AA지방국세청장의 감사 시정지시에 따른 양도소득세 실지 조사 당시 쟁점금액이 청구인이 대표자로 있는 법인과 배우자의 계좌에서 쟁점토지의 잔금청산일 또는 전일에 인출된 사실을 고려하여 쟁점토지의 취득가액으로 기 인정하였던 점, … (이하 붙임과 같습니다)
AA지방국세청장의 감사 시정지시에 따른 양도소득세 실지 조사 당시 쟁점금액이 청구인이 대표자로 있는 법인과 배우자의 계좌에서 쟁점토지의 잔금청산일 또는 전일에 인출된 사실을 고려하여 쟁점토지의 취득가액으로 기 인정하였던 점, … (이하 붙임과 같습니다)
요 지 AA지방국세청장의 감사 시정지시에 따른 양도소득세 실지 조사 당시 쟁점금액이 청구인이 대표자로 있는 법인과 배우자의 계좌에서 쟁점토지의 잔금청산일 또는 전일에 인출된 사실을 고려하여 쟁점토지의 취득가액으로 기 인정하였던 점, 처분청이 제시하는 쟁점토지의 취득가액은 거래당시 공시지가 보다 더 낮은 금액으로 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 부적정한 금액으로 보이는 점 등에서 처분청이 쟁점금액을 쟁점토지의 취득가액에서 제외하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 동일한 건에 대해 재조사를 하는 것은 세무조사권의 남용을 금지하고 있는국세기본법제81조의4 제2항에 위배되어 부당하므로 이 건 재조사(감사지적)에 따른 경정·결정은 취소되어야 한다. (가)국세기본법제81조의4 제2항 각 호에서 규정하는 사유를 제외하고는 세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다 할 것인데, 이는 동일 세목 및 동일 과세기간에 대하여는 원칙적으로 세무조사를 1회 실시하되 중복세무조사를 불허함으로써 세무조사권이 남용되는 것을 방지하고, 납세자의 영업의 자유나 프라이버시를 보호하기 위한 취지인 것으로 이해되는바, 즉 세무조사의 한계를 넘어 중복세무조사가 실시된 경우에는 그에 기한 과세처분은 위법하게 되는 것이다. (나) 처분청은국세기본법제81조의4 제2항 각 호의 재조사 가능 사유 중에서 국세기본법 시행령제63조의2 제2호의 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우에 해당한다고 주장할 것으로 사료되나, 대법원 판례(대법원 2019.6.13. 선고 2019두34647 판결, 대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결, 대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결, 대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결 외 다수)에서 종전 세무조사에서 작성 또는 취득한 과세자료는 구 국세기본법 시행령제63조의2 제2호 전단에 정한 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘과세자료’에 해당하지 아니하므로, 이와 같은 과세자료에 기초하여 지방국세청이 감사 과정에서 실시한 재조사는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에 해당한다고 할 수 없다고 반복하여 판시하고 있는 것을 고려하면, 세무서 및 지방국세청의 감사에 따라 과세가 확정된 건에 대해서 다른 지방국세청에서 재차 감사를 실시하는 것은 중복세무조사를 금지하고 있는국세기본법제81조의4 규정을 위반하는 것이라 할 것이다. (다) 대법원 2007두18161 판결(2010.6.24. 선고)에서도 이의신청 과정에서 과세관청이 그 불복사유가 타당하다고 인정하여 그에 따라 필요한 처분을 하였음에도 특별한 사유 없이 상급관청의 감사지적 사항이라 하여 이를 번복하고 재경정한 처분은 위법한 것이라 판시한 사실이 있는바, 청구인은 처분청의 1차 경정·고지를 위한 조사 당시 처분청에서 제출 요청한 자료를 가능한 한 성실히 제출하였고, 은행에서 제공이 어려운 자료는 국세청의 전산을 이용해서 조회하여 줄 것을 강력히 요청한 바 있으며, 수차례의 면담 조사에도 성실히 응하여 그 결과 당시 처분청에서 사회통념상 타당한 부분에 대해서는 취득가액으로 인정하고 조사를 종결하였음에도 새로운 사실관계가 발생하거나 당시에 수집하지 못했던 서류 등이 발견된 것도 아닌 상황에서 단순히 상위 기관의 감사에 따른 지시만으로 기존에 인정해 주었던 취득가액을 아무런 논리없이 감액하고 이에 따라 경정·고지한 것은국세기본법및 납세자권리헌장에도 어긋나는 부당한 처분이라 판단되므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 청구인이 대표자로 되어 있는 법인과 청구인과 생계를 같이하는 배우자의 통장에서 쟁점토지의 잔금청산일에 수표로 인출된 거액의 자금은 쟁점토지의 취득대가로 지급되었다고 보는 것이 사회통념상 타당하고, 특히 처분청이 2차 경정·고지시 쟁점토지의 취득가액으로 본 OOO은 당시 쟁점토지의 기준시가보다도 낮은 금액으로 통상적으로 토지의 기준시가는 시가의 60∼70%인 것을 고려하면 이는 사회통념과 상식을 벗어나는 것이므로 처분청이 당초 1차 경정시 인정한 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 취소하여야 한다. (가) 청구인이 쟁점토지를 취득함에 있어 청구인 본인의 통장에서 이체된 금액만이 취득원가라는 처분청의 의견은 일반적인 사회통념에 어긋나는 것인바, 청구인이 대표자로 있는 법인과 배우자의 통장에서 쟁점토지의 잔금지급일 당일이나 잔금 지급일 하루 전에 통상적이지 않은 거액이 수표로 인출되었고, 모바일 뱅킹 등이 대중적이지 않았던 2005년 당시에 부동산 거래에 있어 수표로 대금을 주고받는 것이 일반적인 거래 관행이었음을 감안한다면 쟁점금액이 충분히 쟁점토지의 취득가액으로 지급되었을 것이라는 합리적 추정은 가능한 것이다. (나) 대법원 판례(대법원 2019.9.25. 선고 2019두42594 판결)에서도 본인과 남편, 시누이, 동생 등 가족의 계좌에서 인출된 돈을 토지의 취득자금으로 인정한 바 있으며, 심판결정례(조심 2015광3318, 2015.11.3.) 에서는 청구인과 대표이사가 부부관계이므로 부부 간에 별도의 통장을 개설한 경우이든, 일방의 명의로 개설하여 공동으로 관리하는 경우이든 부부간 통장의 사용목적 및 사용방법 등 편익적 측면에 불과하다는 것이 사회통념에 타당하다고 결정한 바 있고, 다른 선결정례(조심 2019서1505, 2020.1.15.)에서는 부동산 양수자가 양도인 본인이 아닌 양도인의 배우자에게 지급한 금액까지도 해당 양수자의 부동산 취득대금으로 인정해 준 사실이 있으므로, 가족이나 본인이 운영하는 사업체는 거래관계에 있어 사실상 하나의 대금지급 주체로 보는 것이 사회통념상 합리적이라 할 것이다. (다) 청구인이 쟁점금액 상당액을 청구인 계좌로 이체하여 수표로 발행할 수 있었음에도 왜 이렇게 하지 않고 법인과 배우자 명의계좌에서 수표로 출금하였는지에 대하여 의문이 있을 수 있으나, 이는 양도자가 양도가액을 OOO으로 신고하려는 의도에서 전체 양도가액OOO이 입금되면 과세관청에 적발 당할 수 있다는 판단을 하여 청구인 입장에서는 OOO만 청구인 명의 수표로 지급하고, 나머지 쟁점금액은 타인 명의로 지급하게 된 것인바, 당시 정확한 정황에 대해서 현재는 이를 확인하거나 증명할 방법이 없으므로 확실하다고 할 수는 없지만 양도자인 중종 입장에서 본인의 양도소득세 절감을 위하여 매매가액을 일부 조정해 주는 대가로 이와 같은 요청을 하였다면, 세무적 전문지식이 없던 청구인의 입장에서는 이를 수용할 수 밖에 없었으므로 이러한 상황을 종합적으로 고려하여 쟁점금액도 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다. (라) 또한, 쟁점토지의 취득일인 2005년 당시 기준시가는 OOO(기준일 2005.1.1., 개별공시지가 ㎡당 OOO)이었는데, 이는 처분청이 쟁점토지의 취득가액으로 본 OOO보다 더 높은 가액인바, 2020.2.12.자 국토교통부의 표준공시지가 보도자료의 공시지가 현실화율(시가 대비 공시지가의 비율로 65.5%이고, 쟁점토지와 같은 임야는 62.7%)과 비교하더라도 처분청이 산정한 취득가액은 부당하다는 것을 알 수 있다. 이에 더하여 표준공시지가의 현실화율이 최근 몇 년 새에 급격하게 상승하고 있는 점을 감안하면 2005년에는 현실화율이 더 낮았을 것으로 추정되는데, 현재 2005년의 표준공시지가 현실화율에 대한 자료를 구할 수 없으므로, 2020년의 현실화율을 차용하여 쟁점토지의 시가를 계산해 보면 OOO(2005년 공시지가 × 현실화율 62.7%)으로 추정되는바, 2005년의 현실화율을 적용한다면 시가는 이보다 더 높을 것이라 추정되므로 처분청이 1차 경정시에 인정한 취득가액 OOO은 적정한 것이다. (마) 통상 부동산 거래시 계약금이 10% 지급되는 것이 일반적인 관례인데, 계약일인 2005.1.25. 청구인의 계좌에서 OOO이 인출되어 지급되었다면, 전체 거래금액은 OOO으로 추정하는 것이 합리적일 것이고, 취득세 등 취득부대비용까지 감안한다면 OOO이 적정한 취득가액임을 알 수 있으며, 또한소득세법제97조 제7항 은 “자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다”고 규정하고 있어 거주자가 양도한 자산을 취득할 당시 취득가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 양도한 자산의 취득가액으로 본다는 규정은 있으나, 해당 법령의 적용에 있어서는 그 적용요건을 엄격하게 해석하여야 하는데, 같은 법 시행령 제163조 제11항 제2호에서는 “대통령령으로 정하는 방법”이란 거주자가 부동산 취득시 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 제1항 에 따른 부동산의 실제거래가액을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법으로 규정하고 있으나, 부동산거래 신고제도는부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조를 최초 규정한공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고 관한 법률(2005.7.29. 법률 제7638호로 전부 개정된 것) 제27조에 따라 2006.1.30.부터 시작되었고, 한편 양도자가 전소유자의 부동산 양도신고에 있어서 인감증명서를 제출하는 방법으로 전소유자의 양도가액을 확인하는 경우에 당해 확인된 가액을 양도자의 취득가액으로 보는 규정은 구소득세법(1999.12.28. 법률 제6051호로 일부 개정된 것) 제97조 제7항에 도입되어 최초 적용대상을 같은 법 제96조 제1항 제1호 에 따른 고급주택에 한정하였다가, 2006.1.1. 적용대상을 모든 부동산(토지, 건물)과 부동산에 관한 권리로 확대하는 것으로 개정(2005.12.31.법률 제7837호로 일부 개정) 되었는바, 청구인이 쟁점토지를 취득한 시점인 2005년 2월에는 부동산 관계 법령에 따른 부동산 거래 신고제도가 도입되지 않았고, 쟁점토지는 고급주택이 아니므로 인감증명서를 제출하는 방법으로 전소유자의 양도가액을 확인하는 방법의 적용대상 또한 아니므로 이 건에소득세법제97조 제7항을 바로 적용할 수도 없는 것이다(조심 2019서1505, 2020.1.15. 같은 뜻임). (바) 결론적으로 배우자나 본인이 대표자로 있는 법인통장에서 잔금지급일 당일 혹은 전날 거액이 수표로 인출되었으며, 당시의 부동산 거래시에는 수표로 대금을 지급하는 것이 일반적인 점, 양도자인 종중이 양도가액을 낮춰 신고하기 위해 타인 명의의 수표를 요구할 수 있다는 정황, 기준시가와 현실화율로 당시 시가를 역산해 보아도 청구인의 주장이 타당한 점(처분청의 2차 경정에 따른 취득금액은 기준시가보다도 낮은 점), 양도자의 양도가액을 취득자의 취득가액으로 보는소득세법제97조의 제7항의 규정은 본 거래에 적용할 수는 없는 점 등을 종합적으로 고려하면, 이 건 양도소득세 부과처분은 아무런 법률적 근거도 없이 사회통념도 모두 무시한 위법 부당한 처분이므로 당연히 취소되어야 한다.
(1) 감사청의 처분청에 대한 정기감사는 본래 목적이 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이 아니라 세무행정의 적정성 판단을 위한 것이고, 과세에 필요한 자료수집 등의 행위가 존재하지는 않았으며, 청구인이 주장하는 재조사에 해당하는지 여부는 세무조사를 하기 위해서는 납세자권리헌장을 교부하고, 사전통지, 결과통지 등이 이루어져야 함에도 해당 사실이 없었고, 처분청 담당공무원이 청구인의 사업장을 방문하거나 원고들에게 세무서 방문을 요구한 사실이 없는 등 직접적으로 접촉하거나 장부·서류·물건 등을 조사·확인 요청한 사실도 전혀 없었다. 감사청의 해명요구서는 당초 청구인에 대한 조사 당시 조사를 담당하였던 조사팀에 조사에 대한 사실관계 및 제세 경정내역이 적절한지에 대하여 요청하였던 사항으로 청구인과는 직접적인 관계가 없는 사항이므로 이 건 양도소득세 부과처분이 금지된 재조사에 따라 이루어 져 위법·부당하다는 청구주장은 타당하지 아니하다.
(2) 쟁점토지의 전소유자인 OOO이 양도소득세 신고시 쟁점토지의 양도가액을 OOO으로 신고하였고, 신고시 청구인과 작성한 매매계약서와 청구인이OOO에 쟁점토지를 양도하였다는 사실확인서를 청구인의 인감증명서를 첨부하여 제출한 점, 처분청의 조사 당시 청구인의 계좌에서 쟁점토지 거래 전후로 출금된 금액이 OOO으로 확인되고 있는 점, 청구인은 본인이 대표이사로 있는 OOO와 청구인의 배우자 계좌에서 출금된 쟁점금액이 쟁점토지의 취득가액에 포함된다고 주장하나 출금한 자금이 전소유자에게 지급된 사실이 확인되지 아니하고, 쟁점금액이 쟁점토지 취득가액에 포함된다고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에서 처분청이 전소유자가 제출한 매매계약서상의 금액인 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.
① 이 건 양도소득세 부과처분이 동일한 사안에 대한 재조사에 기인한 것이어서 부당한지 여부
② 처분청이 부인한 쟁점금액OOO을 쟁점토지의 취득가액에 포함할 수 있는지 여부
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부 등의 제출을 요구해서는 아니된다.
④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의2 【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 4.조세범 처벌절차법제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. (3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우
2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우
(1) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2005.2.18. 매매를 원인(2005.2.1.)으로 전소유자인 OOO으로부터 청구인에게 소유권이전등기 되었고, 2015.12.31. 공공용지의 협의 취득을 원인(2015.12.28.)으로 OOO에게 소유권이 재이전된 것으로 나타난다.
(2) 청구인이 2015.12.31. 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고서에 의하면, 양도가액은 청구인이 OOO와 체결한 용지매매계약서상의 매매금액인 OOO으로 하고, 취득가액은 OOO(실지거래가액으로 쟁점토지 가액은 OOO)으로 하여 양도차익 OOO을 계산하였고, 여기에서 장기보유특별공제 OOO을 공제하여 양도소득금액 OOO을 산정한 후, 납부할 세액 OOO을 산출한 것으로 나타난다.
(3) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청은 2017.6.5. OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 위 양도소득세 신고내역의 적정성에 대하여 조사한 후, 취득가액을 OOO으로 정정하여 추가납부세액 OOO을 경정·고지한 것으로 나타나고, 이후 감사청의 교차감사에서 위의 정정 취득가액 중 쟁점금액OOO이 전소유자에게 실제 지급하였는지 여부가 불분명하다고 보아 쟁점금액을 제외하여 취득가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 경정하도록 처분 지시하였으며, 이에 처분청은 2020.2.14. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO과 농어촌특별세 OOO을 경정·고지한 것으로 나타난다.
(4) 청구인이 OOO으로부터의 쟁점토지 취득과 관련하여 그 증빙으로 제시한 부동산매매계약서에 의하면, 2005.2.1. 청구인과 OOO 대표 OOO간에 매매대금을 OOO(계약금 OOO, 잔금 OOO)으로 하여 계약을 체결하였고, 중개인 없이 쌍방합의에 따라 작성하였으며, OOO 대표 OOO이 2005.2.18. 작성한 거래사실확인서에는 종중이 청구인과 매매대금 OOO에 쟁점토지를 거래한 사실이 있다고 인감증명서를 첨부하여 확인한 것으로 나타난다. 반면, 전소유자인 OOO이 2005.3.22. 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고시 과세관청에 제출한 부동산매매계약서에는 거래금액이 OOO으로 기재된 것으로 나타난다.
(5) 처분청이 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 1차 경정결의시 확인한 쟁점토지 취득관련 금융거래내역은 아래 <표1>과 같은바, 처분청은 청구인 계좌에서 2005.1.15.부터 2005.2.17.까지 4회에 걸쳐 출금된OOO과 청구법인이 대표이사로 있는 OOO의 법인계좌에서 2005.2.16. 출금된 OOO, 청구인의 배우자 전인자의 계좌에서 2005.2.17. 출금된 OOO 등 합계 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여 양도소득세를 경정한 것으로 나타난다. OOO
(6) 청구인이 제시한 쟁점토지의 임야대장(OOO구청장 이 2020.4.14. 발급) 및 개별공시지가 열람자료에 의하면, 청구인이 전소유자로부터 쟁점토지를 취득한 2005.1.1. 기준 쟁점토지의 개별공시지가는 평방미터당 OOO으로 쟁점토지의 면적 9,256㎡를 곱하면 총 OOO인 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점토지를 양도한 2015년도의 평방미터당 개별공시지가는 OOO인 것으로 나타난다.
(7) 청구인이 제시한 국토교통부의 2020.2.12.자 2020년 표준지공시지가 공시 보도자료에 의하면, 2020년도 전체 표준지공시지가 현실화율은 65.5%이고, 쟁점토지와 같은 임야의 표준지공시지가 현실화율은 62.7%로 2019년의 61.6% 대비 1.1%p 상승한 것으로 나타난다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세 부과처분이 중복조사를 금지하고 있는국세기본법제81조의4 규정에 위배되어 부당하다고 주장하나, 당초 서울지방국세청장의 감사 시정지시에 따른 1차 경정고지는 처분청이 청구인을 정식 조사대상자로 선정하여 49일간 실시한 세무조사에 따라 이루어진 것이나, 감사청의 감사 시정지시에 따른 2차 경정고지는 납세자에 대한 직접조사 없이 세무행정 집행에 대한 적정성의 판단 결과 처분청에 대한 소명 절차를 거쳐 이루어진 내부적 행정절차(오류시정 차원)에 따른 것으로 이를 금지된 재조사에 의해 이루어진 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 2차 경정고지에 앞서 청구인에게 면담이나 장부·서류 등의 자료제출 또는 확인요청, 세무조사 사전통지나 결과통지 등 세무조사시 이루어지는 통상의 절차 없이 일부 과세처분의 오류에 대하여 내부적 판단으로 과세표준 및 세액을 경정한 점 등에서 이 건 양도소득세 부과처분이 중복조사금지에 위배되어 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(10) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 전소유자가 쟁점토지의 양도소득세 신고시 양도가액이 OOO으로 기재된 부동산매매계약서를 제출하였고, 청구인이 대표이사로 있는 법인과 배우자의 계좌에서 수표로 인출된 금액이 쟁점토지의 전소유자에게 직접 지급된 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점금액을 쟁점토지의 취득가액에 포함시키기 어렵다는 의견이나, 처분청이 OOO지방국세청장의 감사 시정지시에 따른 양도소득세 실지 조사 당시 쟁점금액이 청구인이 대표자로 있는 법인과 배우자의 계좌에서 쟁점토지의 잔금청산일 또는 전일에 인출된 사실을 고려하여 쟁점토지의 취득가액으로 기 인정하였던 점, 청구인이 쟁점금액에 대하여 쟁점토지의 취득당시 수표발행 등의 방법으로 매매대금조로 지급하였다고 소명한 반면, 처분청은 쟁점금액이 전소유자에게 귀속된 사실이 없다거나 매매대금 이외의 다른 목적으로 사용된 것이라고 추정만 할 뿐 주장근거를 뒷받침할 만한 증빙의 제시가 없으므로 쟁점금액을 쟁점토지의 취득대금으로 보는 것이 입증책임의 법리나 경험칙에 비추어 합리적으로 보이는 점, 처분청이 제시하는 쟁점토지의 취득가액 OOO은 거래당시 공시지가인 OOO보다 더 낮은 금액으로 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 부적정한 금액으로 보이고, 통상 시가 대비 공시지가 비율이 60%p 대임을 감안할 때 처분청이 1차 경정시 인정한 OOO(공시지가 현실화율 62.7%p)을 쟁점토지의 취득가액으로 봄이 합리적인 점 등에서 처분청이 쟁점금액을 쟁점토지의 취득가액에서 제외하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”