쟁점계약서에 기재된 매매가액 등을 쟁점상가의 취득가액으로 보아 환산가액을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2019.10.14. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 OOO의 취득가액을 OOO으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO(근린생활시설로 이하 “쟁점상가”이라 한다)에 안과의원을 개업하여 운영하고 있는 사업자로서 2003.3.14. 쟁점상가를 OOO(이하 “분양사”라 한다)로부터 분양받아 보유하다가 2018.7.30. 이를 OOO에 양도한 후 2018.9.28. 취득가액을 환산가액인 OOO으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점상가 공급 당시 분양사와 청구인이 수수한 세금계산서 및 계산서 등에서 확인되는 쟁점상가의 공급가액 OOO(건물분 OOO, 토지분 OOO)을 실제취득가액으로 보고, 위 공급가액에서 감가상각비 누계액을 공제한 OOO을 쟁점상가의 취득가액으로 하여 2019.10.14. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점상가의 분양계약서는 다운계약서로 실제 계약내용과는 다르고, 청구인의 실제취득가액은 쟁점상가의 분양계약서 및 세금계산서 등에서 나타나는 OOO이 아닌 금융증빙 등에 의하여 확인되는 OOO이다. (가) 청구인은 쟁점상가 취득 당시 분양사로부터 다운계약서를 작성하자는 계속되는 요청을 받고 어쩔 수 없이 실제 계약내용과는 다르게 계약금액을 OOO으로 하여 다운계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)를 작성하여 검인받았으나, 실제 취득가액은 OOO으로 대금지급도 그 금액으로 완료하였고, 2018년 양도소득세 신고 당시는 실제 취득가액 OOO에 대한 자료가 없어 신고대리하였던 세무사가 환산가액으로 신고한 것일 뿐이다. (나) 처분청은 쟁점계약서상 ㎡당 분양가액인 OOO은 쟁점상가와 같은 층에 소재하고 취득시기도 비슷한 OOO(이하 OOO를 합하여 “연접상가”라 한다)의 ㎡당 분양가액 OOO과 유사하므로 위 금액이 실제취득가액이라고 주장하나, 청구인은 좋은 위치를 선점하기 위하여 쟁점상가를 1차에 분양받았고, 연접상가는 미분양에 의한 자금압박으로 분양사가 당초보다 40% 할인 분양한 물량인바, 쟁점상가와 동일하게 볼 수 없으며, 청구인에게 소개받아 연접상가를 분양받은 OOO가 위 내용을 확인하는 확인서를 작성하여 조사 당시 처분청에 제출하였음에도 처분청이 이를 확인하지 아니하고 좋은 위치에서 1차에 분양된 쟁점상가의 ㎡당 분양금액이 미분양으로 할인 분양받은 연접상가의 그것보다 낮다고 본 것은 납득하기 어렵다. (다) 청구인이 실제 취득가액 OOO의 금융증빙으로 제시한 계좌거래내역에 의하면, 오래전이라 수표번호 등 상세한 내역은 남아있지 않지만 청구인이 2003.3.14. 당시 OOO지점에서 대출받아 청구인의 사업용 계좌의 금액과 합하여 OOO을 수표로 인출한 것이 확인되는바, 여기에 청구인과 배우자가 분양사의 계좌로 입금한 OOO과 취·등록세 OOO을 합하면OOO이며, 이는 분양사에서 청구인에게 세금계산서 등을 발행한 금액인 OOO보다 많은 금액으로, 이 외에 보유 현금으로 지급한 금액 및 인테리어 비용 등을 더하면 합계 OOO이 쟁점상가의 취득비용으로 소요되었다. OOO (라) 또한 OOO이 취득가액이 아니라는 것은 청구인이 2006.3.16. 쟁점상가를 담보로 하여 엔화 OOO을 대출받은 사실로도 알 수 있는데, 이는 의료기기 등의 구입을 위해 이자율이 유리한 엔화대출을 받은 것으로, 원화로 환산시 대출원금은 OOO인바, 통상 담보대출시 그 감정가액의 약 130%를 근저당 설정하는 것을 고려할 때, 쟁점상가의 실제 취득가액이 OOO이라는 주장은 타당하지 않다. (마) 처분청은 청구인을 조사하면서 쟁점계약서상의 금액 및 이에 따라 발행된 세금계산서 등을 근거로만 해서 과세한바, 이는 사실관계를 정확히 파악하고 조사하여 처분을 해야 하는 신의성실의 원칙과 실질과세의 원칙을 위반한 위법·부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점상가의 실제 취득가액은 OOO이고, 쟁점계약서는 다운계약서라고 주장하나, 이에 대한 객관적인 증빙이 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다. (가) 처분청은 분양사가 2007.12.31. 직권폐업되고 당시 대표자 OOO 또한 소재불명으로 확인이 불가능하여 쟁점계약서에 기재된 분양대금 납입계좌(461-20-06****)에 대한 금융거래 현장확인(대상기간: 2002년∼2003년)을 실시한 결과, 청구인이 납입한 분양대금은 아래 <표2>와 같이 OOO에 불과한 것으로 확인되어 실지분양금액 및 납입대금이 OOO이라는 청구인의 주장은 신빙성이 없다. OOO (나) 청구인은 조사 당시에는 다운계약을 주장하지 않다가 이 건 심판청구에 이르러서야 이를 주장하나, 이에 대한 구체적인 증빙이 확인되지 않고, 만약 OOO이 실거래가라면 쟁점상가 취득 당시 실거래가의 40%가 넘는 금액을 다운하여 계약을 체결하였다는 것인데, 청구인이 향후 엄청난 양도소득세 부담 등을 감수하면서까지 과연 위와 같은 내용으로 다운계약할 실익이 있었는지 의문이다.

(2) 쟁점상가와 위치(동일 층), 면적, 용도(안과의원)가 비슷한 연접상가의 분양계약서상 ㎡당 분양가액과 비교하여 볼 때, 청구인이 주장하는 취득가액 OOO은 합리성이 없다. 쟁점계약서 및 연접상가의 분양계약서상 각 상가의 ㎡당 분양가액은 아래 <표3>과 같은 것으로 확인되는바, 만일 청구인의 주장대로 OOO이 실제 취득가액이라면 OOO는 불과 3개월 만에 청구인보다 40% 이상을 할인받아 연접상가를 분양받았다는 것인데, 이를 뒷받침하는 증빙은 OOO의 확인서 외에는 없어 납득하기 어렵다. OOO

(3) 청구인과 분양사가 과세관청에 신고·제출한 세금계산서 등에서 쟁점계약서상 공급가액인OOO이 확인된다. 청구인이 쟁점상가를 분양받고 수취한 건물분 세금계산서(공급가액 OOO) 및 토지분 계산서OOO에서 실지거래가액이 확인되고, 위 세금계산서 및 계산서의 중요한 부분이 허위이거나 미비한 것으로 보이지 아니하며, 그 가액이 실지거래가액과 다르다는 것의 입증책임은 청구인에게 있으나, 청구인이 이를 입증할 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 당초 신고한 환산가액을 부인하고 실지거래가액으로 취득가액을 경정하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점계약서에 기재된 매매가액 등을 쟁점상가의 취득가액으로 보아 환산가액을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자 산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비)

⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 제1항 에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정 신고 시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정)

① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인의 2018년 귀속 양도소득세 신고내용 및 처분청의 경정내용은 아래<표4>와 같다. OOO (나) 쟁점상가의 등기사항전부증명서에는 청구인은 2002.11.14. 매매를 원인으로 2003.3.14. 쟁점상가의 소유권을 분양사로부터 이전받았다가 2018.7.90. OOO에 소유권을 이전하였고, 2003.3.14. 채권최고액을 OOO으로 하여 근저당권이 설정되었으며, 2006.3.17. 채권최고액 일본국법화 OOO의 근저당권이 설정된 것으로 나타난다. (다) 처분청의 양도소득세 조사종결 보고서에 의하면, 청구인은 당초 쟁점상가 양수법인과 통정하여 양도가액 축소, 양도소득세 탈루한 혐의로 조사대상자로 선정되었으나 양도가액 축소혐의는 없다고 조사되었고, 처분청이 취득가액을 검토한 결과, 연접상가의 취득가액, 쟁점상가 취득 당시 청구인이 수취한 건물분 세금계산서 및 토지분 계산서 등에 의하여 확인되는 OOO을 실지취득가액으로 경정·과세한 것으로 나타난다. (라) 분양사의 2003년 제1기(2003.1.1.∼2003.3.31.) 매출처별세금계산서 합계표를 보면, 전자세금계산서 외 발급분 매출처별 명세에 청구인(OOO 사업자등록번호: 101902**)에 대한 공급가액이 OOO으로 되어있고, 2003년 제1기 매출처별 계산서합계표의 전자세금계산서 외 발급분 매출처별 명세에는 청구인에 대한 매출액 OOO이 나타난다. (마) OOO의 연접상가 취득·양도 내역을 보면, 연접상가의 분양계약 서(2003.1.29.)상 분양가액은 OOO(부가세 별도)이고, OOO는 이를 양 도한 후 2018.9.10. 연접상가의 양도가액을 OOO, 취득가액(실지거래가액)을OOO(감가상각비 공제)으로 하여 2018년 귀속 양도소득세를 신고하였다. (2) 청구인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 2003.3.12. OOO구청장의 검인(접수번호: 1043)을 받아 2003.3.14. OOO지방법원 중부등기소에 접수된 쟁점상가의 검인계약서(2002.11.14.)에는 쟁점상가의 토지가격은 OOO, 건물가격은 OOO, 공급가격은 OOO으로 분양사의 매출처별 계산서 및 세금계산서 합계표의 공급가액과 동일하고, 부가가치세 OOO을 포함한 분양가 합계는 OOO으로 기재되어 있다. (나) 연접상가 소유주 OOO의 확인서(2019.7.3.)에는 OOO는 청구인이 쟁점상가를 매수한 2002년 이후인 2003년 1월 연접상가를 매수하였는데, 청구인은 2002년 당시 쟁점상가를 급하게 매입하는 바람에 OOO보다 비싼 가격에 구입하였다는 내용 등이 나타난다. (다) 청구인 명의의 OOO지점 계좌(514-07-0182*)의 2003년 거래내역을 보면, 쟁점상가의 등기부 접수일인 2003.3.14. 일반대출 OOO과 OOO 명의의 OOO이 입금되었다가 그 합계액인 OOO이 인출된 것으로 나타나고, 청구인의 여신거래내역(2020.2.26. OOO지점 발급)에는 2006.3.17. OOO의 외화대출이 신규로 발생한 것으로 나타난다. (라) 청구인의 지방세 세목별 과세증명서(2020.2.26. OOO장 발급)에는 2003년 3월 쟁점상가에 대한 취·등록세, 농특세, 지방교육세 합계 OOO을 신고·납부한 것으로 나타나고, 청구인은 1차에 분양받은 쟁점상가가 미분양으로 할인분양 받은 연접상가가 보다 좋은 위치에 있다는 것을 입증하기 위해 쟁점상가의 5층 도면을 제출하였다.

(3) 청구인은 2020.6.30. 조세심판관회의에 출석하여 쟁점상가의 실제 취득가액은 OOO으로 기억하고 있으나, 객관적인 증빙에 의하여 확인되는 취득가액은 OOO으로 쟁점상가를 2003년 취득한 이후 많은 시간이 경과하여 심리과정에서 제출한 증빙 외 추가로 증빙을 제시하는 것은 현실적으로 어려워 보인다고 진술하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 실제취득가액으로 주장하는 금액이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 않으므로 쟁점계약서, 그 건물분 세금계산서 및 토지분 계산서에서 확인되는 공급가액을 쟁점상가의 실지취득가액으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 과세처분에 관한 처분의 적법성 및 과세요건·사실의 존재에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하고 있는 점, 부동산거래에 따른 등기시 실지거래가액을 기재하도록 하는부동산등기법의 개정내용이 시행된 2006.6.1. 이전에는 취득세·등록세 등을 적게 납부할 목적으로 실제 매매계약서 외에 별도로 매매대금을 낮추어 작성하는 검인용 매매계약서를 작성하는 것이 일반적인 관행이었는바(조심 2010서1342, 2010.11.25. 같은 뜻임), 쟁점계약서상 기재된 공급가격 OOO은 청구인이 제시한 분양사 납입금액 OOO과 수표지급금액 OOO의 합계인 OOO에도 미달하고 있어 이를 실지취득가액으로 보는 것은 합리적이지 아니한 점 등에 비추어 쟁점계약서 등에서 확인되는 공급가액을 쟁점상가의 실제취득가액으로 인정하기는 어렵다 할 것이다. 다만, 청구인은 쟁점상가 취득 당시의 기억에 근거하여 그 실제 취득가액을 OOO으로 주장할 뿐, 이를 확인할 수 있는 금융거래내역 등 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 이를 실제 취득가액으로 인정하기 어려운 점, 청구인의 진술내용 등 에 의하면 쟁점상가를 취득한 2003년 이후 많은 시간이 경과하여 추가로 증빙을 제시하는 것은 현실적으로 어려운 점 등에 비추어 청구인이 제시한 금융증빙 및 지방세 세목별 과세증명서 등에 의하여 확인되는 OOO을 쟁점상가의 취득가액으로 하여 이 건 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.