쟁점계약서에 ‘양도인은 양수인에게 조세채무관련 손해금 전부를 지급하여야 한다’고 명시되어 있고, 청구인은 이에 따라 양수법인에게 쟁점조세채무를 지급한 것으로 보이므로 쟁점조세채무는 쟁점주식의 양도가액에서 차감되는 채무로 판단되나, 쟁점금액은 청구인이 쟁점주식의 양도와 직접적 관련 없이 대상회사에 대표이사로서 재직 중 대상회사에 끼친 손해에 대한 쟁점소송을 해결하기 위하여 별도로 대상회사에 지급한 금액으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액은 쟁점주식의 양도와 무관한 것으로 판단됨
[주 문]
1. OOO세무서장이 2019.9.27. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 청구인이 2017.11.29.OOO에게 지급한 조세채무OOO원을 청구인이 OOO에 양도한 OOO의 양도가액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점계약서 제8조 제2항 제8호 마목은 ‘양도인은 매출채권부족액, 재고자산 부족액으로 인한 양수인의 배상청구권, 제10조의 손해배상청구권 및 조세채무관련 손해금을 담보하기 위하여 OOO을 쟁점주식의 거래종결일로부터 1년간 OOO기로 한다.”고 규정하고 있어 OOO한 금액OOO은 손해배상청구권(쟁점금액) 및 조세채무관련 손해금(쟁점조세채무)을 담보한 금액이므로 쟁점금액과 쟁점조세채무를 아래와 같이 쟁점계약서에 근거하여 지급한 금액으로 보아 쟁점주식의 양도가액에서 차감해야 한다. (가) 쟁점계약서 제10조 제1항은 ‘본 계약에 규정된 자신의 확약사항 기타 의무를 위반하거나 부정확하거나 잘못된 진술 및 보증을 함으로써 상대방에게 발생하는 일체의 손해 등을 배상한다.’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘양도인의 진술 및 보증의 위반으로 대상회사에 손해발생시 대상회사가 입은 손해에 대해 양도인이 양수인에게 현금으로 배상 한다.’고 규정하고 있으므로 대상회사가 청구인에게 손해배상청구소송을 제기하고 업무상배임죄로 고소한데 대한 원만한 해결을 위해 청구인이 대상회사에 지급한 쟁점금액은 양도가액에서 감액되어야 한다. (나) 쟁점계약서 제8조 제2항 제8호 라목은 ‘양도인은 양수인에게 조세채무관련 손해금 전부를 지급하여야 한다.’고 규정하고 있다. 대상회사는 2017년 11월경 OOO지방국세청으로부터 세무조사를 통해 2012∼2016사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 부과받은바, 청구인은 대상회사와의 협의를 통해 산정된 청구인의 귀책분OOO인 쟁점조세채무를 2017.11.29. 양수법인에게 손해배상금조로 송금하였으므로 쟁점조세채무는 양도가액에서 감액되어야 한다.
(2) 쟁점경비는 쟁점주식의 양도와 관련하여 발생한 청구인과 대상회사의 소송에 따른 법무비용이므로 쟁점주식의 양도소득 산정시 필요경비에 산입하여야 한다. 청구인과 양수법인 또는 대상회사간의 분쟁은 쟁점주식의 양도에 따른 것이고, 쟁점소송에서 소송의 제기에서부터 합의에 이르기까지 청구인이 법무법인으로부터 조력을 받기 위해 지출한 비용 등은 별도의 채무가 아닌 쟁점주식 양도를 위해 지급된 경비이다.
(1) 소득세법제94조 제1항 제3호 및 같은 법 제96조 제1항은 ‘주권상장법인 주식 등’의 양도에 관하여 그 자산의 양도가액은 양도 당시 양도자와 양수자 간의 실지거래가액이며 실거래가액을 기준으로 산정한 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한다고 규정하고 있고, 소득세법제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 자본적 지출액, 양도비 등 대통령령으로 정하는 것으로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령제163조 제3항 제2호는 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액을 규정하고 있다.
(2) 또한 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하며(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결 참조), 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것으로 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 양도대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다(대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결 참조).
(3) 쟁점소송은 대상회사가 대상회사의 대표이사와 사내이사를 손해배상 또는 업무상 배임죄로 고소한 건으로, 쟁점금액은 청구인이 쟁점주식의 양도와 직접적 관련 없이 대상회사에 대표이사로서 끼친 손해에 대한 쟁점소송을 해결하기 위하여 대상회사에 지급한 금액이므로 쟁점금액은 쟁점주식의 양도와는 무관하고, 쟁점소송으로 인하여 발생한 법무비용인 쟁점경비도 쟁점주식의 양도와 무관하다. 또한 쟁점조세채무는 청구인이 대상회사의 대표이사로 재직한 사업연도에 대해 양수법인에게 별도로 지급한 것으로 쟁점계약서에 근거하여 지급한 금액으로 보기 어렵다.
① 쟁점조세채무와 쟁점금액을 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점경비가 필요경비로 인정될 수 있는지 여부
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 법인등기부등본에 의하면, 대상회사는 2003.6.27. 설립되어 OOO에서 전기전자 통신제품 제조 및 도소매업을 영위하는 법인사업자로, 청구인은 대상회사 설립시부터 2015.6.17.까지 대상회사의 대표이사를 역임한 것으로 확인된다. (나) 국세청 전산자료에 의하면, 양수법인은 OOO과 같이 청구인으로부터 쟁점주식을 양수하여 2015년말 기준으로 대상회사의 발행주식OOO를 보유한 법인주주로 확인된다. (다) 청구인과 양수법인이 2015.4.9. 체결한 ‘주식 및 경영권 양수도를 위한 양해각서’에 의하면,OOO의 내용과 같이 쟁점주식의 양수도대금은 OOO원으로 하되, 추후 대상회사에 대한 실사결과에 따라 감액조정하며, 이를 위해 양수도대금의 계약금에 해당하는 OOO0원을 실사이행보증금으로OOO한다는 내용이 나타난다. (라) 쟁점계약서 제8조의 제2항 제8호에 의하면, OOO의 내용과 같이 청구인은 대상회사의 매출채권 또는 재고자산의 감소가 발생하면 그 부족액을 전부 양수법인에게 배상하여야 하고, 청구인은 양수법인에게 조세채무관련 손해금 전부를 지급하여야 한다는 내용이 나타난다. (마) 쟁점계약서 제10조에 의하면, OOO의 내용과 같이 청구인은 본 계약에서 부정확하거나 잘못된 진술 및 보증을 함으로써 발생하는 일체의 손해 및 비용에 대하여 양수법인에게 배상하여야 하고, 청구인의 진술 및 보증의 위반으로 대상회사에 손해가 발생함으로써 양수법인이 손해를 입게 된 경우에는 대상회사가 입은 손해에 쟁점주식이 대상회사의 기발행 주식총수에서 차지하는 비율을 적용하여 산정한 금액을 청구인이 양수법인에게 현금으로 배상한다는 내용이 나타난다. (바) 청구인은 쟁점금액과 관련하여 2019.4.9. 대상회사와 OOO의 내용과 같이 합의하였고, 청구인은 2019.4.17. 대상회사에 합의금으로 쟁점금액을 이체하였다. (사) OOO지방국세청장은 2017.8.16.〜2017.9.29. 동안 대상회사에 대한 법인통합조사를 실시하여 2017년 11월경 대상회사에게 2012～2016사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 부과하였고, 청구인은 OOO와 같이 대상회사와의 협의를 통해 산정된 청구인의 귀책분(2012〜2014사업연도분 법인세 합계 OOO원)인 쟁점조세채무를 2017.11.29. 양수법인에게 이체하였다. (아) 쟁점경비는 쟁점소송으로 인해 발생된 법무비용 OOO원으로, 청구인은 그 증빙으로 OOO와 2017.4.28. 체결한 사건위임계약서(민사, 행정 등 보수OOO원) 및 2017.9.8. 체결한 사건위임계약서(형사, 보수 OOO원)를 제시하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점조세채무가 청구인이 대상회사의 대표이사로 재직한 사업연도에 대해 양수법인에게 별도로 지급한 것으로 쟁점계약서에 근거하여 지급한 금액으로 보기 어렵다는 의견이나, 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것으로 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 양도대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 하는바(대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결 참조), 쟁점계약서 제8조의 제2항 제8호 라목에는 ‘양도인은 양수인에게 조세채무관련 손해금 전부를 지급하여야 한다’고 명시되어 있고, 청구인은 이에 따라 양수법인에게 쟁점 조세채무를 지급한 것으로 보이므로 쟁점조세채무는 쟁점주식의 양도가액에서 차감되는 채무로 판단된다. 다만, 쟁점금액은 청구인이 쟁점주식의 양도와 직접적 관련 없이 대상회사에 대표이사로서 재직 중 대상회사에 끼친 손해에 대한 쟁점소송을 해결하기 위하여 별도로 대상회사에 지급한 금액으로 보이는 점, 쟁점계약서 제10조에 의하면 청구인의 진술 및 보증의 위반 등으로 인해 대상법인에 발생하는 손해는 양수법인에게 배상해야 하나, 쟁점금액은 대상회사에게 지급되었으므로 쟁점계약서에 따른 지급으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점금액은 쟁점주식의 양도와 무관한 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점경비는 청구인이 쟁점주식의 양도와 직접적 관련 없이 대상회사의 대표이사로서 재직 중 대상회사에 끼친 손해에 대한 쟁점소송을 해결하기 위하여 소요된 법무비용으로 보이므로 쟁점주식의 양도와 직접적으로 관련된 비용으로 보기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
결정 내용은 붙임과 같습니다.