[요지] 쟁점금액은 청구법인이 ○○○으로부터 AA도 BB시 CC구 DD동 00-00 임야 00㎡의 소유권을 회복하면서 이에 따른 ○○○의 해당 토지 취득 대금 상당의 손해를 배상한 것으로 쟁점토지 양도금액에 대응하는 원가로 볼 수 없어 장부가액에 포함되지 아니하는 바 양도가액에서 차감될 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[요지] 쟁점금액은 청구법인이 ○○○으로부터 AA도 BB시 CC구 DD동 00-00 임야 00㎡의 소유권을 회복하면서 이에 따른 ○○○의 해당 토지 취득 대금 상당의 손해를 배상한 것으로 쟁점토지 양도금액에 대응하는 원가로 볼 수 없어 장부가액에 포함되지 아니하는 바 양도가액에서 차감될 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점토지의 소유권을 회복하기 위한 소송결과에 따라 양OOO에게 지급한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 사실상 쟁점토지 취득에 소요된 비용에 해당하므로 이를 고려하면 쟁점토지 양도에 따른 이익이 발생하지 않았다. 쟁점토지는 2004년 당시 전 이사장 김OOO가 자신의 이익을 위하여 이사회의 결의가 없었음에도 회의록을 위조하는 등의 방법으로 주식회사 OOO개발(이하 “OOO개발”이라 한다)에 매각한 것으로, 김OOO는 이외 다수의 재단 소유 부동산 및 임대보증금 등 수백억을 편취하여 현재까지 해외로 잠적한 상태이다. 청구법인이 전이사장 김OOO에 의하여 불법 매각된 쟁점토지 등의 소유권을 회복하기 위한 소송을 제기한 결과, 2011.7.1. OOO법원은 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 이전하되, 청구법인이 OOO개발로부터 쟁점토지를 취득하여 보유 중이던 양OOO에게 소유권이전 등기 원인무효에 따른 손해배상금(토지대금 및 이자 등)을 지급하라고 판시한바, 이에 따라 청구법인은 2011.9.5. 쟁점토지의 소유권을 회복하였으나, 토지 매각승인이 지연되면서 양OOO에게 지급하여야 할 토지대금과 그 이자 및 토지분 재산세 등이 청구법인의 재정에 큰 부담이 되었다. 2013년 12월경에야 관할 교육청 허가를 받아 2014.1.20. 양OOO에게 쟁점토지를 양도하였는데, 매매대금 OOO원에서 상기 판결에 따라 양OOO에게 지급하여야 할 쟁점금액을 상계하는 등 실제로는 매매대금으로 OOO원만 수령하였고, 이 또한 청구법인의 채무변제 및 고유목적사업비에 모두 지출되었다.
(2) 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 쟁점토지 소유권 회복을 위한 소송이 2008년부터 2011년까지 장기간 진행되었고, 2013.12.9. 이후 관할 교육청의 매각승인까지의 소요된 시간을 고려하면, 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호에 따라 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.
(1) 청구법인은 쟁점토지의 장부가액 외에 소유권 회복을 위하여 전소유자 양OOO에게 지급한 쟁점금액이 토지취득 비용으로 인정되어야 하고, 이를 제외하면 청구법인에게 귀속된 양도소득이 없으므로 법인세를 추가로 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 토지등 양도소득에 대한 과세특례에서 토지 취득가액이 장부가액이 되는 것이고, 장부가액에 포함되지 않는 비용은 토지의 양도금액에서 차감되는 것이 아니라 원고의 사업연도소득 계산시 손금으로 차감되는 것OOO인바, 청구법인이 판결에 따라 양OOO에게 지급한 쟁점금액은 양OOO이 소유권을 취득하지 못한 것에 대한 청구법인의 귀책사유가 인정되어 지급의무를 부담하는 금원으로서, 자산의 양도금액에 직접 대응하는 원가로 볼 수 없는바 쟁점토지 장부가액에 포함되지 않는다.
(2) 쟁점토지는 소유기간이 5년 이상인 토지로 소송기간을 제외하더라도 청구법인이 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 동안 비사업용으로 소유하였으므로 법인세법 제55조의2 제2항의 비사업용 토지에 해당한다. 청구법인은 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호에 따르면 쟁점토지의 소유권 회복을 위한 소송 계류기간과 교육청 승인을 받기 위한 기간 동안 쟁점토지가 부득이한 사유로 비사업용 토지에 해당하는바 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법인세법 시행령 제92조의3에 따르면 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간을 비사업용 토지의 기간기준으로 명시하고 있는바, 설령 쟁점토지의 소송이 진행된 기간(2008.7.30.∼2011.7.28.)을 보유기간 중 사업용으로 사용된 기간으로 보더라도, 양도일(2014.1.20.) 직전 5년 중 2년(2011.7.29.∼2014.01.20.) 이상을 비사업용으로 소유하였고, 전체 소유기간 중 80% 이상을 비사업용으로 보유하고 있어 청구주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점금액을 법인세법 제55조의 2에 따른 토지등 양도소득 계산시 양도금액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지가 법인세법제55조의2에서 규정하는 비사업용 토지에 해당하는지 여부
(1) 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑧ 토지 등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.
(2) 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용 상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
(3) 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】 ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)
7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간
(4) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
(5) 소득세법 시행령 제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
(1) 처분청이 과세근거로 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 공부상 지목이 ‘임야’이고 1978.11.6. 유증을 원인으로 1998.3.4. 청구법인에게 소유권이 이전되었다가 2014.1.20. 양OOO에게 매매를 원인으로 소유권이 이전되었다 (나) 청구법인은 당초 2014사업연도 법인세 신고시 수입금액 OOO원, 과세표준 OOO원을 신고하였으나, 처분청은 청구법인이 해당 과세기간의 토지 등 양도소득을 무신고한 사실을 확인하여 쟁점토지 실거래가 OOO원을 양도가액으로 하고, 장부가액을 OOO원(2014사업연도 재무상태표 기반영)으로 하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. (다) 처분청 전산자료에 의하면 쟁점토지에 대하여 토지의 종류를 “임야”로, 재산세 과세대상 구분을 “종합합산과세대상”으로 하여 청구법인에게 2007년∼2013년도분 토지분 재산세가 부과된 것으로 나타난다.
(2) 청구법인이 청구주장에 대한 증빙으로 제시한 자료는 다음과 같다. (가) OOO지방법원 2009.10.15. 선고 OOO 판결서 및 OOO법원 2011.7.1. 선고 OOO 소유권이전등기·OOO 손해배상금 판결서에 따르면, 양OOO은 청구법인에게 OOO 임야 1,534㎡에 관하여 진정 명의 회복을 원인으로 한 소유권이전등기 절차를 이행하고, 청구법인은 양OOO에게 청구법인의 위법행위로 인하여 양OOO이 위 토지를 취득하기 위하여 지출한 손해를 배상할 의무가 있다고 판시하였으며, 해당 소송을 통하여 청구법인이 소유권이전등기 절차의 이행을 구하는 토지목록 중 쟁점토지는 나타나지 않는다. OOO (나) 청구법인이 제출한 채무 내역서에 따르면, 2013.12.31. 기준 청구법인의 양OOO에 대한 채무금액 원금은OOO원이고, 이자합계는 OOO원으로 그 산출내역은 아래 ＜표1＞과 같다. OOO (다) 청구법인이 제출한 공익법인 기본재산 처분결과에 따른 조치사항 보고(2015.7.23.) 및 청구법인 2015년 제3차 이사회 회의록(2015.7.7.) 등에 따르면, 청구법인은 기본재산 중 쟁점토지 및 OOO 임야 1,534㎡, 251-16 도로 955㎡중 300㎡를 매각하여 발생한 매각대금을 양OOO에 대한 채무상환 등 청구법인의 채무상환 및 고유목적사업 등에 모두 집행한 것으로 나타난다. (라) 청구법인과 양OOO이 작성한 매매합의서(2014.1.16.) 및 매매계약에 따르면, 대상물건 및 매매가격은 아래 ＜표2＞와 같고, 양OOO은 청구법인에게 매매대금 OOO원에서 2013.12.31. 기준 청구 법인에 대한 양OOO의 채권인 쟁점금액을 공제하고 OOO원을 지급한다고 되어있다. OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하는바OOO 법인세법 제55조의2 제6항은 토지의 양도소득은 토지의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하도록 규정하고 있고, 법인세법상 자산의 ‘장부가액’에 대한 명확한 정의규정은 없으나 이는 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 의미하는 것으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출·자산평가증 등을 가산하고 감각상각·평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리키는 것인 점OOO 쟁점금액은 청구법인이 양OOO으로부터 OOO 임야 1,534㎡의 소유권을 회복하면서 이에 따른 양OOO의 해당 토지 취득 대금 상당의 손해를 배상한 것으로 쟁점토지 양도금액에 대응하는 원가로 볼 수 없어 장부가액에 포함되지 아니하는바 양도가액에서 차감될 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 소유권 회복을 위한 소송 등의 기간을 제외하면 쟁점토지가 법인세법제55조의2에서 규정하는 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 시행령 제92조의3 제1호에 의하면, 비사업용 토지의 기간기준은 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간에 모두 해당하는 기간인바 청구주장과 같이 소유권 회복을 위한 소송이 진행된 기간(2008.7.30.∼2011.7.28.)을 부득이한 사유가 있어 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 해당기간 동안은 사업용 토지에 해당한 것으로 의제하더라도, 청구법인이 쟁점토지 양도일(2014.1.20.) 직전 5년 중 이를 제외한 2년(2011.7.29.∼2014.01.20.) 이상을 비사업용으로 소유하였고, 전체 소유기간 중 80% 이상을 비사업용으로 보유한 점, 임야는 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 본문에 따라 원칙적으로 비사업용 토지가 되고 다만 같은 호 단서에 규정된 임야만이 비사업용 토지에서 제외되는 것인바, 쟁점토지의 공부상 지목은 임야이고 청구법인이 그것이 같은 조 제2항 제2호 단서에서 규정된 임야에 해당한다고 볼 증빙을 제시하지 못하는 이상, 쟁점토지는 법인세법이 정한 비사업용 토지에 해당하는 점 등에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.