조사청은 공문을 통해 입장을 명시적으로 표시하고 있는 점, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 쟁점경영자문료와 관련 용역을 받았다고 단정하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움. 다만 쟁점설비가 청구법인이 제출한 자료상 20**년부터 가동되지 아닌한 것으로 단정하기는 어려워보이는 점에 비추어 쟁점설비에 대한 감가상각비를 손금에 산입하여 경정함이 타당함.
조사청은 공문을 통해 입장을 명시적으로 표시하고 있는 점, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 쟁점경영자문료와 관련 용역을 받았다고 단정하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움. 다만 쟁점설비가 청구법인이 제출한 자료상 20**년부터 가동되지 아닌한 것으로 단정하기는 어려워보이는 점에 비추어 쟁점설비에 대한 감가상각비를 손금에 산입하여 경정함이 타당함.
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배된다. 조사청은 2019.10.7.과 2019.10.11. 청구법인에게 쟁점경영자문료 일부를 손금으로 인정하는 내용의 견해를 국세청공식 이메일계정으로 송부하였고, 전화통화를 통해 수회에 걸쳐 표시하였다. 더구나 국세청이 작성한 “예상세액계산내역”이라는 제목, 작성자의 조직상 지위와 임무, 수회의 자료제출과 조사를 통해 드러난 의사표시를 종합할 때 이러한 공적 견해에 대한 납세자의 신뢰가능성을 부정하기 어렵다. 조사청이 2019.8.30. 보낸 공문(경영자문료 관련 과세의견, 공문번호-1893)은 과세 여부에 대한 확정적인 의사표시가 아니라, 조사과정 중 설명자료를 요구하는 조사청의 과세의견을 송부한 것이고, 그 송부일은 위 견해표명보다 훨씬 앞서고 있다. 따라서, 조사기간 중 과세관청의 상반된 의사표시가 있을 경우, 이는 납세자로 하여금 혼란을 야기할 수 있고, 이 때 납세자의 입장에서는 소정의 조사절차를 이미 거쳤으며, 시간적 선후관계에 있어 최근에 해당하며 담당조사관의 구체적이고 직접적인 의견인 예상세액계산내역을 보다 주요한 공적 견해로서 신뢰하는 것은 납세자에게는 당연하고, 납세자의 신뢰는 정당하다. (2) 쟁점경영자문료는 경영자문과 관련하여 지출된 비용이므로 손금에 산입하여야 한다. 청구법인은 석유화학설비에 들어가는 기기를 제조하는 회사로서 모법인은 미국에 소재하고 있고, 이와는 별개로 그룹 경영사인 청구외법인OOO도 OOO에 소재하고 있다. OOO은 OOO을 비롯하여 OOO에 소재하고 있고 자회사 및 관계회사 등은 청구외법인을 통해서 그룹 차원에서 관리되고 있다. OOO의 경영자문료는 OOO과 관련하여 경영관리본사에서 발생하는 비용을 보전할 목적으로 해당 매출액의 2%를 경영자문료로 지급하고 있고, 경영관리부문의 경영자문료는 청구외법인인 경영관리본사에서 청구법인에 청구하는 비용으로 경영지원용역을 제공 받는 대가로 지급하고 있다. 청구법인은 당초 위 두 가지 성격의 경영자문료의 지급에 대해서 모두 정당성을 주장하였으나 조사청은 OOO의 경영자문료에 대해서 조사 당시 인정하기 어렵다고 하여 청구법인은 이에 수긍하였으나, 조사청이 조사 당시 인정한 경영관리부문의 경영자문료를 일방적으로 손금을 부인한 것은 부당하다. 경영관리부문의 경영자문료는 청구외법인인 경영관리본사에서 경영지원활동(마케팅, 기술보호, 홍보 등)과 관련하여 청구된 비용이고, 이러한 비용은 비단 청구법인만이 부담한 것이 아니고 기타 관계회사가 모두 부담한 것이며, 이러한 경영지원용역 없이는 청구법인은 국내 및 해외에서 정상적인 사업을 펼칠 수가 없음에도 불구하고 이러한 경영지원활동이 없었다고 하는 것은 부당하다. 국조법 시행령 제6조의2에서 거주자와 국외특수관계인간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다.)의 경우 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다고 규정하면서, 그 요건으로 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것 등으로 요건을 정하고 있는바, 청구법인은 청구외법인과 쟁점경영자문료와 관련하여 사전약정을 맺고 이에 대한 용역을 제공받아 오고 있고, 청구외법인과 수시로 경영회의, 기술회의, 마케팅 회의 및 활동을 하고 있으며, 이사회 구성원과 대표이사는 모두 해외에 거주하고 있어 청구법인이 국내에서 독자적으로 수행할 수 있는 활동은 전무하다. 쟁점경영자문료는 오히려 정상가격에 미치지 못하게 보수적으로 지급된 가액으로, 조사청은 조사과정에서 경영관리활동이 있음을 확인했음에도 불구하고 모든 경영자문료 전부를 부인하였으나, 이를 부인하기 위해서는 정상가격을 산출하여야 함에도 이를 생략하였고 처분청이 주장하는 정상가격과의 차액만을 부인하여야 한다. (3) 쟁점설비는 2014년부터 사업용으로 사용하였다. 쟁점설비는 파일럿(Pilot) 설비라고 부르는 시험용 설비 자산으로, 연구개발 후에 성능을 개선하거나 신제품을 만들 경우 성능검사를 하기 위해서는 실제와 같은 기기 환경이 필요하다. 이와 같이 쟁점설비는 매번 필요시마다 운용되는 자산으로 상시 가동될 수 없으나, 조사청은 시험용 자산에 대한 성격을 고려하지 않고 일방적으로 운휴자산으로 보았고, 쟁점설비의 장비이력카드를 통해서도 해당 설비에 대한 관리가 지속적으로 이루어지고 있는 것은 확인할 수 있으며, 아울러 조사청이 부인한 2014년 및 2015년에도 쟁점설비를 국책과제수행에 이용한 사실이 있음을 알 수 있음에도 감가상각비를 부인한 것은 부당하다.
(1) 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 조사청이 청구법인에게 송부한 공문(경영자문료 관련 과세의견, 공문번호-1893)에서, 용역거래가 법상 요건을 충족하지 못할 경우 경영자문료를 전액 부인할 예정임이 명백하게 표시되어 있고, 청구법인은 상기 공문을 수령하여 그 내용과 조사청의 공식적인 입장을 알지 못하였던 것도 아님에도 불구하고, 이러한 공문서의 존재는 무시하고, 과세관청이 잠정적인 검토내역을 청구법인에게 전달한 설명 자료나 이메일을 근거로 조사청이 보낸 공문을 압도하는 진정한 공적인 의사표시라고 주장하는 것은 설득력이 부족하다. 청구법인이 과세관청의 과세제외 의사표시의 증거로 제출하고 있는 엑셀파일의 제목 또한 예상세액계산으로 되어 있을 뿐, 그 어떠한 공식문서에서도 특정 항목을 과세제외하겠다는 의사표시는 확인되지 않는다. 오히려 조사청은 공문을 통해 쟁점경영자문료 항목은 법상요건 미비로 전액 부인되어야 한다는 입장을 명시적으로 표시하였다. 더욱이 청구법인은 쟁점경영자문료를 손금으로 인정받을 수 있는 근거자료를 제출하지 않아 손금산입이 부인될 것이라는 과세관청의 공식적인 견해를 사전에 인지하고 있었는바, 쟁점경영자문료가 손금으로 인정될 것이라는 청구법인의 신뢰에 귀책사유가 없다고 볼 수 없다.
(2) 쟁점경영자문료는 실재 용역거래로 발생한 비용이 아니므로 손금불산입 대상이다. 청구법인은 쟁점경영자문료와 관련한 증거로 제출한 자료는 여러 서비스업체들 OOO이 컴퓨터시스템, 회계서비스 등을 청구외법인에 제공하고 청구외법인에 청구한 비용 내역을 각각의 표로 정리하여 보여주고 있을 뿐, 이것이 어떠한 근거로 청구법인에게 제공되는 용역에 해당하는지에 대해서는 근거를 찾아볼 수 없다. 즉, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 용역의 실재성을 입증하기 부족하고 이를 인정할만한 구체적인 사실이 확인되지 않으며, 용역의 제공이 실재하였다 하더라도, 청구법인과 청구외법인 간에 사전약정이 있었다고 보기도 어렵다. 청구법인이 사전약정의 근거로 제출한 증거자료는 본사차원의 정책 내지 방침(Policy)을 일방적으로 통보한 문서에 불과하고, 자문용역을 제공하고 제공받겠다는 계약의 성립에 필요한 청약과 승낙의 의사표시 및 계약의 구체적인 내용과 조건이 반영된 약정서 혹은 계약서라고 볼 수 없기 때문이다. 이처럼 청구법인이 제출한 증빙만으로는 용역에 관한 사전 약정이 존재하였음을 입증하기 부족하고, 달리 이를 인정할만한 구체적인 사실 또한 확인되지 않는다. 국외특수관계자와의 거래에 있어서 일방이 타방을 위하여 용역을 제공하는 경우, 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익의 발생 또는 비용의 절감을 기대할 수 있어야 하는바, 청구법인은 청구외법인으로부터 경영지원을 받았다고 주장하는 마케팅, 홍보, 경영관리 등으로 인한 매출액의 증가, 영업이익률의 증가 또는 관련 비용의 감소 효과를 입증하여야 하나, 청구법인은 세무조사 당시부터 심판청구에 이르기까지 이와 관련한 어떤 증거도 제출하지 못하고 있다. 따라서, 청구외법인이 쟁점경영자문료를 해외 관계사에게 매출액 비율로 단순 안분하여 청구하고 있고, 이는 법률과 법령이 규정한 정상가격 산출방법에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 청구외법인의 발생비용과 청구법인의 매출액 사이에 어떠한 인과관계가 있는지에 관한 구체적인 입증자료 역시 제시되지 않았으므로 쟁점경영자문료를 손금불산입한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 2016년 8월부터 쟁점설비를 사업에 사용하였다. 청구법인은 쟁점설비의 장비이력카드, OOO에 제출한 연차보고서를 처분청에 제출하였으나, 쟁점설비의 장비이력카드는 작동기능 점검, 동파방지 점검 등 쟁점설비를 점검하였다는 정비관리 서류에 불과하고, OOO에 제출한 연차보고서는 정부출연금 지원을 위한 수행보고서에 불과하고, 연구과제 수행기간이 쟁점설비 취득시점 이전이라는 점에서 쟁점설비가 사업에 직접 사용되었다는 증거자료로 보기는 어렵다. 청구법인이 실제로 쟁점설비를 사업에 사용하였다면, 설비 사용 계획서, 설비사용 결과보고서, 성능시험 결과, 출장보고서 등 설비사용을 입증할 수 있는 구체적인 서류를 제출하여야 하나 그러한 서류를 제출하지 못하였다. 따라서, 청구법인은 2016.8.22. 쟁점설비를 사업에 최초 사용하여 이 시점부터 감가상각을 할 수 있으므로 처분청이 쟁점설비의 미사용기간에 대한 감가상각비를 부인한 처분은 정당하다.
① 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
② 쟁점경영자문료는 경영지원활동과 관련하여 지출된 비용이므로 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점설비가 2016년 8월부터 사업에 사용된 것으로 보아 그 이전의 계상된 감가상각비를 손금불산입한 처분의 당부
(2) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. (3) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유형자산
③ 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)
3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것 제26조 (상각범위액의 계산)
⑨ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 취득하여 사업에 사용한 감가상각자산에 대한 상각범위액은 사업에 사용한 날부터 당해 사업연도종료일까지의 월수에 따라 계산한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다. (4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) ① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다.
1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것
2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것
3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조 제2항 제1호 다목에 따른 거래순이익률방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.
4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관・비치하고 있을 것
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2007.12.6. 석유화학설비 제작 등을 목적사업으로 설립된 외국인투자기업이고 청구외법인은 청구법인과 해외관계법인이다. (나) 청구법인은 2014∼2016사업연도 법인세 신고시 청구외법인에게 지급한 쟁점경영자문료OOO 합계 OOO과 2014년 6월부터 2016년 7월까지 쟁점설비에 대한 감가상각비 OOO을 손금에 산입하였으나 처분청은 쟁점경영자문료와 쟁점설비에 대한 감가상각비에 대한 손금을 부인하여 2019.2.4. 청구법인에게 이 건 법인세를 부과하였다. (다) 쟁점①과 관련하여 청구법인은 다음과 같은 자료를 제시하면서 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 주장하였다.
1. 조사청은 2019년 7월 24일부터 10월 9일까지 청구법인에 대해서 세무조사를 실시하면서, 청구법인이 청구외법인에게 지급한 쟁점경영자문료에 대한 소명자료를 요구하였고, 청구법인은 2019년 8월 30일 서면으로 조사청에 소명서를 아래와 같이 제출하였다. <쟁점경영자문료 내역>
2. 조사청은 2019.9.24. 청구법인의 담당임원과 세무대리인을 불러 세무조사결과에 대한 과세회의 내용을 확인시키면서, 쟁점경영자문료 OOO 중 OOO의 경영자문료 OOO은 부인하고 경영관리부문의 경영관리수수료 OOO에 대해서는 손금으로 인정하는 견해를 표명하였다.
3. 조사청은 2019.10.7. 조사 종결을 위한 예상세액계산내역을 청구법인에게 국세청 이메일계정으로 송부하면서, 쟁점경영자문료 OOO 중 OOO의 경영자문료 OOO은 부인하고 경영관리부문의 경영관리수수료 OOO에 대해서는 손금으로 인정하는 견해를 표명하였다.
4. 조사청은 2019.10.11. 전화를 통해서 직전 메일과 같은 내용으로 조사결과통보를 하겠다고 의사를 전달하면서 일부 가산세 계산이 잘못된 부분은 수정하여 송부하겠다고 하였다.
5. 조사청은 2019.10.15. 직전과는 다르게 쟁점경영자문료 전부에 대해서 손금을 부인하겠다고 통보하고 예상고지세액 계산파일을 송부하였으나 이에 대한 소명의 기회를 부여하지 아니하는 등 신의성실의 원칙을 위배하였다. (라) 쟁점①과 관련하여 처분청은 다음과 같은 자료 및 의견을 제시하면서 이 건 처분이 신의성실의 원칙을 위배하지 않았다고 한다.
1. 조사청이 2019.8.30. 청구법인에게 송부한 공문(경영자문료 관련 과세의견, 공문번호-1893)에 의하면, 용역거래가 법상 요건을 충족하지 못할 경우 쟁점경영자문료를 전액 부인할 예정임이 명백하게 표시되어 있고, 청구법인은 위 공문서의 존재는 무시하고 조사청이 청구법인에게 전달한 설명자료 등을 근거로 공적인 의사표시라고 주장하는 것은 타당하지 않다.
2. 청구법인이 조사청의 과세제외 의사표시의 증거로 제출하고 있는 엑셀파일의 제목 또한 ‘예상세액 계산’으로 되어 있을 뿐, 그 어떠한 공식문서에서도 특정 항목을 과세제외하겠다는 의사표시를 하지 않았고, 오히려 조사청은 공문을 통해 쟁점경영자문료 항목은 법상요건 미비로 전액 부인되어야 한다는 입장을 명시적으로 표시하였다.
3. 청구법인은 조사청의 ‘예상세액 계산’이라는 언동에 터 잡아 어떠한 법률행위를 형성하였어야 함에도 불구하고 이를 인정할 만한 청구법인의 구체적인 행위가 확인되지 않고 있고 청구법인 스스로 그 어떠한 행위도 하지 않았음을 자인하고 있다. 4) 청구법인이 세무조사 결과통지를 수령한 후 그 내용이 본인의 예상과 달라 추가적인 소명이 필요하다고 생각했다면 추후 과세처분(고지)을 통해 조세채권과 관련된 청구인의 권리의무가 구체적으로 변동되기 이전에 과세전적부심사 청구를 도모할 수도 있었을 것이므로 세무조사 결과통지로 인하여 소명기회 박탈이라는 이익의 침해나 상실이 발생했다는 주장은 성립하기 어렵다. (마) 쟁점②와 관련하여 청구법인은 쟁점경영자문료를 손금으로 인정하여야 한다고 다음과 같이 주장하였다. 1) 청구법인은 석유화학설비에 들어가는 기기를 제조하는 회사로서 모법인은 OOO에 소재하고 있고 청구외법인도 OOO에 소재하고 있으며, OOO은 OOO을 비롯하여 OOO에 소재하고 있고, 이러한 자회사 및 관계회사는 청구외 법인을 통해서 관리되고 있다.
2. 청구법인이 청구외법인에게 지급하는 쟁점경영자문료 중 OOO의 경영자문료는 OOO과 관련하여 경영관리본사에서 발생하는 비용을 보전하는 목적에서 해당 매출액의 2%를 경영자문료로 지급하고 있고, 경영관리부문의 경영자문료는 청구외법인인 경영관리본사에서 관계회사에 청구하는 비용으로 경영지원용역을 제공받은 대가로 지급하고 있다.
3. 경영관리부문의 경영자문료는 청구외법인인 경영관리본사에서 경영지원활동(마케팅, 홍보, 경영관리 등)과 관련하여 청구된 비용으로 이러한 비용은 청구법인만이 부담한 것이 아니고 기타 관계회사가 모두 부담한 것이다.
4. 청구법인은 쟁점경영자문료에 대해서 사전약정을 체결하고 이에 대한 용역(마케팅, 홍보, 경영관리 등)을 청구외법인으로부터 제공 받고 있고, 이사회 구성원과 대표이사가 모두 해외에 거주하는 바 청구법인이 국내에서 독자적으로 수행할 수 있는 활동은 전무하다.
5. 청구법인이 지급한 쟁점경영자문료는 정상가격 산출의 방법(원가가가산법 혹은 거래순이익률법)에 따른 가액보다 보수적인 원가법을 사실상 적용하였으므로 손금 산입되어야 한다. (바) 쟁점②와 관련하여 처분청은 쟁점경영자문료를 손금불산입하여야 한다고 다음과 같은 의견을 제시하였다.
1. 조사청은 청구법인에게 수차례 쟁점경영자문료에 대한 상세내역과 실제 경영자문서비스를 제공받은 사실을 구체적으로 입증할 만한 용역제공 신청서, 제공받은 용역 내역, 이를 통해 비용이 절감되었다는 입증 자료 등을 제출할 것을 요청하였으나, 청구법인이 제출한 증빙자료는 여러 서비스업체들 OOO이 컴퓨터시스템, 회계서비스 등을 청구외법인에 제공하고 청구외법인에 청구한 비용 내역을 각각의 표로서 정리한 것일 뿐, 용역의 실재성을 입증하기 부족하고 이를 인정할만한 구체적인 증빙이 부족하다.
2. 청구법인이 사전약정의 근거로 제출한 증거자료는 본사차원의 정책 내지 방침(Policy)을 일방적으로 통보한 문서에 불과하고, 자문용역을 제공하고 제공받겠다는 계약의 성립에 필요한 청약과 승낙의 의사표시 및 계약의 구체적인 내용과 조건이 반영된 약정서 혹은 계약서라고 볼 수 없다.
3. 청구법인은 청구외법인으로부터 경영지원을 받았다고 주장하는 마케팅, 홍보, 경영관리 등에 있어 청구외법인의 자문으로 인한 매출액의 증가, 영업이익률의 증가 또는 관련 비용의 감소 효과를 입증하여야 하나 청구법인은 세무조사 당시부터 심판청구에 이르기까지 이와 관련한 어떤 증거도 제출하지 못하고 있다.
4. 쟁점경영자문료의 경우 청구외법인에 의해 해외 관계사 매출액 비율로 단순 안분하여 청구되고 있으며, 이는 법률과 법령이 규정한 정상가격 산출방법에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 청구외법인의 발생비용과 국내 법인의 매출액 사이에 어떠한 상당 인과관계가 있는지에 관한 구체적인 입증자료 역시 제시되지 않았다.
5. 청구법인은 용역거래의 실재성을 입증할 자료를 전혀 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 해당 용역은 국조법 시행령 제6조의2에서 정하는 세법상 요건을 모두 불비하였기 때문에 조사청은 위 법리에 따라 쟁점경영자문료를 손금불산입한 것은 타당하다. (사) 쟁점③과 관련하여 청구법인은 2014년 6월부터 쟁점설비에 대한 감가상각비를 손금산입하여야 한다고 다음과 같이 주장하였다.
1. 쟁점설비는 파일럿(Pilot) 설비라고 부르는 시험용 설비 자산으로, 연구개발 후에 성능을 개선하거나 신제품을 만들 경우 성능검사를 하기 위해서 테스트를 하고 있어 상시 가동될 수가 없다.
2. 청구법인은 새로운 제품을 연구 개발한 후 더 좋은 성능이 나오는지 실험을 해 봐야 하나 해당 제품을 실제 석유화학회사에 의뢰할 수 없으므로 실제 크기보다 작은 실험용 타워를 제작하여 성능을 검사하는 파일럿 설비를 제작하였다.
3. 쟁점설비의 장비이력카드를 통해서도 해당 설비에 대한 관리가 지속적으로 이루어지고 있는 것을 알 수 있고, 2014년 및 2015년도에 해당설비를 이용하여 국책과제를 수행하였으며, 쟁점설비가 조사청에서 말하는 유휴설비라고 하더라도 이는법인세법에서 정하는 유휴설비이기 때문에 당연히 계속하여 감가상각을 하고 이를 손금에 산입하여야 한다.
4. 위 주장들과 관련하여 청구법인이 제시한 연차보고서에는 과제명이OOO를 통한 OOO로 되어 있고, 주관기관이 OOO, 참여기관에 청구법인 등이 기재되어 있으며, 해당연도 수행기간이 2012.11.1.～2013.10.31.로 되어 있고, 쟁점설비 장비이력카드에는 2014.6.19.부터 작동기능점검, 동파방지 점검, 에어듀브노즐교체 등이 기재되어 있다. (아) 쟁점③과 관련하여 처분청은 청구법인이 2014.5.31. 쟁점설비를 취득한 후 2016년 7월까지 쟁점설비를 사업에 사용하지 않았고, 유휴설비라 함은 가동을 일시적으로 중지한 자산을 말하는 것인데, 쟁점설비는 이러한 유휴설비에 해당하지 아니하며,청구법인이 제출한 쟁점설비의 장비이력카드, OOO 제출 연차보고서는 쟁점설비를 사업에 사용하였다는 직접적인 증거서류로 볼 수 없는다는 의견을 제시하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 일반적인 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다(대법원 2008두1115, 2008.6.12. 같은 뜻). 이 건의 경우, 조사청이 세무조사과정에서 청구법인에게 공적 의사가 담긴 공문이 아닌 관련 공무원이 이메일이나 전화를 통해 표시한 것만으로 공적인 견해가 표명되었다고 보기는 어려울 뿐만 아니라 조사청은 공문을 통해 쟁점경영자문료 항목은 법상요건 미비로 전액 부인되어야 한다는 입장을 명시적으로 표시하고 있는 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다고 판단된다. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점경영자문료를 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 청구외법인으로부터 쟁점경영자문료와 관련한 용역을 받았다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인과 국외특수관계인인 청구외법인간의 용역거래를 정상가격으로 인정하기 위해서는 국제조세조정에 관한 법률 시행령제6조의2 제1항 각호의 요건을 모두 충족하여야 하나 청구법인이 제출한 자료만으로 해당 법령의 요건을 모두 충족하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점경영자문료에 대하여 손금을 부인한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2016년 8월부터 쟁점설비를 사용하였으므로 이때부터 감가상각비를 적용하여야 한다는 의견이나, 쟁점설비는 상시 가동되는 자산이 아닌 실험용 설비자산이고, 청구법인이 제출한 자료인 쟁점설비의 장비이력카드와 연차보고서 등을 감안할 때 쟁점설비가 2014년부터 가동되지 아니한 것으로 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점설비에 대한 2014～2016사업연도 감가상각비를 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.