쟁점퇴직연금보험료가「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2002.11.29. 반도체 및 전자부품의 모듈개발 등을 주요 영업목적으로 설립되었고, 청구법인의 OOO는 2003.8.25. 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았으며, 청구법인은 2014사업연도부터 2015사업연도까지 청구법인의 OOO 연구원들에 대하여근로자퇴직급여 보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 OOO원(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다)을 지출하였다.
• 나. 청구법인은 2019.7.8. 처분청에게, 쟁점퇴직연금보험료는조세특례제한법제10조 제1항의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당함에도, 2014사업연도와 2015사업연도의 법인세 신고시 쟁점퇴직연금보험료를 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외함으로써 OOO원(이하 “쟁점법인세액”이라 한다)을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로, 쟁점법인세액을 감액(환급)하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2019.9.20. 청구법인에게 쟁점퇴직연금보험료는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다는 사유로 청구법인의 위 2014ㆍ2015사업연도 법인세 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격이 다르고, 현실적인 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니며, 실제 연구원들에게 지급되지 않았고, 해당 연구원이 퇴직 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 지급받을 것을 선택하게 되는 점에서소득세법제22조의 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없으므로,조세특례제한법상 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당한다(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결 참조).
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령별표 6의 제1호 가목 1) 괄호는소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액의 인건비가 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 아니한다고 규정하고 있고,소득세법제22조 제1항 제2호는 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득이 퇴직소득에 해당한다고 규정하고 있으므로, 쟁점퇴직연금보험료는조세특례제한법상 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 쟁점퇴직연금보험료가조세특례제한법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체,공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 [별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조 제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가)소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나)소득세법제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등

(3) 소득세법 제22조(퇴직소득) ① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.11.29. 반도체 및 전자부품의 모듈개발 등을 주요 영업목적으로 설립되었고, 청구법인의 OOO는 2003.8.25. 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았다.

(2) 청구법인은 2014사업연도부터 2015사업연도까지 청구법인의 OOO 연구원들에 대하여근로자퇴직급여 보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 쟁점퇴직연금보험료를 지출하였다.

(3) 청구법인은 2019.7.8. 처분청에게, 쟁점퇴직연금보험료는조세특례제한법제10조 제1항의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당함에도, 2014사업연도와 2015사업연도의 법인세 신고시 쟁점퇴직연금보험료를 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외함으로써 쟁점법인세액을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로, 쟁점법인세액을 감액(환급)하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

(4) 처분청은 2019.9.20. 청구법인에게 쟁점퇴직연금보험료는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다는 사유로 청구법인의 위 2014ㆍ2015사업연도 법인세 경정청구를 거부하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령별표 6의 제1호 가목 1) 괄호는 인건비 중소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액,소득세법제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 연구․인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에서 제외한다고 명확히 규정하고 있는 점,소득세법제22조 제1항 제2호는 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법령상 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하고 있어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이 있으므로 해당 과세연도의 연구․인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료가조세특례제한법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2018중4037, 2018.12.11. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.