이 건 경정청구가 국세기본법상 후발적 경정청구 요건을 충족할 경우, 그 제기기한인 ‘ 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내’ 여부를 충족하는지 여부와 관련하여 청구법인은 당초 법인세 경정처분을 받은 날인 2019.10.11.로부터 산정하면 경정청구일인 2020.1.6.은 3개월 이내에 해당한다는 주장이고, 처분청은 청구법인이 조사관서에 쟁점재산세등의 잡손실 처리와 관련하여 작성한 확인서를 제출한 2019년 7월, 청구법인이 2015사업연도 법인세에 대한 세무조사결과통지서를 수취한 2019.9.10. 및 외부감사인으로부터 2015사업연도 회계감사시 쟁점재산세등의 자산성 여부에 대하여 의견을 받은 것을 고려하면 이 건 경정청구시 3개월을 경과하였다는 의견이다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법제45조의2 제2항 제4호에 따른 ‘후발적 경정청구’란 ‘국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자가 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 ‘그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구’할 수 있는 것인바, 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 경정청구 기산일이 되는 ‘그 사유가 발생한 것을 안 날’이란 납세자가 결정 또는 경정을 처분청으로부터 명시적으로 통지받은 납세고지서를 수령하는 때라 할 것이지, 이러한 납세고지서의 수령에 이르기 전에 세무조사결과통지서 등을 통해 과세관청으로부터 경정청구 등의 사유가 발생할 수 있음을 예정할 수 있었다고 하여 이때를 ‘사유가 발생한 것을 안 날’로 보기는 어려우므로 청구법인의 경정청구는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월을 경과하기 전에 이루어진 것이라 할 것이다. 이어서 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①금액에 대하여 그 발생한 때가 속하는 사업연도에 손금에 산입하지 아니하고 자산으로 회계처리하였다가 2015사업연도에 이르러 잡손실로 회계처리하였고, 쟁점②금액 역시 그 발생한 때가 속하는 사업연도에 손금에 산입하지 아니하고 자산으로 회계처리하였음에도 이를 손금불산입하는 세무조정을 하였다가 2015사업연도에 이르러 잡손실로 회계처리하여 손금으로 계상한 바, 이에 대하여 조사관서의 세무조사를 거쳐 처분청이 당초 자산으로 처리하였다가 잡손실로 비용처리한 쟁점금액을 손금불산입(유보)하여 경정하였다고 하나, 이는 추후 쟁점토지의 양도 등이 있는 때에 손금산입되어야 한다는 취지일 뿐 이러한 경정을 통해 ‘2002∼2013사업연도에 대하여 청구법인이 최초에 신고한 법인세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 되었다’고 보기 어렵고, 더욱이 쟁점②금액의 경우, 청구법인은 처분청이 이를 손금불산입한 경정을 통하여 잘못 세무조정하였다는 사실을 인식하게 되었을 뿐 위 경정으로 인하여 그 손익의 귀속시기가 변동된 것이라고 보기 어려운 측면에 비추어 처분청이 이 건 경정청구가 국세기본법상 후발적 경정청구 대상에 해당하지 않은 것으로 보아 이를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
(2) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 (3) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ①법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)
⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.
1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산: 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간
결정 내용은 붙임과 같습니다.