수익사업에서 발생한 소득이 고유목적사업에 지출된 것이 확인되는 경우 실질에 부합한 법인세를 산출할 수 있도록 하는 것이 타당해 보이므로 총준비금전입액을 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
수익사업에서 발생한 소득이 고유목적사업에 지출된 것이 확인되는 경우 실질에 부합한 법인세를 산출할 수 있도록 하는 것이 타당해 보이므로 총준비금전입액을 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점준비금전입액 중 5년 이내 사용할 의무가 있는 대상은 법인세 과세대상 소득(수익사업의 소득) 중 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금 전입액에 한정되어야 한다. (가) 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리법인이 해당 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 이를 고유목적사업에 지출하지 않으면 면제받은 법인세를 부과하도록 정하고 있는데, 여기서 뜻하는 고유목적사업준비금은 법인세 과세표준 계산시 손금에 산입하여 실제로 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금이다. (나) 만약 회계상으로 계상한 고유목적사업준비금 전체에 대해 5년 이내에 고유목적사업준비금을 사용할 것으로 해석한다면, 당초 법인세가 과세되지 않는 소득에 대해서도 사용기한에 대한 의무를 부여하게 되는데 이는 법인세법 제29조 의 취지에 부합하지 않는다. (다) 법원(수원지방법원2015.6.17. 선고 2014구합50461 판결)에서도 5년 이내에 고유목적사업에 사용할 것으로 약속하여 손금산입하고 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금에 대해 그 약속을 지킬 의무가 부여되는 것이라 판시한 바 있다.
(3) 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용한 경우, 손금으로 산입되어 법인세를 면제받은 수익사업에 대한 고유목적사업준비금 전입액부터 사용한 것으로 보아야 한다. (가) 법인세법 기본통칙 113-156…3에서도 수익사업과 비수익사업을 동시에 영위하는 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 고유목적사업준비금 중 손금산입하여 법인세를 면제받은 부분부터 지출한 것으로 보도록 규정하고 있다. (나) 고유목적사업준비금의 손금산입특례 규정은 앞서 밝힌 바와 같이 비영리법인이 고유목적사업에 비용을 지출할 것을 전제로 법인세를 면제하여 면제받은 법인세마저도 비영리법인의 목적사업에 쓰도록 하는데에 그 취지가 있으므로 비영리법인이 목적사업에 사용하기 위하여 고유목적사업준비금으로 계상하였다면 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금부터 목적사업에 사용했다고 보는 것이 타당하다.
(4) 청구법인은 총준비금전입액 중 수익사업준비금전입액을 5년 내 모두 고유목적사업에 사용하였다. (가) 청구법인의 2007∼2016 사업연도의 법인세 과세표준 및 법인세액 신고서에 의하면, 비수익사업에서 발생한 소득금액에 대해서도 손금산입을 적용한 것으로 되어 있으나, 앞서 주장한 바와 같이 청구법인의 고유목적사업준비금 전입액의 사용금액은 재계산해보면 <표2>와 같이 수익사업준비금전입액을 5년 내에 고유목적사업에 모두 사용한 것을 알 수 있다. <표2> 청구법인 기준 준비금 사용시기 및 과세금액 (단위: 원) (나) 법원에서는 법인세법 제113조 구분경리 규정은 수익사업을 겸영하는 비영리법인의 정확한 과세소득을 규명하기 위한 절차법적 규정으로 법령상 근거 없이 구분경리를 한 법인과 차등을 두어서는 안되고, 경리상의 미숙을 원인으로 조세감면의 입법 취지에 반하는 과세처분은 허용될 수 없다고 판시한 바(서울고등법원 1993.3.23. 선고 92구23591 판결), 고유목적사업준비금의 사용순서에 있어 비영리법인의 회계처리 및 구분경리가 그 판단의 기준이 될 수 없다. (다) 처분청이 근거로 제시한 심판결정례는 ① 비수익사업의 자산과 관련하여 발생한 공사비를 고유목적사업의 지출로 볼 수 있는지(조심 2015서4689, 2015.12.4.), ② 쟁점비용 등이 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당되는지 아니면 개별손금에 해당되는지(국심 2005부4085, 2006.3.8.)가 쟁점사항이나, 이 건은 청구법인이 고유목적사업비로 지출한 금액에 대하여 구분경리를 하지 않아 자금원천이 불분명하므로 사용 순서를 다투는 사항이므로 이 건에 적용될 여지가 없다.
(1) 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 법인세법 제113조 규정에 의하여 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하나, 청구법인은 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 않았고, 전체 사업에서 발생한 소득에 대해 고유목적사업준비금 전액액으로 비용계상하여 법인세를 신고하였다.
(2) 청구법인은 법인세 신고시 첨부한 고유목적사업준비금 명세서상에 수익사업과 비수익사업의 구분없이 고유목적사업에 지출한 것으로 표시하였다. OOO대학교 교비회계계좌로 지출하면서도 수익사업과 비수익사업을 구분하지 않고 계좌이체하였다.
(3) 처분청은 법인세 조사 당시 비수익사업 소득에 대해서도 고유목적사업준비금을 설정한 것을 담당자의 실수로 보아 수익사업 소득에 대해서만 5년 이내에 미사용한 금액을 과세하였고, 청구법인 또한 이 같은 사실을 확인하는 확인서에 서명하였다.
(4) 법원 판례(서울고등법원 2010.4.13. 선고 2009두20528 판결)에서는 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우는 개별익금과 개별손금으로 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업으로 구분하여 경리하여야 하고, 어디서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통 손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 한다고 판시하였고, 조세심판원 선결정례에서는 구분경리하지 아니한 경우 고유목적사업준비금을 추정한 것은 정당하다고 결정(조심 2015서4689, 2015.12.4.)하거나,구분경리 하지 아니하여 지출액을 확인하기 어려운 경우 공통손금으로 보아 안분계산하라고 결정(국심 2005부4085, 2006.3.8.)한 사례가 있다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득(이하 생략) 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
1. 소득세법 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
2. 소득세법 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
⑤ 제4항 제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 ※ 법인세법 기본통칙 113-156…3
② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다.
1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제2항 후단의 금액을 포함한다)
2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액
3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)
(2) 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일(제7호 바목의 경우에는 2015년 12월 31일, 제9호의 경우에는 2017년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
(1) 청구법인의 회계처리 현황은 다음과 같다. (가) 청구법인은 수익사업과 비수익사업에 대해 구분경리를 하지 아니하였고, 전체사업에서 발생한 소득금액에 대해 ‘고유목적사업준비금 전입액’으로 비용계상하였으며, 이를 사용하는 시점에는 고유목적사업준비금 전체금액에 대해 ‘고유목적사업준비금 환입액’(수익)과 ‘고유목적사업비’(비용)를 각각 계상하였다. <표3> 청구법인의 고유목적사업준비금 회계처리 (나) 청구법인은 처분청의 세무조사당시 수익사업과 비수익사업의 각 영업손익을 구분한 ‘각 사업연도별 운영계산서’를 제출하였던 것으로 확인되고, <표4>에서 나타나는 수익사업과 비수익사업의 소득금액 구분액, 준비금 사용액에 대한 양측의 다툼은 없다. <표4> 연도별 소득금액 및 준비금 전출입 회계처리 (단위: 원)
(2) 청구법인의 2016사업연도(2016.3.1.∼2017.2.28.) 법인세 신고시 제출된 고유목적사업준비금 명세서 등에 따르면, 청구법인은 <표5>와 같이 전체 사업에서 발생한 소득금액에 대해 준비금을 비용계상하고, 2009·2010사업연도 준비금 전입액은 이를 손금산입한 후 5년이 경과한 시점인 2016사업연도에 사용한 것으로 기재되어 있다. <표5> 고유목적사업준비금 명세서 내용 (단위: 원)
(3) 양측 주장에 따른 준비금전입액 사용시기는 다음과 같다. (가) 처분청은 <표6>과 같이 비수익사업에서 발생한 소득에 대한 준비금설정액도 포함하여 계산하여야 하고, 이 경우 2009·2010사업연도 준비금 전입액은 5년 이내 사용하지 아니하였다는 의견이다. 다만 2014·2015사업연도에 고유목적사업에 미사용함으로써 익금산입되는 금액은 수익사업준비금전입액만을 대상으로 하였다OOO <표6> 처분청 기준 준비금 사용시기 (단위: 원) (나) 청구법인은 고유목적사업준비금 규정 적용대상과 5년 이내에 사용할 의무가 있는 대상은 수익사업의 소득에 대한 고유목적사업준비금 전입액에 한정하여 적용되어야 하므로 이를 먼저 사용한 것으로 보아 사용액을 계산하면 <표7>과 같이 2009·2010사업연도 준비금 설정액은 모두 사용하였다는 주장이다(2016사업연도 고유목적사업에 사용한 OOO제외한 나머지 사용액은 비수익사업의 소득금액을 재원으로 사용함). <표7> 청구법인 기준 준비금 사용시기 (단위: 원)
(4) 세무조사 당시 청구법인이 확인한 확인서에는 “청구법인은 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 2010년 2월 및 2011년 2월 귀속 회계연도에 고유목적사업준비금을 각 OOO설정하였으나, 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날인 2015년 2월 및 2016년 2월까지 사용하지 아니하고 2017년 2월까지 사용하였음을 확인한다”는 내용이 기재되어 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 수익사업과 비수익사업에 대해 구분경리를 하지 아니하고, 전체 사업에서 발생한 소득에 대해 준비금을 설정하고, 이를 고유목적사업에 지출한 것으로 고유목적사업준비금 명세서를 작성하였으므로 고유목적지출액은 수익사업과 비수익사업에서 모두 지출된 것으로 보아 사용액을 계산하여야 한다는 의견이나, 법인세법 제29조 및 조세특례제한법 제74조 에 의하면, 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위해 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있는바, 비수익사업은 당초부터 법인세 과세소득의 범위에서 제외되는 것으로 청구법인이 비수익사업의 소득에 대해 고유목적사업준비금을 비용계상하였다고 하더라도 이는 과세소득에 영향이 없는 내부적인 회계처리에 불과해 보이는 점, 비수익사업의 소득에 대한 준비금전입액은 법인세법 제29조 에 따른 고유목적사업준비금에 해당하지 아니하여 손금에 산입하여 법인세를 면제받은 바도 없으므로 5년 내 고유목적사업에 사용할 의무가 부여되지 아니하는 점, 이와 같은 사용의무가 없음에도 이를 사용한 것으로 보아 고유목적사업준비금 사용액에서 차감하여 과세소득에 영향을 주는 것은 고유목적사업준비금 손금산입특례의 취지에도 부합하지 않아 보이는 점, 청구법인은 당초 수익사업과 비수익사업의 대한 구분경리를 하지 아니하고, 수익사업과 비수익사업의 구분 없이 고유목적사업에 지출한 것으로 준비금명세서를 작성하였으나, 세무조사 과정에서 수익사업과 비수익사업의 소득을 구분하였고, 처분청도 해당 소득구분액에 대해 다툼이 없는바, 수익사업에서 발생한 소득이 고유목적사업에 지출된 것이 확인되는 경우 실질에 부합한 법인세를 산출할 수 있도록 하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 총준비금전입액을 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.