구청장으로부터 감면대상임을 확인받은 쟁점주택에 대하여 쟁점감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1세대 1주택자인 전소유자가 2011.9.22. 취득등기를 OOO(전용면적 59.40㎡로, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO에 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 2013.5.2. 체결하였다.
• 나. 청구인은 2013.6.28. 소유권이전등기를 경료한 쟁점주택을 2019.3.11. OOO양도하고 그에 따른 양도소득세 OOO대하여 OOO으로부터 “신축주택등 또는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인”을 받아 조세특례제한법 제99조의2 (신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 및 같은 법 시행령 제99조의2 제3항의 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고서를 검토한 결과, 쟁점주택 전소유자의 취득 등기일인 2011.9.22.부터 매매계약 체결일인 2013.5.2.까지의 기간이 2년 미만이므로 쟁점감면의 요건을 충족하지 못한다고 보아 2019.12.27. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 전소유자로부터 쟁점주택이 쟁점감면의 적용대상임을 확인하는 서류를 받아주겠다는 약속을 받고 쟁점주택을 매수하였고, 청구인은 쟁점주택이 쟁점감면의 대상이라고 믿고 쟁점주택을 취득하여 5년 동안 보유한 후 양도하였다. 세법 전문가가 아닌 청구인으로서는 전소유자의 등기부상 보유기간에 관계 없이 공인중개사의 확약과 감면대상임을 확인하는 OOO확인을 보고 쟁점주택이 쟁점감면의 대상이라고 믿을 수밖에 없었다. 청구인은 조세특례제한법상 절차에 따라 쟁점주택 양도 당시 OOO으로부터 받은 “신축주택등 또는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인” 사본을 첨부하여 양도소득세 신고를 하였다. 조세특례제한법 제99조의2 제4항, 같은 법 시행령 제99조의2 제12항 및 제15항에 따르면, 납세의무자가 양도소득세 신고시 감면대상기존주택임을 확인받아 제출하는 경우에 한하여 과세특례가 적용되고, 감면대상기존주택의 확인은 지방자치단체에 위임하고 있고, 지방자치단체장은 국토해양부의 자료와 주민등록전산정보자료 등을 근거로 이를 확인하여 매매계약자에게 교부하도록 하고 있다. 지방자치단체장의 감면대상기존주택의 확인은 과세특례를 적용받기 위한 필수 절차이고, 이는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하며 납세자는 이를 신뢰한다고 보는 것이 합리적이다. OOO감면대상기존주택의 확인을 믿고 쟁점감면을 적용한 것에 대하여 쟁점감면을 부인하여 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙과 신뢰보호 원칙에 위반되는 것으로서 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점감면은 조세특례제한법 제99조의2 에 따른 요건을 충족하여야 하는데, ① 전소유자의 쟁점주택 취득 등기일부터 매매계약일까지 기간이 2년이 아닌 사실을 등기부등본상으로 확인할 수 없는 특별한 사정이 있다고 보이지 않는 점, ② 해당 요건이 법문상 달리 해석될 여지가 없는 점, ③ 쉽게 확인할 수 있는 등기부등본에 전소유자의 취득등기일이 명기되어 있음에도 이를 확인하지 않음으로써 주의의무를 소홀히 한 점에 비추어 볼 때, 비록 OOO감면확인 날인의 내용을 청구인이 신뢰하였다 하더라도 처분청의 공적인 견해표명이 없는 상태에서 청구인이 OOO확인 날인만을 신뢰하여 쟁점감면을 신청한 것은 신의성실의 원칙의 대상이 아니므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 구청장으로부터 감면대상임을 확인받은 쟁점주택에 대하여 쟁점감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(2) 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(괄호 생략)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다.(후문 생략)

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.<개정 2014.1.1.> (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ③ 법 제99조의2 제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다.(후문 생략)

1. 2013년 4월 1일 현재 주민등록법상 1세대(괄호 생략)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(괄호 생략)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑫ 감면대상기존주택 양도자는 감면대상기존주택의 매매계약을 체결한 날부터 30일 이내에 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장·군수·구청장에게 제공하여야 한다.

⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 주민등록법에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점주택의 등기부등본 및 청구인과 전소유자가 체결한 2013.5.2.자 매매계약서에 따르면, 쟁점주택 전소유자의 매매를 원인으로 한 취득 등기일인 2011.9.22.부터 청구인과의 매매계약 체결일인 2013.5.2.까지는 약 1년 8개월이고, 등기부등본상 전소유자의 보유기간(2011.9.22.～2013.6.28.)은 약 1년 9개월로, 두 기간 모두 2년 미만인 것으로 나타난다. (나) 청구인의 양도소득세 예정신고서에 첨부된 OOO2013.7.3.자 “신축주택등 또는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인”(제70호) 서류에는 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제3항 및 제5항에 따른 감면대상기존주택임을 확인한다는 내용이 기재되어 있다. (다) 위 OOO확인서류에 첨부된 1세대 1주택 확인서 신청 조회 자료(구청에서 국토교통부의 자료를 조회한 내용)에는 쟁점주택이 감면대상 주택구분 중 “보유기간 2년 이상인 1세대 1주택”에 해당한다고 표시되어 있으며 전소유자의 다른 세대원이 소유한 건축물은 없는 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 감면대상임을 구청장으로부터 확인받은 경우 쟁점감면의 적용을 부인한 것이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결 참조)인데, 쟁점주택의 경우 등기사항전부서상 전소유자의 취득 등기일자와 청구인이 전소유자와 작성한 매매계약서상의 계약일자를 확인하는 방법으로 쉽게 감면요건을 충족하는지를 알 수 있었음에도 불구하고 청구인이 그러한 간단한 확인과정을 소홀히 한 것으로 보이므로 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 청구인에게 귀책사유가 없다고 보기 어려운 점, 지방자치단체로부터 감면대상임을 확인받는 것은 쟁점감면의 적용대상이 되기 위한 여러 필요적 요건 중의 하나에 불과하고, 그 확인을 받았다 하여 곧바로 감면대상으로 간주되는 것은 아닌 점 등에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.