쟁점부동산지분 매매계약이 원인무효이므로 그 계약에 따라 기납부한 법인세 및 부가가치세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2016.5.30. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 OOO 공장용지 906㎡ 및 그 지상건물의 지분 60%와 같은 읍 OOO 2420 공장용지 7,825㎡ 및 그 지상건물의 지분 60%(이하 위 토지 2필지 및 그 지상건물들을 “쟁점부동산”, 그 지분 60%를 “쟁점부동산지분”이라 한다)를 OOO원에 양도(소유권이전등기)한 후 이에 대한 법인세 및 부가가치세 신고를 누락하였다가 2018.2.20. 쟁점부동산지분의 양도소득을 익금산입하고 쟁점부동산지분 중 건물분 공급가액 OOO원을 과세표준에 가산하는 등 하여 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 각 수정신고․납부하였으나, 쟁점부동산지분을 양도할 당시 청구법인의 사내이사였던 이OOO와 OOO의 대표이사였던 이OOO(이OOO의 누나)가 자신들의 주식매수자금을 마련할 목적으로 쟁점부동산지분을 매매하였으므로 쟁점부동산지분에 관한 2016.5.30.자 매매계약(이하 “쟁점부동산지분계약”이라 한다)은 업무상 배임행위에 따른 무효인 계약이라고 주장하면서 2020.4.2. 기 납부한 위 법인세 및 부가가치세 합계 OOO원을 환급해 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 등기사항일부증명서에서 쟁점부동산지분의 양도 사실이 확인되는 반면 법원 판결 등을 통하여 쟁점부동산지분계약이 무효임이 확정된 사실이 없다는 등의 이유로 2020.5.4. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 이OOO는 2016.5.10. 고OOO이 보유하고 있던 청구법인의 발행주식 2만주(이하 “이 사건 주식”이라 한다)를 OOO원에 매수하기로 계약하였으나 자력으로 위 매매대금을 지급할 수 없다고 보아, 당시 청구법인의 대표이사였던 고OOO과 공모하여 자신을 청구법인의 사내이사로 등기하는 한편 이 사건 주식을 자신 및 이OOO 앞으로 명의개서하고 쟁점부동산지분을 이OOO가 대표이사로 있던 OOO에게 양도한 후 그 양도대금을 이 사건 주식의 매매대금으로 사용하였다.

(2) 위와 같이 쟁점부동산지분계약은 이OOO 등의 업무상 배임행위에 따른 위법․무효인 매매계약이므로 이를 근거로 수정신고․납부한 이 사건 법인세 및 부가가치세를 환급하여야 한다(처분청은 청구법인이 스스로 수정신고․납부한 사실을 근거로 이 사건 경정청구 거부처분이 정당하다고 하나 당시 처분청이 법인세 및 부가가치세의 자진신고를 종용함에 따라 청구법인으로서는 사업상 막대한 지장이 발생할 것을 우려하여 부득이하게 이 사건 법인세 및 부가가치세를 수정신고․납부할 수밖에 없었음을 고려하여야 한다).

• 나. 처분청 의견 청구법인이 2016.5.30. OOO에게 쟁점부동산지분을 양도하였음이 등기사항일부증명서에서 확인되고, 청구법인 스스로 2018.2.20. 쟁점부동산지분의 양도에 따른 법인세 및 부가가치세를 수정신고․납부하였으며, 판결 등을 통하여 쟁점부동산지분계약이 무효임이 확정된 사실이 없고 등기사항일부증명서에도 쟁점부동산지분계약이 여전히 유효한 것으로 기재되어 있으므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산지분계약이 원인무효이므로 위 계약에 따라 기 납부한 법인세 및 부가가치세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 일부개정된 것) 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

3. 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 소득금액

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정된 것) 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

(3) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것) 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항일부증명서, 주식변동상황명세서, OOO지방법원의 판결문OOO 및 OOO지방검찰청검사의 이OOO에 대한 공소장OOO 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1995.4.28. 건축자재, 철구조 등의 제조 및 철골․철물 공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이고, OOO는 2016.2.5. 건설업 및 부동산매매업을 영위할 목적으로 설립된 법인이다. (나) 청구법인 및 OOO의 주주변동내역 및 주요임원변동내역은 아래 <표1>, <표2>와 같다. OOO (다) 이 사건 주식의 양도 및 쟁점부동산지분의 매매 경위는 다음과 같다.

1. 고OOO은 2016.5.10. 이OOO에게 이 사건 주식을 OOO원에 양도하기로 하는 ‘포괄법인인수 주식양도․양수계약’을 체결한 후 이OOO의 요청에 따라 주식대금을 지급받지 못한 상태에서 이OOO 및 이OOO 앞으로 이 사건 주식 전부를 명의개서하고 위 <표2>와 같이 이사변경등기를 경료하였다.

2. 청구법인은 2016.5.30. OOO에게 쟁점부동산지분을 OOO원에 양도하고 지분이전등기를 경료하였고, OOO는 같은 날 쟁점부동산지분을 담보로 OOO신용협동조합과 OOO신용협동조합으로부터 총 OOO원의 대출을 받았다.

3. 당시 OOO의 대표이사였던 이OOO는 위 대출금 중 OOO원을 청구법인의 OOO은행에 대한 채무를 변제하는데 사용한 후 나머지 금액OOO을 고OOO에게 이 사건 주식의 매매대금을 지불하는 등 개인적인 용도로 사용하였다.

4. 이OOO가 지속적으로 이 사건 주식의 잔금지급을 회피하자, 고OOO은 2016.9.19. 청구법인과 OOO를 채무자로, 채권최고액을 OOO원으로 하고 자신 앞으로 쟁점부동산에 대한 근저당권설정등기(이하 “이 사건 근저당권설정등기”라 한다)를 하였다.

5. 청구법인은 2016.11.7. OOO로부터 쟁점부동산지분을 매매대금 OOO원에 매수하기로 하는 내용의 계약을 체결하고 2016.11.8. 지분이전등기를 하였다. (라) 이후 청구법인은 2016.11.7. 황OOO가 대표이사로 새로 취임하게되자, 2016.11.10. 고OOO을 상대로 이 사건 근저당권설정등기의 말소절차를 이행하라는 내용의 소송을 제기하였고, OOO지방법원은 2017.7.4. 이OOO와 이OOO가 이 사건 주식의 매매대금채무를 담보하기 위하여 이 사건 근저당권설정등기를 해준 것은 대표권남용 행위에 해당한다는 등의 이유로 위 근저당권설정등기를 말소하라고 판결OOO하였다(고OOO은 이에 상소하였고 OOO법원은 2017.11.30. 화해권고결정을 하였다). (마) 2016.5.30.자 쟁점부동산지분의 양도와 관련하여 청구법인은 법인세 및 부가가치세를 신고하지 않다가 2018.2.20. 2016사업연도 법인세 및 2016년 제1기 부가가치세를 각 수정신고․납부하였는데, 부가가치세신고서에 첨부된 매출처별세금계산서합계표에는 청구법인이 OOO(316-88-*)에게 공급가액 합계 OOO원 상당의 (종이)세금계산서 2매를 발급한 것으로 기재되어 있다. (바) 한편, OOO지방검찰청검사는 이OOO가 청구법인의 쟁점부동산지분을 OOO에게 매각하고 이에 대한 대금 중 일부를 지급하지 않고 개인적인 용도로 사용하여 청구법인에게 OOO의 손해를 가하였다고 하여 업무상배임혐의로 2019.9.30. 공소를 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산지분의 2016.5.30.자 매매계약이 당시 청구법인의 실질적 경영주였던 이OOO 등의 배임행위에 의한 것으로 무효인 계약이므로 기 납부한 법인세 및 부가가치세를 환급하여야 한다는 주장인데, 원칙적으로 부동산에 대한 매매계약이 무효가 되었다면 해당 매매계약의 효력이 상실되어 당초부터 자산의 양도가 이루어지지 아니한 것OOO으로 볼 수 있겠으나, 주식회사의 대표이사가 그 대표권의 범위 내에서 한 행위는 설사 대표이사가 회사의 영리목적과 관계없이 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 그 권한을 남용한 것이라 할지라도 일단 회사의 행위로서 유효하다OOO고 할 수 있고, OOO지방법원은 이 사건 근저당권설정등기 행위가 이OOO 등의 대표권남용에 해당한다고 보아 위 근저당권설정등기를 말소하라고만 하였을 뿐 쟁점부동산지분계약이 무효라고 판시한바 없으며(OOO지방검찰청 또한 이OOO 등을 배임행위로 공소제기하였을 뿐 쟁점부동산지분계약의 효력에 대하여 달리 언급하지 않았다), 쟁점부동산의 등기사항일부증명서에도 쟁점부동산지분계약을 원인으로 한 소유권이전변경등기가 유효한 것으로 기재되어 있는 점 등으로 보아 쟁점부동산지분계약이 원인무효라고 단정할 수 없으므로 쟁점부동산계약이 무효임을 전제로 한 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.