[요지] 청구인은 쟁점지출액이 토지계정에 포함되었다는 사실을 충분히 입증하였다고 보기 어려운 것으로 판단되고, 쟁점토지를 취득할 당시 취·등록세를 납부한 사실이 확인되므로 처분청의 이 건 처분 중 쟁점토지 취·등록세를 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 있다 할 것이나, 쟁점지출액 중 위 필요경비를 제외한 나머지 금액을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 없다고 판단됨
[요지] 청구인은 쟁점지출액이 토지계정에 포함되었다는 사실을 충분히 입증하였다고 보기 어려운 것으로 판단되고, 쟁점토지를 취득할 당시 취·등록세를 납부한 사실이 확인되므로 처분청의 이 건 처분 중 쟁점토지 취·등록세를 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 있다 할 것이나, 쟁점지출액 중 위 필요경비를 제외한 나머지 금액을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2020.2.12. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 납부한 취·등록세 OOO을 필요경비에 추가로 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) [파일공사 관련] 쟁점토지는 OOO가 저지대 습지를 기반 공사한 후 공장용지로 분양한 토지로, 단지일대 전부가 연약지반이어서 청구인은 쟁점토지에 파일공사를 추가로 실시하였다. 쟁점건물 A동의 높이가 공부상으로는 1층이지만 층고가 아파트 건물 2∼3층 높이인 11㎡이고, 기둥은 H빔으로 시공되었으며, 기둥과 기둥 사이에 연결된 H빔 보에 고 중량 철재제품을 이동시키는 작업에 사용되는 크레인을 각 동에 2대씩 설치하였다. 만일 쟁점토지에 지반침하 현상이 발생할 경우 크레인이 설치된 보의 수평이 틀어져 크레인을 사용할 수 없기 때문에 청구인은 파일시공을 할 수밖에 없었다. (가) 쟁점건물 공사 도급을 받았던 OOO 대표이사는 당시 현장에 파일시공이 필요하여 (자신이 담당한 공사와 별개로) 파일시공업체를 청구인에게 소개해 주었고, 파일공사 시 현장감독을 하였다는 내용을 확인하는 사실관계 확인서에 서명하였다. (나) 1994년 쟁점건물 신축공사 설계도면에는 파일공사와 관련된 설계도가 없는데, 1996년 쟁점건물 증축공사 설계도면에는 1994년에 파일공사가 완료되었음을 확인할 수 있다. 즉 파일공사는 1994년 쟁점건물 신축공사와 별개로 이루어진 것으로, 1996년 쟁점건물 증축공사 설계도면에 따르면 기초 판 1개당 2줄의 파일이 시공되었음이 확인된다. (다) 처분청 실무담당자가 현장확인 및 주변조사를 통해 쟁점토지가 위치한 지역이 파일공사가 필요한 지역이라는 점을 확인하였으며, 청구인이 파일공사를 실시한 사실에 대해서는 다툼이 없다.
(2) [마당 포장공사 관련] 쟁점토지 면적 중 건물 정착면적을 제외한 나머지 343평 정도는 지중에 철근콘크리트 시공을 한 후 마감재로 아스콘포장을 하였다. 만일 쟁점건물 공사 설계도면에 마당 포장공사가 포함되어 있다면 위 비용은 쟁점건물 공사금액에 포함되어 있다고 볼 수 있을 것이지만, 마당 포장공사와 관련한 내용은 전체 설계도 어디에도 확인되지 않는다. 즉 청구인은 쟁점건물 공사와 별개로 마당 포장공사를 실시하였으므로 이와 관련된 비용 역시 쟁점토지 계정(즉 쟁점지출액)에 포함되어야 한다.
(3) [담장공사 관련] 청구인이 운영하는 OOO의 공장부지는 가로 50㎡, 세로 63㎡로 담장은 총 226㎡이다. 청구인이 공장을 신축할 당시에는 연접토지에 공장이 입주하지 않았으므로 쟁점건물 공사에 담장공사를 실시하지 않았다가, 쟁점건물 공사와 별개로 부지 경계 전부를 건물시공사가 아닌 다른 업자에게 맡겨 시공한 것이다. 담장사진을 보면 기초철근콘크리트 공사 후 중간에 벽돌 기둥을 세우고, 철재 울타리를 설치한 사실을 명확히 확인할 수 있다.
(4) 청구인이 쟁점토지 및 쟁점건물 취득과 관련된 거래증빙을 제출할 수 없는 상황에서, 처분청에서 조회한 금액과 처분청 전산수록 내용으로 확인된 금액이 전체 취득금액 중 86%가 된다는 것은 장부기재 금액을 충분히 신뢰할 수 있을 정도의 높은 비율이라 할 것이다. 또한 나머지 14% 쟁점지출액 역시 객관적 증빙확인은 불가능하나, 실제 공사가 이루어진 내용이 확인되고, 쟁점지출액이 그 당시에 지급되었을 것이라고 추정되는 금액이 장부에 계상된 금액과 크게 차이가 없다면 장부에 기재된 금액은 거짓이 없다고 보는 것이 합리적이다.
(1) 대법원은 필요경비에 대한 입증책임은 납세자에게 있다고 판시하고 있다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 참조). 또한 납세의무자가 작성·비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론, 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다고 할 수도 없다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 참조). 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대한 취득가액으로 신고한 재무제표 상 장부가액에 대하여 검토하였으나, 토지 분양가액만 확인되고 나머지 토지에 대한 자본적지출액이라고 주장하는 쟁점지출액에 대하여는 공사계약서, 세금계산서, 금융증빙 등 공사금액이 확인되는 직접적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. 따라서 이 건 처분은 정당하다.
(2) 쟁점지출액은 이미 건물 취득원가로 계상되었다. 파일공사, 공장마당 포장공사, 담장공사는 건물의 일부분과 구축물에 관한 공사로 신축·증축 건축설계도에 상세히 반영된 것으로 볼 때, 공사 도급금액에 위 공사비가 포함되었고 재무제표 상 쟁점건물의 취득원가로 이미 반영되었다고 볼 수밖에 없다. 설계도를 근거로 종합건설업자에게 쟁점건물 신축도급을 주었음에도 불구하고, 일부 공사를 본인이 하였다면 이에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있는 것이고, 입증을 하지 못하는 이상 설계도면에 적시된 공사 항목들은 도급금액에 반영되었다고 볼 수밖에 없다. 특히 파일시공과 관련하여 1994년 쟁점건물 신축 설계도에는 파일시공 도면이 없고, 1996년 쟁점건물 증축 설계도면에는 파일시공 도면이 자세히 작성되어 있다. 그런데 쟁점건물 증축 설계도면에서 파일은 “Ø350 파일 L=12M” 종류를 사용하도록 설계되어 있는데 “현장과 상이할 경우 협의 후 시공한다”고 기재되어 있는 것은 파일의 종류와 암반이 나오는 경우 등 현장상황이 맞지 않을 경우 파일 종류를 변경하겠다는 표시로 보아 (쟁점건물 증축과 별개로 이루어진 것이 아니라) 쟁점건물 증축과정에서 파일시공을 한 것으로 확인된다. 따라서 파일시공비용은 쟁점건물 증축공사비에 포함되어 건물 취득원가에 포함된 것으로 보인다.
(3) 재무제표에 기재된 토지 장부가액은 기재과정, 취득연도, 취득금액이 부정확하므로 신뢰할 수도 없다. 청구인은 1994.1.29. 쟁점토지를 OOO에 취득하였음에도 아래 ＜표2＞와 같이 1997년에 OOO으로 취득한 것으로 계상하였다. 또한 토지원가로 대체되었다고 주장하는 쟁점지출액에 대한 공사도 1995년과 1997년 2회계연도에 걸쳐 지출되었음에도 1997년에 지출되었다고 계상하였으며, 쟁점지출액 각 항목에 대한 취득원가가 얼마인지 내역도 확인되지 않는다. 따라서 재무제표에 계상된 토지의 장부가액은 신뢰할 수 없다. ＜표2＞ 연도별 표준대차대조표 요약
(4) 통상 금융기관은 대출 시 또는 금융기관 자체감사 시 대출의 적정성을 확인하기 위하여 고객에게 재무제표를 요구하는 경우가 있다. 쟁점토지의 경우 실제 1994년에 취득하였으나 1996년까지 재무제표 토지계정에 OOO으로 기재하였다가, 1997년에 이르러 OOO으로 기재하였다. 이에 더하여 청구인의 1997년 재무제표에 따르면 장기차입금 OOO이 계상된 점을 고려하면, 은행측의 재무제표 제출 요구로 토지가액을 감정평가하고 기 대출 금액을 재무제표에 반영하여 제출한 것으로 추정된다.
(5) 파일시공 등과 관련된 서류를 보존연한이 지나서 보관하고 있지 않다는 주장 또한 믿기 어렵다. 청구인은 쟁점건물 신축 및 증축 관련 건축허가신청 등 허가서류와 건축설계도, 도급계약서 등 모든 서류를 보관하고 있으면서 파일시공 등과 관련된 서류를 보관하고 있지 않다고 주장하고 있다. 그러나 도급계약서 등은 공급시기, 공급가액 등 판단을 위한 필수서류로, 일부 도급계약서는 청구인이 현재까지 보관하고 있으면서 별도 공사라고 주장하는 계약서 등은 세무사 사무실에 넘겨줘 보관하고 있지 않다는 주장은 믿기 어렵다. 뿐만 아니라 통상 회계사무실에서는 장부보존 연한이 경과하면 의뢰인에게 반납하는 것이지 보존연한이 경과하였다고 일방적으로 파기하지 않는다. 더구나 청구인은 위 계약은 구두로 계약하고 계약서, 세금계산서 없이 거래를 하였기 때문에 입증할 수 없다고 하지만, 만일 실제 사실이 그렇다고 한다면 취득가액 및 필요경비 입증책임이 있는 청구인으로서는 현재에도 필요경비를 인정받을 수 없는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
(1) 청구인은 1993.1.30. OOO로부터 OOO에 쟁점토지를 분양받아, 1994.2.4. 잔금을 납부하고 취득하였다. 쟁점토지 취득과 관련한 재무제표 기재내용은 위 ＜표2＞와 같이 취득당시인 1994년에는 OOO으로 기재하였다가 1997년에 OOO으로 기재하였다.
(2) 청구인은 1994.7.15. 쟁점건물(1차 공장, 연면적 1,287.48㎡)을 신축하기 위한 건축허가를 받아 OOO에 도급을 주었고, 1995년 3월에 쟁점건물 사용승인을 받았다.
(3) 청구인은 1996.10.24. 쟁점건물(2차 공장, 연면적 1,086.92㎡)을 증축하기 위해 건축허가를 받아 OOO에 도급을 주었고, 1997년 6월에 쟁점건물 증축부분에 대한 사용승인을 받았다.
(4) 쟁점토지 및 쟁건물에 대한 부동산매매계약서에 따르면 청구인은 2019.2.28. 매수인 주식회사 OOO에 양도한 것으로 확인된다.
(5) 청구인은 주장사실을 입증하기 위하여 아래와 같은 증빙을 제출하였다. (가) 청구인은 쟁점건물 공사 관련하여 증빙서류로 아래 ＜표3＞과 같은 서류들을 제출하였다. ＜표3＞ 청구인의 제출서류 목록 (나) 청구인은 파일공사와 관련하여 1994년 쟁점건물 신축 당시 수급인 OOO이 작성한 사실관계 확인서를 아래와 같이 제출하였다. (다) 청구인이 제출한 ‘양도소득세 신고서 검증을 위한 현장확인 보고서’ 내용은 아래와 같다. (라) 청구인이 제출한 1994년 쟁점건물 신축 당시 설계도에 의하면 파일공사 내용이 포함되지 않은 것으로 확인되고, 1996년 쟁점건물 증축 당시 설계도에 의하면 파일공사 내용이 반영되어 있으며, “Ø350 파일 L=12M” 종류를 사용하도록 설계되어 있는데, “현장과 상이할 경우 협의 후 시공”한다는 문구가 기재되어 있다. (마) 청구인은 쟁점건물에 크레인을 설치하기 위해서는 파일공사가 필요하였다고 주장하며, 크레인이 설치된 현장사진을 증빙으로 제출하였는데, 사진에는 쟁점건물에 크레인을 설치하기 위해 설치된 파일들의 모습이 나타나 있다. (바) 담장공사와 관련하여 청구인이 제출한 1994년 쟁점건물 신축공사 설계도 중 건물배치도면에는 “투시형 담장”을 신축한 것으로 길이까지 설계되어 있다. 또한 청구인이 제출한 1996년 쟁점건물 증축공사 설계도 중 건물배치도면에도 “투시형 담장(기존)”이라고 기재되어 있다. 청구인은 그러나 실제 시공된 담장은 1994년 쟁점건물 신축 설계도면 내용과 달리 “투시형담장”이 아니라 ① 도로와 접한 부분의 담장은 “적벽돌기둥”과 “사각철재”를 사용하여 시공했고, ② 인근 공장과 인접한 경계면의 담장은 철망담장으로 시공한 사실이 확인되므로 OOO이 시공한 부분과 별개로 시공된 것이라고 주장하며 현장사진을 증빙으로 제출하였는데, 현장사진에 의하면 적벽돌기둥과 사각철재를 사용하여 시공된 담장과 철망으로 시공된 담장이 확인된다. (사) 마당포장 공사 관련하여 청구인은 마당포장 공사는 쟁점건물 설계도 어디에도 포함되어 있지 않으나, 쟁점건물 건축과 별개로 실제 마당포장 공사를 하였다고 주장하며 마당포장 공사가 완료된 현장사진을 증빙으로 제출하였다. 이와 관련하여 쟁점건물 신축 및 증축 설계도면에는 마당포장 공사 내용은 기재되어 있지 않은 것으로 확인되고, 청구인이 제출한 현장사진에는 마당공사가 완료된 모습이 확인된다. (아) OOO이 회신한 공문에 따르면 청구인의 쟁점토지 취득과 관련하여 취·등록세 납부내역은 아래 ＜표4＞와 같다. 처분청은 이 건 처분을 할 당시 쟁점토지와 관련하여 청구인이 납부한 취·등록세 OOO 필요경비로 인정한 사실이 없다고 확인하였다. ＜표4＞ 청구인의 쟁점토지 취득관련 취·등록세 납부내역
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 파일공사, 마당공사, 담장공사 등을 한 사실은 확인되나 위 공사내용이 쟁점건물 설계도면에 반영되지 아니한 점에 비추어 관련 공사비용 또한 쟁점건물 계정에 반영하지 않았을 것으로 추측할 수 있으므로, 쟁점지출액은 당연히 쟁점토지 계정에 반영되어 있다고 할 것인바, 장부상 쟁점토지에 관한 자본적지출액인 쟁점지출액을 양도소득세 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 다음과 같은 사정에 비추어 보면 청구인의 주장을 전부 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 양도소득세 부과처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결, 같은 뜻임). 이와 같은 판시 취지에 비추어 이 건에 대하여 살펴보면, ① 청구인 스스로도 쟁점지출액을 입증할만한 객관적인 증거는 오래되거나 폐기되어 제출하기 어렵다고 인정하고 있는 점, ② 다만 쟁점건물 설계도에 파일공사, 마당공사 등이 반영되어 있지 아니하므로 위 공사비용은 쟁점건물 계정이 아닌 쟁점토지 계정에 반영되었을 것으로 추측된다는 것이나, 쟁점건물 신축공사 도면에는 담장공사가, 증축공사 도면에는 파일공사 부분이 공사내용에 포함되어 있는 것으로 보이는 점, ③ 파일공사, 마당공사, 담장공사 등은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사라기보다 토지와 구분되는 건물 또는 구축물 등의 공사에 해당하므로 쟁점건물 계정에 반영되었을 것이라고 보는 것이 타당한 점, ④ 쟁점건물 설계도에 파일공사, 마당공사 등이 포함되어 있지 않았다는 사실만으로 당연히 위 공사비용이 쟁점토지 계정에 포함되었다고 단정할 수도 없는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점지출액이 토지계정에 포함되었다는 사실을 충분히 입증하였다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 다만 OOO의 회신내역에 따르면 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시 취·등록세 OOO을 납부한 사실이 확인됨에도 불구하고, 처분청은 쟁점토지 분양가 OOO만을 필요경비로 인정하였으므로, 쟁점토지 취·등록세 OOO은 필요경비로 인정할 수 있다고 할 것이다. 그렇다면 처분청의 이 건 처분 중 쟁점토지 취·등록세 OOO을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 있다 할 것이나, 쟁점지출액 중 위 OOO을 제외한 나머지 금액을 필요경비로 인정하지 아니한 부분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.