청구인이 제출한 세무대리인 직원의 업무노트에 양도소득세 신고서를 작성하고, 세무서에 관련 서류를 전달하였다고 기재되어 있는 점, 일련의 과정에서 청구인이 쟁점신고서의 접수를 누락하였을 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
청구인이 제출한 세무대리인 직원의 업무노트에 양도소득세 신고서를 작성하고, 세무서에 관련 서류를 전달하였다고 기재되어 있는 점, 일련의 과정에서 청구인이 쟁점신고서의 접수를 누락하였을 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
OOO무서장이 2020.3.5. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 청구인은 세무대리인을 통해 양도소득세 신고 및 이월과세적용을 신청하였다. (가) 청구인은 2001.4.9.부터 OOO에서 OOO라는 상호로 개인사업장을 운영하면서 OOO 소재 OOO에게 세무기장대리 등을 위임하였다. (나) 청구인은 2012년말부터 OOO를 법인으로 전환하기 위한 절차를 진행하였고, 쟁점부동산에 관한 양도소득세 이월과세 및 취득세를 면제받을 계획하에 이를 추진하였으며, 이에 따라 쟁점부동산에 관한 감정평가를 완료하고, 사업의 포괄적인 현물출자계약서를 작성한 후, 2013.3.25. 현물출자 형식으로 개인사업장에서 법인으로 전환하였으며, 2013.3.28. OOO를 설립하였다. (다) 청구인은 위와 같은 업무를 세무대리인에게 위임하면서 통상적인 기장료 외에 별도수수료 OOO원을 지급하기로 약정하였고, 2013년 5월 세무대리인의 직원인 OOO이 이월과세 적용신청절차를 완료하였다고 하여 청구인은 2013년 5월 두 차례에 걸쳐 세금계산서를 수취하였으며, 2013.8.3. 업무수수료OOO원을 지급하였다. 세무대리인이 신고도 하지 않은 채 업무수수료만을 청구한다는 것은 사회통념상 있을 수 없는 일이다.
(2) 세무대리인 직원의 업무노트는 상당히 신빙성이 있는 증거자료이므로 그 기재사실대로 인정되어야 한다. (가) 청구인이 세무대리인을 통하여 쟁점신고서를 처분청에 제출한 사실은 세무대리인의 직원인 OOO의 업무노트에 구체적으로 기재되어 있다. 해당 노트에는 OOO이 2013.4.27. 양도소득세 신고관련 서류의 정리작업을 완료하였고, 2013.4.29. 처분청 재산법인세과 OOO에게 이월과세신청서를 제출하였다는 상당히 구체적인 내용이 기재되어 있는바, 청구인이 세무대리인을 통해 쟁점신고서를 처분청에 제출하여 양도소득세 이월과세를 신청한 사실은 분명하다. (나) 한편 처분청이 해당 노트가 사후적으로 임의작성되었을 가능성을 제기하여 청구인의 세무대리인은 OOO에 문서감정을 의뢰하였고, 그 결과 “노후화 흔적이 자연스럽게 나타나고, 인위적인 흔적이나 특이한 형광반응이 관찰되지 않으며, 다른 2013년도에 작성된 비교자료와 필기구 잉크의 용해정도가 유사하다”고 보아 “2013년경에 작성되었을 가능성이 높다“는 감정소견을 받았는바, 해당 노트는 상당히 신빙성이 있는 증거자료이므로 그 기재사실대로 인정되어야 할 것이다. (다) 또한 세무대리인은 당시 제출된 쟁점신고서를 보관하고 있지 아니하여 당시 작업했던 컴퓨터에 저장된 파일을 근거하여 출력 후 제출한 것이고, 쟁점신고서 사본이 있었다면 당연히 쟁점신고서도 감정을 하였을 것이다.
(3) 당시 업무담당 세무공무원이 사실확인서를 작성해주었다. 청구인의 세무대리인은 직원인 OOO의 업무노트를 발견하고 쟁점신고서를 제출하였다는 사실을 확인한 후, OOO조사관에게 이 사건이 발생하게 된 경위에 대해 설명해달라고 하자 본인이 관련 신고서류를 접수받은 사실과 본인의 과실로 신고접수 업무를 누락한 사실을 인정하였다. 그러나 향후 담당공무원의 잘못으로 인한 손해배상청구 등 소송에 휘말릴 수 있다는 우려로 그 당시 업무형편, 정황 등으로 보아 신고서를 받았지만 분실했을 가능성이 크다는 식으로 사실을 에둘러 표현하여 사실확인서를 작성해주었다. 담당공무원이 신고서를 접수받지 않았다면 본인의 책임이 발생할 수 있는 상황에서 굳이 해당 내용의 확인서를 작성해 준 것은 이례적인 일이 아닐 수 없다.
(4) 처분청에서 주장하는 모든 신고서를 민원실에서만 접수받았다는 것은 명문상 규정만을 근거로 한 것이고, 실제로는 각 과목별로 세목별 상담창구라는 명칭으로 직원들을 순환배치하여 세목별 상담·신고서 접수 등의 편의를 제공해 왔기에 2013년 당시 OOO이 친분이 있던 처분청 재산법인세과 담당직원에게 쟁점신고서를 제출하였다는 청구주장은 신빙성이 있다.
(5) 쟁점부동산에 대한 감정과 취득세 면제 등 일련의 업무흐름상 쟁점신고서를 제출하지 않은 것으로 보기 어렵다. (가) 청구인은 2012년말부터 OOO를 법인으로 전환하기 위하여 2013.1.16. 쟁점부동산에 관한 감정평가를 받은 결과, 쟁점부동산의 감정가액은 OOO원으로 평가되었다. 이에 청구인은 감정평가 결과에 따라 ① 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 하여 쟁점신고서 작성 및 제출을 하였으며, ② OOO 명의로 취득세 과세표준OOO원으로 하여 감면신청을 통해 취득세를 면제받았다. 이와 같은 일련의 연속된 업무상 흐름으로 볼 때 쟁점신고서만 제출하지 않았다는 것은 상식적으로 납득하기 어렵다. (나) 조세심판원 결정례(조심 2010부3302, 2011.3.7.)의 취지에 비추어 보아도 양도소득세 과세표준 신고서와 이월과세적용신청서는 지방세 감면신청 이전에 작성되었을 것이고, 쟁점신고서와 취득세 납부영수증의 과세표준 가액이 일치하므로 어느 모로 보아도 쟁점신고서가 제출되지 않았을 리가 없다. (다) OOO의 업무노트에는 2013.5.6. 취득세 감면신청을 하여 감면받은 사실도 기재되어 있는바, 업무노트는 신뢰할만한 구체적인 자료임이 더 명백해졌고, 세무대리인의 직원이 2013.5.6. 쟁점부동산의 취득세 감면신청을 하여 감면을 받은 이상 쟁점신고서도 적법하게 신고하였음을 뒷받침한다 할 것이다.
(6) 세무대리인이 신고업무를 누락한다는 것은 경험칙상 이례적이다. (가) 처분청은 서류접수증을 받지 못하여 신고사실을 달리 입증할 수 없다는 이유로 청구인이 양도소득세 이월과세신청서를 적법하게 제출하였음에도 무신고에 따른 국세부과제척기간(7년)이 임박한 시점에 양도소득세 합계 OOO원이라는 과도한 세금을 부과하였다. 청구인이 정상적인 신고를 하였음에도 처분청의 잘못으로 무신고라는 오명을 쓰고 막대한 세금이 과세되어 억울한 상황에 처해 있다. (나) 청구인은 법인으로 전환하면서 쟁점부동산을 현물출자하였는바, 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있었으므로 이를 무신고할 이유가 전혀 없을 뿐 아니라, 청구인이 세무대리인에게 양도소득세 신고 및 이월과세신청을 의뢰한 것은 명백한 사실로 2020.3.24. 청구인이 세무대리인에게 보낸 내용증명서에서도 확인할 수 있으며, 세무대리인이 양도소득세 과세표준 신고 및 이월과세 신청업무에 관한 세무대리 약정 후에 그 업무를 누락한다는 것은 경험칙상 이례적이다. (다) 한편 처분청은 청구인 개인에게 양도소득세를 부과하였으나, 청구인은 전환된 법인에서 최저급여를 받고 일을 하고 있으며, 납부자력이 없는 상태로 국고주의 측면에서도 과세물건(OOO에서 매각 추진중)을 보유하고 있는 법인에 청구하는 것이 유리하다 할 것이다.
(7) 쟁점신고서의 주소로 인해 신고의 진위여부를 의심하는 것은 수긍하기 어렵다. 당시 세무대리인이 청구인의 주소지를 2012년 주소이전 전 주소지인 OOO로 오인하여 신고서를 접수한 것은 사실이나, 이는 청구인의 실제 거소지를 기준으로 하였기 때문이고(청구인의 사업장 근처 소재하고, 청구인 배우자 명의로 취득하여 현재까지 실거주하고 있음), 당시 청구인의 주민등록상 주소지를 확인하지 않고 과거 주소지가 변동없는 것으로 오인하여 업무를 처리한 잘못이 있을 뿐이며, 처분청은 국세통합전산망으로 관할 세무서를 알 수 있으므로 다른 세무서 관할 신고서를 해당 납세지 관할세무서장에게 송부하여야 하는 것은 처분청이 해야 하는 정상적인 업무처리이다.
(1) 청구인은 쟁점신고서를 제출하였다고 주장하나, 국세통합시스템상 쟁점신고서가 접수된 사실이 없고, 그 외 쟁점신고서 제출에 대한 객관적 증빙없이 주장만 하고 있어 이를 인정할 수 없다.
(2) 청구인은 쟁점신고서 접수에 대한 증빙으로 세무대리인 직원의 업무노트 등을 제출하였으나, 청구인 및 그 이해관계자의 내부 문서는 개인의 주관적인 기록이므로 실제 쟁점신고서를 제출하였음을 입증하는 객관적인 증빙으로 볼 수는 없다. 청구인의 세무대리인은 OOO지방국세청 국세심사위원회심리 과정에서 중요 신고서의 사본이 없음에 의문을 가지며, 증거자료로 제출된 신고서가 신고 당시부터 보관해온 사본인지를 질문하자, 세무대리인은 질문에 긍정하며 해당 신고서에 대해서도 문서감정을 계획하고 있다고 답변한 바 있다. 해당 신고서의 작성연도가 신고서 제출의 증빙이 되는지 여부와는 별개로, 처분청으로서는 세무대리인 직원의 업무노트에 대한 문서감정을 의뢰할 동안 해당 신고서의 진위여부 입증에는 노력을 다하지 않았던 점에도 의문이 있다. 한편 청구인은 쟁점신고서의 사본을 보관하고 있다던 진술을 번복하고 당시 쟁점신고서를 작성했던 컴퓨터 전자파일만 존재한다고 주장하나, 청구인이 제출한 전자파일의 문서정보에는 문서작성일이 2013.5.6.로 확인된다. 이는 청구인이 주장하는 쟁점신고서 제출일인 2013.4.29.보다 이후 날짜로 청구인의 주장과는 상충되어 청구인의 주장에 신빙성이 없다.
(3) 청구인은 당시 처분청 OOO에 근무한 조사관에게 쟁점신고서를 전달하였다고 주장하며 해당 조사관의 사실확인서를 제출하였으나, 확인서의 내용은 당시의 업무상황에 비추어 서류를 전달받고 분실했을 가능성을 추정하고 있을 뿐, 실제 받았다고 진술하는 내용은 없다. 또한 쟁점신고서 접수업무에 대해 구체적인 상황진술이 결여되어 있고, 해당 업무를 직접적으로 기억하지 못하고 있다고 서술하는 등 신고서의 제출여부가 명확하지 않으며, 7년이라는 기간 동안 사실이 왜곡되어 기억될 가능성 또한 충분하다. 처분청으로서는 조사관이 사실확인서를 작성해준 행위의 의미를 자의적으로 추정하거나, 진술 내용을 확대해석 할 수 없다.
(4) 2013년 시행되던 국세청민원사무처리규정 제41조에 의하면 “과세표준 및 세액관련 신고서는 민원봉사실에서 전산접수함을 원칙으로 하고, 타서분 신고서의 접수를 요구받은 경우에는 해당 세무서에 접수하도록 안내하여야 한다”고 규정하고 있다. 처분청 재산법인세과 내에 재산제세 민원 편의성 제고를 위해 상담창구를 설치·운영해 온 것은 사실이고, 현재는 창구에 전산화 장비를 설치하여 신고서 접수까지 맡아하고 있으나, 당시 재산1팀 및 민원실 근무자에게 확인한 바에 의하면, 당시 시행되던 국세청민원사무처리규정에 따라 통상 양도소득과세표준 신고서 등의 신고서류 접수는 민원실에서 이루어졌고, 타서분 신고서는 접수하지 않았으며, 관할서에 직접 접수하도록 안내하였다고 진술하였다. 2013년 4월 처분청에 방문 접수된 양도소득세 신고서 총 OOO건이 민원실 직원에 의해 접수되고OOO건만이 주무부서에서 접수된 것으로 나타난다.
(5) OOO가 쟁점부동산의 취득세를 감면받은 사실은 확인되나, 청구인의 양도소득세 신고가 취득세 감면신청의 선행조건이 아니다. 조세심판원 선결정례(조심 2010부3302, 2011.3.7.)에서 양도소득세 신고서상 산출세액에 따른 주민세를 신고납부기한 내에 정상 납부한 사실 등을 근거로 양도소득세 신고서 또한 정상적으로 제출했을 것으로 결정한 것과 달리, 양도소득세와 취득세는 서로 독 립된 신고 세목으로 양도소득세와 그에 따른 지방세의 관계와는 성격이 다르다. 따라서 OOO가 쟁점부동산의 취득세를 감면받은 사실이 청구인의 양도소득세 정상신고의 증빙은 될 수 없다.
(6) 청구인의 당시 주민등록상 주소지는 OOO 되어 있었으므로 청구인의 사업장소재지나 실거주지에 상관없이 소득세를 관할하는 관서는 OOO세무서가 명백하고, 청구인의 세무대리인은 이전부터 청구인의 기장대리를 수임해 왔으며, 실제로 2012년 청구인의 종합소득세 신고서를 우편을 통해 당시 관할서인 OOO세무서로 접수한 사정을 종합하면, 세무대리인은 당시 시행되던 민원처리사무규정과 청구인의 소득세적에 대해 인지하고 있었다고 추정하는 것이 합리적이다. 개인적 친분을 사유로 특별히 해당 신고서의 접수를 부탁했다면 청구인의 관할서로 이송할 최소한의 근거는 제대로 기재되어 있어야 한다. 또한 청구인은 쟁점신고서의 주소를 착오기재하여 제출한 것에 불과하므로 이를 처분청에서 접수한 후 관할세무서로 이송했어야 한다고 주장하나, 이는 쟁점신고서가 정상제출되었음을 전제로 한 후속절차에 대한 내용이므로 쟁점신고서의 정상제출 및 접수여부를 가리는 현 상황과 관련 없는 주장이다. 청구인이 당시 제출했던 신고서라고 주장하는 신고서에는 청구인의 주소지가 OOO로 기재되어 있는데 반해, 청구인 사업장의 법인전환 과정에서 작성했던 현물출자계약서에는 청구인의 주소지가 OOO로 기재되어 있다. 쟁점신고서의 중요도와 세무대리인의 꼼꼼한 업무처리습관 등에 비추어 보았을 때 이를 단순 오기로 보기는 어렵다.
(7) 대법원(대법원 2016.12.1. 선고 2016두48386 판결)에서는 이월과세적용신청서 제출의무는 단순한 협력의무가 아니라 그 신청이 필수적인 것이라고 할 것이므로 기한 내 이월과세적용신청을 하지 않은 경우 이월과세를 적용할 수 없다고 판시하고 있다. 이월과세는 조세감면과 달리 납세자가 양도소득세 직접부담 또는 이월과세를 선택하도록 한 것이어서 그 신청이 필수적인 요건이므로 과세표준신고서와 함께 이월과세 신청을 기한내 완료하지 아니한데 대하여 이월과세적용을 배제하고 양도소득세를 결정 고지한 것은 정당하다.
(1) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제6조【납세지】① 거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다. 다만, 주소지가 없는 경우에는 그 거소지로 한다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제105조【양도소득과세표준 예정신고】① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.
③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.
⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 제120조【취득세의 면제등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제13조제2항 본문 및 같은 조 제5항의 세율을 적용하지 아니한다.
⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2014년 12월 31일까지 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.1.14. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것) 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.
③ 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.
1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업은 제외한다)
2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령 제21조 에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)
3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업
④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ※ 국세청민원사무처리규정(국세청 훈령 제1915호) 제41조【신고서 접수】① 과세표준 및 세액 관련 신고서와 수정신고서(경정청구서를 제외한다) 및 면세사업자 사업장현황신고서(이하 "신고서"라 한다)는 민원봉사실에서 전산접수함을 원칙으로 한다. 다만, 신고서 접수창구 운영기간에는 주무과의 직원을 동원하여 전산 또는 수동접수한다.
② 신고서 접수창구는 세목별로 납세자보호담당관이 주무과장과 협의하여 신고기간 중 일정기간을 정하여 운영할 수 있다.
③ 납세자보호담당관 또는 주무과장이 타서분 신고서의 접수를 요구받은 경우에는 해당 세무서에 접수하도록 안내하여야 한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 해당 신고서를 관할세무서로 이송함을 안내하고, 신고서를 접수하여 전산에 입력한 후 즉시 해당 세무서로 이송한다.
1. 민원인이 노약자·장애인 등인 경우로서 관할 세무서에 접수하기에 어려움이 있다고 판단되는 경우
2. 신고마감에 임박하여 원거리 납세자가 접수하는 경우로서 관할 세무서에 방문 또는 우편으로 접수하기에 어려움이 있다고 판단되는 경우
3. 비거주자 등이 신고기한까지 납세지를 판단하기 어려워 접수하는 경우
(1) 쟁점부동산의 현물출자와 관련하여 청구인 및 처분청이 제시한 자료에 의해 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 2012.12.17. 개인사업장인OOO의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 OOO에 포괄적으로 현물출자하겠다는 내용의 계약서를 작성하였다. (나) 청구인은 2013.1.16. 감정평가법인(기준시점: 2012.12.31., 감정평가 목적: 법인전환용 일반거래)으로부터 쟁점부동산 합계 OOO원으로 감정평가를 받았다. (다) 청구인은 2013.3.25. 쟁점부동산을 OOO에 현물출자하였고, 2013.3.28.OOO의 법인설립 등기를 하였으며, 2013.5.6. 2013.3.25.자 현물출자를 원인으로 쟁점부동산의 소유권이전등기를 하였다. (라) OOO는 2013.5.6. OOO에 지방세 감면신청을 하고, 쟁점부동산의 취득에 따른 취득세를 감면받았다. (마) OOO는 2018.1.16. 회생신청을 하여 2018.10.2. 회생계획인가결정을 받았으며, 쟁점부동산은 현재까지OOO가 소유하고 있는 것으로 나타난다.
(2) 청구인이 2013.3.25. 쟁점부동산을 현물출자하여 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월인 2013.5.31.까지 양도소득세 예정신고를 하였어야 한다는 점에서는 양측의 다툼이 없고, 처분청은 국세통합전산망에 쟁점신고서가 접수된 사실이 확인되지 아니하자 청구인이 양도소득세를 신고하지 아니한 것으로 보아 <표1>과 같이 무신고가산세 등을 적용하여 2020.3.5. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세OOO원을 결정·고지하였다. <표1> 양도소득세 과세내역
(3) 그 밖에 청구인이 세무대리인을 통해 2013.4.29. 쟁점신고서를 처분청에 제출하였다며 제출한 근거자료 및 주장은 다음과 같다. (가) 쟁점신고서는 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서, 이월과세적용신청서로 그 내용은 <별지>와 같고, 청구인은 과세전적부심사청구 당시 2013년 5월경 작성한 문서파일을 확인하였다며 문서작성정보(문서 작성일 2013.5.6.)를 제출하였으며, 현재 쟁점신고서의 사본은 없으며, 파일로만 보관하고 있다고 소명하였다. (나) 세무대리인의 직원인 OOO의 업무노트에 아래와 같이 2013.4.29. 처분청 OOO에게 서류를 전달하였다는 내용이 기재되어 있다. (다) 세무대리인이 OOO에 위 업무노트의 문서감정을 의뢰한 결과, 2020.6.26. “감정자료의 표면에서 노후화 흔적이 자연스럽게 나타나고, 인위적으로 산화시킨 흔적이나 특이한 형광반응이 관찰되지 않으며, 다른 2013년도에 작성된 비교자료와 필기구 잉크의 용해정도가 유사하게 나타나는 점을 종합하면 근래의 작성되었을 가능성 보다는 상대적으로 2013년경에 작성되었을 가능성이 높은 것으로 추론된다”라는 감정소견을 받았다. (라) 세무대리인의 직원이 쟁점신고서를 전달하였다는 OOO 조사관이 작성한 확인서의 내용은 OOO과 같다. (마) 청구인은 쟁점신고서를 제출한 후, OOO가 현물출자로 취득한 쟁점부동산에 대해 OOO시청에 취득세 감면신청서를 제출하였고, 이에 따라 취득세를 면제받았다며 취득세 납부영수증과 세무대리인의 직원 업무노트를 제출하였는데, 2013.5.6. OOO시장이 확인한 취득세 납부서 및 영수필통지서에는 쟁점부동산의 가액을 OOO원으로 하고, 취득세는 OOO, 농어촌특별세는 OOO원으로 하여 이를 납부한 것으로 나타나며, 업무노트 2013.5.2.자 기록에는 ‘OOO감면 관련’, 2013.5.6.자 기록에는 “10:30, 시청”이라는 내용이 기재되어 있다. (바) 청구인은 세무대리인이 청구인에게 양도소득세 신고 및 이월과세적용 신청을 모두 완료하였다고 하여 2013년 5월 세금계산서를 수취하고, 2013년 8월 대금을 지급하였다며 세금계산서 및 금융거래내역을 제출하였다. (사) 청구인이 2020.3.26. 세무대리인인 OOO 회계사에게 발송한 내용증명에는 대리인에게 쟁점부동산 양도소득세 이월과세 신고업무를 위임하였고, 신청을 끝낸 다음 약정된 수수료를 지급하였으므로 이 건의 원활한 해결을 하지 못하는 경우 손해배상책임을 물을 수밖에 없다는 내용이 기재되어 있다.
(4) 처분청은 쟁점신고서상 주소지가 OOO로 기재되어 있으나, 쟁점부동산 현물출자 당시 청구인의 주민등록상 주소지가 OOO로 청구인이 처분청에 쟁점신고서를 제출할 사유가 없고, 쟁점부동산 현물출자계약서상 청구인의 주소는 당시 주민등록상 주소지와 동일하다며 청구인의 주민등록상 주소 변동이력을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세통합시스템상 쟁점신고서가 접수된 사실이 없으나, 청구인이 제출한 세무대리인 직원의 업무노트에 2013.4.27. 양도소득세 신고서를 작성하였고, 2013.4.29. 처분청의 OOO 조사관에게 관련 서류를 전달하였다고 기재되어 있으며, 해당 노트는 문서 감정 결과 최근에 작성된 것으로 보이지 않는 점, 청구인이 위 서류를 전달하였다는 처분청 조사관은 2013년 당시 처분청 재산법인세과에 근무하던 자로 “세무대리인의 사무장으로부터 쟁점신고서를 받았으나 담당직원에게 전달하는 과정에 분실하였을 가능성이 상당히 크다고 생각된다”는 내용의 확인서를 작성한 점, 현물출자에 따라 쟁점부동산을 취득한 OOO는 2013.5.6. OOO시청에 취득세 감면신청을 하였고, 이에 따라 취득세를 감면(농어촌특별세 납부)받은 것으로 나타나는 점, 청구인은 대리인으로부터 2013년 5월 양도소득세 신고 및 이월과세적용 신청 용역에 대한 세금계산서를 수취하고, 이후 8월 이를 지급하였던 점, 청구인은 당초 양도소득세 이월과세를 적용할 목적으로 현물출자를 하였고, 해당 계획에 따라 업무가 진행되었으며, 그 무렵 쟁점신고서가 작성된 것으로 나타나고, 쟁점신고서를 제출하면 양도소득세가 이월되는 바, 일련의 과정에서 청구인이 쟁점신고서의 접수만 누락하였을 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 2013.4.29. 쟁점신고서를 처분청 조사관에게 제출하였다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이므로 처분청이 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.