개정된 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 공통매입세액의 안분계산시 면세사업에 “비과세사업”을 포함하고 있고, 그 개정취지에 “국고보조금 등 부가가치세가 과세되지 않는 부분도 매입세액 공제에 대하여 면세사업과 동일한 기준을 적용하기 위한 것”이라고 명시되어 있어 공통매입세액 안분계산시 위 비과세사업을 영위하고 지급받은 대가를 면세공급가액에 포함하여야 하고, 청구법인의 경우 과세사업에 관련된 매입세액을 별도로 제시하지 아니하여 쟁점매입세액을 전액 공통매입세액으로 볼 수밖에 없다 할 것이다.
[주 문] OOO서장 이 2020.1.7. 및 2020.1.10. 청구법인에게 한 2014년 제1기～2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 경정청구 거부 처분은 각 과세기간별로 ｢부가가치세법｣ 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따라 총공급가액 및 면세공급가액을 재조사하여 총공급가액 중 면세공급가액 이 차지하는 비율을 재산정한 후, 그 결과에 따라 청구법인이 공제대상으로 경정청구한 매입세액에 그 비율을 곱하여 면세사업등에 관련된 매입세액을 산정 하고, 공제대상으로 경정청구한 매입세액 에서 면세사업등에 관련된 매입세액을 제외한 금액을 공제하는 매입세액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정 한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세액은 면세 관련 매입세액에 해당하지 않는다. 청구법인은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제40조 제2항 의 범위를 넓게 해석하여 금융지주회사로서 수행하는 사업 전부가 면세사업에 해당한다고 보아 발생한 매입세액 전부를 공제가 불가능한 면세 관련 매입세액으로 신고하였다. 그러나 부가가치세법령에 금융지주회사업이 면세 대상으로 규정되어 있지 않고, ｢부가가치세법 시행령｣ 제40조 제2항 의 면세 간주 요건에도 해당하지 않을 뿐만 아니라 최근 ㈜OO금융지주 사건에서 대법원이 금융지주회사의 자회사 자금대여를 비과세 사업이라고 판단한 점을 종합할 때, 청구법인이 쟁점매입세액을 면세 관련 매입세액으로 보아 불공제한 처리에 오류가 있음이 명백하다.
(2) 쟁점매입세액은 전부 매입세액 공제 대상에 해당한다. 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우로서 공급가액비율에 의한 공통매입세액 안분이 합리적이지 않은 경우에는 다른 합리적인 방법을 적용하여야 한다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속에 따라 계산하여야 한다. 과세사업에 관련된 매입세액은 전액 매출세액에서 공제하거나 매출세액을 초과하는 부분은 환급되지만, 오로지 면세사업과 관련되는 매입세액은 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 에 따라 공급가액비율로 안분계산하여야 한다. 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 관하여는, 2013.2.15. 개정 전 구 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 이 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우만을 대상으로 하고 있었으므로 공통매입세액을 안분할 별도의 기준이 없었다. 이에 대법원은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 구 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 하지만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 한 구 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 을 유추 적용할 수 없고 같은 조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다고 판시하였다(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결, 같은 뜻임). 대법원은 2013.2.15. 개정 전 구 ｢부가가치세법 시행령｣이 적용되는 아래 OOO의 사건들에 대하여 위와 같은 법리를 일관되게 판시하고 있다. 앞서 본 ㈜OO금융지주 사건도 구 ｢부가가치세법 시행령｣이 적용되는 사건으로, 대법원은 금융지주회사의 자회사 대여금 이자는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 받은 돈이지만 그 전부를 비과세사업에 해당하는 용역공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 공통매입세액을 공급가액비율로 안분할 수 없고 다른 합리적인 안분계산방법을 적용하여야 한다고 판시하였다. ｢부가가치세법 시행령｣은 위와 같은 대법원 판례를 받아들여 2013.2.15. 개정으로 제61조 제1항(현행 제81조 제1항) 적용대상에 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우를 포함하였다. 일반적으로 회사가 둘 이상의 사업을 영위하는 경우 투입되는 자원이 많은 사업에서 더 많은 수익이 발생하는 경향이 있으므로, 각 사업의 수익금액 비율은 각 사업에 투입된 자원의 비율을 반영하게 된다. ｢부가가치세법 시행령｣이 과세사업과 면세･비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액을 공급가액의 비율로 안분하도록 한 것은 이러한 일반적인 경우를 전제한 것이다. 그런데 비과세사업은 본질적으로 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 경우를 말하므로 비과세사업과 관련하여 받는 돈이 없거나 돈을 받았더라도 그 돈이 재화나 용역의 공급대가에 해당하지 않는 경우가 대부분이다. 실제로 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분에 관한 위 OOO의 대법원 판례 중에서 실제로 공급가액비율이 유추 적용된 경우는 단 한 건도 없었다. 2013.2.15. 개정으로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 (현행 제81조 제1항) 적용대상에 비과세사업을 겸영하는 경우가 포함되었지만, 실제로 이를 적용할 수 있는 사례는 사실상 없다. 결국 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제4항 (현행 제81조 제4항) 각 호의 비율이나 판례가 말하는 ‘다른 합리적인 안분계산방법’을 적용할 수밖에 없다.
(3) 청구법인은 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있으나, 비과세사업의 수익금액 전부를 용역대가로 볼 수 없으므로, 공통매입세액을 공급가액비율로 안분할 수 없다. 앞서 본 바와 같이, 청구법인은 금융지주회사로서 금융업을 영위하거나 금융업의 영위와 밀접하게 관련이 있는 자회사 주식 또는 지분의 보유와 자회사에 대한 경영관리와 자회사 등에 대한 자금지원, 자회사에 대한 출자 또는 자회사 등에 대한 자금지원을 위한 자금조달, 자회사 등의 업무에 필요한 지적재산권 등 자원의 제공, 전산·법무·회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무 등을 수행하고 있다. 과세당국은 일찍이 지주회사가 자회사 주식 또는 지분의 보유를 통하여 자회사로부터 받는 배당금은 재화 또는 용역의 공급과 무관하여 비과세사업에 해당한다고 해석해 왔다. 그리고 대법원은 ㈜OO금융지주 사건에서 금융지주회사가 자회사에 금전을 대여하는 업무도 비과세사업에 해당한다고 판단하였다. 즉 청구법인의 사업 중에서 자회사 주식 또는 지분의 보유와 자회사 등에 대한 자금지원 및 이를 위한 자금조달 업무는 비과세사업에 해당한다. 이를 제외하고 청구법인이 수행하고 있는 그 외 자회사에 대한 경영관리, 자회사 등의 업무에 필요한 자원의 제공, 전산·법무·회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무 등은 달리 부가가치세법령에 면세나 비과세사업으로 규정되어 있지 않으므로 과세사업에 해당한다. 청구법인은 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있지만, 각 사업에서 발생하는 수익의 비중은 청구법인의 각 사업별 업무 비중과 다르다. 이 사건 과세기간 동안 청구법인의 손익계산서상 영업수익을 발생원천별로 구분하면, 아래 OOO과 같이 비과세 대상인 배당수익과 이자수익이 청구법인 영업수익의 약 99% 이상을 차지한다. 배당수익과 이자수익은 재화나 용역의 공급과 관계 없이 투자로 발생하므로, 그 전부를 재화나 용역 공급의 대가로 볼 수 없다(대법원 2019.1.7. 선고 2015두60662 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 2017년부터 자회사인 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)으로부터 브랜드 관리 위탁수수료를 받는 외에는 과세 사업에 대한 대가를 별도로 받지는 않았다. 그러나 청구법인이 대가를 수령하지 않았다고 하여 ｢부가가치세법｣상의 과세사업을 하지 않은 것은 아니다. ｢부가가치세법｣상 “사업자”란 “사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자”를 말하고(제2조 제3호), “과세사업”이란 “부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업”을 말한다(제2조 제6호). ｢부가가치세법 기본통칙｣ 3-0-1호에서는 “부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업 형태를 갖추고 계속적·반복적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 사업자로 본다”고 규정하고 있다. 이처럼 부가가치세법령은 사업수행 여부에 관하여 독립성, 계속성, 반복성 등을 주된 개념 표지로 할 뿐 대가수령여부를 요건으로 하지 않는다. 대법원은 과세사업을 주된 사업목적으로 하여 건물과 설비를 갖추었는데 그 주된 사업을 개시하기 전에 정관 목적사업 범위 내의 부대사업으로서 위 건물과 설비를 이용하여 면세사업을 영위한 경우, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자에 해당한다고 보아야 하므로 공통매입세액은 안분하여야 한다고 판단한 바 있다(대법원 1989.5.23. 선고 88누7521 판결). 아직 과세사업을 개시하지는 않았지만, 과세사업용도의 건물과 설비를 설치한 것을 ‘부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도’의 ‘계속적·반복적’ 사업 형태를 갖춘 것으로 평가하여 과세·면세 겸영이라고 판단한 것이다. 즉 공급하는 재화 또는 용역이 부가가치세 과세 대상이면 과세 사업에 해당하고, 대가수령여부는 과세사업의 존재 여부를 판단하는 기준이 아닌 것이다. 무엇보다도 청구법인이 실제로 과세사업에 해당하는 자회사 경영관리 등의 업무를 수행하고 있음은 분명한 사실이다. 대표적으로, 청구법인은 OOO이 공통으로 사용하고 있는 “ OOO” 브랜드(이하 “OOO”라 한다)의 인지도 상승과 이미지 향상을 위해 광고 집행, 스포츠 지원, 공익사업 추진 등을 수행하고 있다. 이와 같이 청구법인은 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있으나, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 귀속되는 매입세액을 공급가액비율로 안분할 수 없고, ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 적합한 것으로 안분하여야 한다. (4) ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 적합한 것으로 안분할 경우 쟁점매입세액은 전부 공제될 수 있는 매입세액에 해당한다. 청구법인에 발생하는 매입세액은 아래와 같이 구분된다. 청구법인은 계열사가 분담하여 청구법인이 실제로 부담하지 않은 그룹공통경비, ｢부가가치세법｣ 제39조 제1항 제5호 및 제6호에서 공제하지 않는 매입세액으로 규정한 비영업용소형승용차 관련 매입세액과 접대비 관련 매입세액은 매입세액공제 대상이 아님에 이견 없다. 전액 불공제 대상을 제외한 나머지 매입세액(쟁점매입세액)의 상세 내역을 보면, 아래 OOO와 같이 OOO을 위한 기획, 전략수립, 자원 관리, 사회공헌 등 활동과 관련된 부분, 청구법인이라는 조직을 유지하기 위한 법무, 세무, 회계, 재무, 인사 등 업무와 관련된 부분 등으로 구성되어 있다. 앞서 본 대로 청구법인이 영위하는 금융지주회사업의 특성상 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 에서 정하는 공급가액 비율로는 공통매입세액을 안분계산할 수 없으므로, ㈜OO금융지주 사건의 판결 취지에 따라 같은 조 제4항 각 호에 규정된 방법(매입가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율)이나 그 외 다른 합리적인 방법을 적용하여 공통매입세액을 안분계산해야 한다. ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제4항 각 호에 규정된 방법 중에서는, 제2호의 예정공급가액비율은 같은 조 제1항의 공급가액비율을 적용할 수 없는 것과 같은 이유로 청구법인에 적합하지 않고, 제3호의 예정사용면적비율은 건물 등 부동산의 경우 가능한 방법이므로 역시 청구법인에 적합하지 않다. 따라서 청구법인에 적용할 수 있는 방법은 제1호의 매입가액비율이다. 매입가액비율 방법은 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율로 안분계산하는 방법이다. 그런데 청구법인의 경우 비과세사업 수익에 관련된 매입가액이 없으므로, 안분계산식의 분자에 해당하는 ‘면세사업등에 관련된 매입가액’이 영(0)이 되고, 따라서 면세사업등에 안분되는 매입세액도 영(0)이 되어 쟁점매입세액 전부 공제대상에 해당된다.
(1) 과세매출이 없는 매입세액이 부가가치세 환급대상인지 여부에 대해 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구법인이 신청한 경정청구는 신청기간 중 다수 자회사 중 1곳인 AAA에 대해서만 과세매출을 신고(2017년 제1기 예정신고기간, 2018년 제1기 예정신고기간, 2019년 제1기 예정신고기간)하였다. (나) 청구법인은 대법원 판결(대법원 2019.1.17. 선고 2015두60662 판결)에서 금융지주회사의 수입 중 상품권사용료 등을 과세수입으로, 자회사 대여금에 대한 이자수입을 비과세수입으로 분류한 것을 근거로 청구법인은 면세사업자가 아닌 과세사업자이므로 법령상 열거되어 있는 매입세액 불공제대상을 제외한 나머지 금액에 대해 매입세액 공제가 모두 가능하다고 주장하나, ｢부가가치세법｣은 부가가치의 계산을 총매출액에서 타기업으로부터 구입한 중간재 및 매입액을 공제하여 과세하는 이른바 소비형 부가가치세를 채택하고, 과세방법으로 각 거래단계에서 창출한 부가가치를 전단계 매입세액에서 공제하는 방식을 채택하고 있다고 할 것인데, 구 ｢부가가치세법｣ 제17조 제1항 에 의하면 공제되는 매입세액은 사업자가 ‘자기의 사업’을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이고, 여기서 말하는 사업은 ｢부가가치세법｣상 사업, 즉 과세사업을 의미하므로 이러한 방식하에서는 부가가치세의 대상은 과세사업이어야 할 것인바(인천지방법원 2014.06.12. 선고 2013구합11004 판결, 같은 뜻임), 공제되는 매입세액은 부가가치 창출을 위한 과세사업이 대상임을 알 수 있다. (다) 청구법인이 행하고 있는 업무는 자회사들의 경영관리 및 그 외 업무를 지원하는 것이 주업이며, 금융지원에 따른 이자수입과 배당금을 자회사로부터 받아 운영하고 있어 부가가치 창출을 목적으로 하는 일반적인 법인과는 상이한 형태이며, 신청한 매입을 확인하면 법인의 일반 운영경비에 해당하는 금액이 대부분으로 과세매출에 직접 대응하는 추가매입 발생내역은 확인할 수 없다. 또한 청구법인에 과세매출에 대한 매입 관련 추가자료(브랜드 사용 및 관리활용 위탁수수료 관련)를 요청한 결과 과세매출에 직접 대응되는 매입세액을 구분할 수 없다고 회신하였다.
(2) 청구법인은 ｢금융지주회사법｣에 의해 설립된 금융지주회사로서 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무(경영관리에 부수하는 업무)로서 대통령령이 정하는 업무를 제외하고는 영리를 목적으로 하는 다른 업무를 영위할 수 없도록 규정되었기에 자회사 경영관리라는 고유목적을 영위하기 위해 설립된 단체로 금융․보험용역을 제공하는 금융업(면세사업)에는 해당하지 않는다. (가) 일반적인 지주회사의 경우 부가가치세 과세 여부를 논할 수 없는 비과세사업과 부가가치세를 수취하는 과세사업을 영위하면서 부가가치세 신고시 자회사 대여금에 대한 이자수입 등을 기타면세수입금액으로, 상표권사용료 등의 수입금액에 대해서는 과세수입으로 매출신고하고, 매입세액의 경우 자회사 대여금에 대한 이자를 면세로 인식하였기에 일반적인 과․면세수입에 대한 안분계산방법을 사용하였으나, 대법원 판례(대법원 2019.1.17. 선고 2015두60662 판결)에서 비과세수입을 면세수입과 동일한 방법으로 계산할 수 없다 하여 현재 적절한 안분계산방법이 확정되지 않은 상태이다. (나) 그러나 청구법인의 경우 5년간의 부가가치세 신고내역에서 확인되듯이 비과세․과세의 판단 여부를 떠나 수입금액 자체를 신고하지 않은 과세기간이 대부분이며, 과세매출을 신고한 과세기간 또한 과세매출을 위해 발생한 매입내역이 별도로 구분되지 않는다. 청구법인에서 부가가치세를 신고하지 않은 이자․배당금 수입의 경우 대법원의 판결에 따라 비과세사업으로 인정한다면 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통 매입세액 안분에 관한 ｢부가가치세법 시행령｣ 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 하는바(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329판결 등, 같은 뜻임), 부가가치세를 신고하지 않은 과세기간은 전액 비과세사업과 관련된 매입세액으로 매입세액 공제대상에 해당하지 않는다. (다) 또한 AAA과의 상표권관리 위수탁계약에 따라 발생한 과세매출과 관련한 매입자료 제출 요청에 대해 청구법인은 직접 대응하는 매입을 구분할 수 없다고 답변하였기에 과세매출에 실지귀속되는 매입세액을 확인할 수 없다.
① 금융업을 영위하는 회사 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사의 지배 내지 경영관리
② 자회사등(자회사, 손자회사 및 손자회사가 지배하는 회사 등 ｢금융지주회사법｣ 제4조 제1항 제2호에서 규정하는 자회사등을 말한다. 이하 같다)에 대한 자금지원(금전·증권 등 경제적 가치가 있는 재산의 대여, 채무이행의 보증, 그 밖에 거래상의 신용위험을 수반하는 직접 직·간접적 거래를 포함한다. 이하 같다)
③ 자회사에 대한 출자 또는 자회사 등에 대한 자금지원을 위한 자금조달
④ 자회사등의 금융상품의 개발·판매를 위한 지원, 그 밖에 자회사등의 업무에 필요한 자원의 제공
⑤ 전산, 법무, 회계 등 자회사등의 업무를 지원하기 위하여 자회사등으로부터 위탁받은 업무
⑥ 자회사등에 대한 상표권 및 특허권 등 지적재산권의 제공
⑦ 기타 법령상 허용된 업무
(2) 청구법인은 2008년 설립 당시 일반·과세사업자(사업자등록번호: OOO)로 등록한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인의 수익은 아래 OOO과 같이 배당수익, 이자수익, 브랜드관리 위탁수수료 등 기타수익으로 구성되고, 이자수익에는 은행예치금 등 금융상품에서 발생한 이자, 자회사에 자금을 대여하고 받는 이자 등이 포함되어 있다.
(4) 청구법인의 부가가치세 매출세액 신고내역은 아래 OOO과 같다. (5) 청구법인의 매입세액은 사무실 및 임직원 유지관리에 관한 비용을 포함하여 주식 평가, 법률 자문, 회계 및 세무, 외부 감사에 관한 수수료, 비영업용소형승용차 관련 비용, 접대비 등으로 구성되어 있다.
(6) 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 (매입세액의 안분계산)가 개정되어 공통매입세액의 안분계산시 면세사업에 “비과세사업”이 포함되었고, 개정취지 등 주요내용은 다음과 같다. (가) 개정취지: 국고보조금 등 부가가치세가 과세되지 않는 부분도 매입세액 공제에 대하여 면세사업과 동일한 기준을 적용 (나) 개정내용 종 전 개 정
□ 과⋅면세 겸영사업자의 공통매입세액: 공급가액 기준 안분계산 <대상 추가> ㅇ 과세⋅면세사업(비과세사업 포함) 겸영사업자 종전 조문 개정 조문 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (다) 적용시기 및 적용례: 2013.2.15. 이후 공급받는 분부터 적용 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢부가가치세법｣ 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따르면, 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “비과세사업”이라 하고, 면세사업과 합하여 “면세사업등”이라 한다)을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 원칙적으로 실지귀속에 따라야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 공통매입세액에 총공급가액 중 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말하고, 이하 같다) 이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다고 규정하고 있다. ｢금융지주회사법｣ 및 청구법인의 정관 등에 따르면 청구법인의 목적사업에는 자회사의 지배 내지 경영관리와 이에 부수하여 자회사 등에 대한 자금지원, 자회사 등의 금융상품의 개발･판매를 위한 지원, 그 밖에 자회사 등의 업무에 필요한 자원의 제공, 자회사 등에 대한 상표권 및 특허권 등 지적재산권의 제공 등이 포함되는데, 자회사의 지배 내지 경영관리에서 발생하는 배당수익, 자회사 등에 대한 자금지원에 따른 이자수익 등은 소비세인 부가가치세가 과세되지 아니하는 비과세사업에서 발생한 수익에 해당하고, 브랜드관리 위탁수수료는 과세사업에 해당하는바, 청구법인은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자에 해당(과세사업을 영위하지 아니하는 사업연도에는 비과세사업만을 영위)한다 할 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분할 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 원칙적으로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 에 따라 공통매입세액에 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하여야 할 것이다. 이때 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 제1항 에서 공통매입세액의 안분계산시 면세사업에 “비과세사업”을 포함하고 있고, 그 개정취지에 “국고보조금 등 부가가치세가 과세되지 않는 부분도 매입세액 공제에 대하여 면세사업과 동일한 기준을 적용하기 위한 것”이라고 명시되어 있어 공통매입세액 안분계산시 위 비과세사업을 영위하고 지급받은 대가를 면세공급가액에 포함하여야 하고, 청구법인의 경우 과세사업에 관련된 매입세액을 별도로 제시하지 아니하여 쟁점매입세액을 전액 공통매입세액으로 볼 수밖에 없다 할 것이다. 따라서 청구법인은 2014년 제1기～2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 일부 과세매출이 발생한 것으로 나타나는바, 이 건 경정청구 거부처분은 각 과세기간별로 ｢부가가치세법｣ 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따라 총공급가액 및 면세공급가액을 재조사하여 총공급가액 중 면세공급가액 이 차지하는 비율을 재산정한 후, 그 결과에 따라 쟁점매입세액에 그 비율을 곱하여 면세사업등에 관련된 매입세액을 산정 하고, 쟁점매입세액에서 면세사업등에 관련된 매입세액을 제외한 금액을 공제하는 매입세액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.
6. “과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.
7. “면세사업”이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
11. 금융·보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 5.개별소비세법제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입 세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정된 것) 제3조(용역의 범위) ① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.
제40조(면세하는 금융ㆍ보험 용역의 범위) ① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융ㆍ보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.
1. 은행법에 따른 은행업무 및 부수업무로서 다음 각 목의 용역
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 (3) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 일부개정된 것) 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (4) 금융지주회사법 제2조(정의) ①이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "금융지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사(이하 "금융기관"이라 한다) 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 대통령령이 정하는 기준에 의하여 지배(이하 "지배"라 한다)하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 다음 각 목에 모두 해당하는 것을 말한다.
2. "자회사"라 함은 금융지주회사에 의하여 지배받는 회사(외국 법인을 포함한다)를 말한다. 제4조(인가의 기준) ① 제3조에 따른 인가를 받고자 하는 자는 다음 각 호의 기준을 모두 갖추어야 한다.
1. 주식회사로서 사업계획이 타당하고 건전할 것
2. 자회사, 손자회사 및 증손회사(제19조의2, 제32조에 따라 금융지주회사에 편입된 다른 회사를 포함하며, 이하 "자회사등" 이라 한다)가 되는 회사의 사업계획이 타당하고 건전할 것
3. 대주주(최대주주의 특수관계인인 주주를 포함하며, 최대주주가 법인인 경우에는 그 법인의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 주주로서 대통령령으로 정하는 자를 포함한다)가 충분한 출자능력, 건전한 재무상태 및 사회적 신용을 갖추고 있을 것
4. 금융지주회사와 자회사등이 되는 회사의 재무상태 및 경영관리상태가 건전할 것
5. 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환(이하 "주식교환"이라 한다) 또는 동법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 "주식이전"이라 한다)에 의하여 완전지주회사가 되는 경우에는 주식의 교환비율이 적정할 것
② 제1항에 따른 인가기준에 관한 세부기준은 대통령령으로 정한다. 제15조(업무) 금융지주회사는 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무로서 대통령령이 정하는 업무를 제외하고는 영리를 목적으로 하는 다른 업무를 영위할 수 없다. (5) 금융지주회사법 시행령 제11조(금융지주회사의 업무 등) ① 법 제15조에서 "대통령령이 정하는 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.
② 제1항 제2호 다목 및 라목의 업무에 대한 세부 내용은 별표 3과 같다.
(6) 은행법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "은행업"이란 예금을 받거나 유가증권 또는 그 밖의 채무증서를 발행하여 불특정 다수인으로부터 채무를 부담함으로써 조달한 자금을 대출하는 것을 업(業)으로 하는 것을 말한다.
(7) 대부업 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "대부업"이란 금전의 대부(어음할인ㆍ양도담보, 그 밖에 이와 비슷한 방법을 통한 금전의 교부를 포함한다. 이하 "대부"라 한다)를 업(業)으로 하거나 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자로부터 대부계약에 따른 채권을 양도받아 이를 추심(이하 "대부채권매입추심"이라 한다)하는 것을 업으로 하는 것을 말한다. 다만, 대부의 성격 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.