조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

사건번호 조심-2020-서-1676 선고일 2020.10.30

청구인의 경제활동이 일시적ㆍ부수적으로 보이지 않는 점, 농지원부는 쟁점토지 매매약정 이후에 작성된 것으로 확인되며, 조합원 가입일자도 쟁점토지 매매약정 이후로 확인되고, 농자재구매내역 또한 쟁점토지 양도 이후 거래분으로 확인되는바, 청구인이 8년 자경 사실을 입증했다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인OOO은 1962.10.16. 농지개혁법제11조에 따라 토지거래허가구역 내에 소재한 경기도 OOO를 취득하여 보유하다가, 2002.8.13. 주식회사 OOO과 매매가액을 OOO으로 하는 매매계약을 체결하였고, 2002.8.13. 계약금 OOO, 2002.9.27. 중도금 OOO, 2006.12.22. 잔금 OOO을 각각 수령하였으며, 2014.2.6. 쟁점토지에 대한 토지거래허가가 해제되었고, 2015.12.1. 매수인에게 소유권이전등기가 완료되었는바, 청구인은 2016.11.22. 쟁점토지의 양도일자를 2006.12.22.로 하고 8년 이상 자경농지에 대한 양도소 득세 감면 OOO을 적용하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 기한후신고하였다.
  • 나. 처분청은 2019.4.29.∼2019.5.18. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 볼 수 없다고 판단하여 감면세액 OOO을 부인하고 2019.9.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.11. 이의신청을 거쳐 2020.4.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 쟁점토지에 대한 농지여부는 계약일인 2002.8.13.로 판단하여야 할 것이고, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부 역시 2002.8.13. 현재 시행되던 법률을 적용하여야 하는 것으로, 판례OOO에 따라 청구인이 가족과 협업으로 쟁점토지를 자경한 이 건에 있어서 직접 경작한 것으로 보아 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 할 것임에도, 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(1) 청구인은 1962.10.16. 쟁점토지를 취득하여 가족과 함께 군복무 이전에 이미 8년 이상 자경(9세 때 취득하여 부모님과 함께 8년만 자경을 하여도 청구인의 나이가 불과 17세 밖에 되지 아니한다)을 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하였으므로, 그 이후 기간에 근로소득이 발생하였다는 등의 사유로 양도소득세 감면을 부인할 수는 없는 것이고, 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하여야 한다는 조세특례제한법 시행령제66조 제13항의 규정은 2006.2.9. 신설된 규정으로서, 2002.9.27.에 이미 거래대금의 94.67%를 지급받고 매수인에게 사용허락을 하는 등 사실상 양도가 이루어진 쟁점토지에 대하여 해당 규정을 적용할 수는 없는 것인바, 쟁점토지 소재지에 거주하면서 경작만 하면 감면요건이 충족하였다고 보아야 하는 것이며, 이러한 점을 감안하여 OOO세무서장은 2009.9.11. 양도한 쟁점토지와 같은 소재지의 농지 수용 건에 대하여 자경사실을 인정하여 감면을 적용하여 준 바 있고, 청구인이 취득일로부터 양도일까지 쟁점토지를 직접 경작하였다는 사실이 인근 주민의 경작사실 확인서, 농지원부, OOO 구매내역 등 증빙서류에 의하여 확인이 가능하며, 타인이 대리경작을 하였다는 등의 사실이 밝혀진 바 없음에도 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다. 또한, 처분청은 쟁점토지가 양도일 전후 항공사진상 농지로 보이지 않는다는 의견이나, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 농지 여부를 판단하는 것이므로 매매계약일(2002.8.13.) 이후인 2003.12.16. 및 2007.4.5.자 항공사진은 고려의 대상이 아니고, 2001.11.18. 현재 항공사진의 경우 당시 조직폭력배들이 쟁점토지 인근 공사현장에서의 건축폐기물 등을 쟁점토지를 포함한 OOO 일대에 불법 매립할 당시의 사진으로, 그 당시 인근 주민들은 조직폭력배들에게 직접 대항할 수 없어 OOO에게 수차례 진정을 요청한 바 있으며, 불법매립자들은 불법매립으로 인해 형사처벌을 받은 사실이 있는바, OOO도 위와 같은 사정을 고려하여 불법매립 이후에도 쟁점토지를 농지로 보아 재산세를 분리과세한 바 있다. 따라서 매 매계약일 현재 쟁점토지는 농지에 해당하였던 것으로 봄이 타당하다.

(2) 쟁점토지의 현황은 매매계약일인 2002.8.13.의 현황으로 농지여부를 판단하여야 하며, 당시 시행되는 법률에 의거 8년 자경여부를 판단하여야 한다. OOO 구 조세특례제한법 시행령제66조 제5항 단서에서는 “양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준”으로 하고 있고, 청구인이 2002.9.28. 매수자에게 쟁점토지를 인도한 후 주택건설업체인 매수인은 쟁점토지 인근 16,000평을 구입하여 김OOO으로 하여금 관리하게 하였는바, 청구인은 매수자에게 쟁점토지에 대한 토지사용을 승낙하여 청구인이 쟁점토지를 사용할 수 없는 상황이었으므로 부동산(토지) 매매 계약일인 2002.8.13. 현재를 기준으로 농지인지를 판단하여야 하며, 2002.8.13. 이후 매수인의 대리인인 김OOO이 관리하고 있어 청구인이 쟁점토지를 사용한 사실이 없으므로 매매계약일을 기준으로 청구인의 8년 자경여부를 따져보아야 하고, 그와 관련된 법 규정 역시 2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 이전의 규정을 적용하여야 할 것이다. 그리고 처분청이 제시한 2001.11.18. 현재 항공사진은 당시 조직폭력배들이 쟁점토지 인근인 2002년 OOO 공사 및 인근 아파트 공사현장 등에서의 건축폐기물 등을 쟁점토지를 포함한 주경기장 인근인 OOO에 불법 매립할 당시의 사진으로 OOO 주민들이 직접 조직폭력배들에게 대항할 수 없어 OOO에 수차례 진정을 하였고, 불법매립한 당사자들은 검찰의 수사를 받고 구속되는 등 형사처벌을 받았으며, OOO은 주민들의 진정을 받아들여 불법 폐기물을 치워준 사실이 있고, 이와 같은 내용은 당시 신문기사로 확인할 수 있다. 또한 청구인을 포함한 덕이동 주민들이 불법으로 용도변경을 하였다면 OOO에서 재산세를 농지가 아닌 다른 용도로 과세하였을 것인데, 이와 같은 사실을 잘 알고 있는 시에서는 쟁점토지를 농지로 재산세를 분리과세 하였는바, 이것만 보더라도 청구인의 주장이 사실임을 반증하고 있다OOO.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 매매 잔금을 수취한 2006.12.22. 쟁점토지를 양도한 것인바, 8년 이상 자경농지에 대한 세액 감면을 받으려면 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시종사 하거나 다른 직업을 가져서 상시 종사자가 아닌 경우는 1/2 직접 자기 노동력에 의하여 경작하여야 하는 요건을 충족하여야 하는 것이나, 청구인은 9세에 쟁점토지를 취득하여 양도일까지 공백기간 없이 초등학교, 중학교OOO 고등학교OOO, 대학교OOO, 군복무, 직장 근로자 생활을 거쳐 근무 직장과 동종 업종의 주식회사 OOO를 설립하여 운영하던 중 양도하였으므로, 쟁점토지 외 다른 농지를 보유한 상태에서 800평가량의 쟁점토지를 자기의 책임ㆍ계산 하에 다른 사람 또는 생계나 세대를 같이하는 가족(부모 등) 등으로 하여금 경작하게 하거나 가족의 노동력이나 타인에 의한 (기계화)작업 등이 없이 1/2 이상 직접 본인 노동력을 투입하여 자경함이 불가능하다고 보는 것이 상식적인 판단인 반면, 자경사실에 대한 입증책임은 세액을 감면받고자 하는 자에게 있는 것으로 학업, 군복무, 근로기간, 법인 운영 기간 중 1/2이상 직접 자기의 노동력을 투입하여 8년 이상 자경 하였다는 사실에 대하여 결근, 결석, 조퇴 등 어떠한 방식으로 어떤 작물을 재배 하였는지, 판매처, 경작과 관련된 수입 및 비용에 대한 금융 증빙 또는 영수증 등 객관적인 본인의 직접 자경 증빙 없이 단지 이웃 주민의 자경 사실 확인서와 비료 공급일자가 쟁점토지 양도일 이후인 무관한 비료 구매확인서 등을 증빙으로 제시하면서 부모님과 같이 농사를 지었다고 주장하는바, 청구인이 1/2 이상을 자기의 노동력으로 하여 쟁점토지를 자경하였다고 보기 어려운 이상 양도일 현재 쟁점토지가 농지에 해당하는지 여부를 불문하고 청구주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부
  • 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(이하생략)

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(이하생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(이하생략)

⑫ 법 제69조 제1항 본문에서 직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.<신설 2006.2.9.> (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것.

  • 가. 전자정부법제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인
  • 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

  • 가. 전자정부법제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
  • 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세 근거서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구인과 OOO조합장인 아버지 OOO은 과거부터 쟁점토지 외 대규모 농지를 보유하고 있었고, 쟁점토지에 대하여 청구인은 9세에 취득하여 양도시까지 보유 기간 내내 학업, 군 복무, 모피 회사 근무, 법인OOO 운영 등을 하고 있음이 확인되었으며, 근로소득 규모, 법인세 신고 내용, 국외 업무 출장 내역 등에 비추어 정상적인 직장 생활 및 법인 정상 운영 사실이 확인된바, 학업 기간(수업 및 통학 시간), 군 복무기간, 근무 시간, 연구 시간(실험실 근무시), 근무 시간 외 업무 활동, 회식, 야근, 출퇴근 시간, 농지 이동 시간, 출장, 영업 활동, 가사 시간 등 고려하면 2,587㎡이나 되는 토지를 1/2 이상 직접 자기 노동력으로 자경할 수 없는 것으로 판단하였다.

1. 청구인의 주민등록 이력과 관련하여 주민등록 초본에는 출생OOO 이후 1977.10.25.까지 내역이 확인되지 아니하고, 청구인은 주민등록 전산시스템이 1978년 전산화되기 이전에는 세대주를 기본으로 하여 수기처리하였다면서 부모의 주민등록초본 및 수기자료를 제출하였는바 내용을 정리하면 아래 <표1>과 같다. OOO

2. 청구인은 OOO를 1965년 졸업, OOO를 1968년 졸업, OOO를 1971년 졸업, OOO를 졸업하였고, 군복무 후 OOO에 소재했던 모피회사에서 근로자로 근무하다가 1991년 10월부터 OOO에서 모피회사를 경영 중인 것으로 확인된다. (나) 쟁점토지 인접 토지주 및 매수인에게 쟁점토지의 이용 현황 및 청구인의 자경 여부 확인을 요청한바, 쟁점토지 인접 토지주는 “청구인의 부친이 OOO이므로 당연히 청구인과 부친을 알고 있으나 청구인의 직접 경작 여부는 알지 못하고 보통 인근 주민들이 기계로 대리 경작하여 주는 경우는 있는 것으로 알고 있다”고 진술 하였고, 매수인은 쟁점토지의 이용 현황 및 청구인의 직접 경작여부는 알지 못한다고 진술하였다. (다) 청구인은 2009.9.11. 양도한 OOO에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 2016.11.14.자 농지원부에 의하면 최초작성일은 2003.5.27.이고, 2016.1.13. 삭제 전까지 쟁점토지를 자경한 것으로 되어 있으며, 발행일 현재 소유농지 4필지 3,059㎡를 자경하는 것으로 되어 있고, 세대원(업무집행사원)으로 아버지 김OOO이 전입되어 있다. OOO (나) 이OOO 등이 기명날인한 자경사실확인서는 청구인이 쟁점토지를 취득 시부터 양도시까지 직접 자경한 사실을 확인한다는 내용이다. (다) OOO이 발행한 조합원증명서에 의하면 가입일자는 2008.10.6.로 확인된다. (라) OOO이 발행한 영농자재 공급확인서와 거래자별매출상세내역은 청구인이 2008∼2019년 농자재 등을 구매하였다는 내용(현재도 농지가 있어 계속 구매중임)이고, 그 이전 구매내역은 현재 10년 이상 경과하여 발행되지 아니한다고 소명하였다. (마) 청구인은 구 조세특례제한법 시행령제66조 제5항 단서 규정에 따라 “양도일 이전에 매매계약 조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준”으로 하여야 한다고 주장하면서, 그 근거로 매수인의 확인서, 매매약정서, 토지사용승낙서를 제출하였다. (바) 청구인은 쟁점토지 인근인 2002년 OOO 및 인근 아파트 공사현장 등의 건축폐기물이 무단으로 불법 매립되어 쟁점토지를 농지로 사용하지 못한 부득이한 사유의 근거로 신문기사, 종합토지세 과세내역서, 항공사진 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 취득 후 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 농지 소유자가 영농에만 전념하는 전업농민이거나, 또는 전업농민은 아니라 하더라도 농업 외 타 직업이 객관적으로 보아 일시적ㆍ부수적 활동에 그쳐야 하는 것이고, 동 규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 그 감면요건은 엄격하게 적용하여야 하고 이에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세자에게 있다고 할 것인 점, 청구인은 9세에 쟁점토지를 취득하여 양도시까지 보유기간 내내 학업, 군 복무, 모피회사 근무, 법인OOO 운영 등을 하고 있음이 확인되고, 중학교 이후 학교 소재지가 모두 OOO로 확인되므로 통학거리 등을 고려할 때 영농에 전념하는 전업농민으로 볼 수 없고, 쟁점토지 보유기간 중 학업, 근로, 법인경영 등의 활동이 일시적ㆍ부수적으로 보이지 아니하는 점, 청구인이 제출한 확인서는 사인 간에 작성된 것으로 신빙성이 떨어지고, 농지원부는 쟁점토지 매매약정 이후에 작성된 것으로 확인되며, 조합원 가입일자도 쟁점토지 매매약정 이후로 확인되고, 농자재구매내역 또한 쟁점토지 양도 이후 거래분에 해당하는바, 청구인이 제출한 증빙서류만으로 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 인정하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)