청구법인이 쟁점공사를 완료한 후 당초 도급금액을 변경하였으므로 변경계약에 따른 도급금액으로 매출액을 재산정하여야 한다는 청구주장의 당부

OOO 세무서장 이 2019.10.24. 청구법인에게 한 2015∼2018사업연도 법인세 합계 OOO의 경정청구 거부처분은 OOO주식회사가 청구법인의 근로자를 고용하여 지불한 노무비 등을 재조사하여 이를 총 공사대금 OOO제외하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 선박부분품, 산업플랜트 설비 등을 제조·가공하는 법인으로서, 2012.2.8. OOO주식회사(이하 OOO라 한다)와 OOO발주한 OOO중 원료수송설비 및 미분탄취입설비 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 공사금액을 OOO공사기간을 20 12.2.8.∼2013.7.26.로 하는 공사계약을 체결하였고, 2012～2013사업연도 법인세 신고시 매출액을 기성청구분이 아닌 작업진행률을 반영하여 산정하였다.
• 나. 청구법인은 2013년 9월 쟁점공사를 완공하였으나 쟁점공사의 공사금액에 다툼이 발생하여 OOO상대로 소송을 제기하였고, 창원지방법원 통영지원은 2015.5.14. OOO청구법인에게 OOO추가 공사비를 지급하라는 판결을 하였으며, 이 판결에 근거하여 청구법인과 OOO2015.9.23. 쟁점공사의 공사금액을 OOO감액하는 공사금액변경계약을 체결하였다.
• 다. 청구법인은 위 공사금액변경계약을 근거로 2013사업연도 매출액이 과대 계상되었으므로 2013사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하면서 2019.3.29. 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 계약의 변경 등으로 인한 손익의 귀속시기는 그 해당 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 보아야 한다는 의견으로 2019.5.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 위 경정청구 거부처분을 근거로 작업진행률을 반영하여 산정한 매출액 합계 OOO중 변경계약에 따른 공사금액 OOO초과한 매출액 OOO그 귀속이 확정된 날(2015.9.23.)에 손금산입하여 2015∼2018사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하면서 2019.7.24. 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 2019.10.24. 이를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인과 OOO체결한 변경공사계약으로 인하여 발생한 손실의 귀속 사업연도는 처분청과 청구법인 모두 2015년도로 동일한 의견을 가지고 있고, 법원의 판결은 발주처인 OOO도급처인 청구법인의 최종 공사금액 정산 분쟁에 개입하여 법적인 판결을 내리고 계약 상대방의 장래의 행위를 법적으로 구속하는 효과가 있어 공사금액 최종 합의금액이 계약당사자간의 임의 변경으로 볼 수 없으며, 법적 구속력을 근거로 해당공사계약에 대한 권리․의무를 확정한 것이다. 아울러, 처분청은 쟁점공사와 관련한 판결문을 근거로 하여 총 공사비를 당초 공사계약금액 OOO추가공사금액 OOO합계한 OOO이라고 주장하나, 당초 공사계약금액 OOO에는 OOO직접 지불한 노무비, 장비비 등이 포함되어 있으므로 이를 제외하여야 하고, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 OOO로부터 직접 수령한 공사대금은 OOO이다. 청구법인은 OOO당초 체결한 공사계약금액을 작업진행률에 따라 인식한 매출액 합계 OOO중 법원의 판결에 의하여 합의한 최종 공사금액 OOO초과하여 인식한 매출금액 OOO그 귀속이 확정된 날(2015.9.23.)에 손금에 산입하여 2015사업연도 법인세를 경정하고 이로 인하여 발생한 이월결손금을 2016∼2018사업연도 법인세에 반영하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 OOO쟁점공사와 관련한 공사대금 청구 소송의 판결문을 참조하여 공사완료 후 임의로 2015년 9월 계약을 변경한 경우 에 해당하므로 구속력이 없는 계약이다. 쟁점공사비는 2014.2.28. 현재 전체 공사계약금액(당초 공사계약금액과 추가공사대금의 합계액 OOO)을 1차로 확정한 OOO판결에 따라 추가공사비로 OOO확정되었으므로 총 도급계약공사금액은 OOO이다. 청구법인과 OOO체결한 공사계약금액은 당초분OOO추가공사대금OOO합계액인 OOO으로 확정되었고, 계약변경은 판결문 내용에 따라 계약변경을 한 것이 아니라 쌍방간 합의에 의한 임의변경계약에 해당하며, 소송판결내용은 대금청구와 관련된 것으로 손해배상금의 성격이고, 이미 공사가 완료된 공사도급계약금액을 변경할 수 없다고 할 것이므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점공사를 완료한 후 당초 도급금액을 변경하였으므로 변경계약에 따른 도급금액으로 매출액을 재산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설 등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 한국채택국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.2.8. OOO로부터 쟁점공사를 하도급 받아 총 공사비 OOO(노무비 등 포함)에 공사하기로 계약을 체결하였다. (나) 청구법인이 쟁점공사를 진행하던 중 OOO하도급을 지적하여, 청구법인과 OOO2012.12.17. 및 2012.12.24. OOO청구법인의 근로자를 직접 고용하여 노무비를 직불하기로 약정하면서 노무비 직불로 인한 공사비 변동에 대하여는 재정산하기로 약정하였다. (다) 청구법인은 2013년 9월경 쟁점공사를 완공하고 OOO에 노무비 직불금 등으로 인한 공사비 재정산을 요청하였으나 의견차이로 재정산에 합의를 하지 못하였다. (라) 청구법인은 OOO상대로 쟁점공사와 관련한 공사대금 청구소송을 제기하였고, 창원지방법원 통영지원은 2015.5.14. OOO청구법인에게 공사잔대금 OOO그에 따른 이자 등을 지급하라는 판결을 아래와 같이 하였다. <판결 주요내용> (마) 청구법인은 2015.9.23. OOO위 판결을 근거로 하여 쟁점공사와 관련된 공사금액을 OOO으로 변경하는 계약을 체결하였다. (바) 청구법인은 2012∼2014사업연도 법인세 신고시 쟁점공사와 관련한 매출액을 작업진행률을 반영하여, 2012사업연도 매출액 OOO으로 산정하였다. (사) 청구법인은 위 공사금액변경계약을 근거로 2013사업연도 매출액이 과대 계상되었으므로 2013사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하면서 2019.3.29. 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 계약의 변경 등으로 인한 손익의 귀속시기는 그 해당 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 보아야 한다는 의견으로 2019.5.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (아) 청구법인은 위 경정청구 거부처분을 근거로 작업진행률을 반영하여 산정한 매출액 합계 OOO중 법원에 판결에 의하여 합의한 최종 공사금액 OOO초과한 매출액 OOO그 귀속이 확정된 날(2015.9.23.)에 손금에 산입하여 2015∼2018사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하면서 2019.7.24. 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 2019.10.24. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 법원 소송결과에 따라 OOO로부터 쟁점공사와 관련한 당초 공사비로 지급받은 OOO추가로 지급받은 OOO합계 OOO2015사업연도에 최종 확정된 공사금액으로 보아 경정해야 한다고 주장하나, 창원지방법원 통영지원(2015.5.14. 선고 2014가합990 판결)의 판결내용에 의하면, 청구법인과 OOO계약한 당초 공사금액 등이 OOO(노무비 등 포함)이고, 청구법인이 소송에서 추가공사비로 주장한 대금 OOO(오제작, 자재공급지연 및 돌관작업 등) 합계액 OOO으로 확인되고 있어 그 금액이 쟁점공사의 최종 공사금액으로 보이는 점,법인세법제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인과 OOO쟁점공사와 관련하여 2012사업연도에 공사계약을 체결한 후 공사비 정산에 다툼이 발생하여 소송을 진행한 결과 2015사업연도에 변경계약을 체결한 점 등에 비추어 쟁점공사에 대한 손익의 귀속시기는 법원의 판결에 따라 변경계약을 체결한 2015사업연도이고, 총 공사대금을 OOO으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 다만, OOO2012년 12월 체결한 약정서에 따라 청구법인의 근로자를 직접 고용하여 노무비 등을 지불하기로 하면서 노무비 직불로 인한 공사비 변동에 대하여 재정산하기로 하였으나 청구법인의 노무비 등에 반영되지 아니하였는바, 처분청은 OOO청구법인의 근로자를 직접 고용하여 지불한 노무비 등(건강보험료, 장비비 등)을 재조사하여국세기본법제79조(불이익변경 금지)의 범위내에서 이를 총 공사대금에서 제외하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.