조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 8년 자경 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-부-0605 선고일 2020.08.04

청구인이 1983.11.5.이나 적어도 1994년 이전에 전 소유자에 대하여 잔금을 청산하고 쟁점토지를 취득하였다고 판단되므로 처분청은 쟁점토지의 취득일을 1994.1.1.로 하여 청구인의 8년 자경여부에 대하여 재조사를 실시하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

주 문

OOO세무서장이 2019.7.4. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인의 OOO의 취득일을 1994년 11월로 하여 청구인이 이를 8년 이상 직접 경작하였는지를 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO 소재 답 1,329㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 2006.6.22. 소유권 이전등기(등기원인일: 1983.11.5.)하였고, 2018.12.14. 주식회사 OOO에 공공용지의 협의취득(수용)을 원인으로 양도한 후 2019.2.26. 조세특례제한법 제69조 제1항 의 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세를 납부세액 없음으로 신고하였다.
  • 나. 처분청은 2019.5.13.∼2019.5.31. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 대금청산일이 불분명하므로 그 취득일은 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 의하여 등기접수일인 2006.6.22.로 보아야 하고, 청구인은 8년 이상 경작요건을 충족하지 못하였다는 이유로 위 감면신청을 부인하고 2019.7.4. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세OOO을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.27. 이의신청을 거쳐 2020.1.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장
  • 가. 청구인들 주장

(1) 쟁점토지의 취득일은 소유권이전 등기 접수일인 2006.6.22.이 아닌 등기원인일인 1983.11.5.이다. (가) 쟁점토지 소재지는 배우자 OOO의 집성촌으로 청구인과 OOO는 1983.11.5. OOO의 삼촌 OOO으로부터 쟁점토지를 공동으로 취득하면서 상호 신뢰가 있었기에 구두로만 계약을 체결하면서 매매대금 약 OOO은 현금으로 지급하였으며, 그 후 여러 사정으로 소유권이전 등기를 하지 못하고 보유하다가 2006.6.22. 특별조치법에 의해 청구인 명의로 소유권이전 등기하였다. (나) 특별조치법에 의한 소유권이전 등기의 경우에도 소유권이전 등기의 추정력이 인정되고 그 추정력은 등기원인의 존재 및 그 유효성에 미치는 것(대법원 1979.7.24. 선고 79다971판결 등 참조)인바, 쟁점토지의 등기원인이 허위라는 객관적인 증거가 없는 이상 쟁점토지의 취득일은 특별조치법에 따른 쟁점토지의 소유권이전 등기시 첨부된 인우보증서 및 이를 근거로 발급받은 OOO의 확인서에 기재된 1983.11.5.로 보아야 하며, 이를 인정하지 않고 35년 전의 거래에 대하여 잔금청산일에 대한 증빙을 제시하라는 처분청의 요구는 부당하다. (다) 설령, 잔금청산일의 직접 증빙이 없더라도 당시 정황 등에 의하여 매매 원인일을 취득시기로 본 결정사례가 다수 있는바, 쟁점토지의 종합토지세를 청구인이 납부한 영수증(1991년∼1998년) 및 1994년 쟁점토지 소유권이전 등기를 위하여 작성된 각종 서류(각서, 인우 보증서, 확인서 발급신청서, 인감증명서 등) 등에 비추어 볼 때, 적어도 쟁점토지의 매매시기는 1994년 이전시점이라는 것이 확인된다.‘

(2) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 경작하였다. (가) 처분청은 청구인의 주소지인 OOO은 쟁점토지와 34㎞ 거리로 고령의 청구인이 이를 왕래하며 경작하는 것이 불가능하다고 주장하나, 쟁점토지 소재지는 OOO의 직계가족들이 대대로 농사를 지은OOO집성촌으로, 청구인은 신혼부터 이곳에서 시댁식구들과 함께 영농에 종사하였고, 청구인의 시아버지는 쟁점토지 소재지 및 인근 10㎞에 거주한 농민으로 청구인이 주소지를 부산시 영도구에 두었을 때도 농번기에는 수시로 시댁에 거주하면서 도움을 받아 영농에 종사하였다. (나) 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 다른 직업이 없었기에 자신의 노동력을 쟁점토지 경작에 투입하여 대파 등 채소를 직접 경작하였고 청구인이 1997.4.24. 전입한 OOO소재 주택은 청구인의 고모 OOO의 집으로 청구인은 이곳에 거주하며 영농에 종사하였다는 사실을 OOO이 확인하였으며, 청구인은 2015년경부터는 건강상의 이유로 쟁점토지 인근에 거주하는 OOO에게 대리 경작하도록 하였는데 대리경작 이전에는 청구인이 쟁점토지를 경작한 사실을 OOO가 확인하였고, 2015.4.29. 농지원부에 등재 당시OOO무소 직원들이 현장실사를 통하여 청구인의 자경사실을 확인하고 농지원부에 등재하였다. (다) 처분청은 청구인이 경작에 필요한 종자·농약·비료 등의 구입 및 수확물의 판매 증빙을 제시하지 못하므로 자경사실이 불분명하다는 주장이나, 쟁점토지는 약 4백평의 소규모로 청구인은 농약, 비료 등을 주변의 도움으로 직접 조달하였고, 주요 경작물인 대파 등 채소는 농협 수매제도가 없어 도매상들에게 현장에서 현금으로 판매하였기 때문에 농자재 증빙과 매출 증빙이 없다.

(3) 쟁점토지의 자경사실이 불분명하다면 자경사실 확인을 위한 실지조사 등 처분청의 재조사가 필요하다. 처분청은 쟁점농지의 현황파악을 위한 실지조사도 없이 서류만으로 검토 후 자경사실이 불분명하다고 보아 감면배제 결정을 하였고, 청구인이 제시한 확인서 등 증빙에 대해서는 청구인과 가까운 사람들에 의하여 작성되었으므로 객관적인 증빙이 될 수 없다고 주장하면서도 그 진위여부를 확인하기 위한 질문·조사권 행사 등 최소한의 사실 확인을 위한 노력도 하지 않은바, 사실관계 확인을 위한 처분청의 재조사가 필요한 것으로 보인다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 특별조치법에 따른 등기이전 과정에서 제출된 보증인의 보증서, 공고기간을 거쳐 발급된 확인서 등을 근거로 쟁점토지의 실제 취득일은 1983.11.5.이라고 주장하나, 특별조치법에 의하여 마친 등기는 실체적 권리관계에 부합하는 등기로 추정되므로, 그 등기원인이 된 법률행위의 존재와 유효성·등기절차의 적법성 등이 추정되지만, 등기원인이 된 매매계약에 따라 매매대금이 모두 지급된 사실에까지 추정력이 미치는 것은 아니고(OOO고등법원 2015.11.27.선고 2015누5581 판결 참조), 청구인이 제출한 보증서, 전 소유자의 각서, 김해시장의 확인서에서는 매매대금의 지급여부나 잔금 지급일시 등이 확인되지 않는바, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 해당된다고 보아 소득세법 시행령 제162조 에 따라 등기접수일을 쟁점토지의 취득시기로 본 당초 처분 적법하고, 법원도 대법원 판례(대법원 2012.9.13. 선고 2012두10567 판결) 이후 일관되게 대금청산일이 불분명한 경우 등기접수일을 부동산의 취득시기로 보고 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지에 대한 종합토지세 납부영수증을 제시하나, 청구인이 납부영수증을 제시한 사실만으로 청구인이 직접 종합토지세를 부담하여 납부하였다는 사실이 입증되는 것은 아니고, 청구인이 1983년부터 쟁점토지를 실제 취득하였다는 근거로도 볼 수 없으며, 청구인이 쟁점토지 취득시기인 2006.6.22.부터 쟁점토지 소재지인 OOO에 주민등록을 둔 기간은 약 3년 6개월에 불과하고, 현 주소지인 OOO은 도로 상 거리가 34.8㎞로 승용차로 46분 이상, 대중교통으로는 1시간 45분 이상 소요되는바, 청구인은 배우자OOO의 차량으로 주소지에서 쟁점토지까지 오가며 경작하였다고 주장하나, OOO가 승용차를 소유한 기간은 1990년 2월부터 1999년 11월로 그 이후 고령의 청구인이 대중교통으로 왕복 3시간을 왕래하며 경작하였다는 것은 상식적으로 수긍하기 어렵다. OOO

(3) 또한 청구인은 쟁점토지에서 대파 등의 채소를 재배하였다고 주장하나, 경작에 필요한 종자·농약 등을 구입하였다는 증빙 및 수확물의 판매와 관련된 대금 수취내역 등의 증빙을 제시하지 못하고, 쟁점토지 농지원부가 최초 작성된 2015년은OOO가 쌀직불금을 수령하기 시작한 시기로 OOO는 사실 확인서(2019.9.22.)에서 쟁점토지를 수용 전 3년 간 대리 경작하였다고 인정한바, 이러한 정황상 쟁점토지를 실제 경작한 사람은 청구인이 아닌 OOO를 포함한 쟁점토지 인근 거주하는 청구인의 친인척·지인 등으로 보인다.

(4) 쟁점토지와 연접하여 같은 날 수용된 OOO 답(이하OOO를 합하여 “연접토지”라 한다)은 각 OOO와 그 배우자 OOO의 소유로 쟁점토지와 연접토지에 대한 대파영농보상금 OOO 및 비닐하우스(7동) 보상금 OOO이 모두 OOO에게 지급된 것으로 확인되는바, 애초부터 쟁점토지의 비닐하우스는 OOO의 소유였던 것으로 보이고, 또한 항공사진상 쟁점토지와 연접토지는 경계가 없고 비닐하우스의 형태도 각 지번의 토지경계를 넘어선 것으로 보여 토지 소유자별로 각 경작한 것이 아니라 모두 OOO가 경작한 것으로 판단된다.

(5) 청구인은 예비적 청구로 특별조치법 관계서류와 자경사실 관계서류에 대한 사실관계 확인을 위하여 재조사가 필요하다고 주장하나, 쟁점토지 소재지는 OOO 집성촌으로 청구인의 배우자 OOO의 집안이 대대로 거주하고 있어 경작사실확인서를 작성한 사람들과 보증서를 작성한 사람들이 청구인과 친인척 내지 가까운 지인으로 보이는바, 이들이 작성한 서류는 임의작성이 가능한 것이어서 객관적인 증빙으로 인정될 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지가 8년 자경 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

(3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. <부칙> (제4803호로 1994.12.22. 전부개정된 것) 부칙 제8조 (양도자산의 취득기간에 관한 의제) 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. (4) 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (이하 생략)

⑥ 법률 제4803호 소득세법 개정 법률부칙 제8조에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 1984년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

3. 1985년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제3호의 자산

⑦ 법률 제4803호 소득세법 개정 법률부칙 제8조에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각 호의 날을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산의 경우에는 1985년 1월 1일

3. 법 제94조 제1항 제3호의 자산의 경우에는 1986년 1월 1일

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 부동산 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 특별조치법에 의하여 2006.6.22. 소유권이전 등기를 접수하였고, 등기원인은 1983.11.5. 매매로 되어있으며, 2018.11.26. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 2018.12.14. OOO에 그 소유권이 이전되었다.

(2) 처분청이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2018년 귀속 양도소득세 신고시 소득세법 시행령 제162조 제7항 에 따라 쟁점토지의 취득일을 1985.1.1.로 의제하여 취득가액을 기준시가 환산가액으로 신고하였으나, 처분청은 등기접수일인 2006.6.22.을 취득일로 보아 아래 <표2>와 같이 경정하였다. OOO (나) 연접토지의 등기부등본 및 쟁점토지의 보상액 내역에 의하면 OOO 조성사업의 시행으로 쟁점토지와 연접토지가 각 2018.7.27. 및 2018.12.14. 수용되면서 토지 및 지장물 보상금(토지 보상금 OOO, 대파 영농보상금 OOO, 비닐하우스 보상금 OOO)이 모두 연접토지 중 OOO소유자인 OOO에게 지급된 것으로 나타나며, 쟁점토지의 쌀직불금 도 2015년 OOO가 최초 수령한 것으로 국세통합전산망에 나타난다.

(3) 청구인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 2019.2.15. OOO시장에게 특별조치법 당시 보증서 및 확인서의 정보공개를 신청하여 발급받은 보증서 및 확인서를 제출하였고, 보증서는 2006.2.21. OOO 등 3인이 보증한 것으로 청구인이 쟁점토지를 1983.11.5.부터 토지대장에 등록된 소유자OOO으로부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증한다고 되어있으며, 확인서발급신청서는 청구인이 쟁점토지를 1983.11.5.부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 달라는 내용으로 2006.6.21. OOO군수가 이를 확인(발급번호 제37호)한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 1994년 특별조치법(1993.1.1. 시행, 법률 제4502호)에 의하여 쟁점토지의 소유권을OOO으로부터 이전하기 위하여 작성한 것이라며 OOO의 각서(1994.11.), 보증서(1994.7.), 확인서 발급신청서(1994.7.)를 제시하였고, 각서에는 쟁점토지를 매수인들이 특별조치법에 의하여 이전등기하더라도 매도인OOO 및 보증인 OOO(청구인의 시아버지) 등은 이의를 제기하지 않고 민·형사상 책임을 지겠다는 내용이 나타나고, 작성자는 매도인 OOO(서명 날인), 보증인 OOO(서명 날인)으로 되어있으며, 보증서 및 확인서에는 청구인 배우자 OOO가 OOO으로부터 쟁점토지를 1983.11.5. 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용이 나타난다. (다) 청구인은 1983.11.5. 쟁점토지를 취득하여 실질적 관리 및 소유권을 행사하였다는 증빙으로 쟁점토지의 1991년∼1996년 및 1998년 종합토지세 납부영수증(납세의무자:OOO) 사본 8장을 제출하였다. (라) 청구인이 1983년부터 쟁점토지를 실제 경작하였다는 증빙으로 OOO의 사실확인서(2019.9.24.), OOO의 사실확인서(2019.9.22.), 쟁점토지 이장 OOO 등 3명이 확인한 경작사실확인원(2019.2.17.), 쟁점토지 인근 농민 14명의 사실확인서(2020.2.3.)를 제출하였고, 1980년대 초반 청구인이 쟁점토지 소재지에서 촬영한 것이라고 주장하며 사진(10매)을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 매매를 원인으로 등기되었음에도 그 잔금청산일 등이 확인되지 아니하므로 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따라 쟁점토지의 취득일은 그 등기접수일인 2006.6.22.로 보아야 하고, 그 이후 청구인이 8년 이상 쟁점토지를 자경하였다는 객관적인 증빙이 확인되지 않는다는 의견이나, 청구인이 2006.6.22.을 등기접수일로 한 소유권이전등기는 특별조치법에 따라 경료된 것으로 청구인이 특별조치법에 따른 쟁점부동산의 소유권이전등기를 하고자 당시 김해군수에게 제출한 확인서 발급신청서와 OOO 외 2인이 작성한 보증서에 청구인이 쟁점부동산을 의제취득일 이전인 1983.11.5.부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다고 기재되어 있는 점, 청구인이 1994년 쟁점토지 소유권이전 등기를 준비하면서 작성된 보증서, 확인서 발급신청서에도 위와 같은 내용이 확인되는 점, 대장상 소유자 OOO은 위 신청서에 대하여 아무런 이의를 제기하지 아니하였고 1994년 11월에 작성한 각서에서 청구인이 쟁점토지의 소유자라고 확인한 점 등에 비추어 청구인이 1983.11.5.이나 적어도 1994년 이전에 전 소유자에 대하여 잔금을 청산하고 쟁점토지를 취득하였다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 등기원인일인 2006.6.22.을 취득시기로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상이 아닌 것으로 보아 이를 배제하고 과세한 당초 처분은 잘못이 있으므로 처분청은 쟁점토지의 취득일을 1994년 11월로 하여 청 구인의 8년 자경여부에 대하여 재조사를 실시하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)