쟁점주택 신축 이전에 무허가 주택을 짓고 거주한 기간을 보유기간에 합산하여 장기보유특별공제 공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1978.3.16. OOO 토지 1,320㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 쟁점토지상에 단독주택(연면적 257.48㎡, 이하 “쟁점주택”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 2009.6.24. 사용승인을 받았으며, 2017.10.31. 쟁점부동산을 OOO에 양도한 후 쟁점주택 신축 이전인 2003년 4월부터 쟁점토지상에 무허가 주택을 짓고 거주하였으므로 아래 <표1>과 같이소득세법제95조 제2항 표2에 따라 쟁점토지 중 쟁점주택정착면적 5배 면적은 보유기간 10년 이상에 해당되는 공제율 80%를, 나머지 면적에 대해서는 위 조항 표1에 따라 보유기간 15년 이상에 해당되는 공제율 30%를 각각 적용하여 산정한 장기보유특별공제액을 공제하여 2017년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다. <표1> 청구인 당초 신고시 쟁점토지 장기보유특별공제율 적용 (단위: ㎡)
• 나. 처분청은 2019.9.18.～2019.10.7. 기간 동안 쟁점주택 양도소득세 조사를 실시한 결과 쟁점주택 사용승인일 이전 무허가 주택에 거주한 사실이 인정되지 않는다는 사유로 쟁점토지 중 주택정착면적의 5배 면적에 대해 위소득세법조항 표2의 보유기간이 “8년 이상 9년 미만”(2009.6.24.～2017.10.31.)에 해당되는 장기보유특별공제율 64%를 적용하여 2019.12.4. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택에 해당하는 주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함하여 보유기간별 공제율을 적용하는 것(재산세제과-34, 2017.1.16.)인바, 쟁점토지에 쟁점주택을 신축하기 이전인 1990년대 중반에 거주 목적으로 무허가 주택(50평)과 화장실(3평)을 신축(175.21㎡, 이하 “멸실주택”이라 한다)하여 실제 거주한 사실이 있고, 이는 주변 지인들의 인우보증서, 거주 당시 촬영사진, OOO 내역상 쟁점토지 주소지의 전기요금 납부내역 등으로 확인되므로 쟁점토지 중 멸실주택 면적의 5배에 해당하는 면적(876.05㎡)에 대해서는 보유기간 10년 이상에 해당되는 장기보유특별공제율은 80%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 주택이란 건축물대장 등 공부상의 용도구분이나 건축 또는 용도변경에 대한 당국의 허가 유무 및 등기 유무와 관계없이 상시 주거의 목적을 위하여 사용되는 건축물의 말하는 것(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결)인데, 쟁점주택 신축 이전에 관할 구청의 무허가 주택 관리대장에 멸실주택이 나타나지 않고, 이에 대한 주택분 재산세를 납부한 사실도 확인되지 않는 점, 처분청이 세무조사 당시 OOO 요금관리부 직원OOO에게 쟁점토지 주소지의 전기요금 납부내역을 확인한 바에 의하면 쟁점주택 신축 이전에는 농사용전력으로 분류되어 전기요금이 부과되다가 2007년 11월부터 주택용전력으로 분류되어 전기요금이 부과된 사실이 확인되고, 전력사용량 또한 쟁점주택 신축 이전에 주거용으로 사용하였다고 보기는 어려운 점, 청구인이 세무조사기간 소명서 내용과 이 건 심판청구시 쟁점주택 신축 이전 무허가 주택 신축 및 거주 관련 사실관계가 상이하는 등 신빙성이 낮은 점, 주민등록상 주소지는 민원인의 신청에 의해 별도의 확인절차 없이 발급이 가능하여 청구인 사위(OOO)와 딸(OOO)이 2006년부터 쟁점토지에 주민등록을 하였다는 사실만으로 쟁점주택 신축 이전부터 쟁점주택 부수토지를 상시 주거용으로 사용하였다고 볼 수는 없는 점, 청구인이 쟁점주택을 신축하여 전입(2009. 7.29.)하기 전까지 쟁점 토지상에 주소를 둔 적이 없고, OOO에 주소지를 두고 계속 거주한 것으로 보이는 점, 쟁점주택 신축 전에 쟁점토지상의 무허가 건축물은 상시 주거용이라기보다는 농사를 짓기 위한 관리사 형태로서 일시적인 거주 목적의 건축물로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구인이 제출한 쟁점주택 신축 이전에 쟁점토지상에 주거용 무허가 주택의 존재, 신축연도, 주택면적 등이 불분명한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점주택 부수토지의 장기보유특별공제율로 64%를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택 신축 이전에 무허가 주택을 짓고 거주한 기간을 보유기간에 합산하여 장기보유특별공제 공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> <표2> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 8 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 10 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 12 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 14 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 16 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 18 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 11년 미만 100분의 20 10년 이상 100분의 80 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30

(2) 주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청의 쟁점토지 양도소득세 조사결과보고서의 주요내용은 다음과 같다. (나) 청구인의 주민등록등본을 제시하였는데, 세대주는 자녀인 OOO으로 2017.11.13. 세대편입되어 같은 날 OOO로 전입된 사실이 나타나고, 청구인의 주소지 변동내역은 다음과 같다. (다) 청구인이 세무조사 당시 제출한 소명서를 제시하였다.

(2) 청구인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) OOO청장이 2017.11.7. 발급한 쟁점주택 ‘일반건축물대장(갑)’을 제시하였는데, 쟁점주택은 경량철골구조의 1층 건물로서 용도는 149.48㎡ 단독주택, 108㎡ 제1종근린생활시설(휴게음식점)으로 기재되어 있다. (나) 지인 2명의 2020.2.21.자 인우보증서 및 확인서를 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

1. 인우보증서(OOO)

2. 확인서(OOO) (다) OOO에서 발급한 “고객 종합정보 내역”을 제시하였는데, 쟁점토지 소재지에 1993.10.14. 신설된 것과 월별 사용량 및 전기요금 내역이 기재되어 있다. (라) 청구인 자녀 OOO와 사위 OOO의 주민등록초본을 제시하였는데, 주소지 변동 내역은 다음과 같다.

1. OOO

2. OOO (마) OOO의 직인이 날인된 2006.3.13. 인사발령통지서에 OOO가 복직되어 OOO에 발령된 것으로 되어 있고, OOO 내부관리용 직원거주지 약도(작성일 2016.3.16.)에 의하면 정석태가 쟁점토지상에 거주하고 있는 것으로 되어 있다. (바) 청구인 자녀 OOO와 사위 OOO가 쟁점주택 신축 이전 무허가 건물에서 거주할 당시 촬영한 것이라며 사진 8매를 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택 신축 이전에 쟁점토지상에 멸실주택을 짓고 거주한 기간과 쟁점주택 신축 이후 양도일까지 기간을 합할 경우 10년 이상이므로 해당 멸실주택 면적의 5배에 상당하는 면적은 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다고 주장하나, 이 건 무허가 주택인 멸실주택의 존재 및 면적 등에 대한 입증책임은 청구인에게 있다 할 것이나, 관할 구청의 무허가 건축물대장 및 재산세 과세내역 등에 쟁점토지 주소지상 무허가 건축물이 등재된 사실이 확인되지 않는 점, “주택”에 대해소득세법제88조 제7호에서 허가 여부나 공부상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물로,주택법제2조 제1호에서 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지로 각각 정의하고 있는데, 청구인이 제시한 자료만으로는 쟁점토지상 비닐하우스 내에서 한 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 되어 있는지 여부가 불분명한 점, 처분청과 청구인이 제시한 쟁점토지상 전기사용량을 보면 쟁점주택 착공 이전 2년 동안의 월평균 전력사용량(179.83kwh)이 양도일 직전 2년 평균 전력사용량(323.79kwh)의 55%에 불과하는 등 쟁점주택 신축 이전 비닐하우스내 거주시설이 농사를 짓는데 필요한 일시적 주거공간이었는지, 아니면 상시 주거용 건축물로 볼 수 있는지 여부가 불분명하고, 그 면적에 대해서도 청구인은 명확한 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 청구인이 2006년부터 멸실주택에서 거주하였다는 자녀 부부의 주소지 변동 이력을 보면 부부 간의 주민등록상 주소지가 상이한 기간이 존재하는 등 실제 거주지와 달랐을 개연성도 배제하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.