후발적 환급은 가능하면서도 후발적 고지만 불가하다고 보는 것은 불합리하고 그러한 관점은 특례제척기간에 따라 허용되는 처분은 반드시 납세의무자에게 유리한 것에 한정된다고 볼 수 없다는 헌법재판소의 결정에서도 적시하고 있는 점 등에 비추어, 특례제척기간을 적용한 처분청의 이 건 후행처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
후발적 환급은 가능하면서도 후발적 고지만 불가하다고 보는 것은 불합리하고 그러한 관점은 특례제척기간에 따라 허용되는 처분은 반드시 납세의무자에게 유리한 것에 한정된다고 볼 수 없다는 헌법재판소의 결정에서도 적시하고 있는 점 등에 비추어, 특례제척기간을 적용한 처분청의 이 건 후행처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
심판청구를 기각한다.
(1) 선행처분과 후행처분은 기본적인 과세단위(세목) 및 과세대상 거래의 본질이 달라 선행처분이 취소됨을 이유로 후행처분에 대한 특례제척기간은 적용될 수 없다. (가) 그간 대법원은 판결 이후 부과처분에 대하여 쟁송대상 처분과 과세단위(과세기간, 납세의무자, 세목 등)가 동일하여야만 특례제척기간이 적용될 수 있고, 과세단위가 다르면 쟁송대상 판결에 부수된 처분이 아닌 새로운 처분이 되어, 특례제척기간이 적용될 수 없다는 입장이고, 최근판례에서도 그 입장은 여전히 유지되고 있다. (나) 선행처분은 신주인수권 행사에 따라 특수관계자(법인)로부터 쟁점주식을 취득하는 단계에서 발생하는 이익에 대한 과세문제이고, 후행처분은 청구인이 이미 취득한 쟁점주식을 제3자에게 양도하는 단계에서 발생하는 것으로, 선행 및 후행처분은 과세대상 거래의 주요 사실관계(거래일자, 거래상대방, 거래대상)가 전혀 달라 과세대상 거래의 동일성이 없다. (다) 또한 선행판결은 파기환송판결일 뿐, 확정판결은 아니어서 특례제척기간이 적용될 수 없다. 파기환송심 진행 중에 당사자들이 소 취하에 합의(선행판결효력 상실)한바, 처음부터 소 자체가 제기되지 않았던 것으로 보아야 하며, 조세심판원 선결정례도 파기환송판결은 특례제척기간이 적용될 수 없는 판결로 판단하였다.
(2) 설령, 후행처분에 대한 특례제척기간의 적용이 정당하더라도, 쟁점이익에 대한 과세는 당시 세법해석상 이견이 있었기에, 납세자는 보수적 관점에서 증여세로 신고할 수밖에 없는 사정이 있었고, 처분청도 청구인의 신고를 받아들여 증여세로 확정(선행처분)하였는바, 청구인이 신고단계에서 쟁점이익을 양도소득세 과세대상으로 신고하기란 사실상 불가능했고, 그 의무의 해태를 탓할 수 없는데 정당한 사유가 있는 경우로 봄이 충분한바, 후행처분에 포함된 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.
(2) 후행처분에 포함된 납부불성실가산세는 파기환송심의 조정 권고를 수용한 2019.6.21. 이후 분으로 한정하였는바, 청구인은 당시 선행처분(증여세부과)이 취소될 것을 이미 알고 있었음에도, 양도소득세를 납부하지 않은 이상, 청구주장은 이유 없다.
① 선행처분(증여세) 취소로 쟁점주식의 취득가액이 감소되자, 특례제척기간을 적용하여 양도소득세를 경정․고지한 후행처분의 당부
② 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 국세기본법 2017.12.19. 개정 전 2017.12.19. 개정 후 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (각호 생략)
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따 른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필 요한 처분을 할 수 있다.
1. … ｢행정소송법｣에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 <신 설> 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① (좌동)
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 1ㆍ1의2 (좌 동)
5. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래·행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 제8조(국세부과의 제척기간에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 제26조의2 제2항 제1호에 따른 결정이나 판결이 확정된 경우 또는 제26조의2 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제1호의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(국세부과의 제척기간에 관한 적용례 등) ① 제26조의2 제2항 제5호의 개정규정은 이 법 시행 이후 조정권고가 있거나 판결이 확정되는 경우부터 적용한다.
② 이 법 시행 전에 제26조의2 제1항에 따라 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑩ 법 제97조 제1항 제1호 가목은 다음 각 호에 따라 적용한다.
1. ｢상속세 및 증여세법｣ 제3조의2 제2항, 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 상속세나 증여세를 과세받은 경우에는 해당 상속재산가액이나 증여재산가액(같은 법 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증·감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.
(3) 상속세 및 증여세법 제4조의2(증여세 납부의무) ③ 제1항의 증여재산에 대하여 수증자에게 ｢소득세법｣에 따른 소득세 또는 ｢법인세법｣에 따른 법인세가 부과되는 경우에는 증여세를 부과하지 아니한다. 소득세 또는 법인세가 ｢소득세법｣, ｢법인세법｣ 또는 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우에도 또한 같다.
(1) 청구인의 증여세 및 양도소득세 신고현황은 다음과 같다. (가) 증여세: 쟁점권리 행사(2012.10.9. OOO주 단가 OOO원, 2012.10.30. OOO주 단가 OOO원)에 따른 쟁점이익 OOO원을 증여재산으로 하여 증여세 OOO원을 신고하였다. (나) 양도소득세: 2012.10.17.∼2012.12.28. 중 쟁점주식을 장내에서 OOO원에 전량 매각한 후, 쟁점이익을 더한 OOO원을 취득가액으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
(2) 선행판결(대법원 2019.4.11. 선고 OOO 판결)에서 대법원은 청구인이 신주인수권을 인수하고 행사한 것은 이익분여 목적의 우회거래로 볼 수 없어, 증여세 과세대상과 유사한 것으로 볼 수 없다는 이유로 원고승소취지의 파기환송판결을 하였다.
(3) 파기환송심(OOO고등법원 제3행정부)의 조정권고안(처분청은 선행처분을 취소하되, 청구인은 곧바로 소를 취하)에 따라 처분청은 2019.6.17. 선행처분을 취소하였고, 그 후 2020.1.2. 이 건 양도소득세를 고지(후속처분)하였는바, 각 해당일은 다음과 같다. 선행판결(파기환송심)의 선고일 2019.4.11. 파기환송심 법원의 조정권고 결정일 2019.5.30. 양도소득세의 일반적 부과제척기간의 만료일 (2013.6.1.부터 5년) 2018.5.31.
(4) 쟁점규정을 개정하여 2017.12.19. 후발적 경정청구 사유(제45조의2 제2항 제1호)와 유사한 경우를 쟁점규정 제5호(이하 “신설규정”이라 한다)로 신설하였는데, 기획재정부가 발간한 “2017간추린개정세법(400쪽)”은 이를 국세부과제척기간 경과 후, 사정 변경 시 과세권을 확보하기 위함으로 설명하고 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 후행처분에 대해 선행처분과 과세단위(세목) 등을 달리하는 별도의 새로운 처분으로서, 선행처분의 판결에 부수된 처분으로 볼 수 없어 특례제척기간은 적용될 수 없다고 주장하나, 대법원은 선행처분과 후행처분의 과세단위가 변경되는 경우 후행처분에 대한 특례제척기간 적용은 기본적으로 제한되어야 한다는 입장(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결)이기는 하나, 부가가치세 및 법인세와 같이 세목, 과세대상, 과세요건, 과세기간, 과세표준 및 세액 산정방식, 적용 법령 등이 서로 뚜렷이 구별되는 경우 선행확정판결과 후행처분 사이의 상호관련성이 떨어져 특례제척기간이 적용될 수 없다는 것으로, 이는 후행처분의 세목이나 납세의무자가 변경되었다는 이유만으로 특례제척기간의 적용을 무조건적으로 배척하라는 것이 아니라, 선행확정판결과 후행처분 사이의 상호관련성이 얼마나 밀접한지를 종합적으로 살펴보라는 취지(대법원 2020.8.27. 선고 2020두38447 판결)도 함께 담겨져 있는 것으로 보아야 할 것인바, 결국 과세단위 변경을 획일적으로 판단하기보다는 세법 고유의 법리와 논리에 따라 상호연관성이 충분히 인정되는 경우에는 특례제척기간의 적용을 허용하는 것이 조세정의 등 헌법적 가치에 보다 충실한 해석이라고 할 수 있는 점, 부가가치세와 법인세 등은 성격자체가 상이한 독립된 별개의 세목이기는 하지만, 이 건에서의 선행처분은 증여세, 후행처분은 양도소득세로서, 이는 동일하거나 유사한 과세물건에 대한 세목임은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제4조의2 제3항 에서 “증여재산에 소득세가 과세되면 증여세는 과세하지 아니한다”고 규정하고 있는 점에서 확인되고, 세법상 이중과세 해소를 위해 양자 간 먼저 과세된 부분은 이후 과세대상에서 제외함은 조세법 고유의 당연한 법리에도 해당하는바, 세목변경이라 하여 모든 경우를 동일하게 취급하는 것은 불합리할 뿐만 아니라, 부과제척기간을 제한하는 명분은 법적안정성과 예측가능성 등을 보장하기 위함인데, 청구인은 신고당시부터 쟁점이익이 증여세 또는 양도소득세 과세대상임을 알고 있었으면서도 보수적으로 증여세로 신고한 것이라 밝히는바, 신고단계에서부터 증여세가 아니면 양도소득세가 과세될 것을 이미 알고 있었음에도, 형식적인 법적안정성 보장을 위해 쟁점이익에 대한 양도소득세 과세를 포기할 명분은 약한 반면, 쟁점이익에 대하여는 증여세를 과세하려는 입법 의도가 확인(포괄주의)됨에도, 과세요건 등 입법기술상의 미흡으로 증여세 과세가 취소된 것이어서, 증여세를 과세할 수 없다면 양도소득세는 당연히 과세되어야 하는 점, 설령 과세단위(세목)가 변경(증여세→소득세)되었다는 이유로 쟁점규정 제1호를 적용함에 있어 다소 불확실한 측면이 있다 하더라도, 이 건 사례에서 청구인은 이미 쟁점주식의 양도소득세를 신고하였음에도, 선행판결에 따라 쟁점주식의 취득가액이 변경(감소)되는 사정이 발생한 것인바, 신설된 쟁점규정 제5호에 따라 특례제척기간을 적용할 수 있는 것으로 보이는 점, 이에 대하여 청구인은 선행판결은 사실관계 변동 없이 법률적 평가만이 변동된 것이어서, 쟁점규정 제5호는 적용될 수 없다는 취지로 주장하나, 양도소득세에서 양도대상 물건의 취득가액이 변경된 사정이 단순히 법률적 평가로 국한되었다고 단정할 수 없음은 물론, 대법원은 후발적 경정청구의 사유에 대하여 판결결과에 따라 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정되어, 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없는 경우를 의미한다고 판시(대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결)한 점, 만약 이 건 사례와 반대로 판결에 따라 양도대상 물건의 취득가액이 증가된 경우였다면 납세자는 환급받아야 할 사유가 발생하게 되는데, 최근 납세자의 권리보장 측면에서 후발적 경정청구의 사유가 확대되는 추세를 감안하면 이에 대해 납세자의 환급을 거부할 수 있다고 단정하기 어려운바, 후발적 환급은 가능하면서도 후발적 고지만 불가하다고 보는 것은 불합리할 뿐만 아니라, 그러한 관점은 특례제척기간에 따라 허용되는 처분은 반드시 납세의무자에게 유리한 것에 한정된다고 볼 수 없다는 헌법재판소의 결정(헌법재판소 2002.12.28. 선고 2002헌바27 결정, 같은 뜻임)에서도 적시하고 있는 점 등에 비추어, 특례제척기간을 적용한 처분청의 이 건 후행처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점이익에 대한 증여세 과세 여부는 세법해석상 이견이 있었기에 당초 쟁점이익을 증여세로 신고한 이상, 양도소득세에서는 증여이익을 쟁점주식의 취득가액에 가산하여 신고함에 따라 결과적으로 양도차익을 과소하게 신고한 사정이 있다면서 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유로 보기에 충분하다고 주장하나, 처분청도 쟁점이익에 대한 과세판단에 세법해석상 이견이 있었음을 인정하여 신고와 관련된 가산세는 부과하지 않은 점, 납부불성실가산세도 증여일부터 조정권고안이 수용된 날(2019.6.21.)까지는 적용하지 않고 증여세처분의 취소를 알 수 있었던 조정권고수용일부터 적용한 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 실제 납부일간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 점 등에 비추어, 처분청이 납부불성실가산세를 후행처분에 포함하여 부과한 당초청분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”