조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우 주거지역 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 감면이 배제되는 것으로 봄이 타당함
조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우 주거지역 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 감면이 배제되는 것으로 봄이 타당함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 1984.10.16.부터 쟁점토지 인근에서 거주하며 1988.1.11. 쟁점토지를 취득하고 2015.4.20. OOO에서 시행한 ‘OOO 일원의 침수지역 지구단위 종합복구사업’으로 인해 쟁점토지가 수용될 때까지 이를 27년 이상 농지로 경작하였다. 청구인은 2016.5.31. 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당한다고 보아 감면신청을 하였다가 처분청의 요구로 2016.7.25. 일부 수정하여 감면신고를 하였는바, 이 건 처분시까지 처분청은 쟁점토지를 감면대상으로 인정하다가 3년이 지나서야 쟁점토지가 2005.6.22. 주거지역으로 편입된 사실을 확인하고 구체적인 검토 없이 이 건 처분을 하였다. 쟁점토지는 2005.6.22. 주거지역으로 편입되었으나, 청구인이 보유하고 있는 기간동안 그 실질은 이전과 변동 없이 농지로 사용되었고, 2014.11.5. OOO 일대에 하천개선 복구사업이 결정됨에 따라 주거지역이 아닌 농지로 환원되었으므로 실질과세원칙에 따라 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지 발생한 소득에 대하여 100% 감면이 적용되어야 한다.
(2) 국세기본법제45조의3 제3항에 의하면, 납세자가 기한후 과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일 부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 하고, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구인의 2016.5.31. 확정신고 및 2016.7.25. 수정신고는 위 규정의 ‘기한후과세표준신고’에 해당함에도 처분청은 결정이나 부득이한 사유의 통지의무를 이행하지 아니한 채 2019.12.6.에서야 이 건 처분을 하였으므로 처분청의 부작위로 인하여 과도하게 부과된 무신고가산세 및 납부불성실가산세는 모두 취소되어야 한다. 설령, 이 건 가산세 부과처분이 전액 취소되지 아니하더라도, 국세기본법제48조 제2항 제3호 라목에서 예정신고기간에 예정신고를 하지 않은 경우라도 확정신고기한까지 과세표준신고를 한 경우 가산세액의 100분의 50을 감면하도록 규정하고 있고, 과소신고한 경우를 배제하는 규정이 달리 없으므로 이 건 일반무신고가산세를 50% 감액하여야 하고, 납부불성실가산세는 위에서 언급한 바와 같이 처분청의 위법한 부작위로 인해 과다하게 산정되었으므로 예정신고의무를 해태한 것만 고려하여 2015.6.1.∼2016.7.25.(수정신고) 기간에 대하여만 납부불성실가산세를 부과하여야 한다.
(1) 조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조에서 주거지역에 편입된 읍면지역의 농지는 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있는바, 토지이용계획정보에 따르면, 쟁점토지는 제1종일반주거지역으로 되어 있고, OOO 고시 제2005-129호에서 2005.6.22. 주거지역으로 편입된 것으로 확인되므로 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 소득세법제105조에 따라 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득세과세표준을 예정신고할 의무가 있는바, 예정신고기한 내 무신고한 자가 확정신고를 하더라도 예정신고분에 대하여도 가산세를 부과하는 것이 정당하고, 달리국세기본법제48조에 따른 가산세를 감면할 정당한 사유가 있지 아니하므로 이 건 가산세 부과처분은 정당하다.
① 쟁점토지의 주거지역 편입 이후 발생한 양도소득에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.(각 목 생략)
⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다(계산식 생략).
(3) 소득세법(2015.3.10. 법률 제13206호로 개정된 것) 제105조[양도소득과세표준 예정신고] ① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.
2. 제94조 제1항 제3호 각 목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월
② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.
③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. 제106조[예정신고납부] ① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.
② 제1항에 따른 납부를 "예정신고납부"라 한다.
③ 예정신고납부를 하는 경우 제82조 및 제118조에 따른 수시부과세액이 있을 때에는 이를 공제하여 납부한다.
(4) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의3[기한 후 신고] ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조 에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.
③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.
④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제47조의2[무신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다(단서 생략). 제47조의4[납부불성실ㆍ환급불성실가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다(단서 생략).
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(5) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제48조[가산세 감면 등] ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 처분청이 OOO에 주거지역 편입일을 의뢰하여 회신받은 공문(OOO-14095, 2019.8.8.) 및 토지이용계획정보 등에 의하면, 쟁점토지는 2005.6.22. OOO 고시 제2005-129호로 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 2020.3.12. 현재 제1종 일반주거지역, 제1종 지구단위계획구역, 가축사육제한구역, 상대보호구역으로 지정되어 있는 것으로 나타난다. (나) 처분청이 OOO에 수용확인원 발급을 의뢰하여 회신받은 공문(OOO-20150, 2019.8.9.)에 의하면, 쟁점토지는 2015.3.18. OOO 제2015-502호 사업인정고시[OOO 침수지역 지구단위종합복구사업OOO]에 따라 OOO에 수용되었고, 청구인은 그 대가로 OOO의 보상금을 수령한 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 1988.1.11. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득하였고, 쟁점토지는 2014.12.24. OOO 답 615㎡ 중 답 280㎡이 OOO로 분할되었으며, 청구인은 쟁점토지 중 OOO답 335㎡는 2015.4.20., OOO 답 280㎡는 2015.3.13. OOO에 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권을 이전한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 아래 <표>와 같이 2016.5.31. 2015년 귀속 양도소득세를 확정신고한 후 2016.7.25. 수정신고를 하였는바, 처분청은 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여 자경감면에 대한 양도소득세 감면을 적용하고, 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득에 대하여는 감면을 적용하지 아니하여 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.
(2) 청구인은 주거지역으로 편입된 쟁점토지는 실제로는 농지로 경작되었고, 쟁점토지는 2014.11.5. OOO 공고 OOO복구지역에 포함됨에 따라 농지로 환원된 것이므로 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득에 대하여도 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다고 주장하며, 2014.11.5.자 OOO 공고 제2014-1355호의 ‘보상계획공고’[OOO 침수지역 지구단위종합복구사업OOO에 쟁점토지가 포함됨], 청구인의 주민등록표 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 주거지역 편입 이후에 발생한 양도소득에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 감면요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 하는바, 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 해당 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역등에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로, 2005.6.22. OOO 고시 제2005-129호에 따라 주거지역으로 편입된 쟁점토지의 경우, 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하고, 편입일 이후에도 쟁점토지를 경작하였다거나 침수지역 지구단위종합복구사업에 쟁점토지가 포함되었다 하더라도 취득일부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 한하여 양도소득세 감면을 적용한다는 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 규정을 명문의 규정 없이 달리 적용하는 것은 타당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인은 2015.3.13. 및 2015.4.20. 쟁점토지를 양도하고 양도소득세 신고의무가 있었음에도 법정신고기한까지 양도소득세 과세표준 예정신고를 하지 아니한 것으로 확인되고, 가산세 납세의무는 양도소득세 예정신고기한 내에 신고․납부하지 않았을 때 성립하는 점, 양도소득세 예정신고기한까지 예정신고를 하지 아니하였더라도 확정신고기한까지 과세표준신고를 한 경우 적용되는 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제48조 제2항 제3호 라목의 가산세 감면 규정은 같은 법 부칙 제1호 및 제5조에 따라 “2018.1.1. 이후 도래하는 확정신고기한까지 신고하거나 수정하여 신고하는 분부터 적용”되므로 2016.5.31. 확정신고기한이 도래된 이 건에 적용된다고 보기 어려운 점,국세기본법제45조의3 제3항은 납세의무자의 세금 납부의무를 조속히 확정하여야 한다는 취지의 규정으로 보이므로 그 취지와 달리 가산세의 부과를 제한하는 규정으로 보기 어려운 점, 청구인은 확정신고나 수정신고시에도 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득금액을 감면신고함으로써 결과적으로 이 건 납세고지일까지 2015년 귀속 양도소득세를 납부한 사실이 없으므로 전체 미납기간에 대하여 납부불성실가산세를 계산한데 잘못이 없는 것으로 보이고, 이 건 과세처분은 국세부과제척기간 내에 적법하게 이루어졌으며, 처분청의 경정지연의 사유가 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다