조세심판원 심판청구 상속증여세

성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 주식초과보유가산세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-서-1860 선고일 2021.01.15

이 건 가산세 부과처분과 관련하여 청구법인이 쟁점주식을 2008.2.22. 이전에 출연 받았다 하더라도 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제13조의 성실공익법인 요건을 적용하여 성실공익법인에 해당하는지 여부를 판단함이 타당함(조심 2019전464, 2019.11.14., 같은 뜻임)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제16조 제1항 및 같은 법 시행령 제12조에서 규정하고 있는 공익법인으로 1996.12.31. 당시 OOO의 발행주식을 각각 5% 초과하여 보유하고 있었으나, 당시 법령상 성실공익법인에 해당하여 상증법 제49조 제1항의 주식 처분의무 대상에서 제외되었다.
  • 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대하여 공익법인의 세법상 의무사항 전반에 대하여 개별검증한 결과, 2008년 상증법 시행령 개정으로 성실공익법인 요건에 공익법인 이사 중 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자의 수를 이사 현원의 5분의 1 이하로 제한하는 요건(이하 “이사선임요건”이라 한다)이 추가되었으나, 청구법인이 2010.2.28. 종료되는 사업연도에 동 이사선임요건을 충족하지 못하였다고 보아 주식 처분의무 위반에 따른 상증법 제78조 제4항의 가산세(이하 “초과보유가산세”라 한다)를 부과하는 내용의 증여세 결정자료를 통보하였고, 처분청은 이에 2020.2.7. 청구법인에게 2010.2.28. 증여분 증여세(초과보유가산세) OOO을 결정‧고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 신설된 상증법 시행령 제13조 제3항의 이사선임요건은 동 시행령 부칙 제3조(이하 “쟁점부칙조항”이라 한다)에 따라 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용하여야 함에도 1996.12.31. 이전에 취득한 주식에 대하여 동 요건을 적용하여 초과보유가산세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 조세법은 엄격하게 해석하여야 한다.

1. 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다는 것이 대법원의 확립된 판례이고(대법원 1991.7.9. 선고 90누9797 판결, 같은 뜻임), 조세법률주의는 과세요건법정주의, 과세요건명확주의, 과세불소급의 원칙 등을 내용으로 한다.

2. 성실공익법인의 요건 충족 여부의 문제[존재(sein)의 영역]와 성실공익법인 요건의 개정 및 적용 문제[당위(sollen)의 영역]는 엄연히 구별되는 것인바, 청구법인의 경우, 1996.12.31. 기준으로 한양증권, 한양개발, 백남관광의 주식을 보유한 이래, 무려 약 22년 동안 주식을 추가 취득한 사실이 없었을 뿐만 아니라, 매년 운용소득의 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여 성실공익법인의 요건을 충족해 옴으로써 ‘사실’(fact)의 영역이자 ‘존재’(sein)의 영역에서 아무런 변동이 없었음에도 ‘규범’의 영역이자 ‘당위’(sollen)의 영역에서 성실공익법인 요건에 관한 시행령 조항이 개정되었다는 이유로 처분청이 초과보유가산세를 부과하는 것은, 쟁점부칙조항의 ‘문리해석’을 넘어 “사전적 의미” 외의 요소를 반영한 것으로서, 조세법률주의를 위반하여 시행령 규정으로 ‘소급과세’를 하겠다는 것에 다름 아니므로 허용되어서는 안된다. (나) 상증법 제48조와 제49조는 입법취지와 과세물건, 세목이 다르므로 ‘상증법 제48조에 관한 개정 상증법 시행령 제13조 제3항, 제5항’의 성실공익법인 요건을, 상증법 제49조의 주식보유기준의 예외인 성실공익법인에 무조건 적용할 수는 없다.

1. 상증법 제48조 제1항은 동일 내국법인의 주식을 5%(성실공익법인의 경우는 10%) 초과하여 취득하는 경우 증여세과세가액에 산입하여 증여세를 과세하는 것임에 비하여, 상증법 제49조 및 제78조 제4항은, 1996.12.31. 현재 동일 내국법인의 주식을 5% 초과하여 보유하는 경우 소정의 기한 내 처분하지 않으면 10년간 매년 주식 가액의 5% 상당의 가산세를 부과하되 성실공익법인은 제외한다는 것으로서, 입법취지와 과세물건, 세목이 다르다. 따라서 1997.1.1. 이후 새로 내국법인 주식의 5%를 초과하여 취득함으로써 취득시점에 상증법 제48조에 따른 증여세가 부과되는 경우에는, 상증법 제49조의 주식보유기준 및 제78조 제4항의 가산세가 적용되지 않는 것이다.

2. 한편 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항 및 제5항에서 성실공익법인의 요건을 ① 운용소득의 90% 이상 공익목적사업 사용, ② 이사 현원의 1/5 초과금지, ③ 외부감사, 전용계좌, 결산서류공시를 이행하는 공익법인 등으로 규정한 것은, 원래 상위법 규정인 상증법(2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 것) 제16조 및 제48조에서 공익법인의 주식 출연·취득에 관하여, 일반 공익법인의 경우(한도 5%)와 달리, 성실공익법인의 경우에는 동일 주식 출연 한도를 10%로 상향 규정함에 따라 하위법령인 시행령 규정을 개정한 것이었다.

3. 그런데 1996.12.31. 현재 5% 주식보유기준 초과보유 금지 및 가산세에 관하여 규정한 상증법 제49조 및 제78조 제4항은 2007.12.31. 법률 제8828호로 상증법이 개정될 당시에 아무런 변동이 없었음에도, 주식보유기준을 적용받지 않는 성실공익법인에 관하여 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제42조에서 제13조 제3항 및 제5항의 ‘성실공익법인등’이라는 개념을 차용하여 규정하였는바, 그 경과규정인 쟁점부칙조항에서 “이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.”고 규정하였던 것이므로 동 경과규정을 문언대로 해석해야만 할 것이다(아래와 같이 쟁점부칙조항은 개정된 성실공익법인 요건에 대한 적용시기를 규정한 경과규정임이 분명하다). 4) 결국 청구법인과 같이 1996.12.31. 현 재 보유한 주식 외에 주식을 추가 취득한 사실이 없어 개정 상증법 시행령 시행(2008.2.22.) 후에도 변동이 없고, 매년 운용소득의 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용해 온 성실공익법인에 대해서는, 위 부칙 제3조의 경과규정에 따라 개정 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호의 ‘출연자 또는 특수관계자가 이사 현원의 1/5을 초과하지 않을 것’이라는 조항이 적용될 수 없으므로, 상증법 제49조의 주식보유기준 및 제78조 제4항의 가산세의 적용대상이 되지 않는 것이다. (다) 유사한 사건에 관한 조세심판원의 결정례(조심 2011전3332, 2012.5.4.)도, 경과규정에 비추어 개정 법 시행 후 최초로 출연 또는 취득 사실이 없는 경우에는 2007.12.31. 이전의 ‘성실공익법인 요건’ 규정에 따라 판단해야 한다고 결정한 바 있다.

(2) 특수관계이사가 정원의 5분의 1을 초과하지 아니한다. (가) 이사 수 계산에 있어 당연직 이사는 제외하여야 한다.

1. 교육부 인가를 받아 1981.10.15.부터 현재까지 시행되어 오고 있는 청구법인의 정관 제23조 제3항이 “이 법인이 경영하는 OOO 총장으로 선임되는 자는 총장으로 재임하는 기간 동안 이사로 재임한다.”고 규정함에 따라 1993.2.21.부터 2011.3.18.까지 OOO의 총장으로 재임하던 OOO 총장은, 이 건 처분의 귀속연도 당시 청구법인의 당연직 이사로 재임하였을 뿐이다.

2. 한편 상증법 제48조 제8항은 특수관계 이사가 공익법인 등의 이사 현원의 1/5을 초과하는 경우 상증법 제78조 제6항의 가산세(해당 이사의 급료, 판공비 등 직·간접 경비 상당액)를 부과하도록 규정하고, 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제13조 제2항 제2호에서는 ‘성실공익법인등’의 요건에 ‘특수관계자 이사 현원의 1/5 초과 금지’를 추가하였는바, 이러한 규정들은 공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배, 특히 타 법인의 예속을 방지하기 위하여, 출연자 및 그 특수관계인으로 하여금 공익법인의 의사결정권한이 있는 이사 취임 및 고용되는 것을 제한하고자 하는 규정이다. 그러나 위 정관규정에 따라 한양대학교 총장이 청구법인의 당연직 이사로 재임하게 되는 것은, 상증법 제48조 제8항이나 개정 상증법 시행령 제13조 제2항 제2호가 규제하려는 입법취지, 즉 ‘공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배 또는 타 법인의 예속 등’과는 전혀 관계가 없으므로 OOO 총장은 개정 상증법 시행령 제13조 제2항 제2호 소정의 ‘특수관계 이사 수’에서 제외되어야 하며, 이 경우 ‘성실공익법인’의 요건 중 ‘특수관계자 이사 현원의 1/5 초과 금지’ 요건을 충족하게 되므로 이 건 부과처분은 위법하다. (나) 학교의 교직원 등은 출연자 및 특수관계자 범위에서 제외되어야 한다.

1. 상증법 제48조 제8항은, “출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인등의 이사 현원의 1/5을 초과하는 경우 상증법 제78조 제6항의 가산세를 부과한다”고 규정하고, 같은 법 제78조 제6항은, “제48조 제8항의 이사 수를 초과하는 이사가 있거나, 임직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.”고 규정하고 있다.

2. 그런데 상증법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 것) 제80조 제10항은 “법 제78조 제6항에서 ‘대통령령이 정하는 직접 또 는 간접경비’라 함은 당해 이사 또는 임·직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등[의사, 학교의 교직원(⋯)과 관련된 경비를 제외한다]을 말한다.”라고 규정함으로써, 상증법 제48조 제8항의 ‘특수관계자 이사 현원의 1/5 초과 금지’ 위반 가산세 대상에서 ‘학교 교직원’의 경우를 제외하도록 규정하였다.

3. 위 시행령 제80조 제10항은 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되면서, 종전에는 “학교의 교사”만을 제외하던 것을, 위 개정 시에 “학교의 교직원”으로 확대함으로써 ‘교장, 교감, 총장, 학장, 직원’의 경우까지도 상증법 제48조 제8항의 ‘특수관계자 이사 현원의 1/5 초과 금지’ 위반 가산세 대상에서 제외하게 된 것인데, 이는 위 개정 시행령 제13조에서 성실공익법인의 요건에 ‘특수관계자 이사 현원의 1/5 초과 금지’ 요건을 추가함에 따라 위와 같이 함께 개정된 것이다. 따라서 학교 교직원에 해당하는 김종량 총장은, 위 개정 상증법 시행령 제13조 제2항 제2호 소정의 ‘특수관계 이사 수’에서 제외되어야 하므로 이 건 부과처분은 위법하다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 성실공익법인 요건 중 이사선임요건은 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용하여야 함에도 1996.12.31. 이전에 취득한 주식에 대하여 동 요건을 적용하여 초과보유가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 (가) 기존의 주식 취득한도규정에서는 공익법인이 내국법인 발행주 식 총수의 5%까지 출연 및 취득 가능하도록 제한하였으나, 2007.12.31. 상증법 개정으로 ‘성실공익법인 요건’을 충족하는 경우에 한하여 10%까지 완화하는 규정이 신설되었고, 이에 따라 같은 법 부칙 제8828호 제3조에서는 개정된 주식 출연‧취득한도규정은 “이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.”고 적용시기를 규정하였으며, 해당 조항에 대한 세부 규정을 상증법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제7항의2에 규정하면서 쟁점부칙조항에서도 위 부칙과 동일하게 “이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.”고 적용시기를 규정하였는바, 이는 본법의 주식 취득한도 규정에 대한 적용시기와 시행령의 적용시기를 동일하게 하기 위한 것으로 성실공익법인 개정 요건에 대한 적용시기를 말하는 것이 아님을 알 수 있다. (나) 상증법 제16조‧제48조와 제49조에 관한 적용과 관련하여 청구법인은 쟁점부칙조항에 대한 청구주장의 근거로 상증법 제16조‧제48조(주식 출연‧취득한도규정)와 제49조(초과보유가산세 규정)는 입법 취지와 과세물건, 세목이 다르기 때문에 주식 취득한도규정 위반으로 증여세가 부과된 경우 초과보유가산세는 부과대상이 아니라는 점을 근거로 들었다. 그러나 이는 공익법인의 주식을 5% 초과하여 보유 및 취득하는 것을 제한하기 위한 동일 목적의 규정이 중복 적용되는 것을 방지하기 위함이지 성실공익법인 요건의 개정과는 무관한 사항이며, 청구법인은 1996.12.31. 현재 보유한 5% 초과 주식에 대한 증여세도 신고 ‧납부한 사실도 없으므로 초과보유가산세가 부과되지 않을 이유가 없다. (다) 이 건 초과보유가산세는 상증법 제78조 제4항에서 “공익법인 등이 제49조 제1항의 각 호 어느 하나에 규정된 기간이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받은 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식 또는 출자지분에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.”고 규정함에 따른 것으로 청구법인은 2009년 2월 종료되는 사업연도에 개정 성실공익법인 기준에 미달하였고, 그 미달 사업연도 말 주식 보유기준을 초과함으로써 가산세가 부과된 것이지 개정 전 사업연도에 적용하여 과세된 것이 아니므로 소급과세에 해당하지 않는다. (2) 특수관계이사가 정원의 5분의 1을 초과하지 아니한다는 청구주장에 대하여 (가) 청구법인은 개정된 성실공익법인 요건 중 이사 기준 초과 여부를 판단하는 경우에도 학교 교직원인 OOO 총장 OOO은 제외되어야 한다고 주장하나, 학교 교직원이 가산세 부과대상에서 제외되는 것은 상증법 시행령 제78조 제6항의 공익법인 이사 현원의 1/5을 초과하는 이사와 출연자 및 출연자와 특수관계 있는 임직원에게 지급된 직‧간접경비 상당액이 가산세로 부과되는 경우에만 해당되는 것으로 상증법 시행령 제80조 제10항에 명확하게 명시되어 있다. 이를 확장해석하여 상증법 시행령 제13조의 성실공익법인 요건인 이사 기준초과 판단 시 학교 교직원을 제외해야 한다고 해석할 여지는 전혀 없으며 이는 청구법인이 근거로 제시한 대법원 판결(대법원 1991.7.9. 선고 90누9797 판결)에서도 확인할 수 있는 사항이다. (나) 또한 청구법인은 청구법인의 당연직 이사이며 총장인 OOO은 특수관계이사 수에서 제외되어야 한다고 주장한다. 그러나 당연직 이사라 하더라도 해당 이사와 그의 특수관계자가 공익법인의 이사로 재임하면서 공익법인을 사적지배할 우려가 있는 이상 당연직 이사라는 이유로 특수관계이사 수 산정시 제외할 근거는 없으며, 청구법인은 2009년 2월말 종료되는 사업연도에 총 이사수 7명 중 OOO 2명이 출연자와 그의 특수관계에 있는 이사에 해당하여 성실공익법인 요건을 위반하였는바, OOO은 모두 출연자이면서 동시에 설립자인 김OOO과 친족관계에 해당하며 공익법인 총 이사의 20%를 차지하고 있으므로 공익법인의 사적지배의 우려가 없다고 판단하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 초과보유가산세를 과세한 처분의 당부

② 학교 교직원 및 당연직 이사에 해당하는 대학 총장은 이사선임요건 판단시 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 증여세 경정내용은 아래와 같다. OOO

(2) 청구법인은 아래 자료를 제출하였다. OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2008.2.22. 상증법 시행령 개정으로 추가된 성실공익법인의 이사선임요건은 2008.2.22. 이후 주식을 취득하는 분부터 적용하여야 하 므로 1996년 이후 취득한 주식이 없는 청구법인에게 동 요건을 적용하는 것은 위법하다고 주장한다. 그러나 상증법 제78조 제4항 본문에서 “성실공익법인 등이 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.”고 규정하고 있 는바, 이는 매년마다 성실공익법인 등 해당기준을 판단하여 그 기준을 충족하지 못하면 초과보유가산세를 부과한다고 해석함이 타당하고, 청구주장과 같이 2008년 이전에 취득한 주식에 대하여 개정 전 법령을 적용한다면 공익법인이 보유한 주식을 그 취득일을 기준으로 2008년 이전 취득분은 개정 전 성실공익법인 요건을, 2008년 이후 취득분은 개정 후 성실공익법인 요건을 각각 달리 적용하여야 하는 결과가 되어 불합리한 점, 청구법인의 주장은 소급과세금지 원칙 등에 근거하여 개정된 상증법 시행령 부칙 제3조에 따라 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 개정된 성실공익법인 요건을 적용하여야 한다는 것인데, 이는 개정 전에는 성실공익법인이었다가 개정 이후에 성실공익법인에 해당하지 아니하게 된 경우 즉시 증여세 및 초과보유가산세 등을 부과하도록 함으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하는 것을 막으려는 상증법 제48조의 취지에 반하고, 초과보유가산세의 경우 성실공익법인의 비과세 혜택에 대한 사후관리 측면도 있으므로 성실공익법인에 해당하기 위한 요건은 매년 지속적으로 충족 여부를 판단함이 그 취지에 부합하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주식을 2008.2.22. 이전에 출연받았다 하더라도 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항에서 규정하는 성실공익법인의 요건을 적용하여 이에 해당하는지 여부를 판정함이 타당하다 할 것이다(조심 2019전464, 2019.11.14. 같은 뜻임). 따라서 처분청에서 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 출연 받은 주식 중 5% 초과분에 대하여 초과보유가산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 학교 교직원에 해당하고, 당연직 이사인 대학 총장의 경우 성실공익법인의 이사선임요건(특수관계이사가 1/5 초과 금지) 판단시 ‘특수관계이사 수’에서 제외하여야 한다고 주장한다. 그러나 상증법령의 성실공익법인의 이사선임요건 관련 규정에 학교 교직원 또는 당연직 이사를 제외하여야 한다는 명문 규정이 없는 점, 위 이사선임요건이 공익법인의 의사결정시 특수관계자 등의 영향력 행사를 통한 사적지배를 제한하기 위한 규정임을 고려하면 특수관계이사에 해당하는 학교 교직원(또는 당연직 이사)을 ‘특수관계이사 수’에서 제외하는 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법 (가) 상속세 및 증여세법(2007.12.31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것) 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항・제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각호의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조·제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다.(이하 생략) 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호 외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.

⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인등의 임·직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “주식등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지 제78조(가산세) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조제1항 각호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

⑥ 세무서장등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (나) 상속세 및 증여세법(2007.12.31. 법률 제8828호로 일부개정된 것) 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조제4항・제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조・제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

⑧ 종전과 동일함(변동 없음) 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) 종전과 동일함(변동 없음) 제78조(가산세) ④·⑥ 종전과 동일함(변동 없음) 부칙(2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 것) 제3조(공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 (가) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것) 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라 함은 당해 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등(이하 이 조에서 “성실공익법인등”이라 한다)을 말한다. (나) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 것) 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 법 제50조제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 성실공익법인등을 말한다. 제80조(가산세등) ⑩ 법 제78조 제6항에서 "대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비"라 함은 당해이사 또는 임・직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등(의사, 학교의 교직원(교직원 중 직원은 사립학교법 제29조 에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원에 한한다), 아동복지시설의 보육사, 도서관의 사서, 박물관・미술관의 학예사, 사회복지시설의 사회복지사 자격을 가진 자와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. 부칙(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부개정된 것) 제3조(공익법인등의 주식등의 출연・취득에 관한 적용례) 제13조 제3항‧제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)