조합원입주권 양도소득금액 산정함에 관리처분계획인가 후 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.12.15. OOO(이하 “종전 아파트”라 한다)를 취득․보유하다가 주택재건축 관리처분계획이 인가(2015.1.9.)됨에 따라 당해 재건축조합을 통해 OOO의 입주자로 선정된 지위(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)를 취득하였고, 2017.12.20. 동 입주권을 OOO원에 양도한 후 양도소득세 예정신고를 하면서 관리처분계획인가 전․후의 양도차익에 대한 장기보유특별공제액(OOO원)를 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 2019.4.10.부터 2019.4.28.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점조합원입주권이 1세대 1주택으로 간주된다고 하더라도,소득세법제95조 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 관리처분계획인가 전의 양도차익에 대한 장기보유특별공제액(OOO원)만을 적용하여 2019.5.17. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.13. 이의신청을 거쳐 2019.12.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 2013.1.1. 개정 이후 쟁점규정은 1세대 1주택 요건을 갖춘 조합원입주권의 양도차익을 산정함에 있어 장기보유특별공제액은 관리처분계획인가 전의 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대하여만 적용하도록 규정하고 있으나, 양도소득세 실무해설 책자(양도소득세 2017, OOO, OOO․OOO․OOO, 2017.3.27.)에는 그 인가 전․후 기간의 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 해석하고 있다. 또한 법원의 제1심인 OOO행정법원 2016.11.16. 선고 2016구단57338 판결은 1세대 1주택을 보유하던 자가 취득한 조합원입주권(OOO원 초과)을 양도하는 경우 양도시까지의 양도차익에 따른 장기보유특별공제가 적용된다는 취지로 판시한 반면, 최종심인 대법원 2017.10.

26. 선고 2017두52504 판결은 “조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12.28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 OOO원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다”는 취지로 판시하였다. 한편 청구인은 쟁점조합원입주권에 대한 매매계약을 체결하면서 2017.6.19. 계약금(OOO원)을 수령하고, 2017.8.22. 및 2017.9.28. 중도금을 각각 지급받았으므로 실질적인 양도시기는 잔금일인 2017.12.20.이 아니라 2회차 중도금 지급일인 2017.9.28.로 위 대법원 판결일(2017. 10. 26.) 이전이며, 세법 전문가 및 납세자 등이 주로 활용하는 양도소득세 관련 실무책자, 법원의 제1심 및 대법원 판결 등이 각각 일치하지 아니하여 세법 해석상 의의(疑意)가 있음에도 처분청이 쟁점규정에 따라 동 입주권에 대한 양도소득금액 등을 산정함에 있어 관 리처분계획인가일 전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한 이 건 처분은 국세기본법제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이다. (2) 대법원이 제1심과는 달리 관리처분계획인가일 전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 취지로 확정판결을 하였는바, 이는 쟁점규정의 해석ㆍ적용상 의의(疑意)가 있는 것으로, 납세자가 이를 인지하고 세법 규정을 자신에게 불리하게 해석하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하는 것은 기대하기가 어렵고, 이를 이행하지 않았다는 이유로 가산세를 부과한다는 것은 위법ㆍ부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 법원의 확정판결(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결) 이 있었다 하더라도, 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 쟁점규정(2013.1. 1.부터 시행)은 본문 중 괄호 부분에 “조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다”고 명시하고 있는바, 처분청이 2019.5.17. 쟁점규정에 따라 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분에 어떠한 영향을 미치지 아니하므로 소급과세금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다. (2)국세기본법제48조 제1항 제2호에 의하면, 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 이행하지 아니하는 데에 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 부과하지 아니할 수 있는데, 청구인이 쟁점조합원입주권을 양도(2017.12.20.)하기 전 이미 대법원의 확정판결(2017.10.26.)이 있었으므로 세법상 의무를 이행하지 못한 정당한 사유 등이 있었다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 조합원입주권에 대한 양도소득금액 등을 산정함에 있어 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있었는지 여부

• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

(2) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제98(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령(2013.1.16. 대통령령 제24315호로 개정된 것) 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ①법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점조합원입주권에 대한 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원, 필요경비는 OOO원, 양도차익은 OOO원, 장기보유특별공제액은 OOO원(관리처분계획인가 전의 양도차익에 한하여 적용)으로 각각 산정하여 2019.5.17. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. (나) 청구인은 2001.12.15. 종전 아파트를 취득․보유하다가, 2015. 1.19 주택재건축을 위한 관리처분계획의 인가 후 당해 재건축조합 등과 쟁점조합원입주권에 대한 공급계약을 체결하였고, 동 계약내용에 그 분양가는 OOO원, 종전 아파트의 평가금액은 OOO원, 추가 부담금은 OOO원 등으로 기재되어 있다. (다) 청구인은 2017.6.18. OOO 외 1명과 쟁점조합원입주권을 OOO원에 매매하는 계약을 체결하고, 쟁점조합원입주권 잔금약정일(2017.12.20.)이 속하는 달의 다음 다음달 말일인 2018.2.28. 양도소득세 예정신고를 하였으며, 이후 2018.8.8. 당초 신고한 양도가액에 매수인이 승계한 추가분담금 OOO원이 포함되어 있다면서 경정 청구를 하였고, 처분청은 2018.9.18. 이를 받아들여 양도가액을 OOO원으로 감액경정을 하였다. (라) 청구인은 매수인인 OOO 외 1명과 체결한 매매계약에 따라 매매대금(OOO원)을 청구인 명의의 계좌(OOO)로 수취한 것으로 나타난다. OOO (마) 등기사항전부증명서 상 표제부 및 갑구에 의하면, 쟁점조합원입주권(OOO)은 2018.12.28. 소유권 보전등기가 경료된 것으로 나타난다. OOO

(3) 청구인이 제시한 실무책자 상 주요내용은 다음과 같다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 관리처분계획인가 전․후의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고, 감면요건 규정 가운데에 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원 2017.5. 31. 선고 2017두36311 판결 참조), 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정․시행된 쟁점규정에 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용은도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다고 명시되어 있는 점(대법원 2017. 10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 만한 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 가산세는 과세의 적정을 꾀하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액 납부의 의무를 부과하고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 부과할 수 없는 점(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결 등 참조), 쟁점규정이 2013.1.1. 법률 제11611호 로 개정․시행되고 있고, 이 건 잔금정산일(2017.12.20.) 이전에 법원도 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한다는 취지로 판시(대법원 2017.10. 26. 선고 2017두52504 판결)하고 있는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.