쟁점부동산의 양도차익 계산 시 쟁점금액을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

OOO세무서장 및 OOO청장이 2019.9.18. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원 및 개인지방소득세(양도소득분) OOO원의 부과처분은 이를 취소한다..

• 가. 청구인은 1996.9.14. OOO 210.23㎡(대지권 지분 제외, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 임의경매로 취득하여 보유하다가 2016. 9.6. 강OOO에게 양도한 후 2016.11.29. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 기타 필요경비 OOO원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나 처분청은 쟁점부동산 양도소득세 자료처리 결과, 청구인이 신고한 기타 필요경비 중 건축비 및 부가가치세 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대한 적격증빙이 없다는 이유로 이를 부인하여 2019.9.18. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원 및 개인지방소득세(양도소득분) OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점금액은 쟁점부동산의 재건축에 소요된 비용으로 양도가액에서 공제되어야 할 필요경비에 해당한다. 청구인이 쟁점부동산의 재건축비용으로 쟁점금액을 지출한 사실은 청구인과 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)가 체결한 건축계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다), ‘건축면적 및 분담금’ 내역, 이OOO(OOO의 청구인에 대한 손해배상청구권의 대위행사자)의 청구인에 대한 손해배상청구소송 판결문(OOO지방법원 2019.7.10. 선고 2018가합533187판결, 이하 “쟁점판결문”이라 한다), OOO의 경리업무 담당직원(한OOO)의 자필확인서 등에서 명백하게 인정된다. 처분청은 청구인이 제시한 위 OOO 직원의 자필확인서 내용에 대하여는 사실 여부를 조사하지 아니하였다. 또한 시공사가 청구인에게 발행한 세금계산서 및 부가가치세 신고 내역이 확인되지 않는 점과 청구인의 쟁점금액 지출사실 여부는 각각 별개의 사안으로 신고 내역이 확인되지 않는다고 하여 지출사실을 부인할 수는 없다. “자본적 지출액 등으로서 실제 필요경비가 지출된 경우”로 증명서류를 수취·보관하여야 하는 소득세법 시행령제163조 제3항 규정은 2018.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용하는 규정으로서 이 건의 경우 개정 전 규정을 적용하여 판단하여야 한다. 즉 동 규정 내용을 이유로 지출사실이 실제 확인되는 필요경비를 부인할 수는 없다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점금액이 쟁점부동산 양도 필요경비에 산입되어야 할 경비임이 충분히 입증되었다고 볼 수 없다. 필요경비로 인정받기 위해서는 소득세법 시행령제163조에 따른 세금계산서 등 증빙을 제시해야 함에도 청구인은 이와 관련하여 금융거래내역 등 어떠한 증빙도 제출하지 아니하였다. 청구인은 쟁점부동산 건축비 부담의 근거로 쟁점판결문을 제시하였으나, 동 판결문에 적시된 사실관계에 따르더라도 이를 실제 지출이 있었음을 인정할만한 증빙으로 볼 수 없다. 즉 쟁점부동산 재건축공사와 관련하여 연세건설의 권리를 승계한 주식회사 OOO(이하 “OOO”라고 한다)와 청구인은 건축 관련 시공권 및 분양권 등에 관하여 2002.2.19. 새로운 계약을 체결하였으나, 청구인이 제출한 쟁점계약서는 청구인과 OOO 간에 기존에 2001.12.1. 체결된 계약서로 확인된다. 따라서 쟁점판결문의 내용만으로는 청구인의 건축비 지출사실을 확인하기 어렵고, 설령 지출사실이 확인된다 하더라도 해당 경비의 지출증빙을 적법하게 갖추었다고도 볼 수 없다. 또한 청구인은 “자본적 지출액 등으로서 실제 필요경비가 지출된 경우”로서 증명서류를 수취・보관하여야 하는 소득세법 시행령제163조 제3항이 2018.4.1. 이후 양도분부터 적용되는 규정이라고 주장하나, 이는 2018.2.13. 대통령령 28637호로 개정된 소득세법 시행령제163조 제3항의 개정내용으로 필요경비 증빙요건을 보완한 것으로 종전 규정에 의하더라도 자본적 지출액의 적격증빙 수취·보관의무는 변함없이 적용되는 점에서 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도차익 계산 시 쟁점금액을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및법인세법제121조에 따른 계산서 2.부가가치세법제32조에 따른 세금계산서 3.여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시·금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다) (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다. 부칙 <제26982호, 2016.2.17.> 제24조【양도자산의 필요경비에 관한 경과조치】이 영 시행 전의 자본적지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 부칙 <제28637호, 2018.2.13.> 제19조【양도소득의 필요경비에 관한 적용례】제163조 제3항 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2018년 4월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 자본적지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조를 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2001·2002년경 OOO과 재건축약정 등을 체결하였는데, 동 약정에 의하면 OOO이 각 건물을 신축하여 청구인에게 배정하면 청구인은 OOO에 대한 건축대금의 지급에 갈음하여 보유 토지 136.68/1,241.7 지분 중 청구인이 배정받을 쟁점부동산의 대지권에 해당하는 79.21/1,241.7 지분을 제외한 나머지 57.47/1,241.7 지분을 ‘OOO이 지정하는 자’에게 양도하기로 하였다. (나) 청구인은 위 약정에 따라 2002.11.14. OOO이 지정하는 조OOO(30.83/1,241.7 지분) 및 이OOO(26.64/1,241.7 지분)에게 각각 양도한 다음 2003.5.30. 기준시가로 계산한 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. (다) 이후 OOO은 자금사정의 악화로 재건축공사를 담당할 수 없는 상황이 되었고, 이에 OOO는 2002.2.29. OOO의 위 (가) 약정상의 지위를 승계하였다 (라) 각 건물의 신축공사는 2003년 7월경 완료되었으나, 청구인은 양도소득세 부담 등의 문제로 OOO와 법적 분쟁이 발생하였고 법원 확정판결에 따라 청구인은 2015.5.7. 쟁점부동산에 대한 소유권보존등기를 하였다. (마) 쟁점부동산 양도와 관련하여 청구인이 신고한 양도소득세 신고 내역은 아래 <표1>과 같다. OOO

(2) 청구인이 증빙으로 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 이OOO이 청구인을 피고로 하여 제기한 쟁점판결문(OOO고등법원 2019나2033560판결로 2020.2.28. 확정)에서 설시한 내용을 보면 청구인이 건축비에 갈음하여 쟁점부동산의 대지권 일부를 이전한 것이 확인된다. OOO OOO (다) 청구인은 위 (나) 계약에 따라 청구인의 분양면적분의 건축비 OOO원에 대한 부가가치세 OOO원을 지급하였다고 주장하면서 증빙으로 건축 당시 OOO의 경리 및 총무업무를 담당한 직원 한OOO의 자필확인서를 제출하였다. OOO

(4) 처분청에서 제시한 과세근거는 다음과 같다. (가) 쟁점금액은 자본적 지출액으로, 소득세법 시행령제163조 제3항에 따라 자본적 지출액은소득세법제160조의2 제2항에 따른 증빙자료(적격증빙: 계산서, 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취·보관한 경우에만 필요경비로 인정된다. (나) 쟁점부동산 건축공사와 관련하여 OOO가 청구인에게 발행한 세금계산서 및 부가가치세 신고내역이 확인되지 아니한다. (다) 청구인이 제출한 쟁점계약서의 계약 당사자는 청구인과 ‘OOO’로 확인되는데, 쟁점부동산을 실제로 시공한 ‘OOO’와 작성한 계약서가 아니므로 청구주장에 대한 근거가 될 수 없다.

(5) 자본적 지출액의 필요경비 인정요건에 관한 입법 연혁을 정리하면 아래 <표2>와 같은데, 이 건 쟁점금액 지출일은 2002.11.14.(건축비), 2004.9.7.(부가가치세)로 각각 확인된다. OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점금액이 필요경비로 실제 지출되었는지를 살피건대, 쟁점판결문에서 청구인은 ‘건축비’에 갈음하여 쟁점부동산의 대지권 일부를 대물변제조로 연세가 지정하는 자에게 이전한 것으로 확인되고, 청구인이 쟁점계약서에 따라 쟁점부동산 분양면적에 상응하는 ‘부가가치세’를 부담하였다는 사실은 쟁점계약서 및 담당 직원의 자필확인서에서 나타나며, OOO는 OOO의 법률상 지위를 승계한 점에서 쟁점계약서 작성주체(OOO)와 건축공사 주체(OOO)가 다른 점을 이유로 그 법적 취급을 달리 해야 할 것이 아닌 점 등에 비추어 쟁점금액이 쟁점부동산의 재건축비용 등으로 지출된 사실은 인정된다고 판단된다. 다음으로 처분청은 설령 쟁점금액의 지출사실이 확인된다고 하더라도 소득세법 시행령제163조 제3항에 따른 적격증빙을 제시해야 하는 점에서 이를 필요경비로 인정하기 어렵다는 의견이나, 이 건 사실관계에 적용될 법규[ 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항]에 의할 경우 자본적 지출액에 관한 적격증빙이 없어도 필요경비로 산입할 수 있는 점에서 쟁점금액에 대한 적격증빙이 제출되었는지는 이 건 과세처분에서 고려해야 할 대상이 아닌 점 등에 비추어 처분청에서 청구인이 신고한 필요경비 중 쟁점금액에 대한 적격증빙이 없다는 이유로 이를 부인하여 양도소득세 등을 부과한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호와 지방세기본법제96조 제6항 에 의하여 주문과 같이 결정한다.