이 건 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당한다고 판단됨
이 건 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당한다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점조항①은 내국법인의 ‘전체 소득’ 중 이월결손금을 공제할 수 있는 총액을 정하고 있고, 쟁점조항②는 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금의 공제액을 ‘승계받은 사업에서 발생된 소득’까지로 제한하고 있으므로 문리해석상 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금의 공제한도는 승계사업에서 발생된 소득금액까지로 하되 내국법인 전체 소득의 공제한도비율을 초과하지 못한다고 해석함이 타당하다. (가) 청구법인은 당초 쟁점조항①과 쟁점조항②를 중첩적으로 적용하여, 아래 <표2>와 같이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금 중 공제할 금액을 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 쟁점조항①에서 정한 공제한도비율을 적용하여 공제할 이월결손금을 산정하여 신고하였다. (나) 그러나 쟁점조항①은 소득발생 원천을 구분하지 않고 전체 소득에서 공제할 수 있는 이월결손금 총액을 제한하고 있고, 쟁점조항②는 합병한 법인의 경우, 합병 전부터 영위하던 사업에서 발생된 소득과 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득을 각각 구분 경리하도록 하면서, 각각의 사업에서 과거 발생된 이월결손금은 원천에 따라 각각의 사업 소득금액의 범위 내에서 공제하도록 규정하고 있다. 따라서 문리해석상 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액 범위 내에서 그 사업에서 발생한 과거 이월결손금을 공제한 경우 쟁점조항②를 충족한 것이고, 또한 그 이월결손금 공제액이 내국법인의 각 사업연도 소득의 공제한도비율 이내이면 쟁점조항①을 충족한 것으로 해석함이 타당하다. (다) 쟁점조항②에 따라 승계받은 사업에서 발생된 소득 범위까지 승계한 이월결손금을 공제하더라도 쟁점조항①에서 정한 이월결손금 공제한도에 크게 미치지 않고 쟁점조항 모두를 충족하는바, 청구법인은 아래 <표3>과 같이 쟁점사업연도에 과소 공제한 이월결손금을 추가로 공제하여 세액을 재계산하고 과다납부한 법인세액을 환급해 달라는 경정청구를 하였다.
(2) 공제한도비율은 법인세법이 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되면서 신설되었는바, 개정당시 기획재정위원회 전문위원의 검토보고서에 따르면, 쟁점조항①의 입법 취지는 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 연간 이월결손금 공제한도를 설정하려는 것으로서 흑자법인임에도 불구하고 과거 이월결손금이 전액 공제되는 현상을 방지하고 매년 최소한의 법인세 부담을 할 수 있도록 하기 위한 것이다. (가) 청구법인의 경우에는 쟁점사업연도에 각 사업연도 소득의 35.7%〜44.9%만을 이월결손금으로 공제하였고, 55.1%〜64.3%에 해당하는 금액에 대해서는 법인세를 납부하였으므로 당초 입법권자가 예상하는 입법취지에 충분히 부합하고 있다. (나) 한편 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 이전에 합병한 법인의 경우 내국법인 전체 소득을 원천별로 구분하고 각 소득별로 이월결손금 공제를 이미 제한하고 있었는데, 여기에 더하여 각 소득별로 쟁점조항①에서의 공제한도비율을 추가로 적용하려는 입법 목적은 확인되지 않는다. (3) 법인세법 제45조 제5항 (이하 “신설조항”이라 한다)이 2019.12.31. 법률 제16833호로 신설되면서 “ 법인세법 제13조 에 제1항 각 호 외의 부분 단서에 불구하고” 피합병법인의 이월결손금은 승계한 사업에서 발생한 소득의 60%만을 공제하도록 개정되었다. 신설조항은 부칙에서 2020.1.1.부터 시행하는 것으로 규정하고 있는바, 결국 2019사업연도까지는 신설조항 전의 법률에 따라 해석되고 적용되어야 한다. (가) 신설조항을 ‘창설적 규정’으로 볼지 ‘확인적 규정’으로 볼지가 문제되는데, 확인적 규정으로 보기 위해서는 개정 전 법률을 체계적으로 문리해석하면 신설규정의 내용과 같이 해석할 수 있어야 한다. 그러나 신설조항에서는 “ 법인세법 제13조 제1항 각 호 외의 단서에 불구하고”라고 표현하여 쟁점조항①에서 내국법인 전체 소득에 공제한도비율을 곱하여 이월결손금의 한도를 계산하는 방식의 규정을 배척하고, 내국법인의 소득을 합병 전부터 영위하던 사업에서의 소득과 피합병법인으로부터 승계한 사업에서의 소득으로 구분하여 각각의 소득에 공제한도비율을 곱하여 이월결손금의 한도를 계산하도록 규정하고 있다. (나) 이러한 개정사항을 고려할 때, 개정 전 쟁점조항들을 체계적으로 문리해석한다면 쟁점조항②를 해석하기 위해 쟁점조항①을 무시하거나 배척할 수 없다. 엄격해석의 원칙에 비추어 보아도 쟁점조항①과 쟁점조항②를 합하여 신설조항대로 해석할 수는 없다. (다) 기획재정위원회는 위 신설조항과 관련된 검토보고서에서 피합병법인으로부터 승계한 사업부문에서 발생한 소득금액에도 60%의 공제한도비율을 적용하여야 하는지에 대한 규정이 없었고, 기존 쟁점조항①과 쟁점조항②만으로는 공제한도비율이 적용되는 것이라고 명확하게 해석할 수 없었다는 점을 지적하고 있는바, 신설조항의 내용으로 개정되기 이전의 경우 처분청과 같은 이월결손금 공제 방식이 모든 납세자에게 당연하게 받아들여진 것은 아님을 확인할 수 있다. (라) 신설조항의 개정과정을 살펴보았을 때, 반드시 신설조항을 확인적 규정으로 볼 수 없다. 신설조항과 관련하여 제371회 제5차 조세소위(2019.11.20.)의 회의록을 보면, 신설조항 개정 이전에는 합병 시 이월결손금 공제 한도비율 적용에 대한 명확한 규정이 존재하지 아니하였으며, 기획재정부 세제실은 국세청 해석(서면-2018-법령해석법인-2313, 2019.2.28.)을 근거로 신설조항이 확인적 규정이라고 말하고 있음을 알 수 있다. 그러나 해당 국세청 유권해석의 생산일자는 신설조항이 시행되기 불과 10개월 이전인 2019.2.28.로서 그 이전 사업연도에도 국세청 유권해석대로 하는 것이 납세자들에게 당연하게 받아들여진 것은 아니다. 아울러 한국공인회계사회가 기획재정부에 제출한 ‘2019 세법개정안 검토의견’에서도 “명확화 차원의 개정이라기보다는 창설적 성격의 개정으로 인식될 가능성이 높아 보이고, 해당 쟁점에 대하여 납세자들 중에는 개정내용과 달리 해석하여 적용하였을 가능성도 존재한다”고 회신하고 있는바, 신설조항을 반드시 확인적 규정으로 보아야 하는 이유는 없다. (마) 처분청은 경정청구 거부처분의 근거로 국세청 유권해석(서면-2018-법령해석법인-2313, 2019.2.28.)을 제시하고 있으나, 해당 유권해석을 살펴보면 그러한 결론에 이르게 된 타당한 이유를 제시하고 있지 아니하다. 국세청은 쟁점조항① 및 쟁점조항② 등을 체계적으로 문리해석할 경우 신설조항과 동일하게 해석될 수 있다고 판단한 것으로 보이나, 이에 대한 명확한 근거를 제시하지 아니하였으며, 또한 국세기본법 제18조 제1항 에서는 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정하고 있는바, 2020.1.1. 이전에는 쟁점조항①과 쟁점조항②를 해석함에 있어 신설조항대로 해석하는 것은 불분명한 상황이었으므로 납세자에게 유리한 방향으로 해석되고 적용되어야 한다. 뿐만 아니라 세법에서는 소급과세가 금지되므로 과거 사업연도에 대하여 2020.1.1. 시행된 신설조항을 적용하여 납세자에게 소급적용하는 것은 부당하다.
(4) 처분청이 제시한 법인세법 제113조 및 제45조 규정은 피합병법인의 소득에 대해서도 공제한도비율을 적용하여 이월결손금을 공제하여야 한다는 것으로 해석할 근거규정이 되지 아니하며, 합병 전·후의 세효과가 반드시 동일하여야 하는 것으로 볼 이유도 없다. (가) 처분청은 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하기 위해 합병법인과 피합병법인의 ‘회계’를 구분 기록하여야 한다는 법인세법 제113조 (구분경리) 규정을 근거로 피합병법인의 소득에 대해서도 이월결손금 공제한도비율을 적용하여야 한다는 의견이나, 법인세법 제113조 의 규정은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하는 경우 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 ‘회계’로 구분하여 기록하여야 한다는 규정일 뿐이다. 회계의 구분경리는 피합병법인의 각 사업연도소득에서 공제할 이월결손금의 전체한도(피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액)를 산정하기 위한 기술적 절차에 불과하며, 오히려 처분청 의견대로 구분경리 규정이 피합병법인의 이월결손금 공제한도에 대한 것이라면 구분경리를 통해 산정한 피합병법인 소득금액 전체가 피합병법인 이월결손금 공제한도와 일치하는 것으로 해석하는 것이 타당하다. (나) 처분청은 법인세법 제45조 를 근거로 합병법인과 피합병법인은 각각의 사업소득금액 범위 내에서만 이월결손금을 공제하여야 하고, 이는 피합병법인의 이월결손금 공제시 공제한도비율을 적용하는 근거가 된다는 의견이나, 법인세법 제45조 제1항 및 쟁점조항② 규정은 이월결손금만을 목적으로 하는 비정상적인 합병을 방지하지 위한 것으로서 피합병법인의 이월결손금 공제시 공제한도비율 적용과는 무관하며, 해당 규정은 이월결손금 공제한도비율이 신설되기 이전부터 시행되고 있었던바, 이를 피합병법인의 소득금액에 이월결손금 공제한도비율을 적용하기 위한 규정으로 볼 수 없다. (다) 처분청은 청구법인의 주장에 따르면 합병 유무에 따라 이월결손금 공제범위가 달라질 수 있어 일반법인과 합병법인과의 형평성 문제가 발생한다는 의견이나, 처분청은 합병한 경우가 합병이 아닐 경우보다 조세측면에서 유리한 경우만을 언급한 것으로서 아래 <표4>와 같이 전체 법인의 각 사업연도 소득에 대해 공제한도비율을 적용하는 경우가 그렇지 않은 경우보다 더 불리하게 되는 경우도 있다. 즉 전체 법인의 각 사업연도 소득을 기준으로 이월결손금을 공제한다고 하여 반드시 유리한 것은 아니며, 합병 전·후 이월결손금 공제액 차이만을 가지고 형평성을 논할 수 없다. 또한 합병이란 둘 이상의 기업실체가 법적으로 단일의 기업실체가 되는 것을 말하는 것으로서 합병 이후에는 하나의 법인격을 가지게 되며 합병 후 발생된 소득은 합하여 전체 소득을 구성하고, 그 전체 소득에 대하여 법인세 신고·납부의무를 부담한다는 점에서 합병법인과 피합병법인 각각의 소득금액에 대하여 이월결손금 공제한도비율을 적용해야 한다는 처분청 의견은 설득력이 없다.
(1) 청구법인은 쟁점조항①에 따라 청구법인 전체 소득금액에 대하여 공제한도비율을 적용한 금액을 한도로 이월결손금을 공제할 수 있다고 주장하나, 법인세법 제113조 (구분경리) 제3항은 “합병법인은 합병등기일 현재 쟁점조항①에 따른 결손금이 있는 경우 또는 쟁점조항②에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우, 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록한다.”고 규정하고 있다. 따라서 합병법인과 피합병법인의 사업소득을 구분하여 각각의 소득금액에서 이월결손금 공제한도비율을 적용하는 것이 타당하다. 청구법인 주장대로 이월결손금을 계산한다면 합병한 경우와 아닌 경우의 이월결손금 공제범위가 달라질 수 있어 아래 <표5>와 같이 일반법인과 합병법인과의 형평성 문제가 발생하게 되므로 동일한 공제한도비율을 적용하여야 한다. 법인세법 제45조 제1항 및 쟁점조항②는 합병법인은 합병법인에서 발생한 소득금액에서 결손금을 공제하고, 피합병법인은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에서 결손금을 공제한다고 규정하고 있는바, 이는 합병법인 및 피합병법인 각 사업에서 발생한 소득금액에서 각 사업의 결손금을 공제한다는 의미로, 이월결손금 공제한도의 적용범위를 내국법인의 전체소득까지로 해석한 청구주장은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 신설조항이 2019.12.31.자로 신설되었으므로 해당 부칙에 따라 2020사업연도부터 적용되어야한다고 주장하나, 국세청은 “합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인의 각 사업연도 소득의 100분의 60을 초과하지 않는 범위 내에서 공제하는 것”으로 해석(서면-2018-법령해석법인-2313, 2019.2.28.)하였으며, 또한 기획재정부는 이러한 법률 적용에 있어서 발생 가능한 모호성을 해결하고자 신설조항의 개정이유를 “합병시 공제되는 이월결손금은 합병법인 및 피합병법인 각각의 사업에서 발생한 소득금액의 한도 내에서 공제된다는 점을 명확히 규정”한다고 하였다.
(3) 결국 법인세법 제13조, 제45조, 제113조에 따라 합병법인 및 피합병법인 각 사업별로 구분경리하여 각각의 사업의 소득에서 이월결손금 공제한도를 적용하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 적법하고 청구법인의 주장은 이유 없다.
(1) 청구법인은 당초 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액을 이월결손금 공제한도로 신고하였으나, 이후 합병법인 전체의 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액과 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액 중 작은 금액을 한도로 이월결손금을 공제하여야 한다며 경정청구하였다.
(2) 처분청은 국세청 법령해석과 해석사례(서면-2018-법령해석법인-2313, 2019.2.28.)를 근거로 2020.7.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였으며, 위 해석사례는 “합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 법인세법 제13조 각 호 외의 부분 단서에 따라 피합병법인 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70)을 초과하지 않는 범위 내에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준 계산시 공제하는 것”이라고 판단하고 있다.
(3) 기획재정부 법인세제과는 적격합병시 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액 전체를 한도로 공제하는 것이 아니라 각 사업연도 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액을 초과하지 않는 범위 내에서 공제한다고 해석하였다(기획재정부 법인세제과-1206, 2020.9.4.).
(4) 신설조항은 2019.12.31. 개정시 신설되었으며 당시 법률안(법률 제6047호) 개정 이유에는 “합병ㆍ분할합병 시 공제되는 이월결손금은 합병법인 및 피합병법인 또는 분할합병의 상대방법인 및 분할신설법인 각각의 사업에서 발생한 소득금액의 한도 내에서 공제된다는 점을 명확히 규정함(제45조 제5항 및 제46조의4 제5항 신설)”이라고 기재되어 있다. 이 신설조항에 대한 기획재정위원회 전문위원 검토보고서(2019년 11월)에 따르면, “법인세법제45조 및 제46조의4에서는 합병법인·피합병법인의 결손금 공제를 각 합병법인 또는 피합병법인의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하는 등으로 규정하고 있을 뿐, 별다른 한도규정을 명시하지는 않아, 합병법인이 합병 전에는 이월결손금 공제한도가 소득금액의 60%로 적용되는 반면 합병 후에는 60%의 공제한도 없이 이월결손금이 공제되는 것으로 오해되고 있으나, 현행 법인세법제45조 및 제46조의4는 합병 후 이월결손금을 공제하는 소득이 합병법인의 소득인지 피합병법인의 소득인지 여부 등만을 규정하고 있으며, 현행 법인세법제13조에 따라 중소기업등이 아닌 경우, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 법인의 이월결손금 공제한도는 각 사업연도 소득의 60%라고 규정하고 있으므로, 양 규정을 종합적으로 볼 때 합병법인이 합병한 후에도 제13조에 따른 이월결손금 공제한도가 적용되는 것으로 보는 것이 합리적인 해석인 것으로 보인다”는 내용이 확인된다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세법 제13조 가 합병법인에 대한 공제한도비율 적용방식을 명확하게 규정하고 있지 아니하므로 합병법인의 이월결손금 공제한도는 합병 전 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득의 구분 없이 법인세법 제13조 규정의 ‘내국법인’에 해당하는 ‘합병 후 합병법인’ 전체소득에 공제한도비율을 적용해야 하며, 피합병법인의 결손금도 피합병법인의 소득금액에 ‘공제한도비율을 적용시킨 금액’을 한도로 하는 것이 아니라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 ‘전체’를 한도로 해야 된다고 주장하나, 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제45조는 합병 전 합병법인의 이월결손금에 대해서는 별도로 규정하고 있지 아니하고 있어, 합병 후 합병법인의 전체 소득금액의 범위에서 공제가능하였으나, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법 제45조 제1항 은 합병 전 합병법인의 결손금은 합병 전 합병법인의 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서만 공제하도록 규정하면서, 합병 전 합병법인의 결손금과 피합병법인의 결손금은 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 개정되었고, 개정 당시 법률안(법률 제9267호) 개정이유에는 “흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병 형태에 관계없이 결손금 공제범위가 같도록 개선할 필요가 있으며, 합병시 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하여 합병방식 간 과세형평을 제고하고 합병을 이용한 조세회피를 방지”하는 것에 입법취지가 있다고 기재되어 있는바, 청구법인이 주장하는 계산방식으로 이월결손금을 계산하는 경우 위 <표5>와 같이 합병 여부에 따라 이월결손금 공제액의 차이가 발생하므로 합병을 이용한 조세회피의 가능성을 방지한다는 당초 입법취지를 몰각하게 될 가능성이 있는 점, 법인세법 제13조 가 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정될 당시 기존 이월결손금 계산방식(합병 전 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하여 계산)에서 청구법인 주장과 같은 계산방식(합병 전 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 아니하고 합병 후 합병법인에 대하여 공제한도비율을 적용하는 방식)으로 변경한다는 입법취지가 확인되지 아니하며, 쟁점조항①의 공제한도비율이 2015.12.15. 신설된 이후에도 회계 및 과세실무는 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하여 이월결손금을 각각 계산하였던 것으로 보이는바, 공제한도비율 신설 이후에도 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하여 이월결손금 공제한도를 계산한다는 것은 예측가능한 사항으로 보이는 점, 청구법인은 규정이 불명확한 경우 납세자에게 유리하게 해석해야 하므로 청구주장이 인용되어야 한다고 주장하나, 청구법인도 위 <표4>와 같이 청구법인이 주장하는 계산방식으로 산정하는 경우 납세자에게 불이익한 경우가 발생할 수 있음을 인정하고 있는바, 청구법인이 주장하는 계산방식이 납세자에게 유리한 것만은 아닌 점 등에 비추어, 처분청이 합병 전 합병법인과 피합병법인의 사업소득을 구분하여 각각의 소득금액에 공제한도비율을 적용한 금액을 이월결손금 공제한도로 하여 합병법인의 이월결손금 공제한도를 계산한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별첨> 관련 법령
(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.
1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액
② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다. 제113조(구분경리) ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간
(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
(3) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.
(4) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.
(5) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.
⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.
1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액
2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ※ 부 칙 <법률 제16833호, 2019. 12. 31.> 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
(6) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제45조 (합병에 따른 이월결손금의 승계) ① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.
② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.
1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것
2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것
3. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것
(7) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제45조 (합병에 따른 이월결손금의 승계) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제3호 단서의 규정에 해당되어 구분경리하지 아니한 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 대통령령이 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.
1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10이상일 것
3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여 구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다. (8) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것) 제81조(합병에 따른 이월결손금 등의 승계) ① 법 제45조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자산가액 비율”이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 자산에 한정하여 그 자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.
② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.