처분청이 쟁점계좌 입금액을 매출누락액으로 산정하면서 이에 대응되는 매출원가 등을 손금으로 인정하지는 아니하였고, 청구법인이 객관적 증빙자료를 확보하고 있다고 진술하였던 점 등에 비추어 처분청은 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당.
처분청이 쟁점계좌 입금액을 매출누락액으로 산정하면서 이에 대응되는 매출원가 등을 손금으로 인정하지는 아니하였고, 청구법인이 객관적 증빙자료를 확보하고 있다고 진술하였던 점 등에 비추어 처분청은 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당.
OOO세무서장이 2019.7.12. 청구법인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 OOO부과처분에 대한 청구는 이를 각하하고, OOO세무서장이 <표1>과 같이 2019.11.11. 청구법인에게 한 2014년 제2기～2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO및 2014～2018사업연도 법인세 합계 OOO각 부과처분은 청구법인이 제시하는 법인통장 거래내역, 세금계산서, 어음 및 기타 거래증빙 등을 근거로 사업과 관련하여 발생된 손금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
(1) 처분청은 청구법인으로부터 수차례에 걸친 소명과정을 통하여 쟁점계좌에 입금된 금액에 대한 사업관련 여부, 매출누락 여부 등의 확인절차를 거쳤고, 그 결과 쟁점계좌에 입금된 금액 중 개인적 거래 등을 제외하고 수입금액 누락액을 확정하였으며, 이에 대하여 청구법인은 신고누락 사실을 인정하는 확인서를 제출하였는바, 확인서가 납세자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 사정이 없는 이상 확인서의 내용을 쉽게 부인할 수 없으므로(대법원 2010.10.14. 선고 2010두13838 판결 참조), 청구법인이 작성한 확인서는 수차례에 걸친 소명 및 확인절차를 통하여 확정된 수입금액의 누락액에 대하여 청구법인의 의사에 의하여 작성된 것이므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 법원은 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입금액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법에 속하고(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결 참조), 차명계좌에 입금된 금원에 대해 매출누락금액을 산정하고, 이에 대한 확인서를 작성한 이상 매출누락이 있었다는 점에 대한 상당한 증명이 있다 할 것이며 이를 번복하는 사정에 대한 입증책임은 주장하는 자에게 있다(대법원 2014.8.20. 선고 2012두23341 판결 참조)고 판시하고 있는바, 처분청은 쟁점계좌에 입금된 OOO중 납세자가 소명한 개인적 거래, 차입금 및 대여금 등 대표이사 및 그 가족 등에 대한 금전거래, 매출과 관련 없는 입금액 등 OOO을 제외하는 과정을 충분히 거쳤고, 그 외 차액에 대해서도 청구법인과의 검토과정을 선행하여 청구법인은 현금 매출분에 대한 수입금액 누락액을 인정하여 최종적으로 확인서를 작성하고 대표이사가 스스로 서명․날인하였으므로 이 건 처분은 정당하다.
① 이 건 처분이 본안심리대상인지 여부
② 대표이사 명의의 금융계좌로 입금된 쟁점금액을 청구법인의 매출누락액으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부
(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제61조[청구기간] ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제6항 후단에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다. 제65조[결정] ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 적법하지 아니하거나 [심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우를 포함한다] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다. 제68조[청구기간] ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다. 제81조[심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다. (2) 부가가치세법 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. (3) 법인세법 제66조[결정과 경정] ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출․매입처별 계산서 합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제103조[결정 및 경정] ② 법 제66조에 따른 결정 또는 경정은 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 또는 그 밖의 증명서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.
(1) 조사청이 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하여 청구법인이 외상매출금 등을 법인계좌가 아닌 쟁점계좌로 입금받는 방법으로 신고누락한 사실을 확인한 후 아래 <표2>와 같이 매출무관금액을 제외하고 출처 및 입금 경위 등이 소명되지 아니하는 금액을 매출누락액으로 보아 관련 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 이를 매출누락액으로 보아 이 건 처분을 하였다. <표2> 매출누락액 산정내역 (단위: 백만원)
(2) 청구법인이 2014년 제1기 부가가치세 부과처분에 대하여는 이의신청을, 나머지 부과처분에 대하여는 과세전적부심사청구를 각각 제기함에 따라 처분청은 최종적으로 아래 <표3>과 같이 당초 매출누락 산정금액 OOO대하여 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하였다. <표3> 경정 매출누락금액 산정내역 (단위: 원)
(3) 한편, 청구법인은 이 건 부과처분 중 2014년 제1기 부가가치세 OOO의 부과처분에 대하여 2019.9.20. 이의신청을 제기하였고, 조사청이 2019.10.2. 이를 일부 인용으로 결정함에 따라 처분청은 2014년 제1기 부가가치세 OOO감액하였으며, 청구법인의 직원인 OOO2019.10.15. 등기우편OOO통하여 송달된 이의신청에 대한 결정서를 수령한 사실이 송달증빙에 의하여 확인되나, 청구법인은 이의신청결정서를 통지받은 후 90일 이상이 경과한 2020.1.14. 사이버 접수OOO를 통하여 이 건 심판청구를 제기한 것으로 나타난다.
(4) 청구법인의 대표이사인 OOO이 건 조사시 작성한 확인서(2019년 7월)의 주요 내용은 다음과 같다.
(5) 그 밖에 청구법인은 쟁점계좌 입금액을 업무와 관련하여 지급이자, 어음대금 및 거래대금 지급 등에 사용하였다고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 금융증빙, 세금계산서 및 거래명세서 등의 증빙자료는 제시하지 아니하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법 제55조 제1항 은 불복청구의 대상이 되는 처분에 대하여 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제2항 및 제68조 제2항에서 이의신청을 거친 후 심판청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는데, 청구법인이 이 건 부과처분 중 2014년 제1기 부가가치세 OOO부과처분에 대하여는 이의신청을 제기하였고 그에 대한 이의신청결정서를 등기우편에 의하여 2019.10.15. 송달받았으며, 이에 불복하여 위 결정서를 송달받은 후 90일 이상이 경과한 2020.1.14. 심판청구를 제기한 사실이 확인되므로 2014년 제1기 부가가치세 OOO부과처분에 대한 청구는 국세기본법 제61조 제2항 에서 규정한 청구기간이 도과된 부적법한 청구로서 본안심리대상이 아닌 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 외상매출금 등을 대표이사 명의의 금융계좌로 입금받는 방법으로 매출액을 신고누락한 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 법인세법 시행령 제103조 제2항 에 따르면 법 제66조에 따른 결정 또는 경정은 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 또는 그 밖의 증명서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다고 규정하고 있는바, 처분청이 쟁점계좌 입금액을 매출누락액으로 산정하면서 이에 대응되는 매출원가 등을 손금으로 인정하지는 아니하였고, 청구법인이 이 건 심판관회의에 출석하여 쟁점계좌 입금액을 지급이자, 어음대금 및 거래대금 등 법인의 손금으로 사용하였으며 이를 입증할 수 있는 객관적 증빙자료를 확보하고 있다고 진술하였으므로 청구법인이 제시하는 증빙자료 등을 근거로 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용 등에 대하여 재조사하여 추가로 손금에 산입함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청은 청구법인이 제시하는 법인통장 거래내역, 세금계산서, 어음 및 기타 거래증빙 등을 근거로 추가비용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.