쟁점부동산을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 자산으로 보고 매입세액을 불공제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 교육서비스와 온라인교육을 주업으로 영위하고 있으며, 2019.4.10. OOO에 있는 건물(토지를 포함하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO에 매입하고, 2019년 제1기 부가가치세 확정신고시 건물에 대한 매입세액을 포함한 OOO원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 OOO원을 환급신고하였다.
• 나. 처분청은 부가가치세 현장확인 결과(2019.9.3.∼2019.9.6.), 쟁점부동산의 사업 관련성 여부가 불분명하다고 보고 건물에 대한 매입세액을 불공제하여, 2019.11.7. 청구법인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.12. 이의신청을 거쳐 2020.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 리모델링을 통하여 연구소 등으로 사용하고자 하였으나, 거주자가 쟁점부동산을 무단으로 점유하여 건물인도 청구의 소를 제기한 사실이 있고(2019.10.17. 조정 성립, 2019.10.29. 소 취하), 건물을 반환받은 후 심판청구일 현재 리모델링 공사를 일부 완료하였다. 또한 쟁점부동산은 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제16조의2 제1항의 규정에 의한 OOO로 인정받은 사실이 있다. 따라서 쟁점부동산은 청구법인의 업무에 직접 사용하는 자산으로 봄이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산은 ‘OOO’라는 고급 타운하우스 단지 내에 있는 단독주택이므로 이를 청구법인의 업무와 직접 관련이 있는 자산으로 보기는 어렵다. 청구법인은 리모델링 공사를 일부 완료하였다며 OOO의 ‘연구소 인테리어 디자인설계 납품 계약서’(2019.10.10.)를 제출하였으나, 계약의 결과물은 각 층과 건물의 외부 평면도 및 단면도일 뿐 연구소 용도와의 관련성을 확인할 수 없고, 별도로 제출한 OOO과의 공사도급계약서(2019년 10월)에도 계약 명칭만 ‘연구소 인테리어 및 내부공사’로 되어 있을 뿐 견적내역서에 명시된 공사내용은 일반 주택의 리모델링 공사와 차이가 없다. 또한 기업부설연구소는 신고에 의해 등록이 가능하고, 연구소 인정통보서에 따르면 그 소재지는 지하 일부로 확인되므로 쟁점부동산 전부를 사업용 건물로 볼 수는 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 자산으로 보고 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다. (3) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액 (4) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO의 주관사로서, 교육서비스와 온라인교육을 주업으로 영위하고 있으며, 2019.4.10. 주식회사 OOO으로부터 쟁점부동산(토지 및 건물)을 매입하고, 건물에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

(2) 건축물대장에 의하면 쟁점부동산(건물)의 용도는 아래와 같이 단독주택과 근린생활시설로 되어 있다.

(3) 처분청은 현장확인 결과, 쟁점부동산은 고급 타운하우스 단지 내에 있는 단독주택으로서 연구소 등의 목적에 적합한 형태로의 구조변경이 이루어지지 않는 등 청구법인의 사업과 관련이 없다고 보고 매입세액(건물분)을 불공제하였다.

(4) 이의신청 심리자료에 의하면 2020.1.28. 현재 쟁점부동산의 지하 1층은 전기·보일러실, 수영장과 방 3개, 1층은 거실, 주방, 욕실과 방 2개, 2층은 방 3개의 구조로 되어 있는 것으로 확인된다.

(5) 한편 청구법인은 2020.3.11. 쟁점부동산 중 지하 1층의 일부(140.34㎡)를 교육서비스 개발을 위한 OOO로 등록(신고)을 하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제77조에 의하면 사업자가 자기의 사업과 직접 관련 없이 지출한 비용에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 여기서 사업과 직접 관련 없는 지출 중에는 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산을 취득함으로써 생기는 비용이 포함된다고 할 것인데, 쟁점부동산은 고급 단독주택으로서 실제 현황이 주거용으로 확인되고, 청구법인이 그 일부를 기업부설연구소로 등록한 것 또한 과세처분 이후인 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점부동산을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 자산으로 보고 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.