쟁점부서에서 행정업무등에 전담하거나 일부 종사한 것으로 볼 수 있는 해당 인원만을 세액공제 대상 인건비에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
쟁점부서에서 행정업무등에 전담하거나 일부 종사한 것으로 볼 수 있는 해당 인원만을 세액공제 대상 인건비에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2020.5.19. 청구법인에게 한 2015〜2018사업연도 법인세 경정청구에 대한 거부처분은
1. 연구‧인력개발비 세액공제 대상에서 제외된 2015〜2018년 인건비 합계 OOO원 중 연구개발업무에 전담한 것으로 볼 수 없는 인원에 대한 인건비 OOO원을 제외한 나머지 OOO원을 연구‧인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는 것으로 하고, 시제품 금형(OOO)의 외주가공비 2015〜2018년 합계 OOO원을 연구‧인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 하여 청구법인의 2015〜2018사업연도 법인세를 각각 경정하며,
2. 청구법인이 자산으로 처리한 시작금형이 연구인력개발을 위한 시설투자에 해당하는지 여부, 연구개발 활동 이후에 양산금형으로 전용되어 실제 사용하였는지 여부 등 추가적인 세액공제 요건 충족 여부에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2015〜2017사업연도 법인세를 각각 경정하고,
3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 청구법인이 연구개발 전담부서에서 근무한 직원 중 일부가 연구개발에 부수되는 행정업무를 수행하거나 연구개발활동에 전담하는 것으로 볼 수 없는 직원의 2015〜2018년 인건비 합계OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 연구‧인력개발비 세액공제 대상 인건비로 볼 수 없고,
(2) 청구법인이 고객사인 OOO등으로부터 수주받아 외주제작 의뢰한 시제품 OOO의 2015〜2018년 외주가공비 합계OOO원(이하 “쟁점외주가공비”라 한다)에 대해 고객사로부터 설계도면을 받아 외주제작업체에게 의뢰‧생산하여 청구법인의 자체적인 연구개발활동이 포함되지 않는 단순한 위탁생산활동으로 보아 조특법 제10조에 따른 연구‧인력개발비 세액공제 적용대상인 연구개발비로 볼 수 없으며,
(3) 청구법인이 비용으로 계상하지 않고 자산으로 처리한 시제품 제작을 위한 OOO에 대해 해당 시제품 생산과정은 연구개발활동으로 볼 수 없고, 단순히 고객사로부터 수주받은 후 외주제작하여 시제품을 납품하는 영업활동의 과정이라고 보아 조특법 제11조에 따른 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 검토하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점①에 대하여 (가) 청구법인의 기업부설연구소 내에 OOO(이하 “쟁점부서”라 한다)은 양산 이전 단계에서 완성차 업체의 납품조건에 맞도록 설계, 시험제작(시제품 제작), 기술적인 시험평가 등 연구활동을 하는 부서이므로 쟁점부서의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당된다.
1. 청구법인의 쟁점부서는 선행기술부서에서 연구한 기술을 바탕으로 고객사에 납품할 부품의 시제품을 개발·제작하는 부서로 OOO 인정을 받아 연구전담부서로 등록되었고, 이후 변경신고 등을 적절히 수행하고 있다.
2. 청구법인의 시제품 개발은 OOO 국내 완성차 업체(이하 “고객사”라 한다)가 향후 수년 이내에 양산을 계획하고 있는 모델에 대해 청구법인에게 관련 모델에 포함될 부품의 개발을 의뢰하는바, 청구법인의 연구전담 인원들은 양산시점 이전의 개발 단계까지에만 참여하고, 고객사의 양산승인 이후에서야 승인된 사양으로 양산이 가능하여 제품의 개발단계와 양산단계는 분명히 구별되고 있다.
3. 조세심판원의 선결정례 및 관련 유권해석 등에서도 완성차 업체가 납품요청을 하여 납품조건에 맞도록 설계 및 시험제작, 기술적인 시험평가 등의 상품화 개발 비용을 지출하는 경우 기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따른 경우(즉 거래처의 납품의뢰에 따라 선행개발된 기술을 바탕으로 상품화 개발을 수행하고 시범제작하는 활동인 경우) 해당 비용은 R&D세액공제 대상 연구에 해당한다고 일관되게 판단하고 있다(조심 2014전2261, 2014.9.30., 기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.2.9., 기획재정부 조세특례제도과-989, 2011.10.28., 기획재정부 조세지출예산과-641, 2006.9.20.).
4. 따라서 시제품 제작 등 납품조건에 맞도록 설계 및 시험제작, 기술적인 시험평가 등의 업무를 수행하는 OOO 경우 등록된 기업부설 연구소로서 해당 연구소 인원 구성인원의 인건비에 대해서는 전액 R&D세액공제가 적용되는 것이 타당하다. (
1. 처분청은 청구법인이 경정청구 당시 제출한 사업연도별 연구기능조직도에 기재된 직무와 직무수행비율을 근거로 쟁점부서 인원 중 일부 인원이 해외기술지원, 고객대응, 사업계획 실적관리, 예산집행 실적관리, 투자계획 수립, 현장관리 및 안전관리 업무(이하 “행정업무등”이라 한다)를 수행하였다고 보았다.
2. 청구법인은 처분청의 답변서를 통해 쟁점부서 인원 중 행정업무등을 수행하는 인원에 대한 사실관계를 최초로 인지하게 되었고, 해당 행정업무등은 실제로 청구법인의 연구개발전담부서에서의 개발 과정에 필수불가결한 활동으로 이 역시 연구개발 활동에 포함되어야 한다고 생각하나, 백번 양보하여 행정업무를 제외하여야 한다면 해당 부분만을 구분하여 세액공제 대상 인건비에서 제외함이 타당하다.
3. 청구법인이 처분청의 답변 및 근거자료(연구기능조직도)에 따라 쟁점부서에서 행정업무등을 일부라도 수행하는 인원 및 해당 인원의 인건비(이하 “연구인력개발비 제외대상 인건비”라 한다)를 집계해본 결과 2015년〜2018년 동안 행정업무등으로 산정되는 인건비는 OOO과 같이 OOO원으로 청구법인이 청구한 인건비 중 동 금액만을 세액공제 대상에서 제외함이 타당할 것이다.
(2) 쟁점②에 대하여 청구법인이 시제품 금형을 제작하기 위하여 지출한 외주가공비는 청구법인의 연구개발과정에서 시제품 제작을 위해서 사용되는 금형을 제작하기 위한 비용이므로 조특법상 R&D세액공제 대상으로 봄이 타당하다. (가) 조특법 시행령 별표6에서는 자체연구개발과 관련하여 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비를 연구개발세액공제 대상 비용으로 열거하고 있으며, 여기에는 시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함하고 있다. (나) 조세심판원 선결정례 및 기획재정부 유권해석 등에서도 제품의 연구개발과정에서 고객사에 납품할 시제품(견본품) 제작에 사용하기 위해 제작된 연구용 금형의 제작비용은 R&D세액공제 대상 비용인 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 시범제작에 소요되는 외주가공비에 해당된다고 일관되게 판단하고 있다(조심 2014전2261, 2014.9.30., 기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.2.9., 기획재정부 조세특례제도과-989, 2011.10.28., 기획재정부 조세지출예산과-641, 2006.9.20.). (다) 청구법인과 같은 자동차 부품 제조업체의 경우 시제품 제작 등 연구개발단계와 양산단계가 명확히 구분되고 있으므로 청구법인이 시제품 제작과 관련하여 금형(목형)제작을 위해 지출하는 외주비의 경우 양산 전 단계인 연구개발단계에서 지출되는 시험제작비용(시제품 제작비용)으로서 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당됨이 타당하다. (라) 처분청은 청구법인이 고객사로부터 도면을 제공받아 이를 청구법인이 외주업체에 보내어 시제품을 제작하기 때문에 이를 청구법인의 연구개발로 볼 수 없다고 하나, 자동차의 경우 통상 약 2∼3만개의 부품이 필요하고, 고객사의 다른 부품들과 어우러지기 위해서는 고객사로부터 도면을 받을 수밖에 없으며, 청구법인의 기존 제품 및 성능을 해당 도면에 맞추어 고객사가 원하는 성능을 낼 수 있도록 하는 것은 전적으로 청구법인의 연구개발에 따라 이루어지는 것으로 해당 도면으로 시제품 금형을 제작하기 때문에 이를 청구법인의 연구개발로 볼 수 없다는 것은 처분청이 해당 사실관계를 잘못 이해하고 있는 것이고, 조세심판원의 선결정례의 사실관계에서도 청구법인과 동일하게 고객사로부터 제공받은 도면에 따라 제작한 시제품 금형에 대해 연구개발 세액 공제를 인정하였다. (마) 추가적으로 청구법인의 <OOO시제품 외주계약서>를 보면, 금형 제작과정에서 발생하는 특허권, 공업재산권에 대해 청구법인이 보호받을 것이 명시되어 있고, 외주업체의 책임은 그러한 청구법인의 권리를 침해했을 때 발생하는 것으로 금형 제작과정의 모든 책임을 외주업체가 부담한다는 처분청 의견은 계약의 내용을 오해(고객사에 대해서는 당연히 청구법인이 부품 관련 모든 책임을 짐)한 것이다. (바) 결론적으로 청구법인이 OOO 제품 연구개발 과정에서 고객사에 납품할 시제품(견본품) 제작에 사용하기 위해 제작한 연구용 목형 금형 제작 외주비의 경우 연구용으로 사용되는 견본품 시범제작에 소요되는 외주가공비로서 R&D세액공제 대상 비용에 포함됨이 타당하다.
(3) 쟁점③에 대하여 (가) 청구법인이 유형자산으로 계상한 금형 중 ‘시작금형’은 연구 및 인력개발을 위한 시설 투자에 해당하고 자산성이 존재하므로 R&D설비투자 세액공제 대상에 해당한다.
1. 자산으로 대체된 금형제작비용에 대해 연구·인력개발 설비투자세액공제가 적용되어야 하는지, 연구·인력개발비 세액공제가 적용되어야 하는지에 대한 관련 심판례 및 관련 유권해석(법인세과-202, 2010.3.8., 서면2팀-696, 2004.4.2.)을 볼 때, ‘자산성’ 유무를 기준으로 판단되어야 한다.
2. 청구법인이 투자한 시제품 개발단계에서의 시작금형은 시제품 제작활동 등 연구 및 인력개발을 위해 사용되고, 연구·개발활동이 종료되는 경우에도 해당 금형(OOO 단계의 알루미늄 금형)이 양산에 전용되는 것으로 확인되므로 일회성이 아닌 반복적으로 사용 가능한 것으로써 자산대체성, 잔존가액 존재, 계속적·반복적 사용 등의 범용성을 가지고 있다.
3. 과세관청에서도 R&D설비투자 세액 공제를 받은 설비를 연구개발활동 완료로 양산으로서 생산시설에 전용한 경우 감면세액 추징규정을 적용받지 않는다고 해석(법인-1008, 2010.10.29.)하고 있는 바, 청구법인의 양산 전 시제품 단계에서 제작된 금형에 대해 사후적으로 양산으로 전용되었더라도 R&D설비투자 세액공제 적용대상에서 배제할 수 없음이 명확하다.
4. 따라서 청구법인이 생산하는 시작품은 청구법인의 선행기술로 제작되어 그 제작비용이 연구·개발비 세액공제 요건을 충족하는 바, 청구법인의 시작금형 투자금액 역시 조특법 제11조에 따른 연구·인력개발을 위한 설비투자세액공제 대상에 해당되어야 할 것이다. (나) (예비적 청구) 설령 R&D설비투자 세액공제 대상에 해당하지 않더라도 사전금형은 양산에 전용되어 사용되는바, 사업용 자산으로 보아 조특법 제26조의 고용창출투자세액공제를 적용하여야 한다.
1. 위와 같이 청구법인이 자산으로 계상한 금형은 그 자산성이 인정되는바, 설령 R&D설비투자 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 하더라도 양산 목적이 있는 금형으로 볼 여지가 있으므로 고용창출투자세액공제를 적용하여야 하고, 처분청도 이에 대해서는 기타요건(고용창출세액공제의 요건인 고용증대 여부 등)을 추가 검토하여 판단할 사항이라고 언급하고 있다.
2. 청구법인이 심판청구에 앞서 신청한 경정청구에서 이미 2015∼2017사업연도의 상시근로자수 등이 증가한 것으로 확인되어 일부 양산금형 투자금액에 대하여 고용창출세액공제가 인용된 바 있으므로 쟁점설비투자에 대해 고용창출투자세액공제를 적용하기 위한 요건은 모두 충족된 것이다.
(1) 쟁점인건비가 R&D세액공제 대상에 해당하는지 여부 (가) 청구법인은 기업부설연구소에 등록된 인원이 선행기술 연구활동 및 시제품 개발활동을 수행하고 있으므로 해당 직원의 인건비가 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 기업부설연구소내 쟁점부서 직원들이 연구개발인원으로 등록되어 있으나 조직도 등을 분석한 결과,
1. OOO 인도, 중국 등 해외 기술지원업무도 병행하고 있으며, 팀장의 업무에는 고객대응도 포함된다.
2. OOO 사업계획 실적관리, 예산집행 실적관리, 투자계획 수립 등의 부수적 업무도 함께 진행한다.
3. OOO 문서관리, 예산관리, 수출입관리 등 행정업무를 수행하고, 나머지 직원도 생기일반, 안전담당 등 연구 외 업무도 수행하고 있다.
4. OOO 현장관리, 안전관리 등의 업무도 수행하므로 해당 부서 역시 연구전담 부서에 해당하지 않는다. 5)OOO 외주개발관련 접수 및 관리부터 월결산담당, 예산관리 등의 부수적인 행정업무도 수행하고 있으므로 해당 부서 역시 연구전담부서로 볼 수 없다. (나) 또한 해당 부서원 일부의 개인 인사평가표를 확인한바, 개인의 구체적 연구 및 성과에 관한 평가내용은 없고 리더십, 커뮤니케이션 등 개인의 성격 및 자격증 여부로 인사평가가 실시됨을 확인할 수 있어 이들의 구체적 성과 또한 확인되지 않는다. (다) 따라서 OOO 개발팀을 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 창의적인 활동 등을 수행하는 연구전담 부서로 볼 수 없고, 구체적인 업무성과가 확인되지 않는 해당 부서 직원 인건비는 R&D세액공제 대상 인건비로 볼 수 없다.
(2) 쟁점외주가공비가 R&D세액공제 대상에 해당하는지 여부 (가) 청구법인의 금형 외주 생산과정은 OOO 단계로 이루어지고 있으며 영업본부 개발팀의 주도로 진행된다. (나) 대법원(2018.5.31. 선고 2018두35483 판결)은 “조특법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 한다”라고 판시하고 있는데 반해, 청구법인의 시제품 제작 과정에서의 연구개발활동은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적 활동이 아닌 단순 수치변경 등 제품의 일부 개선이나 변용에 지나지 않으므로 해당 연구개발의 정의에 충족하지 못한다. 청구법인은 거래처의 납품의뢰에 따라 선행개발된 기술을 바탕으로 상품화 개발을 수행하고 시범제작하는 활동이 R&D세액공제 대상인 연구에 해당한다고 하나(조심 2014전2261, 조심 2018구2633), 이는 수탁법인의 선행개발된 기술을 바탕으로 외주가공 의뢰 후 발생한 외주가공비에 대한 내용에 해당하며, 본 건의 경우 청구법인이 직접 설계도를 제작하지 않고 외주제작 의뢰, 양산 검토과정에서 청구법인이 보유하고 있는 다른 업체와 차별화될 만한 자체 연구개발기술이 반영됨이 없이 단순 수치변경, 결함개선을 위한 활동만을 수행한 것에 불과한 것이며 청구법인이 자기책임을 부담한 것으로 볼 수 없어 위 심판례 등을 그대로 적용할 수 없다.
(3) 쟁점설비투자가 R&D설비투자세액공제 대상에 해당하는지 여부 (가) 먼저, 청구법인은 금형 시제품 제작에 있어 추후 고객사로부터 회수하는 제품에 대해서는 외주가공비로 계상하여 R&D세액공제를 신청하였고, 고객사로부터 회수하지 아니하고 청구법인이 비용을 부담하는 제품에 대해서는 유형자산으로 계상하여 해당 제품은 R&D설비투자 세액공제를 신청하였다 (나) 청구법인은 유형자산으로 계상한 금형 중 시작금형에 대해 해당 투자금액은 연구‧인력개발을 위한 시설에 투자한 것에 해당하고, 자산대체성, 잔존가액 존재, 계속적･반복적 사용되는 등 자산성이 인정되므로 R&D설비투자 세액공제가 적용되어야 하며, 설령 세액공제 대상에 해당하지 않더라도 금형을 사업용 자산으로 보아 고용창출 투자세액공제 및 중소기업 등 투자세액공제를 적용해야 한다고 주장하나, 청구법인이 투자한 시제품 개발단계에서의 시작금형은 고객사의 요청에 의한 시제품 생산에 사용되는 금형으로 각 고객사마다 요구하는 형태가 다르고, 수치 변동 등 당초 요구사항과 달리 수정되므로 범용성이 없고 자산대체성, 계속･반복적 사용 등이 불가능하여 자산성이 인정될 수 없다. 또한, 위와 같이 청구법인의 시제품 제작 과정은 연구개발활동으로 볼 수 없고, 단순히 고객사로부터 입찰받은 후 외주제작하여 시제품을 납품하는 위탁생산일 뿐이므로 해당 금형 역시 연구전담부서에서 직접 사용하기 위한 공구(금형 포함)에 투자하였다고 볼 수 없는 것으로 판단되므로 R&D설비투자 세액공제는 적용될 수 없다. (다) 해당 시작금형에 대하여 당초 경정청구시 R&D설비투자 세액공제 대상으로 신청하였고 검토결과 이를 부인하였으나, 나머지 양산금형에 대하여는 고용창출투자세액공제 및 중소기업 등 투자세액공제 요건에 해당하는 것으로 보아 세액공제 인용하였다. 시작금형에 대한 고용창출 투자세액공제 및 중소기업 등 투자세액공제 적용가능 여부는 기타 요건까지 추가 검토하여 판단할 부분이다.
① 쟁점인건비가 R&D세액공제 대상에 해당하는지 여부
① -1 (예비적) 쟁점부서에서 행정업무 등을 수행한 인원을 제외한 나머지 인건비가 R&D세액공제 대상인지 여부
② 쟁점외주가공비가 R&D세액공제 대상에 해당하는지 여부
③ 쟁점설비투자가 R&D설비투자세액공제 대상에 해당하는지 여부
③ -1 (예비적) 설령 쟁점설비투자가 R&D설비투자에 해당하지 않더라도 고용창출투자세액공제 대상에 해당하는지 여부
(1) 조세특례제한법 제10조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 1 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제11조[연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제] ① 내국인이 2018년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
3. 삭제 <2016.12.20>
③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.
④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제26조[고용창출투자세액공제] ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.
1. 기본공제금액: 중소기업의 경우 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액으로 하고, 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우 다음 각 목에서 정한 바에 따른다.
② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 구 분 비용
(1) 이 건 경정청구 관련 기초 사실관계는 OOO과 같다.
(2) 쟁점① 관련 (가) 청구법인은 OOO 기업부설연구소 인정을 받은 후 변경내역을 매년 OOO에 신고하였고, 2018년 신고된 기업부설연구소 현황은 OOO와 같다. (나) 청구법인의 OOO 주관으로 작성된 신제품 개발 프로세스(신제품 개발 업무 표준)자료는 2004.12.31. 최초 제정되었고, 이후 프로세스 변경내용 등을 반영하여 2019.6.13.까지 5번에 걸쳐서 개정되었으며, 동 자료에서는 개발요청서(RFQ)에서 시작하여 OOO 양산단계까지의 연구개발Process 및 해당 단계의 업무 등에 대해 기술되어 있고, OOO 양산 전 단계이다. (다) 신제품 개발 프로세스 자료에서는 PSO 단계에서 쟁점부서의 시작품 관련 업무 등을 규정하고 있다. (라) 청구법인의 연구기능조직도 Sample은 아래와 같고, 동 연구기능조직도는 기업부설연구소 팀별, 연도별로 구비되어 있다. (마) 처분청은 경정청구시 연구전담요원이 아니라는 이유로 관련 인건비를 부인하였고, 청구법인은 기업부설연구소 인원에 대해 연구기능조직도상 업무수행비율을 아래와 같이 정리하여 제출하였다. (바) 소재생기팀의 해외기술지원업무는 해외 현지법인이 생산하는 자동차 부품에 대하여 별도의 개발 프로젝트를 수행하고, 고객대응업무는 청구법인이 개발완료한 시제품에 대해 고객사에 업무보고시 필요한 기술적인 설명을 하는 업무이다. (사) 청구법인은 쟁점①에 대한 예비적 청구로 전담부서에서 일반 행정업무를 일부 수행하는 인원에 대한 인건비를 아래와 같이 제출하였다.
(3) 쟁점② 관련 (가)OOO사양수정제안서(고객사로부터 제공받은 도면에 대해 청구법인이 도면 및 사양을 수정할 것을 제시하는 보고서)에 따르면 청구법인이 제시한 도면수정 및 사양변경 사항이 상당 수준으로 반영되었고, 동 수정사항 등을 반영하여 외주업체에 대한 금형제작 등의 사양도 수정 제안하는 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 OOO 제조와 관련하여 OOO 실린더헤드 생산기술 등을 보유하고 있으며, 청구법인이 보유한 특허 등은OOO과 같다. (다) 고객사에서 청구법인이 연구 및 개발한 부품에 대해 양산을 승인하는 서류OOO는 다음과 같다. (라) 청구법인내의 연구개발부서(개발팀 등)에서OOO를 모두 거쳐 고객사의OOO으로 양산이 확정되면 개발 프로젝트에 대한 자료 등을 양산부서인 생산관리부서에 양산 인수인계 절차를 통해 이관하고, 동 자료의 ‘개발이력’ 부분을 보면 연구개발과정에서 청구법인의 OOO수정이력(도면 및 사양수정이력)이 아래와 같이 자세하게 표시되어 있다.
(4) 쟁점③ 관련 (가) OOO 제작되는 OOO시제품 제작을 위한 금형비는 초기단계의 목형 금형비와 달리 고객사로부터 보전받지 못하므로 청구법인이 부담하여 유형자산(금형)으로 계상하고 있고, 양산 승인 이후 양산용 금형으로 전용된다는 사실관계에 대해서는 처분청과 이견이 없다. (나) 쟁점설비투자(시작금형)는 OOO시제품을 제작하기 위한 것으로서 OOO시제품은 양산 전 단계에서 생산되었던 것이며 해당 시제품에 대한 Try-Out보고서를 작성하여 시제품의 불량여부를 확인하고, OOO시제품 제작설비 및 금형에 대한 수정 여부를 결정하는 과정이 반복된다. 연구개발 등으로 수정된 OOO제품이 고객사로부터 양산승인OOO되면 해당 시작금형은 양산금형으로 전환되어 생산 등에 사용하게 된다. (다) 청구법인의 2014∼2017사업연도 상시근로자 수 증감내역은 아래와 같고, 경정청구 과정에서 상시근로자수 등이 증가함에 따라 양산금형 투자금액에 대해서는 처분청에서 고용창출투자세액공제를 적용하였다. (라) 예비적 청구에 따라 쟁점설비투자가 연구인력개발설비투자세액공제가 아닌 고용창출투자세액공제를 적용할 경우의 투자세액공제금액은 OOO와 같다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①과 쟁점①-1 ‘예비적 청구’에 대하여 살피건대, 조특법 시행령 별표6에 따라 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에는 연구소 또는 전담부서 등에서 근무하는 직원의 인건비가 포함되나, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자의 인건비는 제외하도록 규정되어 있는바, 조특법 제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것인 점(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결, 같은 뜻임), 쟁점부서의 조직도에 기재된 직무와 직무수행비율 등에 따르면 일부 인원이 행정업무등을 수행하고 있는 것으로 나타나 연구개발활동에 전담하는 인원으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제를 배제하고 청구법인의 이 건 법인세 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만 처분청은 쟁점부서를 연구전담부서로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 2002년 기업부설연구소를 인정받은 후 OOO에 매년 변경내역을 신고하고 있고, 쟁점부서는 연구전담부서로 등록되어 있으며, 청구법인은 신제품 개발프로세스에 따라 연구개발을 진행하면서 쟁점부서의 경우에도 개발단계별로 연구 검토항목이 지정되어 있는 등 쟁점부서는 고객사에 납품할 부품의 시제품을 개발·제작하는 부서로 양산 이전 단계에서 완성차업체의 납품조건에 맞도록 설계, 시험제작(시제품), 기술적인 시험평가 등 연구활동을 하고 있으므로 연구전담부서에 해당하는 점, 쟁점부서에서 일부 인원이 행정업무등을 하였다고 하여 부서인원 전체의 인건비를 세액공제 대상에서 배제하는 것보다 행정업무등에 전담하거나 일부 종사한 것으로 볼 수 있는 해당 인원만을 세액공제 대상 인건비에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점인건비 전액을 연구‧인력개발비 세액공제대상에는 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 별표6에서 연구개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비 및 시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함하여 규정하고 있는 점, 연구개발활동이란 새로운 제품을 개발하기 위한 시제품의 설계․제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말하는 것이고, 제품의 연구개발과정에서 고객사에 납품할 시제품 제작에 사용하기 위해 제작된 연구용 금형의 제작비용은 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 시범제작에 소요되는 외주가공비에 해당되는 점, 처분청은 고객사로부터 기술개발이 완료된 설계도면을 받아 자체 연구개발기술 등을 반영되지 않은 단순한 위탁생산 과정이라는 의견이나, 통상 자동차의 경우 약 2∼3만개의 부품이 필요하여 고객사의 다른 부품들과 어우러지기 위해서는 고객사로부터 도면을 받을 수 밖에 없고, 청구법인이 제출한 도면 사양수정제안서를 보면 고객사로부터 받은 도면에 대해 고객사가 원하는 성능을 낼 수 있도록 청구법인의 설계변경 제안사항 등이 반영되어 있는 등 청구법인의 연구개발을 통해서 계속하여 설계도면의 수정‧보완이 이루어지고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 제품을 연구개발 과정에서 고객사에 납품할 시제품(견본품) 제작에 사용하기 위해 지출한 쟁점외주가공비는 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품 시범제작에 소요되는 외주가공비에 해당된다고 판단되므로 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2018구2633, 2019.6.26., 같은 뜻임). (다) 마지막으로 쟁점③과 쟁점③-1에 대하여 살피건대, 연구개발 활동이란 새로운 제품을 개발하기 위한 시제품의 설계․제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말하는 것이고, 청구법인이 제품을 개발하는 과정에서 고객사에게 납품할 시제품을 제작하는 것은 필수과정에 해당하는바, 쟁점설비투자가 양산 전(前) 단계에서 시제품을 생산하여 불량여부를 확인하고, OOO 시제품 제작설비 및 금형에 대한 수정과정을 위해 반복적으로 사용되므로 연구‧인력개발을 위한 시설투자에 해당하며, 시제품 제작활동 등에 사용한 시작금형은 연구·개발활동이 종료되는 경우에도 양산에 전용되는 것으로 일회성이 아닌 반복적으로 사용 가능한 것으로서 자산성이 인정된다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이므로 처분청에서 쟁점설비투자에 해당하는 시작금형이 연구인력개발을 위한 시설투자에 해당하는지 여부, 연구개발 활동이후에 양산금형으로 전용되어 실제 사용하고 있는지 여부 등에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 연구인력개발 설비투자 세액공제 또는 고용창출투자세액공제 여부를 적용하여 세액의 경정여부를 결정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.