1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유)을 충족하지 아니한 것으로 보아 경저청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.1.9. 주택재건축사업 관리처분계획인가를 받은OOO(이하 “종전주택”이라고 한다)의 조합원입주권을 2010.4.2. OOO백만원에 취득하였고, 종전주택 재건축을 통해 OOO(이하 “쟁점주택”이라고 한다)를 2016.12.9. 소유권보존등기를 하였으며, 2018.2.9. 쟁점주택을 OOO백만원에 양도한 후 그 취득일을 2010.4.2.로 하여 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세로 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 이후 청구인은 2018.6.11. 당초 양도소득세 신고시 1세대 1주택 비과세를 잘못 적용하였다면서 쟁점주택의 취득일을 2016.6.22.로 하여 납부할세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 수정신고를 하였다.
• 다. 청구인은 2020.2.3. 관리처분계획 변경인가일인 2013.1.11. 이전에 종전주택을 취득하였으므로 부동산에 관한 권리가 아닌 부동산을 취득한 것이어서 쟁점주택의 취득일을 2010.4.2.로 보아 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세 적용을 구하는 경정청구하였으나, 처분청은 2020.3.16. 쟁점주택의 취득일이 2016.12.9.이므로 소득세법제89조에 따른 1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유)을 충족하지 아니한 것으로 보아 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.5.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 종전주택의 재건축 진행과정을 살펴보면, 종전주택은 주택재건축조합과 OOO 사이의 합의를 전제로 2006.5.11. 사업시행인가를 받았으나, 양측의 합의가 이루어지지 않아 2009.1.6.OOO의 공유물 분할결정을 하고 다시 사업을 시작하게 되었다. 소득세법상 부동산이 부동산에 관한 권리로 변환되는 시기는 관리처분계획인가일로 규정하고 있으나, 법원의 확정판결 등에 의하여 당초 관리처분계획인가가 무효가 되는 경우에는 그 변경인가일에 부동산에 관한 권리로 변환되는 것인바(부동산납세과-337, 2014.5.9. 외 다수), 종전주택 재건축사업은 2012.5.11. 사업시행변경인가에 기초한 2013.1.11. 관리처분계획 변경인가의 경우 기존의 관리처분계획과 무관한 새로운 효력을 가진다고 보아야 하는바, 2013.1.11. 관리처분계획변경인가시 당초 관리처분계획과는 달리 사업시행 주체 및 면적, 신축할 가구수와 용적율 등 주요부분이 실질적으로 변경되어 형식상 관리처분계획 변경인가를 받았으나 사실상 당초 관리처분계획을 취소하고 재인가를 받은 것과 다름없다. 따라서 청구인은 2010.4.2.에 부동산에 관한 권리를 취득한 것이 아니라 부동산(주택)을 취득한 것으로 보아야 하므로, 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당한다(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 참조). 소득세법제89조 제1항 제4호 및 제2항 규정에 비추어, 기존의 주택이나 대지가 조합원입주권으로 변환되는 시기는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가일인바, 청구인은 동 인가일 이후에 종전주택을 취득하였으므로, 이는 신축주택을 취득할 수 있는 권리인 ‘조합원입주권’을 취득한 것으로 보아야 한다. 청구인은 위와 같이 조합원입주권을 보유하다가 신축주택인 쟁점주택이 2016.6.9. 준공되어 사용승인됨에 따라 같은 날 쟁점주택을 취득하게 되었는바, 위 취득일로부터 2년이 경과하기 전인 2018.2.9. 쟁점주택을 양도하였으므로 소득세법 시행령제154조 제1항의 1세대 1주택 비과세요건인 2년의 보유기간을 충족하지 못하였다.

• 가. 쟁점 1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유)을 충족하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. (단서 생략)

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 서울특별시 재개발․재건축 클린업시스템에 의해 확인되는 종전주택(OOO 주택재건축정비사업조합)의 재건축사업 진행경과는 아래 <표>와 같다. OOO

(2) 청구인은 2010.4.2. 종전주택(조합원입주권)을OOO백만원에 취득하였고, 이후 종전주택 재건축으로 신축된 쟁점주택을 2016.12.9. 소유권보존등기를 경료하였으며, 2018.2.9. 쟁점주택을 OOO백만원에 양도한 후 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

(3) 이후 청구인은 쟁점주택 양도에 대하여 당초 신고시 1세대 1주택 비과세를 잘못 적용하였다면서 양도소득세 수정신고를 하였으나, 당초 취득한 종전주택은 부동산에 관한 권리(조합원입주권)가 아닌 부동산(주택)을 취득한 것이므로 쟁점주택의 취득일은 2010.4.2.로 보아야 하고, 따라서 2년 이상 보유요건을 충족하였으므로 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하면서 경정청구를 제기하였는바, 처분청은 주택재건축사업의 관리처분계획 인가일 이후 취득한 종전주택은 부동산에 관한 권리인 ‘조합원입주권’에 해당하므로 쟁점주택의 취득일은 2016.6.9.(사용승인)이므로 2018.2.9. 양도시까지 2년 이상의 보유요건을 충족하지 못한 것으로 보아 쟁점주택 양도에 대해 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세 적용대상이 아니라는 이유로 이를 거부하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종전주택 재건축사업의 최초 관리처분계획 인가가 사실상 취소되었고 관리처분계획 변경인가 이전에 종전주택을 취득하였으므로 1세대 1주택 비과세 요건인 2년 보유기간을 충족하였다고 주장하나, 소득세법에서 주택재건축사업에 있어 종전 부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 변환되는 시기를 관리처분계획 인가일로 보도록 규정하고 있는바, 종전주택은 당초 관리처분계획 인가일인 2007.1.9.에 부동산을 취득할 수 있는 권리인 ‘조합원입주권’으로 변환된 것으로 보아야 하므로 청구인이 관리처분계획 인가일 이후인 2010.4.2. 취득한 종전주택은 주택이 아니라 조합원입주권에 해당하는 점, 청구인은 최초 관리처분계획 인가가 사실상 취소(실제 부동산에 관한 권리로 변환된 시기는 관리처분계획 변경인가일)되었다고 주장하나 이를 뒷받침할 만한 객관적인 증빙제시도 없는 점 등에 비추어 종전주택 재건축으로 신축된 쟁점주택의 취득일은 사용승인일인 2016.6.9.로 보는 것이 타당하다. 따라서 청구인의 쟁점주택 보유기간이 2년 미만으로서 1세대 1주택 비과세 요건 중 2년 보유요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.