[요지] 이 건 토지의 정화비용은 청구법인이 토지를 임대하는 과정에서 부담한 것이므로 청구법인의 과세사업(부동산임대업)과 관련된 것으로 보기는 어려우므로, 처분청이 그 매입세액을 토지의 양도(면세)와 관련된 것으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 이 건 토지의 정화비용은 청구법인이 토지를 임대하는 과정에서 부담한 것이므로 청구법인의 과세사업(부동산임대업)과 관련된 것으로 보기는 어려우므로, 처분청이 그 매입세액을 토지의 양도(면세)와 관련된 것으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2015년 5월 부동산임대업, 부동산개발 및 매매업을 목적으로 설립된 이후, 이 건 토지 등을 취득하였는데, 이 건 토지는 임대용으로만 사용해왔다. 그러다가 이 건 토지를 대한민국(관리청: 대법원)과 교환하게 된 것인데, 청구법인 설립이후 토지 매도는 처음이고 그 후로도 없다. 즉 임대사업이 주된 사업이었다.
(2) 청구법인은 토지환경보전법 제10조의4 제1항 제4호 전단의 ‘토지를 소유하고 있었던 자’로서 정화책임자가 되어 정화책임을 부담하였다(현 소유자인 대법원도 정화책임자이지만, 청구법인의 책임으로 정화하기로 협의하고 약정하였다). 만약 이 건 토지가 오염된 사실이 청구법인 소유기간에 확인되었다고 하더라도 제4호 후단의 ‘토지 소유자’로서 정화책임자가 되어 정화책임을 부담하였을 것이다. 즉 청구법인은 보유기간(즉 임대하고 있는 기간)에 토지정화를 할 수 밖에 없었을 것이다. 그런데 가설건축물인 모델하우스 부지로 오래 임대되고 있는 사정으로, 지하에 있는 오염물질이 확인되지 않아서 토지정화를 하지 못하였을 뿐이다. 대법원에 매도 후, 통합등기소 신축을 위한 토목공사 중 오염물질이 확인된 것이므로, 발견시기에 따라서 면세사업(토지매매업) 또는 과세사업(토지임대업) 관련비용으로 처리되어 매입세액의 공제 여부가 달라지는 부당한 결과가 된다.
(3) 청구법인은 OOO(부가가치세 포함)이라는 거액의 비용을 투입하여 이 건 토지를 정화하였다. 이는 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출이 아니라 원상을 회복하는 수익적 지출이다. 즉 이 건 토지의 정화비용은 매매가액에 반영되지 않은 별도의 금액으로, 매매사업과 관련되었다기보다는 소유자로서 당연히 부담하여야 하는 비용이다. 청구법인은 소유자로서 3년여 동안 임대업만 하고 있었으므로 이 건 토지의 정화비용은 임대업과 관련된 비용으로 보아도 무방하고, 형평상으로도 타당하다.
(1) 부가가치세법 제38조 제1항은 사업자가 자기의 사업을 위해 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있으나, 제39조 제1항에는 제38조에 불구하고 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정되어 있다.
(2) 토지오염 정밀조사 결과에 의하면, 해당 토지의 오염은 유류취급시설의 부주의에 의한 토양오염과 부지조성 과정에서 복토에 의하여 발생한 것으로 추정된다고 되어 있으므로 이러한 토지 오염은 청구법인이 이 건 토지를 임차하는 과정(자기사업 관련)에서 발생한 것으로 보기는 어렵다.
(3) 또한 청구법인과 대법원 사이의 국유재산 교환 협약서와 확인서를 보면, 이 건 토지의 오염에 관한 조사 및 정화를 청구법인이 이행하지 않을시 해당 국유재산 교환 협의가 해제될 가능성이 없다고 할 수 없으므로 이 건 토지의 정화용역과 관련된 비용은 부동산임대업(과세)과 관련된 비용이 아니고 토지의 양도를 위한 전제조건인 토지의 원상회복을 위한 비용이다.
(4) 위와 같이 이 건 토지의 정화용역 관련 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액에 해당하므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
(2) 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(3) 토양환경보전법 제10조의4(오염토양의 정화책임 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 정화책임자로서 제11조 제3항, 제14조 제1항, 제15조 제1항·제3항 또는 제19조 제1항에 따라 토양정밀조사, 오염토양의 정화 또는 오염토양 개선사업의 실시(이하 "토양정화등"이라 한다)를 하여야 한다.
1. 토양오염물질의 누출·유출·투기(투기)·방치 또는 그 밖의 행위로 토양오염을 발생시킨 자
2. 토양오염의 발생 당시 토양오염의 원인이 된 토양오염관리대상시설의 소유자·점유자 또는 운영자
3. 합병·상속이나 그 밖의 사유로 제1호 및 제2호에 해당되는 자의 권리·의무를 포괄적으로 승계한 자
4. 토양오염이 발생한 토지를 소유하고 있었거나 현재 소유 또는 점유하고 있는 자
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 같은 항 제4호에 따른 정화책임자로 보지 아니한다. 다만, 1996년 1월 6일 이후에 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자에게 자신이 소유 또는 점유 중인 토지의 사용을 허용한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 1996년 1월 5일 이전에 양도 또는 그 밖의 사유로 해당 토지를 소유하지 아니하게 된 경우
2. 해당 토지를 1996년 1월 5일 이전에 양수한 경우
3. 토양오염이 발생한 토지를 양수할 당시 토양오염 사실에 대하여 선의이며 과실이 없는 경우
4. 해당 토지를 소유 또는 점유하고 있는 중에 토양오염이 발생한 경우로서 자신이 해당 토양오염 발생에 대하여 귀책 사유가 없는 경우 제11조(토양오염의 신고 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 관할 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
1. 토양오염물질을 생산·운반·저장·취급·가공 또는 처리하는 자가 그 과정에서 토양오염물질을 누출·유출한 경우
2. 토양오염관리대상시설을 소유·점유 또는 운영하는 자가 그 소유·점유 또는 운영 중인 토양오염관리대상시설이 설치되어 있는 부지 또는 그 주변지역의 토양이 오염된 사실을 발견한 경우
3. 토지의 소유자 또는 점유자가 그 소유 또는 점유 중인 토지가 오염된 사실을 발견한 경우
② 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장은 제1항에 따른 신고를 받거나, 토양오염물질이 누출·유출된 사실을 발견하거나 그 밖에 토양오염이 발생한 사실을 알게 된 경우에는 소속 공무원으로 하여금 해당 토지에 출입하여 오염 원인과 오염도에 관한 조사를 하게 할 수 있다.
③ 제2항의 조사를 한 결과 오염도가 우려기준을 넘는 토양(이하 "오염토양"이라 한다)에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 정화책임자에게 토양관련전문기관에 의한 토양정밀조사의 실시, 오염토양의 정화 조치를 할 것을 명할 수 있다.
(1) 청구법인은 주식회사 OOO아파트 분양업체에게 모델하우스 부지로 임대하고 있던 이 건 토지를 2016.6.16. 매매로 취득하여 모델하우스 부지로 계속 임대하였다.
(2) 그러던 중 청구법인은 부산지방법원 광역등기국 청사 신축과 관련하여, 2017.9.28. 대한민국(관리청: 대법원, 소관청: 부산지방법원)과 사이에 이 건 토지와 국유재산을 교환하는 내용의 협약을 체결하였고, 2018.6.27. 동 협약서의 내용에 따라 교환 계약을 체결하고 소유권이전등기를 경료하였다. 국유재산 교환계약서 제5조 제1항에는 을(청구법인)은 부산광역등기국 준공 시까지 갑(대법원)에게 사용승인 등 신축공사에 차질이 없도록 모든 책임과 협조를 다하여야 한다고 되어 있다.
(3) 한편 부산지방법원 광역등기국 청사 신축공사 중 불법폐기물이 발견되었으며, 이에 OOO구청장은 2019.4.18. 토양환경보전법 제11조 제1항, 제3항 및 같은 법 시행령 제5조의8 규정에 따라 청구법인에게 이 건 토지에 관하여 토양정밀조사 및 정화조치 명령을 하였다.
(4) 청구법인은 2019년 4월 및 5월 OOO등 5곳과 토양정밀조사, 토양정화검증, 유류에 의한 중금속 오염토 처리공사 등에 대한 용역계약을 체결하고 합계 OOO(부가가치세 포함)의 비용을 지출하여 이 건 토지를 정화하였으며, 그 중 2019년 제1기에 지출한 비용은 OOO토양정밀조사 결과에 의하면, 이 건 토지의 오염원인은 과거 유류취급시설의 부주의에 의한 토양오염과 부지조성 과정에서 복토에 의한 토지오염으로 추정된다고 되어 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법상 사업자가 재화 또는 용역을 공급받으면서 부담한 부가가치세액(매입세액)은 자기의 매출세액에서 공제하는 것이고, 이 경우 매출세액에서 공제하는 매입세액은 사업자가 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 의미한다고 할 것인데, 이 건 토지의 정화비용은 청구법인이 토지를 임대하는 과정에서 발생한 것이 아니라 교환(양도) 토지의 원상을 회복하는 과정에서 부담한 것이므로 청구법인의 과세사업(부동산임대업)과 관련된 것으로 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 그 매입세액을 토지의 양도(면세)와 관련된 것으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.