조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2020-부-1238 선고일 2020.08.31

청구법인이 법인설립시 업태를 ‘부동산업’, 종목을 ‘택지분양’으로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도 당시에도 유지, 수입금액을 기준으로 판단하더라도 청구법인은 쟁점토지의 양도당시 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목에서 규정하고 있는‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인’에 해당되는 것으로 보임

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.10.20. OOO을 사업장으로 하여 설립된 농업회사법인으로, 2018사업연도 중 OOO소재 토지 4,077㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 쟁점토지의 양도차익에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점토지를 법인세법 제55조의2 에서 규정하고 있는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 비사업용 토지로 보아 2019.12.9. 청구법인에게 2018사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO결정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2016.1.29. 사업자등록 정정신고시 주업종을 농업으로 정정한 후 채소, 화훼, 종묘, 과실 및 기타 작물 재배업을 주업으로 하여 온 농업법인으로서 쟁점토지를 포함한 소유농지 전부에서 계속적·반복적으로 실지 농작물을 경작하여 왔으므로 청구법인이 2014년 10월 사업자등록 당시 주업을 부동산업으로 하였다는 사유로 처분청이 청구법인의 주된 사업이 부동산매매업이라고 본 것은 부당하다. 또한 처분청은 쟁점토지 양도차익이 청구법인의 농업 관련 매출액을 상회한다는 이유로 청구법인이 농업을 주된 사업으로 영위하고 있다고 보기 어렵다는 의견이나, 이는 2014년 이후 쟁점토지를 포함한 제주도 지가의 급격한 상승으로 인하여 쟁점토지 양도차익이 청구법인이 소유한 소규모 농지에서 생산되는 농작물 수익보다 커진 것으로서 이를 근거로 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 아니라고 볼 수는 없다.

(2) 법인세법제55조의2 제2항 제1호 및 법인세법 시행령제92조의5 제2항은 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지를 부동산매매업을 하기 위한 재고자산(상품)으로 계상한 사실이 없고, 쟁점토지 매도금액을 수입금액(상품매출)으로 계상한 바도 없다. 또한 쟁점토지 양도차익도 매출총이익이 아닌 영업외수익(유형자산처분이익)으로 계상하였으므로 청구법인은 2 이상의 서로 다른 사업을 겸업한 사실이 없이 오직 농업만을 주업으로 영위한 것으로서 농작물 관련 매출액이 작다는 이유로 농업이 주업이 아니라고 볼 수는 없고, 처분청이 유형자산처분이익이 농작물 매출액보다 더 많다는 이유로 청구법인을 부동산매매업을 주된 사업으로 하는 법인으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 (

1. 청구법인은 쟁점토지는 작물재배업을 주목적으로 설립된 청구법인의 사업용 토지에 해당한다고 주장하나, (가) 청구법인은 2014.10.20. 법인설립신고 및 사업자등록신청시 주업태가 부동산업, 주종목이 택지분양으로 당초 부동산매매업을 주목적으로 설립된 법인이고, 2016.1.29. 주업태를 농업으로, 주종목을 채소화훼종묘 등으로 사업자등록 정정신청을 하였으나 유형자산(토지) 처분이익이 2015년 OOO으로서 당초의 사업자등록상 부동산업을 유지하고 있다. (나) 청구법인이 신고한 2015∼2018사업연도 법인세 신고내역(손익계산서)을 보면 작물재배 매출은 계산서발행이 아닌 대부분이 실질 확인이 어려운 현금매출 OOO불과한 반면, 유형자산 처분매출은 OOO이며, 농약·비료 등 작물재배 관련 매입내역이 없는 점 등으로 미루어 청구법인이 농업을 주된 사업으로 영위한다고 보기 어렵다. 또한 청구법인이 2015사업연도 중 OOO등 6개 필지를 1년 이내 단기양도 및 3 내지 17개 필지로 분할양도한 데 대하여 처분청으로부 터 비사업용 토지 양도에 대한 법인세 OOO 고지받고 심판청구를 제기하였다가 기각되는 등 토지분할·쪼개기 방식으로 사업 을 영위하는 전형적인 형태의 부동산매매업자로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 항변서에서 처분청이 토지 양도차익이 농업 관련 매출액을 상회한다는 이유로 청구법인을 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인으로 본 것은 부당하고, 쟁점토지를 부동산매매업을 하기 위한 재고자산으로 계상한 사실이 없고 양도로 인한 수익도 상품매출이 아닌 영업외수익으로 계상하였으므로 청구법인은 농업만을 주업으로 영위하는 법인이라고 주장하나, 청구법인은 청구법인 대표이사의 배우자 OOO(지분비율 20.31%)의 부동산컨설팅사업 경험을 바탕으로 2015년부터 2018년까지 총 32건의 유형자산(토지) 분할양도를 하여 유형자산 처분매출액이 OOO반해 같은 기간 작물재배 매출액은 OOO불과하고, 2014년 법인 설립 당시 주업을 부동산업으로 하였다가 2016년 1월 사업자등록을 정정하여 주업을 농업으로 한 후에도 부동산업을 현재까지 계속 유지하고 있으며, 사업자등록의 정정과 관계없이 법인설립 당시부터 현재까지 일관되게 토지는 유형고정자산으로 계상하고, 토지 처분이익은 손익계산서상 영업외수익으로 계상하고 있다. 따라서 처분청이 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에서 규정하는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지 (2) 법인세법 시행령 제92조의5【농지의 범위 등】② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2018.12.31. 현재 대표이사 OOO75.58%, 그 배우자인 OOO20.31%, 아들인 OOO6.11%의 주식을 소유하고 있다. (나) 청구법인은 2014.10.22. 주업태를 ‘부동산업’으로, 주종목을 ‘택지분양’으로 하여 사업자등록신청을 한 후, 2016.1.29. 주업태를 ‘부동산업’에서 ‘농업(작물재발/축산/수렵)’으로, 주종목을 ‘택지분양’에서 ‘채소, 화훼, 종묘 과실 및 기타 작물재배업’으로 사업자등록정정신고를 하였다. (다) 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 청구법인 대표이사 OOO배우자 OOO2014.9.26. OOO취득한 쟁점토지를 아래 <표1>과 같이 2014.12.10. 위 OOO로부터 현물출자 받아 취득한 후 2018.4.23. OOO외 1인에게 매매를 원인으로 OOO양도하였다. <표1> 쟁점토지 양도내역 (라) 청구법인의 2015년∼2018년사업연도 법인세 신고 손익계산서에 의하면, 아래 <표2>와 같이 상품매출액은 합계 OOO으로 나타나고, 유형자산처분이익은 합계 OOO나타난다. <표2> 손익계산서 주요 내역 (단위: 원) (마) 처분청이 2015사업연도 중 청구법인이 양도한 OOO임야 외 22필지를 농업을 주된 사업 으로 하지 아니하는 법인이 소유한 토지로서 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제55조의2에서 규정하고 있는 부동산양도 목적으로 취득한 비사업용 토지로 보아 2017.12.5. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO경정ㆍ고지한데 대해 청구법인이 우리원에 제기한 심판청구(조심 2018부1576, 2018.6.29.)는 기각된 것으로 나타난다. (바) 처분청이 제출한 청구법인의 2015년∼2018사업연도 토지 양도내역에 의하면, 청구법인은 아래 <표3>과 같이 총 32건의 토지 양도를 하였고 거래가액은 합계 OOO나타난다. <표3> 청구법인 토지 양도 내역 (단위: ㎡, 원) (사) 국세청 통합전산망에 나타나는 청구법인 대표이사 OOO개인별 사업이력은 아래 <표4>와 같다. <표4> 개인별 사업이력

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 농업을 영위하였다는 증빙으로 OOO발행한 2015.12.8.∼2018.7.10. 농가별 양곡 매입내역을 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 양곡 매입내역 (단위: 원) (나) 청구법인은 OOO발행한 2015.3.2.∼2019.3.14. 기간동안 청구법인 대표이사 OOO및 청구법인이 비료, 농약, 시설원예자재, 유류 등을 구매한 거래자별 매출 상세내역을 아래 <표6>과 같이 제출하였다. <표6> 거래자별 매출 내역 (단위: 원) (다) 청구법인은 쟁점토지를 부동산매매업을 하기 위한 재고자산(상품)으로 계상한 사실이 없고, 쟁점토지 매도금액을 수입금액(상품매출)로 계상하지 않고 영업외수익(유형자산처분이익)으로 계상하여 2개 이상의 서로 다른 사업을 겸업한 사실이 없이 오직 농업만을 주업으로 영위하였다는 증빙으로 청구법인의 2018사업연도 재무상태표 및 손익계산서를 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제55조의2 제2항에서 “비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다”고 규정되어 있고, 같은 항 제1호 가목에 따라 ‘논밭 및 과수원으로서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지’는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정되어 있는바, 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당한다고 주장하나 청구법인이 2014년 법인설립시 업태를 ‘부동산업’, 종목을 ‘택지분양’으로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도 당시에도 유지하고 있었고 2015∼2018사업연도 법인세 신고 손익계산서에 의하면, 위 기간 유형자산(토지) 처분이익은 OOO인데 반해 상품매출액은 OOO불과하여 수입금액을 기준으로 판단하더라도 청구법인의 주된 사업은 농업이라기보다는 부동산매매업으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지의 양도당시 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목에서 규정하고 있는 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인’에 해당되는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 사업용이 아니라 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)