쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2008.7.20. 설립되어 OOO소프트웨어 개발 및 판매 서비스업을 영위하고 있고, 2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO로부터 SMS 문자발송서비스 이용 및 프로그램 개발ㆍ유지보수 관련 용역을 제공받은 대가로 수수료를 지급하고 공급가액 합계 OOO매입세금계산서 4매를 수취한 후, 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.
• 나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.8.6.∼2014.11.19. 기간 동안 쟁점매입처의 유통거래질서 위반 혐의에 대한 세무조사(조세범칙조사로 전환됨)를 실시한 결과, 쟁점매입처가 청구법인에게 발급한 공급가액 합계 OOO매입세금계산서 3매(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)는 실물 거래가 없는 가공거래(이하 “쟁점①거래”라 한다)에 의한 것으로, 공급가액 OOO의 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점②세금계산서”라 하고, 쟁점①세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 실물이 있으나 그 공급자가 사실과 다른 위장거래(이하 “쟁점②거래”라 하고, 쟁점①거래와 합하여 이하 “쟁점거래”라 한다)에 의한 것으로 각 보아 처분청에게 관련 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2019.7.11.∼2019.8.25. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 가공 및 위장거래로 보아 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 쟁점①거래와 관련한 매입액 상당액을 손금불산입하여 2019.11. 26. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO및 2013사업연도 법인세 OOO각 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점매입처로부터 SMS 문자발송서비스 등의 용역을 제공받은 후 정상적인 대금결제를 하고 쟁점매입세금계산서를 수수하였으며, 쟁점매입처의 대표이사도 쟁점거래를 정상거래라고 확인하고 있는바, 처분청이 쟁점거래를 가공 및 위장거래로 보아 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 쟁점①거래와 관련한 매입액 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. (1) 처분청이 청구법인에게 쟁점거래와 관련한 SMS 문자발송 내역 등의 구체적인 증빙을 요구하나,개인정보보호법상 개인정보의 보유기간이 도과되어 관련 자료를 삭제하여 불가피하게 제출할 수 없는 상황이다. (2) 처분청은 쟁점매입처가 쟁점거래와 대응하는 매입내역이 존재하지 아니하므로 쟁점거래는 가공 및 위장거래라는 의견이나, 청구법인은 쟁점거래처로부터 SMS 문자발송서비스 등을 정상적으로 공급받고 대금 지급과 함께 쟁점세금계산서를 수취하면 되는 것이고, 쟁점거래처의 매입내역까지 알 필요가 없고 알 수도 없는 것이다. (3) 처분청은 쟁점거래처의 대표이사가 사법기관에서의조세범처벌법위반 혐의에 대한 조사과정에서 쟁점세금계산서는 가공 및 위장거래에 따라 발급한 것이라고 진술하였다고 하나, 청구법인은 2019. 8.28. 쟁점거래처 대표이사로부터 ‘쟁점거래는 정상거래이다’는 취지의 확인서를 수취한 바 있다. (4) 처분청은 쟁점거래처가 쟁점거래와 관련한 대금을 통장으로 입금받는 즉시 현금 인출한 것 등을 볼 때, 쟁점거래가 전형적인 가공 및 위장거래의 형태를 띠고 있다는 의견이나, 이는 자의적인 해석 및 판단에 따른 것일 뿐, 정상거래에 있어서도 입금 즉시 현금인출은 얼마든지 가능한 일이고, 그렇다는 이유만으로 쟁점거래를 가공 및 위장거래라고 단정할 수는 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점거래가 정상적인 거래이고, 그에 따른 쟁점세금계산서도 정상적으로 수취한 것이라고 주장하나, 이를 뒷받침할 만한 매입과 관련한 물품계약서, 거래명세서, 문자발송서비스 당시의 사이트 주소 및 사용 서버 등의 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 쟁점거래를 위장 및 가공거래로 보아 쟁점세금계산서 와 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 쟁점①거래와 관련한 매입액 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 쟁점매입처는 청구법인으로부터 쟁점①거래와 관련한 대금을 통장에 이체받은 즉시 현금인출하거나 대표이사가 영위하고 있는 OOO명의의 계좌로 이체한 것으로 나타나 전형적인 가공 및 위장거래의 형태를 띠고 있다.

(2) 쟁점매입처의 대표이사가 사법기관에서의조세범처벌법위반 혐의 사건에 대한 피의자 신문과정에서 쟁점②거래의 실제 매출처는 자신이 대표이사로 있는 OOO쟁점매입처 명의로 쟁점②세금계산서를 발급하였고, 쟁점①거래는 수수료 명목으로 공급가액의 5∼6%를 수취하는 대신에 쟁점①세금계산서를 가공으로 발급한 것이라는 취지로 일관되게 진술하였다.

(3) 대구지방법원 서부지원은 쟁점매입처와 그 대표이사에게조세범처벌법위반의 이유로 각 OOO벌금형 약식명령을 선고 (2015고약4362, 2015.7.14.)를 하였다.

(4) 쟁점거래처는 SMS 문자발송서비스 등을 청구법인에게 제공하기 위해서는 이와 대응하는 매입내역 등이 있어야 하나, 관련한 매입 또는 세금계산서 수취내역 등이 전무하고, 청구법인도 쟁점(매입)거래와 대응하는 매출내역 등을 제시하지 못하였다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트 (2) 조세범처벌법 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출ㆍ매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1.부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 2.소득세법및법인세법에 따른 계산서를 발급하거나 발급받 은 행위 3.부가가치세법에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거 짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 4.소득세법및법인세법에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표 를 거짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 (3) 국세기본법 제85조의3(장부등의 비치와 보존) ② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에 규정한 날까지 보존하여야 한다 (4) 개인정보보호법 제21조(개인정보의 파기) ① 개인정보처리자는 보유기간의 경과, 개인정보의 처리 목적 달성 등 그 개인정보가 불필요하게 되었을 때에는 지체 없이 그 개인정보를 파기하여야 한다. 다만, 다른 법령에 따라 보존하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 조사청은 2014.8.6.∼2014.11.19. 기간 동안 쟁점매입처에 대한 유통거래질서 관련 조사(조세범칙조사로 전환됨)를 실시한 결과, 쟁점매입처가 청구법인을 포함한 3개 업체와 한 거래분을 가공 및 위장거래로 보아 관할 세무서에 관련 자료를 통보하였다. (나) 처분청은 2019.7.11.∼2019.8.25. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 가공 및 위장거래로 보아 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 쟁점①거래와 관련한 매입액 상당액을 손금불산입하여 2019.11.26. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO및 2013사업연도 법인세 OOO각 경정ㆍ고지하였다. (다) 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점①거래에 따른 쟁점①세금계산서 상 품목명은 SMS문자발송서비스 외에 프로그램 개발, 프로그램 유지 보수 등이라고 기재되어 있다. <표1> 쟁점매입세금계산서 수취 내역 (단위: 천원) (라) 쟁점매입처 명의의 OOO거래내역(아래 <표2> 참조)에 의하면, 쟁점②거래와 관련한 입금액 중 OOO입금되는 즉시 대표이사의 아들 OOO대표이사가 영위하고 있는 OOO각 이체되었고, 그 나머지 및 쟁점①거래분은 당일에 모두 현금인출된 것으로 확인된다. <표2> 쟁점매입처 명의의 계좌거래내역 (단위: 천원)

(2) 조사청의 쟁점매입처에 대한 거래질서 관련 조사종결보고서 상 주요내용은 다음과 같다.

(3) 조사청의 쟁점매입처에 대한조세범처벌법위반 혐의로 고발 된 이후, 사법기관의 사건처리결과 주요내용은 다음과 같다.

(4) 청구법인은 쟁점거래 및 쟁점세금계산서의 수수행위는 정상적인 것이었고, 증빙으로 쟁점매입처 대표이사의 확인서(2019.8.28. 작성, 정확히 기억나지는 않지만 정상적으로 거래한 것으로 생각되어진다), 청구법인의 확인서[2014.11.6. 작성, 당사는 2013년 제1기 SMS(단문메시지) 발송 건에 대하여 OOO사장이 쟁점매입처에 결제하였습니다], 2013.1.22.∼2013.5.14. 기간 동안 쟁점거래와 관련한 대금 지출결의서 및 계좌거래내역 등을 제출하였으며, 쟁점거래를 하게 된 경위는 쟁점매입처로부터 문자발송 1건당 수수료를 시세보다 OOO정도 저렴하게 공급하겠다는 제의를 받고 실제 서비스를 이용하였으며,개인정보보호법상 개인정보 보유기간의 도과로 관련 자료를 삭제하여 불가피하게 증빙을 제출할 수 없다고 항변하였다.

(5) 청구법인은 쟁점매입처 등으로부터 문자발송서비스 등의 관련 용역을 공급받아 대량문자를 발송하는 대리운전업체 및 광고대행업체 등에게 동 서비스 등을 제공하는 사업모델에 따라 쟁점(매입)거래를 하였다고 하나, 이와 직접 대응하는 매출거래내역 등의 구체적인 증빙은 제시하지 못하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대하여 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안할 때 자신의 주장에 부합하는 증빙 등 일체의 자료를 청구인이 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2009.3.26. 선고 2009두2153 판결 등 다수, 참고). (나) 청구법인은 쟁점거래에 따른 쟁점세금계산서가 정상적인 것이라고 주장하나, 조사청이 쟁점거래처에 대한 거래질서관련 조사결과, 동 거래처를 자료상으로 확정하여 사법기관에 고발한 점, 대구지방법원 서부지원이 쟁점매입처 및 그 대표이사에게조세범처벌법위반의 이유로 각 벌금형 약식명령을 선고(2015고약4362, 2015.7.14.) 한 것으로 확인된 점, 쟁점매입처가 청구법인에게 SMS 문자발송서비스 등의 용역 제공과 관련한 매입내역이 전무하고 청구법인 역시 쟁점(매입)거래만 있을 뿐, 이와 직접 대응하는 매출거래내역 등을 제시하지 못하는 점, 쟁점매입처가 쟁점거래와 관련한 대금을 입금받은 즉시 또는 당일에 대표이사의 아들 및 영위하고 있는 다른 업체의 명의로 이체하거나 모두 현금인출한 것으로 감안할 때, 쟁점거래가 전형적인 가공 및 위장거래의 형식을 띠고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 쟁점매입처 대표이사의 확인서(2019.8.28. 작성)는 이 건 세무조사 종결일(2019.8.25.) 이후의 임의 작성이 가능한 것으로 보이고, 조사청 및 사법기관 조사과정에서 대표이사의 진술내용(쟁점①거래는 수수료 5∼6%를 받고 쟁점①세금계산서를 발행한 것이고, 쟁점②거래의 실제 매출처는 대표이사가 영위하고 있는 다른 업체이나 쟁점매입처 명의로 쟁점②세금계산서를 발행한 것)은 신빙성이 높아 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 쟁점①거래와 관련한 매입액 상당액을 손금불산입하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.