재활용폐자원 매입액인 쟁점매입액을 가공매입이라고 보아 필요경비를 부인하고 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2009.1.1.∼2018.12.31. 기간 중 OOO에서 “OOO”이라는 상호로 재활용자원 도매업을 영위하였고, 2017년 제1기∼2018년 제1기 과세기간 중 개인 또는 간이과세자로부터 OOO원(38,900건 10,031,927㎏) 상당의 고철ㆍ파지 등을 매입한 것으로 하여 각 과세기간의 부가가치세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제108조에 따라 OOO원 상당의 재활용폐자원 매입세액 공제를 받았다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “감사관서”라 한다)은 2019.4.8.∼ 2019.4.25. 기간 중 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 위 <표> 기재의 매입액 중 <별지> 기재의 OOO원(2,897건 1,722,935㎏으로 이하 “쟁점매입액”, 관련한 거래를 “쟁점거래”라 한다)의 경우 그 공급자가 사망자 또는 일반과세자임을 확인하고 청구인이 실제 고철ㆍ파지 등의 공급 없이 조특법 제108조에 따른 재활용폐자원 매입세액 공제만을 적용받은 것으로 보아 해당 공제 및 그 매입액에 대한 필요경비 공제를 부인하여 부가가치세 및 종합소득세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2019.9.3. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.19. 이의신청을 거쳐 2020.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점매입액은 청구인이 김OOO으로부터 공급받은 고철의 매입대금 이므로 필요경비로 공제하여야 한다. 청구인은 소량의 재화 매입(고철 등)의 경우 날마다 청구인의 사업장(OOO)에서 수집상(사업자등록이 없는 개인)으로부터 수집하고 대량 재화 매입의 경우 직접 매입처에서 가서 수집하여 이를 도매업자에게 공급하는 중간도매상으로, 특히 전자의 경우 매입대금이 1회당 OOO원 미만이어서 날마다 미리 OOO원∼OOO원 상당의 현금을 출금하여 두었다가 이를 해당 매입의 결제대금으로 사용하였다. 김OOO은 주로 건물철거현장에서 발생한 고철을 수집하는 비사업자로 2016.12.28. 청구인에게 고철을 장기공급하는 계약을 체결하여 청구인에게 수집된 고철이 있는 현장을 알려주면 청구인이 해당 현장을 방문하여 수량 확인 후 청구인의 차량으로 해당 고철을 수집하고 김OOO에게 당일의 고철시세 상당액 (쟁점매입액)을 지급하며 매출처인 OOO에게 매입한 전량을 1㎏당 OOO원 상당의 이윤을 더한 가액으로 공급하였다. 이러한 사실은 비록 청구인의 매입대금 지급수단이 현금이어서 쟁점매입액에 대한 구체적인 금융거래 내역을 제시할 수는 없으나, 2016.12.28. 청구인과 김OOO 간에 체결된 고철장기공급계약서, 2019년 11월 작성된 김OOO의 확인서, OOO(청구인의 사업장) 명의의 예금계좌 출금 및 현금인출 내역, OOO의 고철매입ㆍ매출장, 매출처(OOO)의 쟁점거래와 관련한 매입처원장ㆍ세금계산서 및 거래사실확인서, 해당 매출거래와 관련한 OOO의 금융거래 내역, OOO 명의의 자동차등록증 등의 증빙자료로 입증된다. 한편 처분청은 청구인이 쟁점거래의 상대방을 잘못 신고하였고 관련한 증빙도 지연제출하였으며 김OOO이 청구인 자녀의 동거인이고 OOO의 부가가치율을 낮출 목적으로 쟁점매입액이 지출된 것으로 가장되었다는 등의 이유로 쟁점매입액을 필요경비로 산입할 수 없다는 의견이나, ① 당초 부가가치세 신고서 쟁점거래의 상대방을 잘못 신고한 것은 세무대리인이 청구인으로부터 정확한 거래내역을 통보받지 않은 데에 기인하는 점, ② 청구인이 감사관서의 해명요구를 받은 후부터 소명기간이 촉박하였던 점(이를 2019.4.16. 받았으나 그 기한이 2019.4.18.이어서 기신고한 매입내역을 단순 합계하여 소명할 수밖에 없었다), ③ 김OOO은 오랜 동안 청구인의 지인으로 단지 개인사정상 류OOO와 동일한 곳에 주민등록을 하였을 뿐 실제로는 다른 곳에 거주한 점, ④ 쟁점매입액(관련 과세기간의 총 폐자원 매입액 상당 중 7.5% 상당)을 제외할 경우 매출총이익률(18.5%)이 동종 업종평균(13.0%)보다 높고 소득금액(당기순이익, OOO원 상당)도 단순경비율로 추계한 금액(OOO원 상당)보다 3배 이상 높게 되어 과도한 점, ⑤ 고철거래는 정상거래가 아닌 경우에는 세금계산서의 발급이 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청의 의견은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입액은 청구인이 실제 공급받은 재화의 매입액임이 입증되지 아니하였으므로 필요경비로 공제할 수 없다. 청구인은 쟁점매입액이 실제 재화를 공급받고 지출된 비용이어서 이를 필요경비로 산입하여야 한다고 주장하나, ① 청구인이 감사 관서의 감사 당시 한 소명 내용(파지 356회 OOO원, 고철 108회 OOO원)과 이의신청시 한 소명 내용(전부 고철매입) 및 이에 대해 제출한 자료(각각 수량, 단가, 금액 등이 기재된 김OOO의 사실확인서 제출)가 서로 다름을 감안하면 이들 자료가 모두 사후에 작성된 것으로 신뢰하기 어려워 보이는 점, ② 청구인이 이의신청시 제출한 쟁점거래에 대한 매입장은 위 감사 당시에는 미제출된 것으로 만약 쟁점거래 당시에 작성된 것이라면 해당 감사 당시 제출하지 못할 이유가 없고 오히려 매출처(OOO)의 매입장을 기초로 사후에 작성된 것으로 보이는 점, ③ 매입대금 지급에 관한 청구주장이 모순되는 점(소액 매입대금의 경우 현금 결제되어 금융자료를 제시할 수 없다고 주장하면서 쟁점거래 대금에 대한 구체적인 금융자료를 제시하였고 월 25회 상당의 꾸준한 대금결제는 부정기적인 거래를 하는 업계 사정과도 다름), ④ 김OOO이 위 감사 당시 청구인의 자녀(류OOO)와 동거 중이었고 OOO의 폐업 후 같은 장소에서 ‘OOO’이라는 상호로 동일 업종을 영위하였음을 감안하면 쟁점거래의 상대방이 아니라 청구인과 사업 상 경제적 실질을 같이 하거나 명의 대여ㆍ차용의 관계로 보는 것이 타당한 점 등을 감안할 때, 쟁점매입액은 청구인이 OOO의 높은 부가가치율을 낮추기 위하여 지출된 것으로 가장되었다고 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 재화를 공급받지 아니하고 쟁점매입액에 대하여 조특법 제108조에 따른 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 것으로 보아 관련된 필요경비를 부인하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조특법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부개정되기 전의 것) 제108조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례) ① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2018년 12월 31일까지, 중고자동차를 2018년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

1. 재활용폐자원: 103분의 3. (단서 생략)

② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. (후단 생략)

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조특법 시행령 제110조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례) ① 제108조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제61조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제48조 또는 제49조에 따른 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163 조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원등의 매입세액공제 신고서에 다음 각 호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)

(3) 소득세법 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정되기 전의 것) 제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ①사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. (후단 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 2017년 제1기∼2018년 제1기 과세기간 동안 OOO원∼OOO원 상당을 매출하고 OOO원∼OOO원 상당을 매입한 것으로 하여 OOO원∼OOO원의 세액을 납부하였고, 해당 매입 중 대부분(96% 이상)은 재활용폐자원 매입액이며, 쟁점매입액은 이 중 7.0%∼9.5% 상당이다. (나) 청구인은 2017년 중 OOO원을 수입금액으로, OOO원을 소득금액으로 하여 종합소득세를 신고하였다. (다) 처분청은 감사관서의 감사와 관련하여 청구인에게 2019.4.18.까지 쟁점매입액의 사실확인에 필요한 관련 장부 및 증빙자료를 제출하도록 요청하였고, 청구인은 이에 따라 쟁점매입액이 김OOO으로부터 고철(108건 OOO원) 외에 파지(356건 OOO원)를 공급받고 지출된 것으로 하여 2019.4.17. 작성된 김OOO의 확인서 및 일자별 내역서를 제출하였다. (라) 청구인은 이의신청의 재결청(OOO지방국세청장)에게 쟁점거래처가 종전부터 거래한 상대방인 것으로 소명하였고, 국세청 전산자료에 의하면 이 중 일부(강OOO, 유OOO, 유OOO, 오OOO)는 청구인이 2015년 제1기∼2016년 제2기 과세기간 중 부가가치세 신고시 받은 재활용폐자원 매입세액 공제와 관련한 매입처였고 김OOO은 2017년 중 근로소득이 있었던 것으로 나타난다. (마) 청구인은 이의신청의 심리기간 중 쟁점매입액의 전부가 김OOO으로부터 고철을 매입한 것으로 하여 당초 소명을 변경하면서 2016.12.28. 청구인과 김OOO과 체결하였다는 고철장기공급계약서, 2019년 11월 중 작성된 김OOO의 확인서, 매출처(OOO)의 매입처원장 및 OOO의 매입장의 각 일자별 거래 내역(엑셀 프로그램으로 정리한 것으로 보이는 것)을 제출하였으나, 처분청은 위 자료가 사후 작성(특히 OOO 매입장은 매출처의 매입처원장을 기초로 작성)되었고 이외에 쟁점거래의 실제성을 입증할 ‘쟁점거래 당시에 작성된 장부’가 없다는 이유로 해당 자료를 신뢰할 수 없는 것으로 보았다. (바) 청구인은 위 심리기간 중 ‘김OOO에게 현금인출기에서 인출한 현금으로 쟁점매입액을 지급하였다’고 주장하면서 관련한 금융거래 내역[2017.1.1.∼2018.12.31. 기간 중 청구인(OOO) 명의의 예금계좌에 현금을 인출한 것]을 제출하였으나, 처분청은 해당 자료가 다른 청구주장(통상 매입 당시 현금으로 지급된 내역을 소명하기 어렵다는 것)과 모순되고, 동종 업종의 대금지급 사정(불특정 다수인으로부터 부정기적으로 고철 매입)과 다르며, 일부 출금액이 청구인의 자녀(류OOO)에게 입금되었다는 등의 이유로 쟁점매입액의 수수가 입증되지 아니하는 것으로 보았다. (사) 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2005.3.2.∼2018.12.31. 기간 중 OOO 등 3곳(이 중 재활용자원 도매업과 관련된 사업장은 2곳)의 사업장을 영위하였고, 청구인의 자녀인 류OOO는 2003.7.7.부터 현재까지 4곳(이 중 재활용자원 도매업은 2곳)의 사업장을 영위하였거나 영위하고 있으며, 김OOO은 2019.1.1.부터 OOO의 사업장과 같은 곳에서 ‘OOO’이라는 상호로 재활용자원 도매업을 영위하고 있는 것으로 나타난다. (아) 주민등록등본에 의하면 류OOO와 김OOO은 2010.10.1.∼ 2019.4.18. 기간 중 같은 곳OOO에 주소지를 둔 것으로 나타난다. (자) 감사관서는 쟁점매입액의 공급자가 사망자 또는 일반과세자로 청구인이 실제 고철ㆍ파지 등의 공급 없이 재활용 폐자원 매입세액 공제만을 적용받은 것으로 보아 해당 공제 및 쟁점매입액에 대한 필요경비 공제를 부인하여 부가가치세 및 종합소득세를 부과하도록 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2019.9.3. 부가가치세의 경정ㆍ고지 및 이 건 과세처분(종합소득세)을 하였다가, 부가가치세의 경우 재활용폐자원 매입세액 공제한도액 초과를 이유로 직권 취소(감액경정)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입액이 비사업자인 김OOO과 체결한 장기계약에 따라 김OOO으로부터 고철을 매입하고 그 대가로 지출된 비용이므로 OOO의 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 이러한 청구주장이 감사관서의 감사 당시 청구인의 소명(김OOO으로부터 고철 외에 파지도 매입하였다는 것)과 달랐던 점, 청구인이 제출한 증빙자료는 쟁점거래 당시에 작성되었거나(김OOO과 체결하였다는 장기공급계약서 및 OOO의 매입장이 쟁점거래 당시 작성된 것이었다면 위 감사 당시 제출되지 못할 이유가 없고 김OOO의 확인서는 사후에 사인 간에 임의로 작성 가능한 것이다) 쟁점거래와 관련한 것으로 보기 어려우며(청구인의 매출과 관련한 OOO의 매입장 등의 자료 및 현금인출 내역으로는 청구인의 매입인 쟁점거래의 존부를 확인하기 어렵다), 이외에 쟁점거래 사실을 입증할 객관적ㆍ구체적인 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 쟁점매입액이 실제로 지출되지 아니한 것으로 보아 그 상당액의 필요경비 공제를 부인하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한