(1) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. (2) 법인세법 제19조【손금의 범위】② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 나타나는 청구법인의 대표이사 변동 사항은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인 대표이사 변동 내역 OOO (나) AAA 및 BBB 명의의 쟁점차명계좌에 입금된 OOO원(청구법인 OOO원 + 주-AAA OOO원)이 정리된 엑셀자료 및 쟁점차명계좌와 관련한 다음의 자료를 제출하였다. 1) ‘AAA 계좌(차명계좌①) 입출금 총괄표’(아래 <표4> 참조), AAA 명의의 차명계좌①의 ‘사용내역서’(아래 <표5> 참조), ‘AAA 계좌출금에 대한 소명서’(아래 <표6> 참조)를 제출하였다. <표4> AAA 계좌(차명계좌①) 입출금 총괄표 (단위: 원) OOO 2015.5.13. 통장잔액 OOO원을 퇴직금으로 AAA이 찾아갔다는 주장임. <표5> AAA 명의의 차명계좌①의 사용내역서 (단위: 원) OOO ‘거래기록사항’ 란까지는 통장에 기재된 내용이고, 비고 란은 청구법인이 청구법인의 장부 등을 통하여 소명한 내용을 기재한 것임. <표6> AAA 계좌출금에 대한 소명서 (단위: 원) OOO 가) 청구법인은 위 <표5>의 ‘순번 23, 24’의 기술인 회비 각 OOO원씩이 AAA 명의의 차명계좌①에서 지급되었다고 주장하며 그 증빙으로 지출결의서, 차명계좌①의 이체처리결과조회 및 OOO 발행 영수증 등을 제출하였는데, 차명계좌①에서 청구법인 및 주-AAA의 OOO 연회비로 각각 OOO원씩 2회 이체된 사실이 나타난다. 나) 청구법인은 위 <표5>의 ‘순번 31, 41, 50, 56, 68, 111, 143, 151, 207, 248’에서 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)의 건설협회 회비, 수협이자, 국세, 임대료 등의 납부를 위하여 AAA 명의의 차명계좌①에서 주-BBB으로 관련 금액을 송금하였다고 주장하며 그 증빙으로 지출결의서, 건설협회 발행 영수증, 주-BBB 명의 OOO계좌 등을 제출하였다. 다) 청구법인은 위 <표5>의 ‘순번 58’에서 청구법인의 본사 사무실 보증금을 AAA 명의의 차명계좌①에서 납부하였다고 주장하며 그 증빙으로 2014.2.19. 지출결의서, 부동산 임대차 계약서 등을 제출하였다. 2) ‘BBB 계좌(차명계좌②) 입출금 총괄표’(아래 <표7> 참조), BBB 명의의 차명계좌②의 ‘입출금거래내역’(아래 <표8> 참조), ‘BBB 계좌출금에 대한 소명서’(아래 <표9> 참조)를 제출하였다. <표7> BBB 계좌(차명계좌②) 입출금 총괄표 (단위: 원) OOO <표8> BBB 명의의 차명계좌②의 입출금거래내역 (단위: 원) OOO ‘거래기록사항’ 란까지는 통장에 기재된 내용이고, 비고 란은 청구법인이 청구법인의 장부 등을 통하여 소명한 내용을 기재한 것임. <표9> BBB 계좌출금에 대한 소명서 (단위: 원) OOO 가) 청구법인은 위 <표8>의 ‘순번 64’의 AAA 퇴직금 OOO원이 BBB 명의의 차명계좌②에서 지급되었다고 주장하며 그 증빙으로 차명계좌②의 ‘이체처리결과조회(OOO 발행)’를 제출하였다. 나) 청구법인은 위 <표8>의 ‘순번 38, 65, 66, 67, 94, 95’의 EEE 명의의 대출금 이자가 BBB 명의의 차명계좌②에서 지급되었다고 주장하며 그 증빙으로 ‘대출금 거래내역 조회(OOO 발행)’를 제출하였다. (다) 청구법인 및 주-AAA의 계정별 원장(가지급금, 가수금, 관계회사대여금, 주주·임원·종업원 단기대여금 등)을 제출하였다. (라) 청구법인은 DDD가 2014〜2017사업연도 중 청구법인의 사외이사로 매일 출근하여 입찰업무를 보았으나 개인사정으로 주-AAA 및 청구법인의 직원으로 등재하지 못하여 급여를 법인명의 계좌에서 지급하지 못하고 대표이사 CCC가 AAA 명의의 계좌로 입금하여 지급하거나 EEE의 계좌에서 지급하였다는 주장(아래 <표10> 참조)이다. <표10> DDD 급여지급 내역 (단위: 원) OOO (마) OOO이 2014.12.18. 발행한 ‘입금증’에는 CCC(대리인: EEE)가 OOO원을 DDD의 OOO 계좌로 송금한 사실이 나타나고, DDD는 2020.9.25. ‘아래 <표11>과 같은 입찰에 대한 격려금으로 위 금액을 수령하였음’을 확인하는 확인서를 제출하였다. <표11> 입찰 내역 (단위: 원) OOO (바) 위 <표9>의 ‘BBB 계좌출금에 대한 소명서’에는 2015.7.24. AAA 퇴직금 OOO원, 2015.8.18. AAA 퇴직금 OOO원, 2016.1.22. AAA 지급 OOO원을 지급한 것으로 기재되어 있고, CCC가 2016.5.10. FFF 명의의 OOO계좌로 OOO원을, 2016.5.17. AAA 명의의 OOO 계좌로 OOO원을 송금한 ‘송금증 사본’을 제출하였다. (2) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 ‘청구법인의 급여 과다지급 내역’을 아래 <표12>와 같이 확인하였고, 관련 증빙으로 ‘건설기술자 급여 미지급비용 내역’ 등을 제출하였다. <표12> 급여 과다지급 내역 (단위: 원) OOO (나) 처분청은 ‘현장관리인들의 급여명목으로 거래처로부터 수령한 금액’을 아래 <표13>과 같이 확인하였고, 관련 증빙으로 ‘현장별 현장관리인 미지급비용 내역 등’을 제출하였다. <표13> 급여명목으로 거래처로부터 수령한 금액 (단위: 원) OOO 처분청은 위 <표12>와 <표13>의 ‘차이(상여)’ 합계액을 청구법인의 실질 대표자인 CCC에게 상여로 소득처분함. (다) 처분청은 쟁점차명계좌에서 출금된 금액 중 사용처가 분명한 것은 그대로 손금으로 인정해 주고, 현금출금으로 사용처가 불분명한 것은 청구법인이 지출결의서, 입금증 등으로 업무관련 경비임을 소명한 자료에 대하여 아래 <표14>와 같이 손금으로 인정하였는데, 그 외 금액은 청구법인이 AAA 계좌등 사용처 내역서, 입출금 총괄표 등을 제출하였으나, 그 증빙자료가 어떻게 구체적으로 업무관련성이 있고, 비용으로 지출되었는지를 증명하지 못하고 있으므로 부외경비로 인정하기 어렵다는 의견이다. <표14> 부외 인건비 등 내역 (단위: 천원) OOO (라) 처분청이 2019.11.27. 작성한 확인서에 따른 2014〜2018사업연도 청구법인의 ‘대표이사 변동 내역’은 아래 <표15>와 같다. <표15> 대표이사 변동 내역 OOO (마) 처분청이 제출한 청구법인의 지출결의서(2017.8.7.3, 2017.8.31., 2017.9.25., 2017.12.11.), 품의서(2017.12.29.) 등에 기재된 최종결재자는 CCC로 그 직함은 회장으로 표기되어 있다. (바) 처분청의 이의신청 결정서에 나타나는 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인의 전 대표자 AAA이 2015.4.30. 퇴사하여 2015.5.31. 퇴직금 OOO원이 지급된 것으로 신고된 사실이 나타난다. 2) AAA이 대표이사 퇴사와 관련하여 청구법인에게 아래와 같이 퇴직금정산 및 대표이사 변동을 요청하는 내용증명을 2회에 걸쳐 송달한 사실이 나타난다. OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 손금으로 인정한 것 외의 금액 역시 사용처가 명확히 확인된다고 주장하며 쟁점차명계좌의 ‘입출금 총괄표’ 및 ‘사용내역서’, ‘계좌출금에 대한 소명서’, 관련 증빙 등을 제출하였는데, 해당 자료에 출금액의 사용처가 기재되어 있고 그 기재한 내용에 부합하는 증빙자료가 제출된 점, 제출된 자료 중 청구법인의 손금에 산입할 수 있는 부분(2014.1.22. OOO 회비, 2014.2.19. 사무실 임대료 등), 청구법인의 사업과 관련은 없어 보이나 그 귀속이 분명히 드러나 대표자 상여처분에서 제외하는 것이 타당해 보이는 부분(주식회사 BBB에 지급한 부분 등)이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 제출한 자료에 신빙성이 있는 것으로 판단된다. 따라서 청구법인에서 소명하는 사용처 및 금액이 실제 지출되었는지 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 DDD에게 공사수주에 대한 격려금 명목으로 OOO원을, 전 대표이사인 AAA에게는 경영권 이양 대가 및 퇴직금 명목으로 OOO원을 부외 지급하였으므로 청구법인의 사업과 관련하여 지급된 각각의 금액은 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자측이 그 누락사실을 주장·증명하여야 하는 것(대법원 2003.11.27. 선고 2002두2673 판결)으로, 청구법인이 제출한 DDD의 확인서에 기재된 입찰공사와 관련하여 DDD가 어떤 업무를 하였고 어떤 공로가 있어 쟁점①금액이 격려금 명목으로 지급된 것이라는 객관적 자료를 제출하지 아니하여 쟁점①금액이 사업과 관련되었음이 입증되지 아니하는 점, 청구법인이 AAA의 퇴직금 및 경영 이양 대가로 쟁점②금액을 지급한 것이라는 청구주장을 입증할 구체적 자료를 제출하지 못하는 반면, 처분청은 청구법인이 2015.4.30. 퇴사한 AAA에게 2015.5.31. 퇴직금으로 OOO원을 이미 지급하였음을 확인하였던 점 등에 비추어 쟁점①·②금액이 청구법인의 사업과 관련하여 지급되었다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.