청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2018.

2.

2. OOO주택재개발정비사업조합(이하 “쟁점주택조합”이라 한다)과 총 용역대금 OOO 정비사업전문관리용역계약(이하 “쟁점용역계약”이라 한다)을 체결하였다.

• 나. 청구법인은 2019.

8.

7. 쟁점주택조합에게 공급가액 OOO(총 용역대금의 10%)과 공급가액 OOO(총 용역대금의 30%)의 세금계산서 2매(이하 공급가액이 OOO세금계산서를 “쟁점①세금계산서”라 하고, 공급가액이 OOO세금계산서를 “쟁점②세금계산서”라 한다)를 발행하였다.

• 다. 처분청은 청구법인이 쟁점주택조합에게 발행한 위 세금계산서 중 쟁점①세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기는 쟁점주택조합의 조합설립인가일인 2018.2.27.이고, 쟁점②세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기를 쟁점주택조합이 시행하는 주택재개발정비사업의 시공자를 선정한 임시총회일인 2018.12.15.로 보아 2020.2.4. 청구법인에게 2018년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인과 쟁점주택조합 간에 2018.2.2. 체결한 쟁점용역계약의 내용 중 용역의 공급시기와 관련한 제6조에 의하면, 청구법인이 쟁점주택조합으로부터 총 용역대금 중 쟁점주택조합설립인가시(계약금) 10%, 시공사 선정시 30%, 사업시행인가시 25%, 관리처분계획인가시 30%, 청산시 5%를 지급받기로 약정되어 있다.

(2) 청구법인은 쟁점①세금계산서상 용역대금의 공급시기와 관련한 2018년 제1기 부가가치세 부과처분에 대하여는 이의가 없으나, 이 건 부과처분 중 2018년 제2기 부가가치세 부과처분 및 2018사업연도 법인세 부과처분은 국세기본법상 실질과세의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

(3) 쟁점②세금계산서상 용역대금의 공급시기는 쟁점용역계약에 따르면 쟁점주택조합이 시행하는 주택재개발정비사업의 시공사 선정시 도래하나, 그 실질적인 공급시기는 형식적으로 쟁점주택조합 총회에서 시공사를 선정할 때가 아니고 쟁점주택조합과 시공사 간에 공사도급계약 등이 이루어졌을 때로 보아야 한다. 현재 상황은 쟁점주택조합과 시공사간에 ‘공사도급(가)계약서(안)’을 세부적으로 조율하고 있는 중이다.

(4) 재개발 업계의 현황을 보면 주택재개발조합의 총회에서 시공사가 선정되었다가 절차적 하자 등으로 공사도급에 대한 가계약도 하지 못한 상태에서 당초 선정한 시공사가 제외되거나 가계약을 하였다가 조합원들이 총회를 다시 개최하여 본계약 체결 이전에 시공사를 변경하는 경우도 있다.

(5) 청구법인과 쟁점주택조합은 현재 형사사건과 민사사건으로 몇 건의 소송을 진행하고 있고, 이로 인하여 청구법인은 쟁점주택조합설립 인가시(계약금) 받기로 한 총 용역대금의 10%도 받지 못한 상황이다.

(6) 청구법인이 쟁점주택조합에게 쟁점②세금계산서를 발행한 것은 용역의 공급시기가 도래하여서가 아니고 소송과 관련하여 쟁점주택조합을 압박하기 위하여 한 것이다. 청구법인과 쟁점주택조합 간에 법적 분쟁이 종결되어야 모든 문제가 해결될 것으로 예상된다.

(7) 쟁점용역계약이 부가가치세법상 중간지급조건부계약에 해당하기는 하나, 그 실제 내용을 보면 형식적인 의미의 대가의 시간적 구분지급이 아니라 전체 용역을 용역별로 세분하여 그 구분된 각각의 용역이 실질적으로 완료되는 것을 조건으로 그 용역에 대한 대가를 받기로 하는 조건부 계약으로 봄이 타당하므로 쟁점용역계약서상 세분화된 각 용역의 공급이 완료되었을 때 비로소 부가가치세법상 공급시기가 도래한 것으로 해석함이 타당하다.

(8) 따라서 쟁점주택조합이 시공사와 2019년 6월에 체결한 ‘공사도급(가)계약서(안)’의 세부내용을 조율하여 본계약이나 가계약을 체결한 때에 시공사 선정용역이 완료된 것으로 보아 쟁점②세금계산서상 용역에 대하여 부가가치세법상 공급시기가 도래한 것으로 봄이 타당하므로 쟁점주택조합의 총회에서 2018년 12월에 형식적으로 시공사를 선정하였다고 하여 쟁점②세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기를 처분청이 2018년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (9) 법인세법제40조 제1항에 따라 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 그 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하는 것인바(서울행정법원 2018.12.20. 선고 2018구합52792 판결 참조), 쟁점용역계약에 따라 주택재개발정비사업관리용역을 공급하는 청구법인이 쟁점주택조합이 시행하는 주택재개발정비 사업의 시공사 선정시 총 용역대금의 30%를 받기로 한 것과 관련하여 쟁점주택조합의 총회에서 2018년 12월에 시공사 선정에 대하여 의결하였다고 하여 위 용역대금에 해당하는 익금의 귀속시기를 2018사업연도로 볼 수는 없고, 실질적으로 시공사가 선정된 것으로 볼 수 있거나 공사도급가계약서가 작성되어야 위 용역대금에 대한 권리가 성숙·확정된 것으로 봄이 타당하므로 2018년 12월에 쟁점주택조합의 총회에서 형식적으로 시공사를 선정하였다고 하여 처분청이 위 용역대금에 해당하는 익금의 귀속시기를 2018사업연도로 보아 법인세를 부과한 처분도 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)부가가치세법제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호에서 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 규정하고 있다. (2)법인세법제40조에서 익금의 귀속시기는 원칙적으로 그 수입할 금액과 그 수입할 권리가 확정되는 때로 규정하고 있다.

(3) 청구법인과 쟁점주택조합 간에 체결한 쟁점용역계약의 제6조에 의하면 쟁점주택조합설립인가시(계약금), 시공자 선정시, 사업시행인가시 등 각 업무수행단계에 따라 이와 관련하여 정비사업관리용역을 공급하는 청구법인이 총 용역대금 OOO분할하여 지급받기로 약정되어 있다.

(4) 청구법인이 쟁점용역계약에 따라 계약금을 받기로 한 다음날부터 용역의 제공이 완료되는 날까지의 기간이 6개월 이상이고, 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받기로 하였으므로 쟁점용역계약에 따른 청구법인의 정비사업관리용역의 공급은 중간지급조건부 용역의 공급에 해당한다.

(5) 부가가치세법상 중간지급조건부로 용역을 공급시 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 용역의 공급시기이고, 청구법인이 정비사업관리용역을 공급하면서 각 업무수행단계에 따라 용역대금을 받기로 약정한 사실이 쟁점용역계약서에 의하여 확인되므로 쟁점주택조합이 설립인가된 2018.2.27. 쟁점①세금계산서상 용역의 공급시기가 도래하였고, 쟁점주택조합의 총회에서 시공사를 선정한 2018.12.15. 쟁점②세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기가 도래한 것으로 봄이 타당하며, 이 때에 해당 익금의 귀속시기도 도래한 것으로 봄이 타당하다.

(6) 따라서 쟁점주택조합에게 주택재개발정비사업관리용역을 공급하는 청구법인이 중간지급조건부인 쟁점용역계약에 따라 쟁점주택조합의 설립인가일 및 주택재개발정비사업의 시공사 선정시 총 용역대금의 각 10% 및 30%를 받기로 하였으므로 쟁점주택조합이 설립인가된 2018.2.27. 및 시공사가 선정된 2018.12.15.에 위 용역대금과 관련한 각 용역의 공급시기 및 해당 익금의 귀속시기가 도래한 것으로 봄이 타당한바, 이에 따라 처분청이 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 주택재개발정비사업의 시공사 선정시 이를 시행하는 조합으로부터 용역대금을 지급받기로 한 용역계약에 따라 그 공급시기 및 익금의 귀속시기가 도래한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (3) 부가가치세법 시행규칙 제19조【장기할부조건부 용역의 공급】영 제29조 제1항 제1호에 따른 장기할부조건부로 용역을 공급하는 경우는 용역을 공급하고 그 대가를 월부, 연부 또는 그 밖의 할부의 방법에 따라 받는 것 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 2회 이상으로 분할하여 대가를 받는 것

2. 해당 용역의 제공이 완료되는 날의 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 제20조【중간지급조건부 용역의 공급】영 제29조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.4.11. 정비사업전문관리업을 주업종으로 하여 사업자등록하였고, 현재 본점소재지는 OOO지점에 대한 사업자등록을 하였다.

(2) 청구법인이 2018.

2.

2. 쟁점주택조합과 체결한 쟁점용역계약서에 의하면 청구법인이 정비사업관리용역을 쟁점주택조합에게 공급하고 그 대가를 받기로 한 계약내용은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점용역계약서상 용역대금 지급 조건 (단위: 백만원)

(3) 쟁점주택조합은 2018.2.27. 조합설립인가가 이루어졌고, 쟁점주택조합은 2018.12.15. 임시총회를 개최하여 시공자를 OOO선정하였다. (4) 쟁점주택조합과 시공사인 OOO는 2019년 6월에 쟁점주택조합이 시행하는 OOO 주택 재개발정비사업(연면적 690,808.1㎡)을 공사도급금액 OOO 공사도급계약하기로 하는 공사도급(假)계약서(案)을 작성하고, 계약당사 자인 법인들과 및 연대보증인들이 기명날인하였다.

(5) 청구법인은 2019.8.7. 쟁점주택조합에게 쟁점①·②세금계산서를 발행하였으나, 이에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

(6) 처분청은 청구법인이 쟁점주택조합에게 발행한 위 세금계산서 중 쟁점①세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기는 쟁점주택조합의 조합설립인가일인 2018.2.27.이고, 쟁점②세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기를 쟁점주택조합이 총회를 개최하여 시공자를 선정한 2018.12.15.로 보아 이를 전제로 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분을 하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2019.8.7. 쟁점주택조합에게 발행한 쟁점②세금계산서상 용역대금과 관련한 용역의 공급시기 및 그 익금의 귀속시기를 2018년 제2기 부가가치세 과세기간 및 2018사업연도로 보아 처분청이 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,부가가치세법제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호에서 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 규정하고 있고, 청구법인과 쟁점주택조합 간에 체결한 쟁점용역계약은 중간지급조건부에 해당하는 점, 쟁점용역계약에 의하면 청구법인이 쟁점주택조합으로부터 시공사 선정시 쟁점②세금계산서상 공급가액 상당액을 지급받기로 약정되어 있고, 쟁점주택조합이 시행하는 주택재개발정비사업의 시공사가 2018.12.15. OOO선정된 점 등에 비추어 처분청이부가가치세법상 쟁점②세금계산서상 용역대금에 상당하는 용역의 공급시기를 2018년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보고, 동 용역대금에 대한 권리·의무도 2018사업연도에 확정되었으므로 법인세법상 그 익금의 귀속시기를 2018사업연도로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.