청구법인이 쟁점특허권을 발명하여 실제 그 권리를 소유하고 있다고 볼만한 사정도 없는 점, 이와 같은 이유로 법원은 쟁점대가를 AAA이 횡령하였다고 판단한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점대가를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
청구법인이 쟁점특허권을 발명하여 실제 그 권리를 소유하고 있다고 볼만한 사정도 없는 점, 이와 같은 이유로 법원은 쟁점대가를 AAA이 횡령하였다고 판단한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점대가를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 이미 1차 세무조사를 통해 모두 소명한바 있는 쟁점대가와 관련하여 재차 2차 세무조사를 실시한 후 과세하였는바, 이 건 과세처분은 금지된 재조사에 의한 것이므로 취소되어야 한다. (가) BBB의 배우자이자 청구법인의 최대주주인 DDD는 2015.5.14. 임시주주총회를 개최하여 BBB를 대표이사에서 해임한 후 2015년 하반기에 BBB를 횡령 등의 혐의로 검찰에 고발하였고, 2016.4.22. 이를 취하하였으나 검찰은 2017년 BBB를 횡령 등의 혐의로 기소하였다. 한편, OOO청장은 BBB에 대한 검찰고발이 있은 이후인 2016.5.18.부터 2016.8.30.까지 청구법인에 대한 1차 세무조사를 실시하였고, OOO과 OOO이 BBB에 대하여 유죄판결을 선고한 것은 각각 2018.4.13., 2018.10.19.이다. (나) 1차 세무조사 당시 OOO청장은 청구법인에게 쟁점대가의 지급근거와 주주총회 의사록에 대한 자료제출을 명시적으로 요구하였고, 관련 서류를 모두 검토한 후 청구법인이 과소신고한 법인세 등은 없다고 보아 무실적으로 세무조사를 종결하였다. (다) 2015.5.14.자 청구법인의 임시주주총회 의사록에는 “BBB와 EEE가 그 직무에 관하여 부정행위가 있으므로 해임한다.”고 기재되어 있는바, OOO청장은 1차 세무조사 당시 이미 BBB가 청구법인의 대표이사에서 해임된 이유를 알 수 있었음에도 쟁점대가가 정당하게 지급된 것으로 판단하여 별다른 세무조정을 하지 않았다. (라) 대법원은 중복조사의 예외사유에 해당하는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 의미하고 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 설시하고 있다(대법원 2017.11.23. 선고 2017두56865 판결, 대법원 2017.12.27. 선고 2017두64309 판결 참조). (마) 1차 세무조사 당시 쟁점대가에 대한 조사가 이루어졌음을 OOO청장의 자료제출요청 공문을 통해 명백히 확인할 수 있고, 청구법인이 1차 세무조사 과정에서 소명자료의 허위작성이나 사실관계 자료의 은폐 등 부정행위를 통해 OOO청장이 잘못된 판단을 내리도록 한 사실도 없는바, 처분청이 2차 세무조사를 통해 쟁점대가를 손금불산입하여 과세한 처분은 중복조사에 의한 것이므로 취소되어야 한다.
(2) 청구법인은 AAA 주식회사에 하수처리설비를 납품하기 위해 BBB로부터 사업의 영업권을 양수하는 한편 그에 부수되는 특허권을 사용하기 위해 쟁점대가를 지급하였으므로 쟁점대가를 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 과세한 처분은 위법하다. (가) 청구법인은 2010.10.25. BBB와 체결한 계약에 따라 BBB로부터 OOO 하수처리수 공업용수 재이용 민간사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 관한 실시권 내지 영업권을 양수하는 한편, BBB가 개발한 실용신안 등록번호 제OOO호, 특허 등록번호 제OOO호, 특허 등록번호 제OOO호(이하 실용신안 1건과 특허 2건을 합하여 “쟁점특허권”이라 한다)를 쟁점사업에 활용하기 위해 계약기간동안 사용하는 대가로 쟁점대가를 지급하였다.
1. BBB는 환경공학박사로서 OOO교수로 재직하던 중 2000년 6월 교수창업 아이템 발굴 로드쇼를 통해 하ㆍ폐수 재이용기술 전문기업인 주식회사 BBB를 창업한바 있고, 하ㆍ폐수 재이용기술 관련으로 십여 건의 국내외 특허를 출원한바 있는 환경공학 수질분야의 전문가이다.
2. BBB는 2008.8.6. OOO, 주식회사 CCC와 쟁점사업에 관한 양해각서를 체결하여 BBB는 쟁점사업에 관한 최초 제안자의 권리를 가지고 OOO가 투자할 금액을 투자하는 대신 무상사용 기간 동안 사용료를 받으며 OOO의 하수처리수의 공급자로서 재이용시설을 설치ㆍ운영하기로 한바, 개인인 BBB가 민자사업인 쟁점사업의 주체가 될 수 없어 부득이하게 설립되지 않은 가상의 법인인 주식회사 DDD(이하 “주-DDD”라 한다)의 대표 자격으로 위 양해각서를 체결하였고, BBB와 AAA 주식회사 간 2009년 6월 체결된 협약서에 따라 AAA 주식회사가 주-DDD를 설립하고 쟁점사업을 진행하는 대신 BBB는 쟁점사업의 전체 설비 중 전처리설비 및 후처리설비에 대한 공급권을 가지며 공급회사는 주식회사 EEE(이하 “주-EEE”라 한다)로 하기로 하였다.
3. 한편, BBB는 주-EEE를 통해 AAA 주식회사에 하수처리설비를 공급하기 위해 본인이 개발한 쟁점특허권 중 실용신안 등록번호 제OOO호, 특허 등록번호 제OOO호를 2009년 5월 주-EEE의 명의로 등록하였다.
4. 그러나 주-EEE를 통한 사업추진이 원활하지 않자 BBB는 2009.10.30. 청구법인을 설립한 후 청구법인을 통해 AAA 주식회사에 하수처리설비를 공급하기로 하고, 2009.11.25. 주-EEE의 명의로 등록된 실용신안 등록번호 제OOO호, 특허 등록번호 제OOO호의 명의를 청구법인으로 변경하는 한편, 2010.6.3. 본인이 개발한 특허 등록번호 제OOO호를 청구법인의 명의로 등록하였다. 이와 같이 BBB가 본인이 개발한 쟁점특허권을 주-EEE의 명의로 하였다가 다시 청구법인의 명의로 등록한 이유는 청구법인이 AAA 주식회사에 하수처리설비를 공급할 수 있는 형식상 자격을 갖출 수 있도록 하기 위함이었다.
5. 이어 청구법인과 BBB는 2010.10.25. 기술이전 및 영업권 이전계약을 체결하여 BBB가 개발한 쟁점특허권을 계약기간 동안 청구법인의 명의로 이전한 후 청구법인이 사용하고, BBB가 보유한 쟁점사업의 실시권 내지 영업권을 청구법인이 양수하며 쟁점대가는 쟁점사업에 관한 잔금입금이 완료된 후 2주 이내에 청구법인이 BBB에게 지급하기로 하였다.
6. 청구법인은 2012.9.1. AAA 주식회사와 쟁점사업 관련 자재납품계약을 체결하였고(총 공급대가 OOO원), 쟁점사업이 2014.8.28. 완료되자, 2014.12.31. AAA 주식회사로부터 잔금 OOO원이 입금되었으며 청구법인은 같은 날 쟁점대가를 지급수수료로 계상하고, 반대 계정으로 가지급금 OOO원을 차감, 미지급금 OOO원을 증가하는 회계처리를 하였으며, 기타소득 원천징수세액 OOO원을 제외한 OOO원을 2015.2.23.부터 2015.2.27.까지 BBB의 계좌로 이체하였다. (나) 쟁점대가는 쟁점사업에 관한 실시권 내지 영업권 양도에 대한 대가로서 여과설비장치 공급에 부수되는 쟁점특허권 사용료가 포함된 것일 뿐 쟁점특허권의 양도대가가 아니다.
1. 청구법인과 BBB가 2010.10.25. 체결한 기술이전 및 영업권 이전계약서의 주요 내용을 정리하면 다음과 같다.
2. 즉, 위 계약서에 의하면, 청구법인은 계약기간인 쟁점사업 종료시까지만 독점적으로 쟁점특허권에 대한 실시권을 갖고, 계약기간이 종료하면 다시 쟁점특허권을 BBB에게 무상양도하여야 한다고 명시되어 있는바, 쟁점대가는 쟁점특허권의 양도대가가 아니다.
3. 그럼에도 불구하고 처분청은 “2010.10.25. 계약 체결 당시 청구법인이 쟁점특허권을 소유하고 있었음에도 불구하고 정당한 사유없이 쟁점특허권 양도대가를 BBB에게 지급하였다.”는 의견인바, 이는 쟁점대가를 쟁점특허권의 양도대가로 오인한 것이다. (다) 처분청은 2010.10.25. 계약 당시 쟁점사업에 관한 매출액을 알 수 없어 쟁점대가를 산출할 수 없었음에도 매출액의 일정비율을 쟁점대가로 산정하였다는 청구법인의 주장이 타당하지 않다는 의견이나, 2010.10.25.로부터 1년 4개월 전인 2009년 6월 이미 BBB와 AAA 주식회사 간 쟁점사업에 관한 협약서를 체결하였는바, 이미 쟁점사업과 관련하여 AAA 주식회사에 납품할 설비의 매출액(공급대가 기준 OOO원)을 어느 정도 예상하고 있었다. (라) 법원은 BBB가 2014년 말부터 청구법인의 대주주인 배우자 DDD와의 불화로 청구법인의 경영권을 상실할 위험에 있자, 쟁점대가를 인출하여 결과적으로 청구법인의 자금을 횡령한 것이라고 보았으나, 앞서 설명한 BBB의 경력과 전문성, 쟁점대가를 지급하기까지의 과정을 종합하여 볼 때, 법원은 쟁점대가 지급의 사실관계를 오인하였다.
1. BBB의 배우자 DDD는 OOO에서 초등학교 교사로 근무하였고, BBB는 2011년경부터 당시 청구법인의 본사가 있었던 OOO에서 생활하였는바, BBB은 청구법인의 이사이자 회계담당 여직원이었던 EEE과 부적절한 관계를 맺었고, 2014년 10월 BBB가 위암진단을 받아 OOO 병원에 입원하여 DDD가 BBB를 간호하던 중 BBB와 EEE 간의 관계를 눈치챘으며 둘 사이에 자식이 있는 것으로 오해를 하였다. 이에 DDD는 청구법인의 자금이 BBB를 거쳐 EEE에게 흘러가는 것을 방지하고자 BBB를 청구법인의 대표이사에서 해임한 후 청구법인의 지출액 중 사업용 지출로 확인되는 것 이외의 모든 지출액을 BBB와 EEE가 횡령한 것으로 보아 BBB와 EEE를 검찰에 고발하였다.
2. BBB는 위암수술 후유증으로 체중이 30㎏ 이상 감소하는 등 건강이 급격히 악화되어 변호인과의 소통이 원활하지 못하였고, 고발인인 DDD는 청구법인의 최대주주(지분의 90.01% 소유)로서 법원은 DDD가 청구법인의 내부사정을 잘 안다고 보아 DDD의 주장을 신뢰한 반면, BBB의 항변은 변명으로 보아 받아들이지 않았다.
3. 청구법인은 2010.10.25. BBB와 체결한 계약에 따라 쟁점대가를 정상적으로 지급하였음에도 불구하고 BBB의 위암 수술과 입원, 분노한 배우자의 과장된 주장에 의한 고발 등이 발생함에 따라 마치 쟁점대가의 지급이 청구법인의 자금을 빼돌리기 위한 수단으로 오인될 수 있는 환경이 조성되었으며 이러한 환경이 법원의 판결에 영향을 미쳤다.
4. 법원은 쟁점특허권이 2010.10.25. 당시 이미 청구법인의 명의로 되어 있었고, 쟁점사업이 종료된 후 쟁점특허권의 명의를 다시 BBB로 이전하였다는 것을 근거로 쟁점대가의 지급이 청구법인 자금을 횡령한 것으로 보았으나, 쟁점특허권의 명의가 청구법인 앞으로 되어 있는 것은 청구법인에 쟁점사업의 실시권 내지 영업권을 양도하기 위한 사전행위에 불과하다. 또한 쟁점특허권의 출원을 주-EEE 내지 청구법인 명의로 한 것은 사업편의상 정밀여과장치 관련 실용신안 및 특허를 그 사업을 수행하는 법인의 명의로 등록한 것일 뿐 그 소유권은 BBB가 실질적으로 보유하고 있었다.
5. 또한 법원은 사실상 BBB가 청구법인을 실질적으로 소유·지배하고 있는 상황에서 2010.10.25. 계약 당시 형식상 청구법인의 대표자에 불과한 AAA가 BBB와 쟁점대가 지급에 관하여 합의할 필요성이 있다고 보기 어렵다고 하였으나, 해당 계약은 BBB가 가지고 있는 쟁점사업에 관한 실시권 내지 영업권을 청구법인에 양도할 목적으로 체결한 것이고, BBB와 청구법인은 별개의 인격체이므로 해당 계약은 청구법인이 AAA 주식회사에 하수처리설비를 납품하기 위해 필수적인 계약이다.
6. 일반적으로 횡령은 단기간에 은밀하게 이루어지는 반면, 쟁점대가는 수년에 걸쳐 작성된 양해각서, 업무추진 협약서, 이전계약서에 따라 지급된 것이고, 특히 쟁점대가는 청구법인 명의의 계좌에서 BBB 명의의 계좌로 직접 이체되었으며 이에 따른 기타소득 원천징수·납부까지 모두 이행한 점을 고려할 때 쟁점대가의 지급을 청구법인 자금의 횡령으로 보는 것은 너무나도 이례적이다. (마) 청구법인은 BBB가 개인의 노력으로 획득한 쟁점사업의 실시권 내지 영업권과 그에 부수되는 쟁점특허권의 사용에 따른 대가로 쟁점대가를 BBB에게 지급한 것이므로 이를 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 과세한 처분은 위법하다.
(1) 처분청은 1차 세무조사 종결시까지 존재하지 않았던 OOO 판결문(2018.4.13. 선고), OOO 판결문(2018.10.19. 선고)을 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 보아 2차 세무조사를 실시한 것이므로 2차 세무조사를 금지되는 재조사로 볼 수 없다. 비록 1차 세무조사 착수 전인 2015년 경 BBB에 대한 고발이 이루어진 것으로 보이나, 1차 세무조사 당시 OOO청장이 청구법인의 전 대표이사인 BBB에 대한 고발사건 자료를 요청하거나 이를 검토한 사실은 확인되지 않는다. 또한 청구법인이 주요 근거로 제시하는 2015.5.14.자 임시주주총회 의사록에는 “사내이사 및 대표이사에게 여러 차례에 걸쳐 이익배당과 회계자료를 요청한바가 있으나 전혀 응하지 아니하였고, 이에 BBB가 그 직무에 관하여 부정행위가 있으므로 부득이 해임”한다고 기재되어 있을 뿐이므로 해당 자료만으로 OOO청장이 1차 세무조사 당시 BBB의 횡령사실을 알았다는 청구주장을 인정할 수 없다.
(2) 법원은 2010.10.25. 청구법인과 BBB 간 쟁점대가 지급에 관한 합의가 있었다고 보기 어렵고, BBB는 청구법인의 경영권 상실에 대비하여 청구법인의 자금을 횡령할 목적으로 청구법인으로부터 쟁점대가를 지급받았다고 보아 BBB의 업무상 배임 및 횡령혐의에 대한 유죄판결을 하였고, 청구법인은 2010.10.25.자 계약서만을 근거로 쟁점대가 지급에 대한 정당성을 주장할 뿐 그 외 입증할만한 증빙서류를 제출하고 있지 못하므로 쟁점대가를 2014사업연도 손금으로 볼 수 없다. (가) 청구법인과 BBB가 2010.10.25. 체결한 계약서를 보면, 청구법인이 쟁점특허권과 쟁점사업의 실시권 내지 영업권을 양수하는 대가로 BBB에게 쟁점대가를 지급하는 것으로 되어 있고, 쟁점대가 중 쟁점특허권에 대한 대가와 쟁점사업의 실시권 내지 영업권의 대가가 각각 얼마인지 구분되거나 그 산정근거가 명시되어 있지 않다. (나) BBB는 청구법인의 대주주인 배우자 DDD와의 불화로 2015년 5월 청구법인의 대표이사에서 해임되었고, 업무상 배임 및 횡령혐의로 고발된 후 기소되었으며 OOO과 OOO은 BBB에 대하여 2018.4.13., 2018.10.19. 각각 유죄판결하였고, 해당 판결은 확정되었는바, 해당 판결문과 검찰의 신문조서를 통해 확인되는 인정사실은 다음과 같다.
1. 쟁점법인의 전 대표이사인 BBB는 2014년 말부터 청구법인의 대주주인 배우자 DDD와의 불화로 청구법인의 경영권을 상실할 위험이 있자 청구법인의 자금을 횡령할 목적으로 2014.12.31. 청구법인에 수수료비용 OOO원(쟁점대가)를 계상하고, 2015.2.23.부터 2015.2.27.까지 원천징수세액을 제외한 청구법인의 자금을 BBB의 개인계좌로 이체하였고, 동 이체금액의 일부를 BBB의 다른 법인인 주식회사 FFF의 운영자금으로 대여하였다.
2. 청구법인이 2014.12.31. BBB로부터 쟁점특허권을 양수하였다는 거래처원장의 기재와 달리 쟁점특허권은 2010년 6월 이미 청구법인의 명의로 출원·등록되어 있었으며 나아가 청구법인의 주요자산인 쟁점특허권을 임의로 다시 BBB의 명의로 이전등록까지 하였다.
3. BBB는 쟁점대가를 청구법인과의 합의에 따라 “기술 및 영업권 이용에 따른 대가”로 지급받은 것이라고 주장하나, BBB가 제출한 청구법인의 회계장부 기재와도 일치하지 않을 뿐 아니라, 쟁점대가를 지급하기로 하는 합의가 있었다고 보기도 어렵다.
4. BBB는 검찰조사과정에서 “고발인과의 분쟁 등으로 청구법인의 운영이 어려워지자 청구법인의 자금을 기술료 형식으로 이체시킨 다음 이체받은 돈으로 OOO에 청구법인 명의로 구입한 토지를 다시 BBB 앞으로 매수하고 주식회사 FFF라는 청구법인과 유사한 회사를 세워 운영하려고 한 것은 아니냐?”라는 검사의 질문에 “맞다.”고 대답하였다.
5. BBB가 임의로 기술 및 영업권 이용료 명목으로 OOO원을 청구법인으로부터 이체받은 것은 청구법인의 재물을 횡령한 것이고 당시 BBB에게 불법영득 의사도 있었다. (다) 형사판결의 인정사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 않은 한 유력한 자료가 되어 이를 배척할 수 없는 것이고(대법원 1984.5.1. 선고 84누411 판결, 대법원 1999.11.26. 선고 98두10424 판결 참조), 이를 배척할만한 특별한 사정에 대하여는 청구법인에 입증책임이 있으나(서울고등법원 2016.8.24. 선고 2015누68705 판결 참조), 청구법인은 아무런 근거 없이 쟁점특허권이 BBB의 소유라고 주장하는 등 법원의 인정사실과 모순되는 주장만 되풀이하고, 이를 입증할만한 증거서류를 제출하고 있지 않다.
1. 쟁점특허권 중 실용신안 등록번호 제OOO호, 특허 등록번호 제OOO호의 경우 그 출원인은 주-EEE로 2010.10.25. 청구법인과 BBB의 계약 이전 이미 그 명의가 주-EEE에서 청구법인으로 이전되었고, 특허 등록번호 제OOO호의 경우 출원인이 청구법인으로 되어있고, BBB이 쟁점특허권에 대하여 권리를 보유하고 있었다는 어떠한 증명서류도 제출된바 없다. <표1> 쟁점특허권의 출원인과 2010.10.25. 당시 권리인 OOO
2. 청구법인은 BBB가 2008.8.6. OOO, 주식회사 CCC와 체결한 양해각서에 따라 쟁점사업의 실시권 내지 영업권을 소유하게 되었고, 이를 청구법인에 양도한 것이라고 주장하나, 해당 양해각서의 당사자는 BBB 개인이 아니라 주-DDD이므로 해당 권리를 BBB 개인이 소유한 권리라고 볼 수 없다. (라) BBB는 검찰조사과정에서 쟁점대가를 매출액의 12% 내지 13%로 산정하여 계약한 것으로 진술하였는바, 쟁점사업은 2012년 하반기부터 2014년 말까지 진행되었고, 청구법인과 BBB는 2010.10.25. 계약을 체결하였으므로 BBB의 진술에 의하면, 청구법인과 BBB는 계약당시 어느 정도의 매출액과 영업이익이 발생할지 전혀 알 수 없는 상태에서 매출액의 일정비율로 쟁점대가를 산정하였다는 것이므로 청구법인과 BBB 간 2010.10.25.자 계약서의 실제 작성시기와 진위여부에 관하여도 의심스러우며 법원도 2010.10.25. 당시 BBB와 청구법인 간 쟁점대가 지급에 관한 합의가 있었다고 보기 어렵다고 보았다.
① 이 건 과세처분이 중복세무조사에 근거하여 위법한 처분에 해당하는지 여부
② 쟁점대가를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분의 당부
(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제50조【업무와 관련이 없는 지출】① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.
2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금
3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용
형법 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액
5. 노동조합 및 노동관계조정법 제24조 제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여
(3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(1) 쟁점특허권에 대한 공고전문과 등록원부에 의하면, 쟁점특허권의 발명자와 권리변동상황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점특허권의 발명자와 권리변동상황 OOO
(2) 청구법인은 쟁점특허권의 실제 발명자가 BBB라는 근거로 아래 <표3>과 같은 특허권 출원현황을 제출하였다. <표3> 쟁점특허권과 관련한 특허 출원현황 OOO
(3) 청구법인과 처분청이 제출한 2008.8.6.자 양해각서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(4) 청구법인이 제출한 2009년 6월 협약서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(5) 청구법인과 처분청이 제출한 청구법인과 BBB 간 2010.10.25. 기술이전 및 영업권 이전계약서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(6) 청구법인이 제출한 청구법인과 AAA 주식회사 간 2012.9.1.자, 2014.7.31.자, 2014.8.29.자 자재납품 계약서에 의하면, 청구법인은 2012.9.1. AAA 주식회사와 2012.9.1.부터 2014.7.31.까지 쟁점사업과 관련하여 전처리설비 및 역삼투설비를 제작한 후 AAA 주식회사에 납품하고 AAA 주식회사는 그 대가로 OOO원을 지급하기로 하였고, 2014.7.31. 계약만료일을 2014.8.31.로 변경하였으며, 2014.8.29. 계약만료일을 2014.12.31.로, 계약금액을 OOO원으로 변경한 것으로 나타난다.
(7) 청구법인이 제출한 청구법인의 2012～2014사업연도 손익계산서의 주요 내용은 아래 <표4>와 같고, 청구법인의 제조원가명세서에 의하면, 쟁점대가는 2014사업연도 매출원가에 반영된 것으로 나타난다. <표4> 청구법인의 손익계산서 요약 (단위: 원) OOO
(8) 처분청이 제출한 청구법인의 계정별 원장에 의하면, 청구법인은 쟁점대가에 대하여 아래 <표5>와 같이 회계처리한 것으로 나타난다. <표5> 청구법인의 쟁점대가에 대한 회계처리 내역 OOO
(9) 청구법인이 제출한 2015.5.14.자 청구법인 임시주주총회 의사록의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(10) 청구법인과 처분청이 제출한 OOO 판결문(2018.4.13. 선고), OOO 판결문(2018.10.19. 선고)의 주요 내용은 다음과 같다. OOO
(11) 청구법인 대표이사 DDD는 남편 BBB에 대한 오해로 BBB를 고발하였고 이를 취하하였는바, 이후 이루어진 검찰의 수사 과정에서 위암에 투병 중인 BBB가 이에 성실히 임하지 아니하여 횡령죄에 대한 유죄판결로 이어졌다고 진술하였다.
(12) 처분청이 제출한 2차 세무조사 관련 조사대상 선정 검토표와 조사종결보고서에 의하면, OOO청장은 BBB의 횡령혐의에 대한 형사판결서(OOO)를 근거로 청구법인에 대하여 국세기본법제81조의4 제2항 제1호 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 따른 재조사를 실시하기로 하고 해당 세무조사를 처분청에 위임한 것으로 나타난다.
(13) 청구법인은 BBB에 대한 고발 및 취하가 1차 세무조사 전에 있었다는 근거로 BBB에 대한 고발서(고발일 미상)와 2016.4.22.자 고발취하서를 제출하였다.
(14) 청구법인이 제출한 OOO청장의 2016.5.18.자 세무조사 통지서와 2016.5.18.자 자료제출요구서에 의하면, OOO청장은 2016.5.18. 청구법인에게 같은 날부터 청구법인의 2014사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한다고 통지하였고, 같은 날 청구법인에게 “5. 이사회의사록, 주총의사록”, “9. 청구법인은 OOO원을 2011.8.16.부터 2015.6.21.까지 대표이사였던 BBB에게 지급수수료 명목으로 지급하고 80% 소득공제되는 기타소득으로 신고하였는바, 이와 관련한 법적 근거서류”, “10. BBB의 지급수수료 OOO원 사용처 내용과 구체적인 입증서류”의 제출을 요청한 것으로 나타난다.
(15) 청구법인이 제출한 처분청의 2020.2.20.자 자료제출요구서에 의하면, 처분청은 청구법인에게 “1. 2014사업연도 지급수수료 계정에 손금으로 계상한 OOO원에 대한 지출 명목 및 업무관련성 여부 등을 판단할 수 있는 관련서류 일체”, “4. 2014년, 2015년 이사회의사록 및 주총회의록”의 제출을 요청한 것으로 나타난다.
(16) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 국세기본법제81조의4 제2항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 정하면서 제1호는 “조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우”를 예외 사유의 하나로 정하고 있는바, 청구법인은 처분청이 1차 세무조사를 통해 쟁점대가에 관한 충분한 세무조사를 하였음에도 2차 세무조사를 통해 이 건 과세처분을 한 것은 중복 세무조사에 의한 것으로서 위법하다고 주장하나, 1차 세무조사 이후에 있었던 OOO 판결(2018.4.13. 선고)과 OOO 판결(2018.10.19. 선고)은 검찰의 조사과정에서 밝혀진 새로운 사실관계에 기초하여 청구법인이 BBB에게 지급한 쟁점대가를 BBB가 횡령한 것으로 인정한 점, 이는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료에 해당하는 것으로 이를 1차 세무조사에서 이미 조사된 자료로 보아 2차 세무조사가 금지되는 재조사에 해당한다고 보기 어려운 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대해서 살피건대, 청구법인은 쟁점대가의 경우 BBB로부터 쟁점사업의 영업권을 양수하는 한편 이에 부수되는 쟁점특허권을 사용하기 위해 지급한 것이므로 이를 업무무관비용으로 볼 수 없다고 주장하나, 민사소송이나 행정소송이 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 이미 확정된 관련 있는 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 아니하는 한 사실인정의 유력한 자료가 되어서 이를 함부로 배척할 수 없는 것인바(대법원 1985.10.8. 선고 84누411 판결, 같은 뜻임), 검찰 조사과정에서 BBB는 청구법인의 대주주인 배우자와의 불화로 청구법인의 경영권을 상실할 위험이 있자, 청구법인의 자금을 인출하여 개인적으로 사용할 목적으로 쟁점대가를 인출하였다고 진술한 점, 2010.10.25. 기술이전 및 영업권 이전계약을 체결할 당시 청구법인의 대표이사인 AAA는 형식상 대표자에 불과하였고, BBB가 청구법인을 실질적으로 지배하는 상황에서 아직 수익발생이 확실하지 않은 쟁점사업에 관해 쟁점대가를 수수하기로 한 약정을 인정하기 어려운 점, 쟁점특허권의 발명자는 BBB가 아니고, 그 외 청구법인이 쟁점특허권을 발명하여 실제 그 권리를 소유하고 있다고 볼만한 사정도 없는 점, 이와 같은 이유로 OOO 및 OOO은 쟁점대가를 BBB가 횡령하였다고 판단한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점대가를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.