쟁점토지는 취득 이후 양도시기까지 과세사업에 사용한 사실이 없으며, 해당 중개수수료는 면세 재화인 토지를 매각하면서 발생된 중개수수료이므로 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로서 공제하지 아니하는 매입세액에 해당함
쟁점토지는 취득 이후 양도시기까지 과세사업에 사용한 사실이 없으며, 해당 중개수수료는 면세 재화인 토지를 매각하면서 발생된 중개수수료이므로 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로서 공제하지 아니하는 매입세액에 해당함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지 매입 및 쟁점매출세금계산서 등을 발급하게 된 경위 (가) 청구법인 본사 사옥 신축용으로 쟁점토지 매입 청구법인은 영화제작업(애니메이션)을 영위하는 법인으로 본사 신축용 부지를 물색하던 중 OOO이 분양하는 쟁점토지를 2010.11.5. 매매계약하고, 가격정산 과정 등을 거쳐 2013.9.23. 쟁점토지에 대한 소유권을 OOO원에 취득하였다(매매계약서상 매매대금은 OOO원이나, 선납등으로 인한 가격정산을 거쳐 OOO원이다). 위 쟁점토지는 추후 청구법인이 타인에게 매도 시 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항 규정에 따라 처분하여야 한다는 매매조건(산업용지의 양도가격은 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 한다는 조건)이 있는 토지이다. (나) 쟁점토지의 양도 청구법인은 위 쟁점토지에 본사 사옥 신축을 추진하였으나, 2018년 결손금 OOO원이 발생하는 등 경영악화로 인해 부득이하게 운영자금을 마련하고자 쟁점토지를 양도하기로 결정하였다. 이에 OOO에게 쟁점토지를 양도하기로 하고, 산업용지 처분신청을 OOO에 하였으며, 처분공고 과정을 통해 2018.8.21.경 OOO으로 양도대상자가 선정되었다는 공문을OOO으로부터 수령하였다. (다) 쟁점토지의 양도가격 산정 그러나 위 쟁점토지는 분양받은 이후 토지에 대한 소유권 및 모든 사용 책임과 비용부담 등은 청구법인의 책임인 반면, 제3자에 매각시 양도가액만은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항 규정에 따라 OOO이 지정하는 바, 경제적 관점에서 납득하기 힘든 조건이다. 왜냐하면 청구법인은 2010년 11월 매매계약, 2013년 9월 소유권 취득, 2018년 8월 쟁점토지 양도에 이르는 과정에서 발생하는 쟁점토지 취득과 유지에 따른 비용(대출금에 대한 이자와 조합비 등)을 부담하였고, 취득 시점의 화폐가치와 취득 이후 5년이 경과한 양도시점의 화폐가치는 다를 수밖에 없음에도 양도가격을 기회비용 고려없이 소유권자와는 무관한 OOO이 지정한다는 것은 경제적으로 불합리하기 때문이다. 어쨌든 소유권자인 청구법인은 매수를 희망한 OOO과 쟁점토지를 OOO원에 양도·양수하기로 양자간 1차 매매계약서를 2018.6.12. 작성하였는데, OOO의 최초 분양가액을 고려하여 토지가액으로는 매매원금이었던 OOO원을 기재하고 나머지 차액인 OOO원은 용역비 등 부대비용으로 하여 1차 가계약하였다. 1차 매매계약서를 토지와 용역비 등으로 구분 기재한 이유는 OOO 공단과의 최초 분양조건에 따라 제3자에게 양도시 양도가액을 지정받는 절차가 남아있고 토지 양도에 따른 부수적인 용역제공도 일부 있는 점을 고려하였기 때문이다. 그 뒤 2018.7.10. 매수인과 총 매매대금인 OOO원을 전부 토지가액으로 기재하여 2차 부동산(토지)매매 이행계약서를 작성하였으며, 2018.8.21.OOO이 매수자인 OOO과의 쟁점토지에 대한 처분가격을 OOO원으로 지정한다는 공문을 시행하자, 청구법인은 이에 따라 2018.8.23. 양수인과 쟁점토지의 매매대금을 OOO원으로 기재한 3차 부동산매매계약서를 최종 작성하였다. (라) 쟁점매출세금계산서 발행과 취소에 따른 경정청구 청구법인은 2018.8.21. 토지의 처분가격을OOO원으로 지정한 OOO의 공문에 따라 매수인과 약정한 총 양도가액 OOO원과의 차액 OOO원에 대해 용역비 등 부대비용으로 쟁점매출세금계산서를 발행하고 관련 부가가치세를 신고·납부하였다. 그러나 용역비 등을 부대비용으로 보아 발행한 쟁점매출세금계산서는 토지양도에 따른 부수용역에 해당되거나 거래금액 전체를 토지의 양도대가로 봄이 타당함에도 청구법인의 세법에 대한 무지와 OOO이 토지가액을 OOO원으로 지정 통보함에 따라 OOO원을 토지가액으로는 기재할 수밖에 없었던 사정으로 인해 착오 발행된 것이다. 이에 청구법인은 쟁점매출세금계산서에 대하여 2019.3.27. 수정세금계산서를 발행하여 취소하고, 납부한 부가가치세 OOO원에 대해 환급을 요청하는 경정청구를 하였다(쟁점토지 양수자인 OOO은 위OOO원과 그 부가가치세에 대해 토지가액에 산입함이 타당하다는 OOO세무서장의 결정을 받은 것으로 알고 있다). (마) 처분청의 세무조사와 통고처분 처분청은 청구법인의 경정청구에 대해 쟁점매출세금계산서 발급과 관련하여 세무조사를 하였고, 그 결과 청구법인이 재화·용역을 공급하지 아니하고 쟁점매출세금계산서를 발급한 것으로 결정하고 가공세금계산서 발급혐의로 조세범 처벌법 제10조 에 의거하여 통고처분하였으며, 청구법인의OOO원 환급 경정청구에 대해 OOO원을 부인하고 환급결정세액을 OOO원으로 결정하였다.
(2) 청구법인 주장 (가) 쟁점매출세금계산서는 토지의 양도에 부수되는 용역이거나 토지의 양도대가로 봄이 타당한 금액을 OOO이 양도가액을 지정하는 특수한 상황 아래 청구법인이 법률의 무지나 착오에 의해 과세대상으로 세금계산서를 발행한바, 쟁점토지라는 실물거래가 있어 가공거래에 해당하지 아니함에도 실물거래없는 가공거래로 보아 세금계산서 관련 가산세OOO원을 부과한 것은 위법하다. 청구법인이 쟁점토지를 양도함에 있어 매매당사자간 총 거래금액은 시종일관 OOO원으로 변동이 없었다. 다만 매매당사자간 총 거래금액에 대해 전문가의 견해나 과세관청의 답변을 받지 못한 상태에서 임의로 매매계약서를 가작성(1차, 2차)하였다가 OOO이 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 추후 지정 통지함에 따라 지정가액을 상회하는 금액OOO원에 대해서 쟁점매출세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부한 바, 쟁점매출세금계산서 공급가액 OOO원은 외관상 용역비로 기재하였으나, 그 용역의 제공이 토지공급에 부수되는 용역비로 토지의 대가로 봄이 합당하거나 실질과세원칙상 토지의 양도대가로 봄이 상당하므로 매매당사자간 토지라는 실물재화의 공급이 존재하는 거래로 가공거래에 해당하지 아니한다. 그리고 국세청 또한 과거 예규에서 “부가가치세 과세대상이 아닌 거래를 과세대상으로 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급 및 수취하여 매출(매입)처별 세금계산서합계표를 제출한 경우 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 것으로 볼 수 없으므로 가산세가 적용되지 아니하는 것”이라는 견해표시를 해왔는데 과세대상이 아닌 거래를 과세대상으로 세금계산서를 발급 및 수취한 것과 관련하여 부가가치세법에 의한 세금계산서 관련 가산세가 적용되지 아니하는 것으로 예규(부가가치세과-113, 2014.2.17.)가 있고, 부가가치세법에 의한 세금계산서 관련 가산세가 적용되지 아니한 경우 당연히 조세범 처벌법 제10조 는 적용되지 아니하는 것(법규과-356, 2014.4.11)으로 견해표명을 하여 왔다. 국세청의 이러한 견해는 부가가치세의 납세의무가 면제되는 재화의 거래에 대해서는 부가가치세의 징수 및 납부 또한 면제되는 것이기 때문에 설령 면세대상에 대해 과세대상으로 세금계산서를 발급하였다 하더라도 세금계산서 발급 및 수수의무와 세금계산서 합계표 제출에 대한 의무도 당연히 면제된다고 보기 때문이다. 청구법인 또한 쟁점토지라는 재화의 실물을 공급하고 매매 당사자간 약정한 총 거래가액에서 추후 OOO이 지정 통보한 쟁점토지 양도가액을 넘어 수령한 대가에 대해 세법의 무지나 착오로 인해 쟁점매출세금계산서를 발행하고 해당 부가가치세를 자진 신고·납부하였다가, 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하여 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 한 바, 이 과정에 거래 당사자간 고의나 사기 등 부정하게 부가가치세를 탈루하고자 한 어떠한 범의도 있지 아니하며, 세법에 따라 경정청구를 한 것이니 환급을 거부한 처분은 취소되어야 한다. (나) 쟁점매입세금계산서는 쟁점토지의 양도와 관련하여 공급받은 용역에 해당하는 부가가치세 매입세액임에도 이를 매입세액 불공제하고 관련 가산세를 부과한 것은 위법하다. 청구법인은 쟁점토지를 양도함에 있어 OOO에 쟁점토지 매매에 대한 용역을 의뢰하고 그 용역대가에 대하여 공급가액 OOO원으로 하는 쟁점매입세금계산서를 수취한바, 동 매입세금계산서는 본사 사옥을 신축하기 위해 매입했던 쟁점토지를 양도함에 따라 이와 관련하여 제공받은 용역에 대한 대가로서 사업과 관련하여 공급받은 용역의 대가이므로 그 매입세액 OOO원은 매출세액에서 공제되는 것이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점매입세금계산서에 대해 매입세액 불공제하고 과소신고가산세 OOO원까지 부과한 것은 위법하다.
(3) 처분청 의견에 대한 반박 (가) 처분청은 쟁점매출세금계산서에 대해 가공거래로 보지만, 가공거래란 일반적으로 실물거래 자체가 없이 세금계산서만 수수하는 거래를 말하며, 쟁점매출세금계산서 가공 세금계산서가 되기 위해서는 청구법인과 양수인 간 쟁점토지의 총 거래금액이 OOO원이 되었어야 한다. 하지만 실제 양수인과의 쟁점토지의 총 거래금액은 2018.6.12. 최초 계약서를 작성할 때부터OOO원이었고 총 거래금액 전체를 청구법인의 수입금액으로 성실하게 신고하였다. 처분청이 제시한 심판례(조심 2008중1574, 2009.4.13., 조심 2006서193, 2007.1.8. 참조) 등은 실제 재화나 용역의 제공 없이 가공거래임에도 허위의 세금계산서를 발급한 사건에 대한 심판례이지 이 건과 같이 토지의 매매라는 실물 거래가 존재하는 사건과는 다른 것이다. (나) 처분청은 청구법인이 OOO의 고시가격을 초과하여 쟁점토지 매매대금을 수수한 것에 대하여 관련 처벌을 회피하고자 의도적으로 계약서를 수정하였다는 의견이나, 쟁점토지 매매와 관련하여 공단 승인가액과 달리 거래한 경우 처벌 조항은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제52조 (벌칙) 제1항 제1호에 기재되어 있는 바, 제1호의 내용 중 제39조 제5항을 위반하여 거래한 경우가 이에 해당된다. 그러나 제39조 제5항을 위반과 관련된 처벌조항은 2019.12.10. 개정되어 3개월 후인 2020.3.11.부터 시행된 바, 매매 당시인 2018년 6월∼2018년 8월경에는 위 규정의 적용을 받지 아니하므로 처벌받을 행위에 해당하지 아니한다. 따라서 거래 당시 있지도 않은 처벌 규정을 회피하기 위하여 의도적으로 계약서를 수정하였다는 처분청의 의견은 사실관계에 맞지 의견이다. 실제로 청구법인이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 위반으로 OOO경찰서에 고발된 사건은 2020.8.7. OOO지방검찰청 OOO지청에서 고발요건 미성립으로 부적법 각하 처분(2020년 형제22876호)되었다. (다) 처분청은 쟁점매입세금계산서와 관련하여 쟁점토지는 취득 이후 양도시기까지 과세사업에 사용한 사실이 없으며 면세 재화인 토지를 매각하면서 발생된 중개수수료이므로 관련 매입세액의 공제가 불가하다는 의견이나, 쟁점토지가 소재하고 있는 산업단지란 ‘공장, 지식산업, 정보통신산업 등과 이를 지원하기 위한 교육·연구·업무시설 등을 집단적으로 설치하기 위해 포괄적 계획에 따라 개발·관리되는 일단의 지역’을 말하는바, 이는 당초 산업단지 내 쟁점토지를 분양받은 목적이 비사업용이 아닌 사업용으로 사용할 목적으로 분양받은 토지라는 것을 의미한다. 그리고 당초 사업용으로 분양받은 쟁점토지는 청구법인의 경영악화로 인하여 건물을 신축하지 못한 채 매각되었지만 그 기간이 길지 않아 법인세법상 비사업용 토지에도 해당되지 아니하며, 토지의 매각금액은 전액 사업 수입금액에 반영되었다. 그러므로 중개수수료는 사업과 관련하여 공급받은 용역의 대가로 봄이 타당한 바, 관련 매입세액이 토지를 구입하면서 부담한 매입세액이 아님에도 매입세액 불공제하고 과소신고가산세를 부과한 처분은 위법하다.
(1) 청구법인은 쟁점토지의 매매 과정에서 용역비 명목으로 발급한 쟁점매출세금계산서는 회계처리 과정에서 세법의 무지와 착오 사유로 비롯된 것으로 수정세금계산서 발급에 따른 세금계산서 가공발급 등의 가산세의 부과는 부당하다고 주장하나, (가) 매출세금계산서의 수정발급 절차를 살펴보면, 쟁점토지는 목적 외 사용 및 투기를 방지하기 위해 법률로서 그 거래금액을 규정하는 국가산업단지내의 토지로, 고시가격을 초과하여 지급받은 사실에 대한 처벌을 회피하기 위해 매매가액을 숨기고자 의도적으로 계약서를 수정하였으며, 이 과정에서 발생된 차액분에 대해 존재하지 않은 용역비 명목으로 가공의 세금계산서를 발급하였고, 이후 쟁점매출세금계산서 수취법인인 OOO이 OOO세무서로부터 환급현장확인을 받는 과정에서 용역대금의 구체적 내역에 대한 소명 요청을 받자 청구법인은 용역비 OOO원에 대해 세부적으로 구분기재하여 항목별 발생내역 및 관련 비용까지 구체적으로 작성하여 소명한 것으로 확인되었으나, 이후 쟁점매출세금계산서에 대해 매입세액 불공제 처분이 이루어지자 기존의 진술을 번복하여 착오에 의해 발급된 세금계산서임을 주장하고 있다. 이는 처음부터 의도적으로 산업단지공단에서 고시된 가격을 초과하여 매매대금을 수취한 사실에 대한 제재를 회피하기 위하여 존재하지 않는 용역비 명목으로 거짓세금계산서를 발급하였고, 해당 사실이 드러나자 조세범칙행위에 대한 처벌을 회피하기 위하여 단순 착오에 의해 발급한 것으로 진술을 번복하고 있어 용역비에 대한 거짓세금계산서 발급행위는 당초부터 자신의 위법행위를 감추기 위한 목적에서 행한 의도적이며 고의적인 행위로서 청구법인이 주장하는 것처럼 단순한 법적 무지 및 착오에 의한 행위로 인정되지 않으므로 사실과 다른 세금계산서 발급행위로 판단하여 결정한 관련 가산세 처분은 타당하다. 청구법인도 항변서를 통해 “ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항 에 의해 OOO이 지정해주는 가격으로 토지의 거래금액을 기재해야 토지 매매에 대한 공단의 허가를 득할 수 있기 때문에 총 거래금액과 공단지정 토지매매 기재가액의 차이 OOO원에 대하여는 토지가액으로 기재할 수가 없어 용역비 명목으로 매출세금계산서를 발행하고 수입금액으로 계상한 것”이라고 진술한바, 이는 청구법인이 처음부터 착오가 아닌 의도적으로 가공의 거짓 쟁점매출세금계산서를 발급한 것을 시인한 것이다. 청구법인은 쟁점토지의 매매와 관련하여 공단 지정가액과 달리 거래한 경우에 대한 처벌조항인 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항 의 규정은 쟁점토지의 매매 이후에 벌칙규정에 포함되었으므로 매매 당시에는 처벌받을 행위에 해당하지 않는다고 주장하나, 처분청이 OOO에 쟁점토지 관련하여 허위로 작성된 매매계약서에 대해 통지하고 이후 관련 직원과 유선 확인결과, 청구법인이 언급한 제39조 제5항이 아닌 매매 시점에도 처벌조항에 포함되는 제39조 제1항의 위배 사유로 OOO경찰서에 고발조치되어 현재 수사가 진행 중인 것으로 확인되었다. (나) 가산세와 관련하여 대법원은 세금계산서불성실가산세(부가가치세법 제60조 제3항 제1호)는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한다고 판시하고 있다(대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결 참조). (다) 가공세금계산서를 발급하거나 교부받았을 때 그 가산세의 납세의무가 성립하는 것이고, 가공세금계산서는 수정세금계산서를 발급할 수 없으므로 이 건 가산세 부과는 정당하다. 부가가치세법 제60조 제3항 의 가산세는 부가가치세 신고 또는 세금계산서합계표 제출 여부와 무관하게 가공세금계산서를 발급하거나 교부받을 때 그 납세의무가 성립하는 것이므로 수정세금계산서를 발급하였다고 하더라도 이미 성립한 가산세 납세의무가 소급적으로 소멸한다고 볼 수 없다. 만약 가공세금계산서에 대하여 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 한다면, 관련 세무조사 과정에서 수정세금계산서를 발급하여 세금계산서 관련 가산세를 회피하는 데 악용할 가능성이 커지기 때문이다[대법원 판례해설 제110호(2016년 하), 2017.6.16. 발행, 제343면 참조]. 이와 관련하여 조세심판원에서는 당초 적법하게 작성하여 발급한 세금계산서가 아닌 건에 대하여 과세기간을 달리하여 당초 공급가액을 감액하는 수정세금계산서를 발급하는 경우, 당초 세금계산서 및 수정세금계산서 모두를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서 불성실 가산세를 부과한 사례가 있다(조심 2008중1574, 2009.4.13., 조심 2006서193, 2007.1.8. 참조). (라) 청구법인이 제시한 예규(부가가치세과-113, 2014.2.17., 법규과-356, 2014.4.11.) 등은 가공의 거래가 아닌 착오나 사실과 다른 경우의 세금계산서로 추후 거래사실이 인정된 사례로서 이 건과 사실관계가 달라 원용될 수 없다.
(2) 청구법인은 쟁점토지의 매각과정에서OOO에게 중개수수료를 지급하면서 수취한 쟁점매입세금계산서에 대해 사업과 관련하여 공급받은 용역의 대가이므로 매입세액 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 취득이후 양도시기까지 과세사업에 사용한 사실이 없으며, 해당 중개수수료는 면세 재화인 토지를 매각하면서 발생된 중개수수료이므로 관련 매입세액의 공제가 불가한 것으로 판단된다.
① 쟁점매출세금계산서가 가공 매출세금계산서인지 여부
② 처분청이 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점토지 매매계약 및 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서 발행 내역 등을 정리하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점토지 매매계약 및 세금계산서 내역 (단위: 원)
(2) 청구법인은 OOO원을 환급신청하였으나, 처분청은 아래 <표3>과 같이OOO원을 부인하고OOO원을 환급세액으로 경정하였다. <표3> 환급금 경정내역 (단위: 원)
(3) 처분청이 제시한 조세범칙 고발서류에 따르면, 2018년 11월 OOO세무서에서 실시한 OOO에 대한 환급현장확인시 청구법인은 쟁점매출세금계산서에 대한 용역내역을 아래와 같이 소명한 사실이 확인된다.
(4) 처분처의 세무조사 과정에서 작성된 청구법인 직원 OOO의 2020.3.4.자 진술서에 따르면, 청구법인은 OOO에서 매입불공제 사실을 통보받고 법률 검토 후 경정청구서를 제출하였다.
(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제35조 제5항 (산업용지의 양도가격은 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하여야 한다는 내용)을 위반할 경우 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금에 처한다는 제52조 제1항 제1호 규정은 2019.12.10. 법률 제16799호로 개정되면서 신설되었고, 해당 개정 법률 부칙 제1조에 따르면, 시행시기는 공포 후 3개월이 경과할 날부터 시행한다고 규정되어 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 매매 과정에서 용역비 명목으로 발급한 쟁점매출세금계산서는 세법의 무지와 착오로 발급한 것으로 이에 따른 가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점매출세금계산서 수취법인인OOO이 OOO세무서로부터 환급현장확인을 받는 과정에서 용역대금의 구체적 내역에 대한 소명 요청을 받자 용역비 OOO원 에 대해 구체적인 발생내역을 작성하여 소명하였으나, 이후 쟁점매출세금계산서에 대해 매입세액 불공제 처분이 이루어지자 이전과 달리 착오에 의해 발급된 세금계산서임을 주장하고 있는바, 청구법인이 OOO 승인가액을 초과하여 쟁점토지 매매대금을 지급받은 사실을 숨기고자 매매계약서를 수정하고 이 과정에서 발생된 차액분에 대해 존재하지 않은 용역비 명목으로 가공의 쟁점매출세금계산서를 발급했을 가능성을 배제하기 어려운 점, 청구법인도 항변서를 통해 “ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항 에 의해 OOO이 지정해주는 가격으로 토지의 거래금액을 기재해야 토지 매매에 대한 공단의 허가를 득할 수 있기 때문에 총 거래금액과 공단지정 토지정당한 사유에 해당한다고 인정할 수 없는 점(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결 외 다수, 같매매 기재가액의 차이 OOO원에 대하여는 토지가액으로 기재할 수가 없어 용역비 명목으로 매출세금계산서를 발행하고 수입금액으로 계상한 것”이라고 진술한 점, 세법상의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에서 규정한 신고·납부의무 등을 위반하는 경우 당해 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로 납세자의 고의 또는 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 또한 법령의 부지나 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점매출세금계산서를 가공 매출세금계산서로 보고 이에 따른 가산세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 매각과정에서OOO에게 중개수수료를 지급하면서 수취한 쟁점매입세금계산서에 대해 사업과 관련하여 공급받은 용역의 대가이므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 취득 이후 양도시기까지 과세사업에 사용된 사실이 없으며, 해당 중개수수료는 면세 재화인 토지를 매각하면서 발생된 중개수수료이므로 관련 매입세액은 부가가치세법제39조 제1항 제7호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트
(2) 조세범 처벌법(2018. 2. 21. 법률 제15409호로 개정된 것) 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 부가가치세법에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 작성하여 발급하여야 할 자와 매출처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 경우
2. 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우
② 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자와 매입처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 통정하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 1년 이하의 징역 또는 매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 경우
2. 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우
③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출ㆍ매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2018.1.16. 법률 제15347호로 개정되기 전의 것) 제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.
1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우
2. 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 전 또는 신고 후 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우
② 관리기관이 제1항에 따라 입주기업체의 산업용지 또는 공장등을 매수할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 다음 각 호의 기관(이하 "유관기관"이라 한다)에 양도하여야 한다.
1. 중소기업진흥에 관한 법률에 따른 중소기업진흥공단
2. 한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사 및 한국수자원공사법에 따른 한국수자원공사
3. 은행법 제8조 에 따라 설립인가를 받은 은행(중소기업은행법 등 법률에 따라 설립된 은행을 포함한다)
4. 그 밖에 입주기업체의 설립 및 지원과 관련된 기관으로서 대통령령으로 정하는 기관
③ 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 또는 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 후 제1항 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나 그 소유하는 산업용지 또는 공장등을 처분하려는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관에 신고하여야 한다. 다만, 산업용지 또는 공장등을 입주기업체 또는 같은 업종(제33조 제5항 제2호에 따른 입주대상업종을 말한다)을 운영하려는 자에게 처분하려는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 관리기관이 제1항 및 제2항에 따라 양도받거나 매수신청을 받은 산업시설구역등의 산업용지 및 공장등을 양도하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양수기업체로부터 실비의 범위에서 양수자의 선정에 필요한 비용을 받을 수 있다.
⑤ 제1항 및 제2항에 따른 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하고, 공장등의 양도가격은 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자의 시가 감정액을 고려하여 결정할 수 있다. 다만, 입주기업체의 요청이 있는 경우 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액 이하로 할 수 있다. 제52조(벌칙) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제38조의2 제4항 또는 제39조 제1항ㆍ제2항을 위반하여 산업용지 또는 공장등을 양도한 자
(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2019.12.10. 법률 제16799호로 개정된 것) 제52조(벌칙) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제38조의2 제4항 또는 제39조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항을 위반하여 산업용지 또는 공장등을 양도한 자 ※ 부 칙<법률 제16799호, 2019.12.10.> 제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조 제23호, 제7조의2 제3항, 제13조의3 제1항, 제28조, 제39조 제1항 제1호 및 제2호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. (5) 부가가치세법 시행령(2018.9.28. 대통령령 제29183호로 개정되기 전의 것) 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일(과세기간 종료 후 25일이 되는 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(陰)의 표시를 하여 작성하고 발급
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급
8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 (6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2019.9.24. 대통령령 제30094호로 개정되기 전의 것) 제52조(이자 및 비용) 법 제39조 제5항에 따른 이자 및 비용은 다음 각 호와 같다.
1. 양도할 산업용지의 취득가격에 그 취득일부터 양도일까지의 기간 중의 생산자물가총지수를 곱하여 계산한 금액
2. 양도할 산업용지의 취득에 소요된 취득세, 그 밖의 제세공과금. 다만, 산업용지를 취득한 자의 귀책사유로 추징된 세금은 제외한다.
3. 양도할 산업용지의 유지ㆍ보존 또는 개량을 위하여 지출한 비용
결정 내용은 붙임과 같습니다.