청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 쟁점조항에 따른 쟁점가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1970.9.1. 자선․장학 및 사회복지를 목적으로 설립된 재단법인으로 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 설립자인 OOO, 그의 외동딸인 OOO 및 위 설립자의 여동생인 OOO로부터 아래 <표1>과 같이 OOO의 주식을 출연받았거나 출연받은 주식이 유․무상증자 등을 통해 2009년말 현재 주식 OOO를 보유하고 있고, 현재상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다)상 성실공익법인이다.
• 나. OOO지방국세청장은 공익법인에 대한 사후검증을 실시하여 청구법인이 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 신설된 상속세 및 증여세법 시행령(이하 “상증세법 시행령”이라 한다) 제13조 제3항에 따른 성실공익법인의 이사선임요건(출연자 또는 그와 특수관계에 있는자가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하여야 한다는 내용으로 이하 “이사수 요건”이라 한다)을 위배하여 OOO 주식 OOO주(지분율 5% 초과 주식수에서 증여세를 납부한 주식수를 제외한 것으로 이하 “쟁점주식”이라 한다) 2007.12.31. 법률 제8828호로 일부 개정된 상증세법 제78조 제4항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따른 가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다) 부과대상이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.12.26. 청구법인에게 2009.12.31. 증여분 증여세(가산세) OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1970년경 설립된 이후부터 현재까지 전문경영인 체제로 운영하면서 운용소득을 직접 공익사업에 투입하는 등 부의 사회 환원과 사회복지에 노력하여 왔으나, 처분청이 다음과 같은 이유로 부당하게 쟁점가산세를 과세함에 따라 지난 50년간 추진해왔던 공익목적사업 전체를 위태롭게 하고 있으므로 이를 취소하여야 한다.

(1) 청구법인은 쟁점주식을 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부 개정된 상증세법 시행령의 시행 전부터 보유하고 있었으므로 동 부칙 규정에 따라 같은 시행령 제13조 제3항 및 제42조의 적용대상이 될 수 없다. 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조에는 “제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다OOO 따라서 청구법인은 쟁점주식에 관하여 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 시행 전후의 상증세법 제49조 제1항 단서의 적용대상이므로 이 건 부과처분은 헌법 제59조 조세법률주의, 소급과세금지원칙, 구 상증세법 시행령 부칙 제3조 규정을 위반한 위법한 처분이다.

(2) 쟁점가산세는 증여세나 상속세의 이행확보를 위한 것이 아니므로 그 세목을 상속세 또는 증여세로 볼 수 없고, 이에 따라 쟁점가산세를 부과할 수 있는 날인 2009.12.31.로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2019.12.26.에 이루어졌으므로 부과제척기간이 도과하여 무효이다. (가) 쟁점가산세의 세목은 다음과 같은 이유로 상속세·증여세로 볼 수 없고 오히려 법인세 또는 소득세로 보아야 한다.

1. 쟁점조항은 ‘매년 말... 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다’라고 하여 세목을 명시하지 않았지만 “동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일”이라고 규정한 점에서, 쟁점가산세의 세목은 상속세 또는 증여세로 볼 여지가 없고 오히려 소득세 내지 법인세로 보아야 한다.

2. 상증세법 제78조 제3항은 “상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액을 징수하여야 한다”라고, 상증세법 제78조 제5항은 “상속세 또는 증여세로 징수한다”라고, 상증세법 제78조 제12항 및 제13항은 각 “소득세나 법인세에 가산하여 징수한다”라고 각 규정하여 각 세목을 상속세, 증여세, 법인세, 소득세로 명시하고 있다.

3. 보유한도를 초과한 출연 주식에 대하여는 “상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다”라고 규정한 상증세법 제48조 제11항을 적용하고, 그에 반하여 보유한도를 초과한 출연 외 주식의 경우에는 쟁점조항이 적용된다. 4)국세기본법제47조 제2항, 같은 법 제47조의 2 내지 4 등 가산세의 체계를 살펴보면,국세기본법제47조 제2항이 규정한 “해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목”이라 가산세의 본세를 가리키는 것으로 보아야 한다. 같은 법 제47조의2 제1항이 정한 무신고가산세, 같은 법 제47조의3 제1항이 정한 과소신고·초과환급신고가산세는, 상증세법 제67조 제1항이 정한 상속세의 과세표준 신고의무나 상증세법 제68조 제1항이 정한 증여세 과세표준 신고의무를 위반한 경우 그 세목이 본세로 명시된 상속세 또는 증여세가 되고, 법인세법 제60조 제1항 에 의한 법인세 과세표준 신고의무를 위반한 경우 그 세목이 본세로 명시된 법인세가 된다. 마찬가지로 국세기본법제47조의4 제1항이 정한 납부지연가산세도 해당 국세의 납부를 지체할 때 부과되는 가산세이므로 납부를 지연한 국세가 위 가산세의 세목이 된다. 국세기본법제2조 제4호는 “가산세”를 “이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액”이라고 정의한 점이나, 대법원이 “가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이다”라고 판시한 점OOO과 같은 맥락이다. 그런데 쟁점가산세는 증여세, 상속세의 이행확보를 위한 것이 아니므로 그 본세를 증여세, 상속세라고 할 수 없다.

5. 쟁점조항(상증세법 제78조 제4항)에서는 “…시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다…”고 규정하고 있고, 청구법인은 2009사업연도분에 대하여 납부할 세액으로 법인세는 있으나 증여세는 없다.

6. 실무상으로도 세무당국은 쟁점조항 등 “공익법인에 대한 사후관리”위반에 대하여 매년 법인세 신고시 납부할 세액에 가산하여 부과하는 점이나 국세청이 매년 고시하는 기록관리기준표에서 법인납세국 법인세과가 “공익법인에 대한 사후관리”를 담당하게 하고 그 부과제척기간을 5년이라고 기재하고 있다.

7. 부과방식에 있어서도 상속세나 증여세는국세기본법제22조 제2항에 따라 과세관청이 과세표준과 세액을 결정할 때 즉시 부과하는 부과세 방식을 취하는 반면, 쟁점가산세는 쟁점조항의 문언대로 “매년 말... 그 공익법인등이 납부할 세액”에 가산하여 부과하도록 되어 있으므로 기간과세 방식인 소득세나 법인세와 같다. (나) 대법원도 쟁점가산세처럼 ‘본세와 무관한 가산세’의 경우 본세에 적용되는 부과제척기간을 적용할 수 없다는 입장이다OOO대법원 판결 사안을 요약하면 다음과 같다. OOO 주식회사는 2002.10.2.부터 파견 직원 명의로 개인사업자등록을 한 직영가맹점 OOO곳(이하 “해당 사업장”이라고 한다)을 운영하면서 각 사업자등록에 따라 세금계산서를 수수하고 부가가치세를 신고·납부하였으나, OOO세무서장은 2012.11.29.부터 2013.4.6.까지 법인세 통합조사를 실시하여 위 주식회사가 해당 사업장의 실제 사업자라고 파악하고 그 매입·매출을 포함한 법인세 및 부가가치세를 경정·고지(이하 “당초처분”이라 한다)하였는데, OOO지방국세청장이 2013년 12월경 OOO세무서장에게 해당 사업장에 대하여 당초처분과 함께 구부가가치세법제22조 제1항 제2호에 의한 명의위장등록가산세를 추가로 부과하라고 시정요구를 하였고, 이에 OOO세무서장은 2014.3.30. 당초처분에 추가하여 해당 사업자에게 2008년도 제1분기부터 2013년 제1분기까지의 명의위장등록가산세를 부과(이하 “해당처분”이라고 한다)한 사안이다. 구부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제2호는 “사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다”고 규정하였다. 대법원은 위 사안에 대하여, “이러한 명의위장등록가산세는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 따라 납세자의 부정행위로 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로 그 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다”고 하면서 “2008년도 제1기분 및 제2기분 각 명의위장등록가산세 부과처분은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2014.3.10. 이루어졌으므로 그 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효이다”라고 판시하였다. (다) 쟁점가산세는 증여세나 상속세의 이행확보를 위한 것이 아니므로 그 세목을 상속세 또는 증여세로 볼 수 없다. 쟁점가산세의 부과제척기간은 구국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 따라 5년으로 보아야 하고, 쟁점가산세를 부과할 수 있는 날은, 국세기본법 제21조 제2항 마호가 정한 “그 밖의 가산세: 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때”에 따라 쟁점조항이 “매년 말 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다”라고 규정하므로, 납세고지서처럼 청구법인의 과세년도 2009년의 말일인 2009.12.31.이다.

(3) 쟁점가산세는 같은 시행령 부칙 제3조의 해석에 따라 구 상증세법 시행령 제13조 제3항의 적용여부에 상당한 차이를 보이고 있고, 청구법인이 쟁점주식에 대하여 위 부칙에 따라 위 시행령을 적용할 수 없다고 판단한 데에 정당한 사유가 있으므로 국세기본법제48조 제1항 제2호에 따라 면제되어야 한다. (가)국세기본법제48조 제1항 제2호에 의하면 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우” 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 대법원은 “법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이다”라고 판시한 바 있다OOO (나) 청구법인은 아래와 같은 이유로 모법인 구 상증세법 제49조 제1항을 토대로 구 상증세법 시행령 제13조 제3항을 객관적으로 예측할 수 없었다.

1. 위 시행령의 모법인 구 상증세법 제49조 제1항 단서는 1996.12.30. 법률 제5193호로 도입된 이후 2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전까지 개정된 바 없다.

2. 모법인 구 상증세법 제49조 제1항 단서의 내용을 살펴보면, “직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라고 규정함으로써 해당 시행령의 대강을 알려주고, 실제로 개정 전 구 상증세법 시행령 제42조 제1항은 “법 제49조 제1항 단서 전단에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등’이라 함은 당해 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등(이하 이 조에서 ‘성실공익법인등’이라 한다)을 말한다.”고 규정함으로써 구 상증세법 제49조 제1항 단서를 구체적으로 정한 데에 불과하였다. 그러나 2008.2.22. 개정된 구 상증세법 시행령 제42조 제1항은 “법 제49조 제1항 단서 전단에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등’이라 함은 성실공익법인등을 말한다”라고 규정함으로써 법률로써 입법해야 할 부분을 대통령령으로 우회하는 입법수단을 택하였고, 이로 인하여 헌법 → 법률 → 대통령령(법령)의 순으로 이루어져야 할 단계적 입법체계가 무너지는 결과로 이어졌으며, 결과적으로 납세자이자 주권자인 우리 국민이 헌법 제59조를 통하여 규정한 조세법률주의·과세요건명확주의, 헌법 제75조, 제95조를 통하여 규정한 포괄위임금지원칙에 역행하고 있다. 즉 “성실공익법인등”의 요건을 알려면 다시 모법인 구 상증세법 제16조 제2항 각 호 외의 본문인 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 ‘성실공익법인등’이라 한다)”이라는 규정을 살핀 후에야 위 대통령령에 해당하는 구 상증세법 시행령 제13조 제3항 규정이 있음을 알 수 있다. 또한 구 상증세법 시행령은 2008. 2. 22. 신설과 동시에 시행되었기 때문에 청구법인은 신설된 구 상증세법 시행령 제13조 제3항을 알았더라도 그에 맞추어 청구법인의 이사회를 즉시 구성할 수는 없었다.

3. 구 상증세법 시행령 부칙 제3조는 ‘위 시행일 이후 취득한 주식등에 대하여만 같은 시행령 제13조 제3항 및 제42조를 적용한다’고 규정하였고, 청구법인이 쟁점주식에 대하여 예전과 마찬가지로 성실공익법인의 지위를 유지하면서 직접 공익목적사업에 치중하였다. 아래 <표2>의 특수관계인 이사들은 부의 사회환원과 사회복지에 헌신한 고 OOO의 경영철학을 이어받은 사람들로서 자신의 사비를 털어 청구법인이 추진하는 직접 공익목적사업에 헌신하였기 때문에 청구법인의 이사로 취임한 것이 쟁점가산세 부과처분을 받아야할 어떠한 비난가능성도 없다.

4. 상증세법상 특수관계인은 매우 폭넓게 규정되어 있으므로 특수관계인을 배제한 임원 구성이라는 것은 결국 청구법인의 공익목적사업에 애정도 없고 전문성도 없는 자들이 청구법인을 경영해야 한다는 것인데, 이러한 점이 과연 상속세 또는 증여세보다 훨씬 높은 비율(운용수익의 90% 이상)로 부의 사회환원에 힘쓰도록 도입한 성실공익법인 제도의 취지에 부합하는 것인지 상당한 의구심이 있다. (다) 청구법인은 설립일인 1970년부터 수십 차례 상증세법 개정 동안 출연 주식에 대한 자진 납부를 하는 등 성실하게 납세하여 왔고, 구 상증세법 제49조 제1항이 도입된 1996.12.26.경부터 현재까지 운용이익의 대부분을 직접 공익목적사업에 사용해오는 등 “성실공익법인등”으로서 구 상증세법 제49조 제1항 단서의 적용을 받아왔으며, 2013년경부터 특수관계인의 임원취임 제한을 해결함으로써 성실공익법인의 요건을 충실히 지켜왔다.

(4) 쟁점가산세의 납세의무가 성립하지 아니하였다. (가) 청구법인에게 쟁점가산세를 부과하는 경우 먼저 납세의무의 성립이 선행되어야 하며,국세기본법의 규정에 따라 “특정의 시기”에 “특정사실 또는 상태가 존재”하여야 하는 과세요건이 충족되어야 한다. 상증세법 제49조 제1항 단서의 기준에 따른 성실공익법인의 과세요건은 법인세 사업연도 종료일 현재(특정시기)에 성실공익법인의 기준에 미달하는 경우(특정사실)가 있어야 하는데, 쟁점가산세 부과대상연도인 2009년 당시의 성실공익법인 여부의 판정은 2008.2.22. 개정 신설된 상증세법 시행령 제13조 제5항의 “성실공익법인 요건 규정”에서 “주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준”으로 한다고 분명히 규정되어 있으므로 본 건 부과에 앞서 청구법인이 해당시기에 해당요건을 갖춘 공익법인인지에 대한 판단이 선행되어야 한다. 따라서 청구법인이 2009사업연도 및 해당 법령 개정일이 속하는 2008년 사업연도 기간중에 주식등의 출연 또는 취득사실이 없었다면 해당 법령 개정시기 이전의 성실공익법인 요건을 적용하여 청구법인이 성실공익법인 요건을 갖추었는지 여부를 판단한 후에 쟁점가산세 부과여부를 결정하여야 한다. (나) 청구법인은 2008․2009사업연도 중에 주식 취득ㆍ보유기준을 규정한 상증세법 시행령 제37조 제1항에 규정된 주식 등의 매매, 출연 또는 유상증자에 의하여 OOO의 주식을 취득한 사실이 없고 주식보유비율도 당연히 직전연도에 비하여 증가된 사실이 없다(주식보유기준 규정에서 무상증자에 의한 주식은 취득의 범위에서 제외되어 있는바, 무상주는 유상주와 달리 납입의무 없이 모든 주주에게 취득의사와 관계없이 교부되고 주주의 주식보유비율에 변동이 없으므로 무상주가 취득의 범위에서 제외된 것은 보유비율에 따라 과세여부를 판정하는 상증세법의 취지상 당연한 것으로 보인다). 그러므로 청구법인이 2009사업연도 중에 성실공익법인의 기준에 해당되는지의 여부에 대한 판정은 2008.2.22. 이전의 성실공익법인 요건이 적용되어야 하지 2008.2.22. 개정․신설된 상증세법 시행령 제13조 제3항 제2호의 이사수 요건 규정을 적용하여 성실공익법인 여부를 판단할 것은 아니다(같은 취지의 행정해석 및 조세심판례 참조). (다) 청구법인은 2008사업연도 이전부터 2009사업연도 말까지 청구법인에게는 적용대상이 아닌 “이사수 요건” 외에 다른 성실공익법인 요건은 충족하였으므로 2009사업연도 말을 기준으로 청구법인은 성실공익법인에 해당되는 것이다. 따라서 쟁점가산세는 청구법인이 “성실공익법인의 기준에 미달”하여야 하는 과세요건이 충족되지 아니하여 납세의무가 성립되지 아니하였음에도 세금을 부과한 위법한 처분이다.

(5) 처분청의 답변내용에 대한 항변내용은 다음과 같다. 처분청은 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조는 성실공익법인의 주식출연(취득) 제한 규정에 관한 것일 뿐이고, 쟁점가산세 관련규정인 상증세법 제49조 및 상증세법 제78조 제4항에 대한 내용은 아닌 것이라 하고, 2008.2.22. 개정된 성실공익법인 요건에 대한 부칙규정은 주식의 출연 및 취득시 상속세 또는 증여세 과세가액 불산입을 할 수 있는 성실공익법인 요건에 적용되는 것이지 초과보유 가산세 규정에 대한 것은 아니며, 더욱이 쟁점가산세는 1996년 이전 보유주식에 대한 제재로서 그 이후에 취득한 주식은 적용대상이 아니고 답변하였으나, 같은 답변서에서2008.2.22 개정된 성실공익법인 요건을 미충족하여 성실공익법인에 해당하지 않는 경우 쟁점가산세 적용대상이라고 답변하였다. 위와 같은 처분청의 답변내용은 쟁점가산세를 부과할 때는 2008.2.22 개정된 “성실공익법인 요건을 규정한 시행령의 부칙규정”을 적용하여 성실공익법인이 아니라서 과세가 타당하다는 것이고, 반면에 같은 “성실공익법인요건을 규정한 시행령의 부칙규정”에 따라 2008.2.22 이후 “최초로 공익법인 등에 주식등을 출연하거나 공익법인 등이 주식등을 취득하는 분부터” 이사수 요건 규정 및 성실공익법인 요건 규정을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장에 대하여는 “성실공익법인요건 시행부칙규정”이 주식 출연(취득) 제한에 관한 규정일 뿐 청구법인이 주장하는 성실공익법인 요건의 판정시는 적용되는 것이 아니라고 하여 하나의 같은 법조문을 두고 적용은 달리 한다는 상반된 주장을 하고 있다. 결국 처분청의 의견대로라면 같은 하나의 같은 조문으로 규정되어 있는 “성실공익법인요건을 규정한 시행령의 부칙규정”을 적용함에 있어 성실공익법인이 주식 취득시 적용되는 성실공익법인과 쟁점가산세의 부과시 적용되는 성실공익법인의 두 가지 유형으로 구분하여 적용해야 한다는 논리인데 관련법령 어디에도 그러한 규정은 없으며, 이러한 처분청의 과세논리는 해당 법령을 혼동하거나 자의적으로 유추해석하여 잘못 적용한 결과라 여겨진다. 이에 반해 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령 제13조 제5항의 “성실공익법인요건 규정”에서 성실공익법인의 판정기준일을 “주식 등의 출연일 또는 취득일 현재”로 규정하고, 동시에 같은 시행령 제13조 제3항의 “이사수 요건”규정을 신설하면서 두 가지 요건, 즉 성실공익법인요건과 이사수 요건의 규정을 “2008.2.22. 이후 출연하거나 취득하는 주식 분”부터 같이 적용하도록 한 “성실공익법인요건 시행 부칙규정”은 법리상 타당하고 순리적이라 여겨지며, 이러한 이유로 동 시행령 부칙규정에 따라 2008.2.22. 이후 주식의 출연 또는 취득이 없는 경우에는 그 개정된 성실공익법인요건 및 이사수 요건 규정은 적용 대상이 아니라고 보는 것이 타당하다. 따라서 청구법인은 “이사수 요건 규정”이 신설된 규정한 2008.2.22. 이후부터 쟁점가산세 부과기준일인 2009.12.31.까지 OOO의 주식 등을 출연받거나 취득한 사실이 없으므로 2009사업연도의 성실공익법인 여부를 판정함에 있어서는 2008.2.22. 이후 출연 또는 취득하는 주식분부터 적용한다고 되어 있는 “이사수 요건 규정”을 적용할 여지가 없다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 2009사업연도 기간중 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 신설된 상증세법 시행령 제13조 제3항의 이사선임 요건을 충족하지 못하여 성실공익법인에 해당하지 않게 되었고, 상증세법 제49조 제1항 에 따라 발행주식총수 등의 5% 초과하여 보유하고 있던 쟁점주식은 쟁점가산세 부과대상이다. (1) 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 제13조 제3항에서 성실공익법인 요건으로 이사선임요건이 추가된 후, 청구법인이 개정된 성실공익법인 요건을 충족하지 못하였으므로 소급과세금지원칙에 위반되었다고 볼 수 없다. (가) 재벌이 공익법인을 별도로 설립하여 그 공익법인에 회사의 주식을 출연하여 상증세를 면제받음과 동시에 이미지는 이미지대로 제고하면서, 실질은 회사의 경영권을 편법으로 승계시키고 상증세를 회피하는 등 공익법인을 회사의 지배적 수단 및 승계를 위해 남용하여 사회적인 지탄을 받아왔으므로 상증세법은 ① 공익법인이 주식을 출연받거나 취득하는 경우 상증세가 면제되는 범위를 축소, ② 공익법인에 대한 내국법인의 5% 주식보유제한 설정, ③ 5% 주식보유기준의 예외가 인정되는 성실공익법인 요건의 강화 등 점차적으로 공익법인에 대한 규제를 강화하여 왔다. (나) 쟁점가산세가 신설된 1996년 ‘간추린 개정세법’ 책자를 보면, 초과보유 주식에 대하여 매각할 수 있는 유예기간을 부여하되 이를 위반시 1회에 한하여 액면가액의 20%를 부과하도록 하고 있다. 다만, 주식을 조세회피목적에 이용하지 않는 것으로 인정되는 성실공익법인의 경우 예외를 인정하도록 하였고, 유예기간 경과후에는 매년 성실도 기준을 지켜야 하고, 이를 위반하는 경우에도 당해 사업연도 말일에 1회에 한해 가산세를 부과하도록 개정취지를 밝혔다. (다) 1999년 기재부의 간추린 개정세법에서는 보유계열사 지분의 처분을 촉진하기 위하여 종전 1회에 한하여 부과하던 것을 10년까지 가산세 부과를 강화하게 되었다는 개정 취지를 밝히고 있다. (라) 2008.2.22. 개정전 상증세법 시행령 제42조가 “법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인”이라 함은 당해 공익법인등의 운용소득중 다음 각 호의 1에 해당하는 금액 중 큰 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등(이하 이 조에서 “성실공익법인”이라 한다)을 말한다.“라고 규정하였으나, 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령 제42조는법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라 함은 성실공익법인등을 말한다.라고 규정하여, 개정 시행령은 개정 전 시행령과 달리 성실공익법인등에 대해 직접 정의를 하고 있지 않으며, 그 정의는 개정 상증세법 제16조 제2항 및 동법 시행령 제13조로 이관되었는바, 개정법령의 전체적․종합적 해석상 시행령 제42조에 규정된 성실공익법인등의 의미는 상증세법 제16조 제2항 및 동법 시행령 제13조에 따라 해석해야 한다. (마) 청구법인은 2008년 개정된 성실공익법인 요건은 2008.2.22. 이후 최초로 출연받거나 취득하는 주식분부터 적용하는 것이므로, 청구법인에 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조는 성실공익법인의 주식 출연(취득) 제한 규정에 관한 것일 뿐이고, 쟁점가산세 관련 규정인 상증세법 제49조 및 상증세법 제78조 제4항에 대한 내용은 아닌 것이므로 성실공익법인의 요건 개정과 관련된 부칙 규정을 근거로 쟁점가산세를 부과할 수 없다는 주장을 인정할 수 없다. (바) 청구법인은 상증세법 시행령 부칙 제3조에 열거된 상증세법 시행령 제42조는 상증세법 제49조 제1항 단서에 관한 것으로 위 상증세법 조항은 주식의 출연․취득에 관한 것이 아니라 주식보유기준을 설정한 규정이기에, 처분청이 상증세법 시행령 부칙 제3조를 주식출연․취득에만 제한하여 적용해야 한다는 주장은 타당하지 않다고 주장하나, 2001.1.1. 시행된 상증세법은 대규모기업집단에 속하지 않는 성실공익법인이 출연자와 특수관계가 없는 내국법인의 주식 5%이상 취득․보유하는 경우에는 상증세를 과세하지 않는 조세우대조치 내지 과세상 특혜를 부여하였는데, 이러한 특혜를 받을 수 있는 성실공익법인의 정의는 상증세법 제16조 제2항 단서에서 상증세법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것이라고 규정하여, 그 정의를 상증세법 제49조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제42조를 통해 확인할 수 있는바, 상증세법 시행령 부칙 제3조는 2008.2.22. 개정된 상증령 제42조의 요건을 갖춘 성실공익법인이 출연자와 특수관계 없는 주식을 출연받거나 취득하는 경우가 있을 것을 염두에 두고 상증세법 시행령 제42조를 열거한 것이기에 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (사) 나아가 종전 규정에 따라 성실공익법익등에 해당하는 경우 개정규정에도 불구하고 종전 규정에 따라 성실공익법인등에 해당한다는 내용의 경과규정은 없으며, 오히려 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 상증세법 부칙 제1조는 ‘이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다’라고 규정하고 있고, 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령 부칙 제1조도 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’라고 규정하고 있어, 개정된 상증세법령에 따른 성실공익법인 요건을 미충족하여 성실공익법인에 해당하지 않아 상증세법 제49조 제1항 본문에 해당되어 제78조 제4항의 가산세 대상이 되는지 여부는 개정된 법령에 따라 판단하여야 한다. (아) 소급과세 금지의 원칙은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득․수익․재산․행위․거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 않도록 하는 것으로, 상증세법 제49조 및 상증세법 제78조는 1996.12.31. 현재 5% 초과하는 초과보유주식에 대하여 유예기간까지 처분하지 않는 경우 매년말 기준으로 가산세 부과금액을 계산하여 부과하는 것이고, 다만 성실공익법인 등에 해당하는 경우 가산세 부과대상에서 제외하는 것이므로 쟁점가산세 대상에서 제외되는지 여부는 매년말 기준으로 성실공익법인 등에 해당하는지 여부로 판단하여야 할 것이고, 소급과세금지는 당해연도 성실공익법인 등의 기준을 개정 전의 사업연도에 소급하여 적용함으로써 이전 사업연도말에 대하여 가산세를 부과하는 것을 말하는 것이지, 당해 사업연도에 개정된 성실공익법인 등 요건을 충족하였는지 여부에 따라 당해 사업연도에 가산세를 부과할 것인지 여부는 소급과세금지 규정을 위반하였다고 할 수 없다. 따라서 2008.2.22. 개정된 성실공익법인 요건에 대한 부칙 규정은 주식의 출연 및 취득시 상속세 또는 증여세 과세가액불산입을 할 수 있는 성실공익법인 요건에 적용되는 것이지 쟁점가산세 규정에 대한 것은 아니며, 더욱이 쟁점가산세는 1996년 이전 보유주식에 대한 제재로서 그 이후에 취득한 주식은 적용대상이 아니다. (자) 기획재정부에서 발간한 ‘간추린 개정세법’ 책자에서도 쟁점가산세 유예기간 경과후에는 매년 성실도 기준을 지켜야하고 이를 위반한 경우 가산세를 부과하도록 개정취지를 밝히고 있으므로 2008.2.22. 개정된 성실공익법인 요건을 미충족하여 성실공익법인에 해당하지 않는 경우 쟁점가산세 적용대상이다. (2) 쟁점가산세는 상증세법상 가산세로 제척기간은 10년을 적용하여야 한다. (가) 청구법인은 쟁점가산세가 증여세나 상속세의 이행확보를 위한 것이 아니므로 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점가산세는 상증세법에서 공익법인의 세법상 의무사항 위반시 제재하는 규정으로 출연재산에 대한 상속세 및 증여세를 면제 받는 공익법인의 제도적 악용을 제재하기 위한 것이고, 쟁점가산세 대상이 되는 초과주식 산정 시 상속세 및 증여세를 납부한 주식은 제외하고 있는 것 등을 고려할 때, 쟁점가산세는 상속세 및 증여세에 해당하는 가산세로서 이에 대한 부과제척기간 역시 상속세 및 증여세의 부과제척기간 10년을 적용하여야 한다. 또한 국세기본법제26조의2 제1항 제4호에 의하면 증여세의 부과제척기간은 원칙적으로 부과할 수 있는 날부터 10년이므로, 증여세에 대한 가산세 또한 특별한 사정이 없는 한 그 부과제척기간은 10년이라고 해석함이 타당하다OOO. 나아가 기획재정부는 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 임직원에 해당되어 상증세법 제48조 제8항에 따른 가산세를 부과하는 경우 그 가산세는국세기본법제26조의2 제4항 및 제47조 제2항에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이라고 해석하였고(기획재정부 조세법령운용과-484, 2020.4.9.), 조세심판원 역시 청구인이 상증세법 제48조 제8항과 제78조 제6항에서 규정하는 사후관리위반 가산세의 경우 부과제척기간이 5년이고, 상속세 및 증여세와 같이 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다는 주장에 대해, 당해 법령은 상증세법에서 공익법인의 세법상 의무사항 위반시 제재하는 규정으로 상속세 및 증여세의 가산세 항목에 해당하므로 부과제척기간 10년을 적용해야 하는 것으로 판단하였다OOO (나) 청구법인은 ① 세무당국에서 “공익법인에 대한 사후관리” 위반에 대하여 매년 법인세 신고시 납부할 세액에 가산하여 부과하는 점이나, ② 국세청이 매년 고시하는 기록관리기준표에서 “법인납세국 법인세과가 공익법인에 대한 사후관리를 담당하게 하고 그 부과제척기간을 5년이라고 기재” 하였므로 부과제척기간이 5년임을 주장하나, 공익법인에 대한 세법상 의무이행에 따른 사후관리는 상증세법에 따라 상속세 또는 증여세로 과세되며 법인세 신고시 납부할 세액에 가산하여 부과하지 않는다. 또한 ‘기록관리기준표’는 국세청 보존기한 연한표로 문서보존기간을 고시한 것이지 국세부과제척기간을 규정한 것이 아니므로 청구주장은 이유 없다. (3) 납세의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 없으므로 가산세 부과제외 대상이 아니다. (가) 청구법인은 2008.2.22. 일부 개정된 상증세법 시행령 제42조 제1항은 “법 제49조 제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등’이라 함은 성실공익법인등을 말한다”라고 규정함으로써 법률로서 입법해야 할 부분을 대통령령으로 우회하여 입법함으로써 포괄위임금지 원칙을 역행하고 있다고 주장하나, 입법을 위임할 경우 법률에 대통령령 등 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정되어 있어 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 함을 의미한다고 할 것이고, 그 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합판단하여야 하며, 각 대상법률의 성질에 따라 구체적ㆍ개별적으로 검토하여야 한다. 따라서, 구 상증세법 제49조 제1항 단서에서 대통령령에 위임하였고, 구 상증세법 시행령 제42조 제1항은 “법 제49조 제1항 단서 전단에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등’이라 함은 성실공익법인등을 말한다”라고 규정하였다. 단순히 상증세법 시행령상 ‘성실공익법인’이 상증세법 제16조 제2항에 정의되어 있다 하여 포괄위임금지원칙을 역행했다고 볼 수 없다. (나) 청구법인은 구 상증세법 시행령이 2008.2.22. 신설과 동시에 시행되었기 때문에 청구법인의 이사회를 즉시 구성할 수 없었다고 주장하나, 1996.12.31. 현재 보유하고 있던 주식 중 5% 초과보유주식의 가산세 적용을 위한 ‘성실공익법인등’ 기준은 매년마다 적용되는 규정에 따라 판단하는 것으로, 구 상증세법 시행령이 2008.2.22. 신설과 동시에 시행되었더라도 이사회를 구성할 수 없는 이유가 될 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 쟁점조항에 따른 쟁점가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법(2007.12.31. 법률 제8828호로 일부 개정된 것) 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ① 상속재산중 피상속인 또는 상속인이 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액에 대하여는 제67조의 규정에 의한 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월을 말한다) 이내에 출연한 경우에 한하여 상속세과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조·제49조 및 제63조제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

④ 제1항 내지 제3항에 규정된 공익법인등의 범위, 상속재산의 출연방법, 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 가액의 계산방법, 성실공익법인등의 판정방법, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등의 범위, 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 범위, 출연자와 특수관계에 있는 자의 범위, 상속인과 특수관계에 있는 자의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인등의 임·직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식등의 보유기준의 계산방법등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제78조(가산세등) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각 호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

⑥ 세무서장등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임·직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

⑩ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

1. 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우: 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5에 해당하는 금액

2. 제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 가. 개설·신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액의 1천분의 5에 상당하는 금액
• 나. 제50조의2 제1항 각 호에 따른 거래금액의 합계액의 1천분의 5에 상당하는 금액 ※ 부칙 <법률 제8828호, 2007.12.31.> 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다. 제3조(공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다. 제4조(공익법인등이 보유하고 있는 특수관계에 있는 내국법인등의 주식등에 대한 가산세에 관한 적용례) 제48조 제9항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다. 제10조(가산세에 관한 적용례) ① 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다.

② 제78조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부 개정된 것) 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22.>

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22.>

1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ①법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 성실공익법인등을 말한다 ※ 부칙 <대통령령 제20621호, 2008. 2. 22.> 제3조(공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

(3) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ④ 제1항 및 제2항에도 불구하고 상속세ㆍ증여세의 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15년으로 한다. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 소득세법 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우에 그 소득세의 부과제척기간도 또한 같다.

1. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우

2. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

3. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1970년 설립시 OOO의 15% 내외의 주식을 출연받아 보유하고 있고, 2008사업연도까지 성실공익법인에 해당하여 매각의무적용이 제외되었으나, 2009사업연도 동안에 아래 <표3>과 같이 성실공익법인요건을 위배하여 상증세법 제78조 제4항에 따라 지분율 5% 초과 보유한 주식에 대한 쟁점가산세 부과대상이 되었다. (나) 1990.12.31. 및 1993.12.31. 상증세법 개정으로 내국법인의 특정주식 20%를 초과하여 보유하고 있는 경우에는 5년(2001.12.31.까지)내에, 5% 초과 20% 이하 보유하고 있는 경우에는 3년(1999.12.31.까지)내에 대체보유 및 처분하도록 하였고, 유예기간 경과후에도 5%를 초과하여 보유시 그 초과하는 주식에 대하여 매사업연도말 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하도록 하면서 성실공익법인과 국가, 지방자치단체가 출연한 공익법인 등은 적용을 제외하도록 규정하였다. (다) 청구법인의 OOO 주식보유내역은 아래 <표4>와 같다.

(2) 청구법인이 제시한 증거서류는 다음과 같다. (가) 쟁점가산세의 부과제척기간이 5년이라고 주장하며 아래 <표5>의 국세청의 기록관리기준표를 제시하고 있다. (나) 청구법인이 OOO지방국세청장에게 제출한 해명서(2019년 6월)를 제시하고 있는바, 동 해명서에는 ‘청구법인은 2008.2.22. 대통령령 제20621호 개정된 상증세법 부칙 규정에 따라 개정된 상증세법 시행령 제13조 성실공인법인 요건(이사수 요건)의 적용대상이 아니고(이전 법령에 따른 성실공익법인의 요건을 충족), 심판례(조심 2011전3332, 2012.5.4.)에서도 상증세법 제48조 제9항에서 초과보유 가산세 적용이 배제되는 성실공익법인은 2008.1.1. 이후에 새로운 주식등의 출연․취득이 없는 경우 2007.12.31. 이전의 성실공익법인 요건을 적용하여야 하는 것으로 결정하였다’는 내용이 나타난다.

(3) 2008년 상증세법 개정과 관련한 기획재정부와 국세청의 개정세법 해설 내용은 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 대하여 2008.2.22. 이후 공익법인등에 주식을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용되도록 한 성실공익법인 요건을 적용하는 것은 소급과세금지원칙과 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조를 위배하였다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것인바OOO, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 제13조 제3항에서 성실공익법인 요건으로 이사수 요건이 추가된 후에도 청구법인 출연자 또는 그와 특수관계 있는 자가 현원의 5분의 1 이상이 이사로 계속하여 재직한 것이므로 소급과세금지원칙에 위반되었다고 보기 어렵고, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 제13조 제3항 및 제5항을 개정하면서 부칙 제3조에 “제13조 제3항·제5항(생략) 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법익등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는바, 이는 공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례일 뿐, 쟁점가산세에 대한 경과규정으로 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점가산세의 부과제척기간이 5년이 경과하였다고 주장하며 공익법인 사후관리와 관련한 문서의 보존기간이 5년이라는 내용의 국세청 ‘기록관리기준표’를 제시하고 있으나, 쟁점가산세는 공익법인등에 주식을 출연함에 따라 증여세를 면제받고 이를 제도적으로 악용하는 사례를 막기 위하여 상증세법 제78조 제4항에 규정하였고, 국세기본법제47조 제2항에 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다고 규정하고 있으므로 상속세 및 증여세와 같은 부과제척기간이 적용된다 할 것이며, 한편 상증세법 제78조 제4항 후단에 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못하는 것으로 규정하고 있으므로 쟁점가산세는 10년의 부과제척기간이 적용되는 것으로 보이는 점, 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 단순한 법령의 부지·착오는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 성실공익법인의 요건을 위반하였다고 보아 쟁점가산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.