청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하였으므로 5%를 초과하는 주식과 관련하여 가산세를 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1991.2.28. 성립되어 사회복지사업을 영위하는 비영리법인으로, 1990.9.20. 정규영으로부터 OOO의 보통주 76,400주(지분율 25.47%)를 출연받아 현재까지 보유하고 있다. 나.상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제78조 제4항에 의하면 공익법인 등이 같은 법 제49조에 따른 주식 등 보유기준을 위반(성실공익법인 등은 예외)하는 경우 그 보유기준(5%)을 초과하는 주식에 대하여 매 사업연도말 현재 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과(10년간)한다고 규정하고 있다.
• 다. 처분청은 청구법인이 외부감사 미실시 등으로 성실공익법인에 해당하지 않는다고 보아 2009년 말 기준 청구법인이 보유한 OOO의 주식 76,400주 중 보유기준 5%를 초과하는 주식 64,400주(20.47%)에 대하여 주당 평가액(시가)인 OOO에 가산율 5%을 적용하여 산정한 OOO을 가산세로 결정하여 2019.12.20. 청구법인에게 고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 상증세법 제49조(공익법인 등의 주식 등의 보유기준)에서 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 당해 내국법인 총발행 주식수의 20%를 초과하는 경우에는 원칙적으로 2001.12.31.까지 5% 초과부분을 처분하여 5% 이하 수준을 유지하도록 규정하고 있으나, 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제42조 제1항에서는 예외적으로 성실공익법인의 경우에는 위 주식보유기준 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2008년도에 4가지 요건이 추가되기 전의 규정에 따라 성실공익법인에 해당할 뿐만 아니라, 자산이 일정 규모 미만으로 외부감사 제외대상에도 해당하므로 청구법인이 2001.12.31.까지 5% 초과부분을 처분하지 아니하더라도 상증세법 제78조 제4항에 따른 가산세(증여세) 부과대상은 아니라 할 것이다. 법인이 성실공익법인에 해당하기 위해서는 공익법인(성실·비성실)이 기본적으로 갖추어야 할 외부전문가(변호사·공인회계사 또는 세무사)의 세무확인 외에 상증세법 제16조·제50조·제50조의2, 같은 법 시행령 제13조 항에서 규정하는주식회사의 외부감사에 관한 법률(이하 “외감법”이라 한다)에 따른 회계감사를 받는 법인(다만, 자산규모가 OOO 미만인 공익법인은 제외), 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 법인, 결산서류 등의 공시를 이행한 법인, 운용소득의 90% 이상을 공익목적에 사용한 법인, 출연자 등이 임원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 법인 등일 것을 요하고 있는데, 청구법인은 자산총액이 OOO(2009.12.31. 현재 자산총액 OOO)으로 외감법에 의한 회계감사 대상에 해당되지 아니하고, 나머지 네 가지 요건과 세무확인 의무를 모두 성실히 이행하였으므로 성실공익법인에 해당한다. 성실공익법인 요건은 2007년까지는 단일요건이었다가 2008년부터 외부감사 등 4가지 요건이 추가되었는데, 추가요건은 개정법령 부칙에서 법령 시행 후 최초로 주식 등을 출연하는 분부터 적용하도록 하고 있으므로 청구법인은 개정 이전 요건을 적용하게 되어 결국 성실공익법인에 해당한다고 할 것이다. 설령 처분청 주장대로 개정요건을 적용한다 하더라도 위에서 언급한 바와 같이 청구법인은 자산이 OOO 미만인 법인으로 관련 법령에 따른 외부감사 대상이 아니고, 따라서 외부감사를 받지 않았다 하여 성실공익법인 요건을 충족하지 못하였다고 보는 것은 부당하다. 이렇듯 청구법인은 주식보유기준(5% 초과분 처분)에 대한 예외규정이 적용되는 성실공익법인에 해당함에도 처분청이 외부감사를 받지 않았다는 이유를 들어 가산세를 부과한 것은 관계 법령 적용 을 소홀히 한 오류에서 비롯된 것으로 위법·부당하므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다. 처분청이 과세시 참고한 것으로 보이는 심판결정(조심 2019전464, 2019.11.14.)는 2008년 2월 개정된 규정의 적용시기와 관련된 소급과세 관련 사항으로 이 건과는 쟁점이 달라 그대로 적용하기 어렵다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 가산세 부과처분과 관련하여 성실공익법인요건 판단시 상증세법 제50조 제3항의 단서 조항을 적용하여 외부회계감사 의무이행여부는 고려 대상이 아니라고 주장하나, 단서 조항은 공익법인의 납세협력의무에 대한 규정이며 성실공익법인 해당 여부와는 별개로 판단하여야 한다. 성실공익법인 해당 여부에 대한 국세청의 유권해석(사전 법규재산2013-178, 2013.6.25.)에 따르면 총자산가액이 OOO 미만인 공익법인은 외부 회계감사 의무가 없으나, 성실공익법인 확인제도(상증세법 시행규칙 제4조, 2013.2.23. 신설)에 따라 주무관청으로부터 성실공익법인 요건을 모두 충족하였는지 여부를 확인받기 위해서는 해당 공익법인도 외부 감사인의 감사보고서를 제출해야 한다고 답변하였다. 또한, 성실공익법인 확인제도 신설 이전인 2009년에도 국세청은 상증세법 제50조 제3항 단서 중 제2호에서 학교법인의 경우 외부회계감사를 받아야 할 의무에서 제외되나, 이러한 학교법인의 경우에도 외부감사를 받지 아니한 경우에는 성실공익법인에 해당하지 않는다고 답변한 바 있다(국세청 재산세과-63, 2009.1.8.). 조세심판례(조심 2019전464, 2019.11.14.)에서도 상증세법 제50조 제3항 단서 제2호에 해당하는 학교법인이 상증세법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인 요건 중 회계감사 요건을 충족하지 못하여 초과보유가산세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 결정한 바 있다. 이렇듯, 성실공익법인의 요건은 일반적인 공익법인의 납세협력의무와 별개로 볼 수 있으며, 특히 이 건의 논의 대상인 외부 회계감사는 성실공익법인 여부 판단시 재정의 투명성과 건전성을 확보하기 위한 필수 요건으로 볼 수 있어, 이를 이행하지 않은 청구법인은 성실공익법인에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하였으므로 5%를 초과하는 주식과 관련하여 가산세를 부과한 것이 부당 하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난 청구법인의 현황은 아래 <표1>과 같은바, 2009.12.31. 기준 자산총액은 OOO이고, 1990.9.20. OOO 주식 76,400주를 출연받아 현재까지 보유하고 있으며, 주식보유비율은 25.47%로 나타난다. OOO(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청은 청구법인이 성실공익법인에 해당하지 않은 것으로 보아, 주식보유기준(5%)을 초과하는 주식에 대하여 2009년 말 기준 주당 평가액인 OOO과 가산율 5%를 곱하여 가산세 OOO을 산정한 것으로 나타난다. OOO(3) 청구법인이 상증세법 제49조 제1항의 주식보유기준(5% 초과분 처분)에 대한 예외규정이 적용되는 성실공익법인에 해당한다고 주장하며 그 증빙으로 제시하는 사항은 다음과 같다. (가) 정규영이 1990.9.20. 작성하여 청구법인 설립대표자 OOO에게 제출한 재산출연증서(기부승락)에 의하면 OOO 주식 76,400주와 OOO 주식 66,500주, OOO 주식 14,760주를 무상출연하기로 한 것으로 나타난다. (나) OOO의 2009사업연도 말 주식등변동상황명서에 의하면 청구법인이 OOO의 주식 76,400주(25.46%)를 소유한 최대주주인 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2009사업연도 공익법인 결산서류 등의 공시자료에 의하면, 2009사업연도의 총자산가액은 OOO이고, 수익사업(금융이자, 배당 등) 수입금액은 총 OOO이며, 총자산가액 중 주식가액은 OOO 주식 OOO을 포함하여 총 OOO으로 88.62%를 점유하는 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 2018사업연도 결산서류 등에 의하면, 2018사업연도의 자산총액은 OOO이고, 이 중 주식가액(투자자산-매도 가능중권)은 2009사업연도와 동일한 OOO인 것으로 나타난

• 다. (4) 청구법인이 2020.4.27. 우리 원에 제출한 항변서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 1996.12.30. 이전에 출연이 완료된 후 새로운 출연이 없어 이미 성실공익법인으로 인정받아 “지분율 5% 이하 보유기준” 규정을 적용받지 않는 특례 법인이 되었고, 그 효력은 2007.12.31. 법령개정 이전이나 이후 관계없이 영구적으로 존속된다고 보는 것이 합리적이다. (나) 청구법인은 공익법인 주식보유기준 제도가 신설된 1996.12.30. 개정 규정에 의거 성실공익법인에 해당되어 ‘5% 이하 보유의무’가 배제되었는바, 당초 (2007년 이전)에는 성실공익법인 요건이 ‘운용소득의 80% 이상을 공익목적 사업에 사용할 것’ 한 가지였다가 2007.12.31. 개정으로 외부감사·전용계좌의 개설 및 사용, 결산서류 등 공시이행, 출연자 등 이사 현원의 5분의 1 미초과 등 4가지 요건이 추가되었다. (다) 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 상증세법 부칙 제3조(공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례)에서 “2008.1.1.이후 최초로 출연하거나 취득하는 분부터 적용한다”고 명시하고 있으므로 청구법인의 경우 개정 전 법령을 적용하는 것이 적법하다고 사료되고, 다만, 2008.1.1. 이후 추가로 출연하였다면 종전 출연지분도 합하여 5% 초과여부를 판단해야 하는지에 대한 문제는 있다. (라) 제도 신설당시 분명 관련 법령에 근거하여 특례를 인정받았는데 무려 11년이나 지난 시점에 와서 개정된 요건을 적용하여 성실공익법인이 아니므로 기한 내 매각하지 않은 5% 초과분에 대하여 가산세를 부과한다는 것은 입법취지에도 부합되지 않고, 납세자권익 보호면에서도 적법하지 아니하다. 즉, 청구법인은 1997년부터 2007년까지 성실공익법인으로 각종 혜택을 받아왔는바, 증액 출연도 없었고, 지분율도 변동되지 않는 등 청구법인의 상황변화가 전혀 없었음에도 국가의 정책변경(세법개정)으로 갑자기 성실공익법인 요건이 충족되지 않았다는 주장은 신의성실의 원칙에도 부합되지 않는다. (마) 가산세는 일반적으로 법령에서 정하고 있는 의무를 이행하지 않았을 경우 부과하는 행정벌적인 성격의 제재인바, 당시 상증세법 제49조 제1항 단서에서 의무를 면제하는 특례를 규정하고 있었고, 그 규정에 따라 5% 초과부분에 대한 매각 등의 조치를 취하지 않았으며, 이는 과세관청과 청구법인이 가산세 부과대상이 아니라는 것을 인식하였다고 봄이 합리적이다. (바) 설령, 기 출연이 완료된 법인에 대하여 2007.12.31. 개정으로 강화된 성실공익법인 요건을 적용한다 하더라도 그중 “외부감사” 요건에 있어서는 청구법인은 원초적으로 외부감사대상이 되지않는 “자산 OOO미만 법인”으로서 의무가 면제되는 법인이므로 가산세를 부과하는 것은 납득하기 어렵다. (사) 공익법인은 계열 대기업이나 기업주가 상속세 절세 등을 위해 특수관계기업으로 설립하는 사례가 일반적이고 규모도 보통 OOO원 이상이므로, 중요성 원칙에 입각하여 이들 계열기업 등을 효율적으로 관리하려는데 성실공익법인 제도의 근본취지가 있는 것이지 소규모 공익법인까지 의무없는 외부감사를 반드시 받아야 한다는 취지는 아니다. (아) 현행 상증세법 시행령 제13조 제5항에서 “주무부장관을 거쳐 기획재정부장관(2018년 지방국세청장으로 개정되었음)에게 확인”받는 절차는 성실공익법인 요건과는 별개로 효율적인 사후관리를 위해 2013.2.15. 신설된 납세자협력사항에 불과하고, 상증세법 시행규칙 제4조에서 감사보고서를 제출토록 한 규정은 당해 성실공익법인으로서 상속세법 및 외감법에 의하여 감사대상이 되는 경우를 전제한 규정이며, 성실공익법인이 되려면 규모 등에 관계없이 감사를 받아야 한다는 취지의 처분청 주장은 관련법령 규정을 행정편의주의 입장에서 해석한 것이다. (자) 처분청 스스로 “자산 OOO미만 법인은 외부감사 대상이 아니다”라고 하여 법령 규정을 부인하지 않으면서도 외부감사를 받지 않았기에 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것이라는 주장은 상호 모순인 면이 있고, 이 건 심판청구가 2019년 기각 선결정례(조심 2019전464, 2019.11.14.)와 과세사유 등이 유사한 것은 사실이나 정반대의 결론을 내린 다른 인용 선결정례(조심 2011전3332, 2012.5.4.)도 있다.

(5) 처분청이 2020.5.6. 우리원에 제출한 재답변서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2007.12.31. 개정 상증세법 부칙 제2조(일반적 적용례, 이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다)에 의거 청구법인이 이 법 시행 이전 성실공익법인으로 인정받았고, 이 법 시행 이후 증여(출연)받은 바 없으므로 그 효력은 영구적으로 존속되며, 개정 법령상의 성실공익법인 요건이 적용되지 않는다고 주장하고 있으나, 청구법인이 주장하는 상증세법 부칙 제2조는 상속 또는 증여사실을 과세로 하는 처분 등을 대상으로 하는 적용례로 볼 수 있으므로 상속 또는 증여사실이 아닌 주식보유사실을 과세요건으로 하는 초과보유가산세 부과처분에까지 적용된다고 보기에는 무리가 있을 뿐더러, 상증세법 제78조 제4항에 규정하는 초과보유가산세의 경우 1996.12.31. 현재 보유하고 있던 주식 중 5% 초과보유주식에 대하여 적용되는 것으로 2007.12.31. 개정 이후 주식을 출연 또는 취득할 여지가 없는 초과보유가산세와 관련해서는 상증법 부칙 제2조(일반적 적용례)가 적용되지 않는다고 해석하는 것이 상식에 부합한다. (나) 또한, 청구법인은 상증세법상 성실공익법인요건 제도 신설 당시에 성실공익법인에 해당하면 향후 변경 요건에 대한 충촉 필요 없이 영속적으로 성실공익법인에 해당한다고 주장하고 있으나, 과세관청은 2007.12.31. 개정 상증세법 부칙 제5조에 따라 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 성실공익법인 요건 중 외부감사의무를 적용하여 가산세를 부과한 것으로 공적인 견해표명에 반하는 소급적인 처분을 한 사실이 없어 신의성실원칙 위배라고 볼 수 없고, 청구법인은 법 개정 자체가 신의성실원칙 위배라고 주장하고 있으나, 2007.12.31. 법률 제8828호 개정은 성실공익법인의 투명성 제고를 위한 것이고, 법 개정과 관련하여 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설 2008’ 책자에 의하면 개정세법 적용시기 및 적용례에서 ‘기보유 주식에 대한 가산세 부과도 개정규정 적용’이라고 명시하고 있으므로 청구주장은 이유 없다. (다) 이 건과 동일한 쟁점의 과거 조세심판 결정례(조심 2019전464)에 의하면 청구법인의 주장대로 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 개정된 성실공익법인 요건을 적용하는 경우, 개정 이후 성실공익법인에 해당하지 아니하게 되면 즉시 증여세 또는 초과보유가산세를 부과함으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하는 것을 막으려는 상증세법 제48조의 취지에 반하며, 초과보유가산세의 경우 성실공익법인의 비과세 혜택에 대한 사후관리 측면도 있으므로 성실공익법인 요건은 매년 지속적으로 충족여부를 판단함이 그 취지에 부합한다고 판단하였다. (라) 청구법인은 개정된 성실공익법인 요건이 적용된다고 하더라도, 상증세법 제50조 제3항의 단서조항에 의거 자산 OOO 미만이므로 외부회계감사 의무가 적용되지 않는다고 주장하나, 성실공익법인의 요건은 일반적인 공익법인의 납세협력의무와 별개로 볼 수 있고, 특히 주식 출연·취득 제한이 완화되는 성실공익법인의 경우 투명성 제고를 위하여 외부감사의무를 도입한 것이므로 소규모 공익법인이라고 할지라도 면제되는 의무라고 볼 수 없으며, 성실공익법인 해당 여부에 대한 국세청의 유권해석(사전 법규재산2013-178, 2013.6.25)에 따르면 총자산가액이 OOO 미만인 공익법인은 외감의무가 없으나, 성실공익법인 확인제도(상증세법 시행규칙 제4조, 2013.2.23. 신설)에 따라 주무관청으로부터 성실공익법인 요건을 모두 충족하였는지 확인받기 위해서는 해당 공익법인도 외부 감사인의 감사보고서를 제출해야 한다고 답변하고 있고, 성실공익법인 확인제도 신설 이전인 2009년에 생산된 유권해석(국세청 재산세과-63, 2009.1.8.)에서도 상증세법 제50조 제3항 단서 조항 중 제2호에 따르면 학교법인의 경우 외부회계감사를 받아야 할 의무에서 제외되나, 이러한 학교법인의 경우에도 외부감사를 받지 아니한 경우에는 성실공익법인에 해당하지 않는다고 답변하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 1996.12.30. 이전에 주식 출연을 완료한 후 새로운 출연이 없었고, 당시 상증세법 규정에 따른 성실공익법인 요건(운용소득의 80% 이상 공익목적사업 사용)은 충족되었으며, 설령 2008년부터의 강화된 요건을 적용한다 하더라도 외부감사 요건에 있어서는 자산 OOO 미만인 법인으로 외부감사 대상이 되지 아니하므로 주식보유기준(5% 초과분 처분)에 대한 예외규정이 적용되는 성실공익법인에 해당한다고 주장하나, 상증세법 제78조 제4항에 규정하는 초과보유가산세의 경우 1996.12.31. 현재 보유하고 있던 주식 중 5% 초과보유주식에 대하여 적용되는 것으로 2007.12.31. 개정 이후 주식을 출연 또는 취득한 사실이 없는 이 건에 대하여 상증세법 부칙 제2조(일반적 적용례)를 적용하기는 어렵고, 2008.2.22. 상증세법 시행령 제13조 제3항 및 제5항을 개정하면서 부칙 제3조에 “제13조 제3항·제5항(생략) 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법익 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는데, 동 법률과 시행령의 부칙은 ‘공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례’로, 상증세법 부칙 제3조에 열거된 상증세법 제16조 제2항 및 제48조 제1항(주식을 출연 또는 취득시 상속세 또는 증여세 과세 규정) 등에 적용하기 위한 경과규정인 것으로 보이며, 매각유예기한까지 보유기준을 초과한 주식을 매각하지 아니할 경우 적용되는 초과보유가산세 규정(상증세법 제49조 및 제78조 제4항)은 동 상증세법 부칙이 적용되는 조항으로 열거되어 있지 아니하므로 이를 이유로 초과보유가산세를 부과하면서 강화된 성실공익법인의 요건을 배제하는 것으로 해석하기는 어려워 보이는 점, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 제13조 제5항에서 성실공익법인 요건으로 외부 회계감사요건이 추가되었으나, 청구법인은 외부감사를 받지 아니함으로써 위 개정된 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 성실공익법인의 요건은 일반적인 공익법인의 납세협력의무와 별개로 볼 수 있고, 특히 주식 출연·취득 제한이 완화되는 성실공익법인의 경우 투명성 제고를 위하여 외부감사의무를 도입한 것이므로 소 규모 공익법인이라고 할지라도 면제되는 의무라고 볼 수 없는 점 등에서 청구법인이 상증세법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인 요건 중 회계감사 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 처분청이 이 건 초과보유가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 상속세 및 증여세법 (2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 것) 제16조 (공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ① 상속재산 중 피상속인 또는 상속인이 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액에 대하여는 제67조의 규정에 의한 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6月을 말한다) 이내에 출연한 경우에 한하여 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식 등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조·제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류 등 공시를 이행하는 공익법인 등(이하 "성실공익법인 등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서독점규제 및 공정거래에 관한 법률제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 제49조 (공익법인 등의 주식 등의 보유기준) ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 "발행주식총수 등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식 등"이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 "주식 등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 성실공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인 등에 대해서는 그러하지 아니하다.

2. 그 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주 총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지 제50조 (공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인) ① 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용여부등에 대하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 2명 이상의 변호사·공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 "외부전문가의 세무확인"이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 제3항에 따른 회계감사를 받는 공익법인등과 사업운영의 특성 및 출연재산규모 등을 참작하여 대통령령이 정하는 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의하여 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인등은 그 결과를 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인 등의 출연재산의 공익목적사업 사용여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인의 결과를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

③ 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로주식회사의 외부감사에 관한 법률제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자산규모가 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등

2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용함에 있어서 세무확인항목, 세무확인절차·방법, 보고서의 작성 및 세무확인결과의 보고절차, 외부감사의 방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제78조(가산세 등) ④ 세무서장 등은 공익법인 등이 제49조 제1항 각호의 1에 규정된 기한 경과 후 동항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다. 부칙 <법률 제8828호, 2007.12.31.> 제1조 (시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제9항 및 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다. 제3조 (공익법인 등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령(대통령령 제20621호, 2008.2.22., 일부개정) 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인 등을 말한다.

1. 해당 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주 등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인 등

④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다.

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인 등(이하 "성실공익법인 등"이라 한다)은 주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인 등을 말한

• 다. 1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인 등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인 등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류 등의 공시를 이행한 공익법인 등

4. 제3항에 해당하는 공익법인 등 부칙 <대통령령 제20621호, 2008.2.22.> 제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조제13항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다. 제3조 (공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례) 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2019.12.31. 대통령령 30285호로 개정되기 전의 것) 제13조 (공익법인 등 출연재산에 대한 출연방법 등)③ 법 제16조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 해당 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것.(단서 생략)

3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

⑤ 법 제16조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따른 성실공익법인 등(이하 "성실공익법인 등"이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 납세지 관할 지방국세청장에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인 받아야 한다. 이 경우 납세지 관할 지방국세청장은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인 등에 해당하는지 여부를 국세청장에게 보고하여야 하고, 국세청장은 그 결과를 해당 공익법인 등과 주무관청에 통보하여야 한다. 제42조 (주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등)① 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이란 성실공익법인 등을 말한다. 제43조 (공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 등) ① 법 제50조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우를 말한다.

1. 해당 공익법인 등의 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람은 제외한다), 설립자(이하 이 항에서“출연자 등”이라 한다) 또는 임직원(퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람을 포함한다)인 경우

2. 출연자 등과 제2조의2 제1항 제1호 또는 제2호의 관계에 있는 사람인 경우

3. 출연자 등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자 등이 최대주주 등인 회사를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우

4. 해당 공익법인 등과 채권ㆍ채무 관계에 있는 사람인 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인 등과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람인 경우

6. 제1호(임직원은 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람인 경우

② 법 제50조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 공익법인 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등을 말한다.

1. 법 제50조 제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인 등. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 소득세법에 따른 수입금액 또는 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다. 이하 이 조 및 제43조의 3 제2항 단서에서 같다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인 등은 제외한다.

2. 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우로 한정한다)

3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원법 또는 관련 법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분으로 한정한다)

③ 법 제50조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등”이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인 등을 말한다.

1. 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것

2. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것

3. 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것

④ 법 제50조 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 공익법인 등”이란 제12조 제1호 및 제2호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말한다.

⑤ 법 제50조 제4항에 따른 외부전문가의 세무확인 항목은 다음 각 호의 어느 하나에 따른다.

1. 출연받은 재산의 공익목적 사용 여부

2. 법 제48조ㆍ이 영 제37조 및 제39조에 따른 의무사항 이행 여부

4. 그 밖에 공익목적 사업운영 등에 관하여 기획재정부령이 정하는 것

⑥ 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인 등은 그 결과를 기획재정부령이 정하는 보고서에 의하여 세무확인을 받은 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 해당 공익법인 등을 관할하는 세무서장에게 보고하여야 한다.

⑦ 법 제50조 제3항에 따라 회계감사를 받은 공익법인 등은 감사인이 작성한 감사보고서를 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

⑧ 법 제50조 제4항에 따른 세무확인절차ㆍ방법 및 외부감사를 위한 외부전문가 및 감사인의 선임ㆍ선임의 제한, 외부전문가의 의무, 세무확인서 및 세무확인 기간 등 외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 기획재정부령으로 정한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제4조 (성실공익법인 등의 요건 충족여부 확인방법 등) ① 영 제13조 제5항에 따라상속세 및 증여세법(이하 "법"이라 한다) 제16조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따른 성실공익법인 등(이하 이 조에서 "성실공익법인 등"이라 한다)에 해당하는지 여부를 확인받으려는 영 제12조 각 호 외의 부분에 따른 공익법인 등(이하 "공익법인 등"이라 한다)은 다음 각 호의 서류를 해당 주무관청(이하 이 조에서 "주무관청"이라 한다)에 제출해야 한다.

1. 해당 공익법인 등의 설립허가서, 등기사항증명서 및 정관

2. 영 제43조 제7항에 따른 감사보고서

3. 별지 제25호의4서식에 따른 운용소득 사용명세서

4. 별지 제26호의2서식에 따른 이사 등 선임명세서

5. 별지 제26호의3서식에 따른 특정기업광고 등 명세서

6. 별지 제30호서식에 따른 전용계좌개설(변경·추가)신고서

7. 별지 제31호서식에 따른 공익법인 결산서류 등의 공시

8. 별지 제32호서식 부표 2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익 명세서

9. 별지 제32호서식 부표 5에 따른 장부의 작성·비치 의무 불이행 등 명세서

② 제1항 각 호의 서류를 제출받은 주무관청은 해당 서류를 매 반기 종료일 30일 이내에 납세지 관할 지방국세청장에게 송부해야 한다.

③ 납세지 관할 지방국세청장은 성실공익법인 등 요건의 충족여부를 확인하여 그 결과를 국세청장에게 보고해야 하고, 국세청장은 보고받은 결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 주무관청 및 해당 공익법인 등에게 통보해야 한다.

④ 납세지 관할 지방국세청장은 요건 충족여부 확인을 위하여 주무관청 또는 해당 공익법인 등에게 추가 자료제출을 요구할 수 있다.

⑤ 성실공익법인 등이 영 제13조 제5항에 따라 요건을 모두 충족하였는지 여부를 5년마다 재확인 받으려는 경우에는 5년간의 제1항 각 호의 서류를 모두 제출하여야 한다.

(5) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조 (외부감사의 대상) 직전사업연도말의 자산총액이 대통령령이 정하는 기준액이상인 주식회사(이하 "회사"라 한다)는 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를, 연결결합재무제표 작성회사의 경우에는 결합재무제표를 포함한다)를 작성하여 감사인에 의한 회계감사(이하 "감사"라 한다)를 받아야 한다. 다만, 정부투자기관관리기본법의 적용을 받는 주식회사와 기타 대통령령이 정하는 주식회사의 경우에는 그러하지 아니하다.

(6) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 시행령 제2조 (외부감사의 대상) ① 법 제2조의 규정에 의하여 외부의 감사인에 의한 회계감사(이하 "외부감사"라 한다)를 받아야 하는 주식회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사로 한다.

1. 직전 사업연도말의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사를 말한 다)

2. 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)과 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되고자 하는 주식회사

② 법 제2조 단서에서 "기타 대통령령이 정하는 주식회사"라 함은 법 제4조 제1항의 규정에 의한 감사인 선임기간의 종료일 현재 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주식회사(감사인을 선임한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 주식회사로서 증권선물위원회가 인정하는 주식회사를 포함한다)를 말한다.

1. 지방자치단체가 자본금의 2분의 1이상을 출자한 주식회사 1의2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사 1의3. 기업구조조정 투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사

2. 은행법에 의한 금융기관으로부터 당좌거래의 정지처분 중에 있는 주식회사. 다만,채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차의 개시가 결정된 주식회사를 제외한다.

3. 청산중에 있거나 1년이상 휴업중인 주식회사

5. 상법에 의하여 합병절차가 진행 중인 회사로서 당해 사업연도 내에 소멸될 주식회사

6. 제1호 내지 제5호에 준하는 사유로 증권선물위원회가 외부감사를 실시할 필요가 없다고 인정하여 지정하는 주식회사