청구법인이 제출한 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세” 상 “특허권 취득과 관련 없는 비용”이 해당 사업연도의 손금에 산입하여야 할 비용에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
청구법인이 제출한 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세” 상 “특허권 취득과 관련 없는 비용”이 해당 사업연도의 손금에 산입하여야 할 비용에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2020.5.13.∼2020.5.14. 청구법인에게 한 법인세 2014∼2018사업연도분 OOO의 부과처분은, 청구법인이 제출한 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세” 상 “특허권 취득과 관련 없는 비용”이 해당 사업연도의 손금에 산입하여야 할 비용에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조사청은 아래 <표2>와 같이 청구법인이 연구인력개발비 세액공제 대상으로 신고한 금액 중 OOO을 세액공제 부인하였는데, 이 중 청구법인이 2016∼2017사업연도에 인건비로 계상한 금액인 OOO(이하 “쟁점인건비”라 한다)은 청구법인의 기업부설연구소에서 실지 전담연구원으로 근무한 OOO에게 지급한 인건비로서 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당한다. OOO (가) OOO은 OOO 화학공학과를 졸업한 전담연구원 자격을 갖춘 자로서 청구법인은 OOO을 기업부설연구소 연구부장으로 발령하여 2016.3.1.∼2017.12.31. 기업부설연구소의 전담연구원으로 근무토록 하였다. OOO이 기업부설연구소에 근무할 당시 청구법인은 국가R&D과제인 “LED조명등의 120% 광효율 향상과 10% 이상의 저발열 효과가 구현되는 자가제어능동형 LED조명장치 및 부품개발(총사업비 OOO)”에 총력을 기울일 시기였고, 당시 공무부에 근무하던 전태청을 기업부설연구소 연구부장으로 발령내어 위 연구에만 전력을 다하도록 하였으며, OOO이 이 기간 동안 다른 업무를 겸직하지 않도록 하였다. 당시 청구법인이 수행하는 국가과제는 ‘스마트시티’에 적용되는 ‘스마트LED조명등’ 개발에 관한 것으로 청구법인의 미래가 달린 연구과제였으므로 이상락 연구소장 이하 전 연구원들이 전력을 다해 연구에만 몰두하였다. OOO은 기업부설연구소의 전담연구원으로 근무하면서 연구과정과 실험과정을 모두 연구노트에 기록하여 심사평가원의 심사를 받아 회사에 제출하였으며, 청구법인을 퇴사하고도 본인이 청구법인의 전담연구원으로 재직하였다는 확인서를 작성하는 등 OOO이 기업부설연구소의 전담연구원으로 근무하였다는 사실이 확인된다. (나) 당시 OOO이 청구법인 대표이사에게 매월 20일에 보고하는 ‘기성신청 및 수금현황’ 자료는 각 건설사 및 거래처에 매월 발행한 세금계산서 등 자료를 단순 취합하여 보고하는 것으로서 OOO은 토요일(당시 청구법인은 토요일에도 근무를 하였음)에 별도의 작업을 통해 자료를 작성·보고하였다. 조사청은 OOO이 다른 업무를 겸직하였으므로 전담연구원으로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 조사청이 사실을 오인한 것으로서 OOO은 2016.3.1.∼2017.12.31.에는 기업부설연구소의 전담연구원으로서 연구에만 전념하였다.
(2) 청구법인이 각 사업연도별 비용으로 계상한 경상개발비 전액을 특허권 취득 관련 비용으로 보아 손금불산입한 것은 사실관계를 잘못 판단한 부당한 처분이고, 설령 위 경상개발비가 특허권 취득 관련 비용이라 하더라도 관련 법령에 따라 법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하여야 한다. (가) 청구법인은 청구법인의 장부에 특허권 무형자산으로 계상되어 있는 3건의 특허권에 대하여 내용연수에 따라 감가상각을 하고 있고, 장부에 계상하지는 아니하였으나 청구법인의 특허등록대장에 등재되어 있는 특허권에 대하여는 연구개발비로 계상하여 감가상각을 하고 있으며, 특허권 취득과 무관한 비용은 경상개발비로 계상하여 당해 사업연도의 비용으로 처리하고 있다. 이와 같이 청구법인은 기업부설연구소의 연구개발에 필요한 자재, 시험연구부품, 시약류 구입비와 전담연구원 등의 인건비 등을 경상개발비로 계상하고 당해 사업연도의 비용으로 처리하였는데, 조사청은 아래 <표3>과 같이 청구법인이 당기비용으로 처리한 경상개발비 전액을 즉시상각의제로 감가상각시부인계산 후 상각범위액 초과금액인 OOO을 손금불산입하면서 특허권과 관련 없는 경상개발비인OOO(이하 “쟁점경상개발비”라 한다)에 대하여도 손금불산입하였는바, 이는 조사청이 쟁점경상개발비를 임의로 특허권 관련 비용이라고 판단한 것이므로 특허권 무관 비용인 쟁점경상개발비는 당해 사업연도의 손금에 산입하여야 한다. OOO (나)법인세법제23조 제1항은 “내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제6호는 개발비의 상각범위액 계산방식으로 “법인이 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년간의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법으로 계산한 금액”을 규정하고 있으며, 법인세법 기본통칙 23-26-9는 “ 법인세법 시행령제26조 제1항 제6호 및 제4항 제4호의 규정은 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용하는 것이므로 법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있는바, 설령 쟁점경상개발비가 특허권 관련 비용에 해당한다 하더라도 청구법인이 쟁점경상개발비를 연구개발비로 계상하지 아니한 이상 관련 법령에 의하여 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하여야 한다.
(3) 청구법인이 제출한 항변서의 주요내용은 다음과 같다. (가) OOO은 실제로 연구전담부서의 전문연구업무를 담당하였고, 조사청이 OOO이 주로 평일에 작성하였다며 제시한 영업부 관련 문서는 OOO이 휴일이나 평일 일과 후 시간에 단순 업무를 도와주기 위하여 작성한 문서이다. 또한 OOO이 작성한 연구노트를 보더라도 OOO이 연구업무를 전담하였다는 사실을 알 수 있다. (나) 조사청은 청구법인이 조사대상 기간 중 17건의 특허권을 특허등록대장에 등재하고도 해당 특허권 취득비용을 장부에 전혀 계상하지 아니하여 당기비용으로 처리한 경상개발비를 특허권 취득과 관련된 비용으로 보아 손금불산입하였으나, 청구법인은 외부에서 취득한 특허권을 특허권 계정에 자산으로 계상하여 감가상각하였고, 청구법인이 자체개발한 특허권 관련 비용 및 연구개발비는 연구개발비 계정에 자산으로 계상하여 감가상각을 하였다. 또한 조사청은 쟁점경상개발비를 모두 특허권 무관 비용으로 인정할 경우, 해당 특허권의 취득에 대응되는 비용이 전혀 없거나, 거의 발생하지 아니하는 경우가 나타난다는 의견이나, 특허권의 내용과 성질에 따라 특허권 관련 비용이 발생하는 특허권도 있고, 발생되는 비용이 거의 없이 아이디어만으로 취득할 수 있는 특허권도 있으나, 조사청이 이를 이해하지 못하고 특허권 취득에는 반드시 많은 금액의 비용이 발생한다고 오인한 것이다.
(1) 청구법인은 OOO이 2016.3.1.～2017.12.31. 청구법인의 기업부설연구소에서 전담연구원으로 근무하면서 다른 업무와 겸직하지 않았으므로 쟁점인건비는 세액공제 대상 인건비에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 2014년∼2019년 조직도를 살펴보면 OOO은 계속해서 영업부 소속 직원으로 되어있고, 청구주장과 같이 기업부설연구소 소속으로 바뀐 적이 단 한 번도 없었으며, 기업부설연구소 소속 직원으로는 OOO이 있었던 것으로 확인된다. 또한 청구법인은 OOO이 평일에는 연구업무만 수행하고, 토요일에 연구 이외의 기성신청 및 수금현황 문서 작성과 같은 단순보고 업무를 수행하였다고 주장하나, 2016.3.1.∼2017.12.31. 기간 중 전태청의 업무용 PC에 보관된 문건들을 살펴보면 아래 <표4>와 같이 단순 보고용 문건 외에도 거래처 외주제작 관리, 공사현장 관리 및 OOO이 기존에 담당했던 영업 관련 업무, 기타 관리업무 등과 관련된 문건들이 확인되는바, OOO이 다른 업무와 겸직하지 아니하고 계속해서 전담연구원의 업무만 수행하였다고 볼 수 없다. OOO 이와 같이 OOO이 연구업무 외에 다양한 업무를 겸직하고 있었다는 것이 확인되고, 청구법인이 제출한 전태청의 확인서는 OOO이 임의로 작성 가능한 것으로서 객관적인 증빙이라고 할 수 없으므로 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제 대상에서 제외한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인의 특허등록대장상 확인되는 특허권은 총 28건이고, 이 중 조사대상 기간에 등재된 특허권은 총 17건으로 확인되나, 청구법인의 장부에는 청구법인의 대표이사 OOO으로부터 취득한 특허권 2건 및 주식회사 뉴런으로부터 취득한 특허권 1건 합계 3건만이 계상되어 있다. 이에 조사청은 특허등록대장상 확인되는 특허권의 자산계상 누락 여부와 그 취득과 관련된 제비용을 청구법인에게 소명요구하였고, 청구법인으로부터 특정 특허권(특허등록대장 번호 20, 21, 22, 24, 25, 26, 27, 28)에 대응되는 비용내역을 제출받아 검토한 결과, 청구법인이 특허권 자산계상을 누락한 사실을 확인하고, 경상개발비로 계상한 금액에 대해 즉시상각의제로 손금불산입하였다. 또한 OOO은 조사청을 방문하여 특허권의 자산계상 누락과 그 취득 관련 비용에 대한 세부내역을 확인하고, 사실임을 시인하는 확인서에 날인하였으며, 조사청의 문답 시에도 재차 위 내용이 사실임을 확인한 바 있다. 청구주장과 같이 쟁점경상개발비를 모두 특허권 무관 비용으로 인정할 경우 아래 <표5>와 같이 해당 특허권의 취득에 대응되는 비용이 전혀 없거나, 거의 발생하지 않는 경우(특허등록대장 번호 22, 25, 26)가 나타나게 된다. OOO 청구법인은 조사청의 조사종결 이후 특별한 사유와 명확한 근거 없이 조사과정에서 시인한 내용에 대하여 전혀 새로운 주장으로 이를 부인하고 있으므로 당초 조사결과와 같이 특허권 자산계상 누락 및 즉시상각의제로 감가상각시부인계산 후 상각범위액 초과금액에 대하여 손금불산입한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 쟁점경상개발비가 특허권 관련 비용에 해당한다 하더라도 청구법인이 쟁점경상개발비를 연구개발비로 계상하지 아니한 이상 관련 법령에 의하여 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목은 연구개발비에 관한 세무회계를 기업회계기준과 일치시킴으로써 납세자의 편의를 증진하기 위하여 개정된 것이므로 이는 기업회계 존중의 원칙에 따른 것으로 봄이 타당하고, 따라서 기업회계의 진실성과 정규성은 위 조항을 적용하는 데에도 그 토대가 된다고 보아야 한다. 결국 개발비에 관한 기업회계가 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 경우 과세표준 조사·결정의 기초로 존중될 수 있지만, 그러하지 아니한 경우에는 과세관청의 경정권에 의하여 이를 경정할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 법인이 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었음이 분명한데도 이를 개발비로 계상하지 아니하고 비용처리 한 경우, 이는 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액을 손금으로 계상한 경우에 해당하므로 과세관청은 같은 법 시행령 제31조 제1항(2018.12.24. 법 제23조 제4항 제1호로 이관·신설)에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산할 수 있다고 보아야 하는바[서울고등법원 2017.5.31. 선고 2016누39766 판결(대법원 심리불속행) 참조], 청구법인은 쟁점경상개발비가 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖춘 특허권 취득 관련 비용에 해당함에도 개발비로 계상하지 아니하고 비용으로 처리한 것이므로 이에 대해 즉시상각의제로 손금불산입한 처분은 적법하다.
① 쟁점인건비가 연구인력개발비 세액공제 대상인지 여부
② 조사청이 특허권 취득 관련 비용으로 보아 즉시상각의제로 손금불산입한 비용 중 특허권 취득과 무관한 쟁점경상개발비가 포함되어 있고, 설령 쟁점경상개발비가 특허권 취득 관련 비용에 해당한다 하더라도 법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청이 제출한 법인통합 조사종결보고서에 따르면, 다음과 같이 사항이 확인된다. (가) 조사청은 아래 <표6>과 같이 청구법인이 쟁점인건비 등 연구인력개발비 세액공제 대상이 아닌 비용을 공제처리하여 이를 부인하고 세액공제액을 재계산하여 경정감한 것으로 나타난다. OOO (나) 조사청은 아래 <표7>과 같이 청구법인이 2015∼2017사업연도 중 취득한 특허권에 대하여 쟁점경상개발비 등 관련 비용을 자산으로 계상하지 아니하고 경상개발비로 처리한 것은 잘못이라고 보아 이를 손금불산입(유보) 후 손금추인한 것으로 나타난다. OOO
(2) 청구법인의 특허등록대장에는 아래와 같이 2007.5.4.∼2019.4.11. 등록된 특허권 28건이 등재되어 있고, 조사청 조사대상 과세기간인 2014년∼2018년에는 17건의 특허권이 등재되어 있으며, 발명자는 OOO 등으로 되어 있고, 권리자는 청구법인으로 기재되어 있다. OOO 한편, 조사청 조사대상 과세기간인 2014년∼2018년에 등재되어 있는 17건의 특허권이 청구법인의 특허권 계정별원장에 무형자산으로 계상되어 있지 아니하다는 사실과 청구법인의 특허권 계정별원장에는 OOO으로부터 취득한 특허권 2건 및 주식회사 뉴런으로부터 취득한 특허권 1건 합계 3건만이 계상되어 있다는 사실에 대하여는 청구법인·조사청 간 다툼은 없다.
(3) 조사청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 조사청은 쟁점인건비가 비전담연구원에 대한 인건비로서 세액공제 대상이 아니라는 증빙으로 2014년∼2019년 청구법인의 기구조직표, OOO이 작성한 문서를 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다.
1. 2014년∼2019년 청구법인의 기구조직표에 따르면, OOO은 2015년부터 2019년까지 계속하여 청구법인의 영업관리팀·영업부의 차장·부장으로 소속되어 있고, 영업부는 영업·구매·현장관리를 담당하는 부서인 것으로 나타난다.
2. OOO의 PC에 보관되어 있는 문서 자료에 의하면, 문서명은 작업의뢰서(2016.5.12. 작성), 지출결의서(2017.3.28.), 욕실장 작업의뢰서(연도미상 12.15.), OOO 주상복합 슬라이딩 도어 견적서(2017.4.21.)이고, 작성자·현장담당자가 ‘영업부 전태청차장’으로 기재되어 있으며, 2016년 2월부터 2017년 12월까지의 기성신청 및 수금현황 자료에는 작성자가 OOO, 작성일자가 대부분 월요일부터 금요일까지 평일(일부는 토요일)인 것으로 나타난다. (나) 조사청은 쟁점경상개발비가 특허권 취득 관련 비용이라는 증빙으로 세무조사 당시 청구법인 및 OOO에게 제시한 ‘특허권 취득 관련 경상개발비 과다계상 세부내역’, 전재석의 확인서 및 문답서를 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다.
1. 조사청은 세무조사 당시 청구법인 및 OOO에게 아래와 같이 ‘특허권 취득 관련 경상개발비 과다계상 세부내역’을 제시하였는바, 위 자료에는 전표번호가 20150127-50005∼20171215-00002로 기재되어 있고, 적요란에는 아래 <표8>과 같은 지출내역으로 하여 총 합계액은 OOO인 것으로 나타난다. OOO
2. OOO이 자필서명 날인하여 조사청에 제출한 확인서에 의하면, OOO은 2020년 3월에 “본인은 청구법인의 대표자로서 조사청에서 실시한 세무조사와 관련하여 ① 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 영업 등의 업무를 겸직한 비전담연구원 인건비 및 특허권, 금형비 등 연구인력개발비 세액공제 제외 대상 금액OOO을 공제 대상으로 과다계상하였고, ② 2015∼2017사업연도 법인세 신고 시 자산 성격의 특허권 취득원가OOO를 경상개발비로 과다계상한 사실이 있음을 확인한다.”는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타난다. 또한 2020.3.18. 작성된 조사청의 OOO에 대한 문답서에 따르면, OOO은 ① 연구인력개발비 세액공제 과다계상과 관련하여 “청구법인은 2013년 경부터 LED 관련 연구개발을 시작하면서 연구개발 사업에 많은 투자를 해왔습니다. 자본과 인력이 부족한 중소기업에서 연구만 전담으로 하는 직원을 채용하기는 정말로 어려운 실정입니다. 그래서 기존 청구법인의 직원인 OOO이 LED 연구개발에 투입되어 기존 유리제조사업과 관련한 업무와 연구개발을 병행해온 것이 사실입니다. 금번 세무조사로 연구인력개발비 세액공제에 해당되지 않는 항목들이 포함되어 있었다는 점을 알게 되었습니다. 세법에 대한 무지로 이렇게 된 점을 감안하여 선처를 부탁드립니다.”라고 진술하였고, ② 경상개발비 과다계상과 관련하여 조사청의 “청구법인에 대한 세무조사와 관련하여 2015년부터 2017년까지 자산 성격의 특허권 취득원가 해당액을 경상개발비로 당기비용 처리하여 비용을 과다계상한 사실이 확인되었습니다. (경상개발비 과다계상 세부명세를 보여주며) 보여드린 자료는 귀하께서 특허권 취득원가에 해당하는 경상개발비 항목을 소명한 자료입니다. 2015년부터 2017년까지 총 OOO을 과다계상한 것으로 확인됩니다. 맞습니까?”라는 질문에 “네 맞습니다.”라고 시인한 것으로 나타난다.
(4) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO이 전담연구원으로 근무하였다는 증빙으로 기업부설연구소 인정서, OOO의 확인서 및 연구노트 사본을 제출하였는바, 세부내용은 다음과 같다.
1. 한국산업기술진흥협회장이 2019.1.14. 발급한 기업부설연구소 인정서에는 연구소명을 청구법인 기업부설연구소, 최초인정일을 2013.2.26.로 하여 “기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 위와 같이 기업부설연구소로 인정합니다.”라는 내용이 기재되어 있다.
2. OOO이 2020.6.10. 자필서명 날인한 확인서에는 아래와 같이 OOO이 2016년 3월부터 2017년 12월까지 청구법인의 기업부설연구소 전담연구원으로 근무하면서 연구부장 직책을 부여받고, 국가R&D과제 연구를 하였으며, 연구노트를 작성하여 심사평가원의 심사를 받아 청구법인에 제출하였고, 전담연구원으로 근무하던 기간 동안 다른 업무를 겸직하지 아니하였다는 내용이 기재되어 있다. OOO
3. 연구노트 표지에는 아래와 같이 연구과제명은 “LED조명등의 120% 광효율 향상과 10% 이상의 저발열 효과가 구현되는 자가제어능동형 LED조명장치 및 부품개발”로, 연구기간은 2016.3.1.∼2017.12.31.(22개월)로, 부서명은 연구개발부로, 연구자명은 OOO으로 기재되어 있고, 본문에는 연구개발 방향, 시제품 제작, 모듈실험 등 연구개발 과정이 기재되어 있는 것으로 나타난다. OOO (나) 청구법인은 쟁점경상개발비가 특허권 취득과 무관한 경비라고 주장하며 아래와 같이 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세”를 제출하였는바, 위 명세서의 각 지출내역에는 관련 특허번호와 “특허권과 관련 없는 사유”가 각각 기재되어 있다. OOO
(5) 청구법인의 대표이사 OOO은 이 건 조세심판관회의 시 의견진술을 통하여 “조사청에 자산 성격의 특허권 취득원가를 경상개발비로 과다계상하였다는 내용의 확인서를 제출하고, 조사청과의 문답 시 이를 시인한 사실이 있으나, 세무조사 당시 청구법인은 회생신청 절차를 진행하고 있어서 세무조사로 인하여 회생신청이 기각될지도 모른다는 우려 때문에 세무조사에 능동적으로 대처하지 못한 사정이 있었고, 확인서 작성 시 확인서의 내용도 확인하지 아니하고 서명하였다.”라고 진술하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO이 청구법인의 기업부설연구소에서 실지 전담연구원으로 근무하였으므로 쟁점인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나,조세특례제한법제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 별표6, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 및 제3항은 “내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 자체연구개발을 위하여 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비가 있는 경우에는 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있는바, 전담연구원 이외의 행정사무를 담당하는 자 또는 연구업무 이외의 다른 업무를 겸직하는 자의 인건비는 공제 대상에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 자체연구개발을 위한 전담부서로 기업부설연구소만을 설치·신고하였는바, 2014년∼2019년 청구법인의 기구조직표상 OOO이 2015년부터 2019년까지 계속하여 청구법인의 영업관리팀·영업부의 차장·부장으로 소속되어 있었고, 영업부는 영업·구매·현장관리를 담당하는 부서로 확인되는 점, 전태청의 PC에 보관되어 있는 문서 자료에 의하면, OOO이 기업부설연구소에 근무하였다는 기간 동안 OOO이 작성한 연구업무 이외의 영업부 관련 문서가 다수 확인되어 OOO이 위 문서를 언제 작성하였는지에 관계없이 연구업무 이외의 업무를 겸직한 것으로 보이는 점, OOO이 작성한 확인서는 OOO이 임의로 작성 가능한 것으로서 이를 객관적인 증빙으로 보기 어려운 점 등에 비추어 OOO이 청구법인의 기업부설연구소와 영업부의 업무를 겸직한 것으로 보이고, 처분청이 이러한 전태청의 인건비(쟁점인건비)에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 조사대상 기간에 특허등록대장에 등록된 특허권 17건 중 3건을 제외한 나머지 특허권을 자산으로 계상하지 아니한 사실을 확인하고, 자산으로 계상하지 아니한 특허권의 취득에 대응하는 비용에 대하여 즉시상각의제로 손금불산입하였는바, 쟁점경상개발비도 특허권 취득 관련 비용으로 보아 즉시상각의제로 손금불산입하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점경상개발비가 특허권 취득과 무관한 경비라고 주장하며 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세”를 제출하였는데, 위 명세서의 지출내역에는 “해당 특허권 취득과 관련 없는 비용과 사유”가 각각 기재되어 있는 점, 청구법인의 대표이사 OOO은 이 건 조세심판관회의 시 의견진술을 통하여 “조사청에 자산 성격의 특허권 취득원가를 경상개발비로 과다계상하였다는 내용의 확인서를 제출하고, 조사청과의 문답 시 이를 시인한 사실이 있으나, 세무조사 당시 청구법인은 회생신청 절차를 진행하고 있어서 세무조사로 인하여 회생신청이 기각될지도 모른다는 우려 때문에 세무조사에 능동적으로 대처하지 못한 사정이 있었고, 확인서 작성 시 확인서의 내용도 확인하지 아니하고 서명하였다.”라고 진술하였는바, 처분청이 제시한 전재석의 확인서 및 문답서만으로는 쟁점경상개발비가 특허권 취득 관련 비용인지 여부를 판단하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 제출한 “특허권 취득과 관련 없는 경상개발명세” 상 “특허권 취득과 관련 없는 비용”이 해당 사업연도의 손금에 산입하여야 할 비용에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제10조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <단서 및 각 호 생략> (2) 조세특례제한법 시행령 제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. <별표6> 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. <단서 생략>
2. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비
3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조 제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법제18조 제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다. 1.기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
③ 영 별표6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 산업디자인진흥법 시행규칙제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. <단서 및 각 호 생략>
(4) 법인세법 제23조[감가상각비의 손금불산입] ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 손비로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 감가상각비로 계상한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
1. 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액
2. 감가상각자산에 대한 대통령령으로 정하는 자본적 지출에 해당하는 금액
⑤ 제1항에 따라 상각범위액을 초과하여 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 후의 사업연도에 대통령령으로 정하는 방법에 따라 손금에 산입한다. (5) 법인세법 시행령 제24조[감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제1항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산”이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
6. 개발비: 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법 ※ 기업회계기준 제20조[무형자산] 무형자산의 과목은 다음과 같다.
신제품, 신기술 등의 개발과 관련하여 발생한 비용(소프트웨어 개발과 관련된 비용을 포함한다)으로서 개별적으로 식별가능하고 미래의 경제적 효익을 확실하게 기대할 수 있는 것으로 한다.
제1호 내지 제7호에 속하지 아니하는 무형자산으로서 독점적ㆍ배타적으로 이용할 수 있는 권리로 한다. 제21조[무형자산 표시] 무형자산은 그 상각액을 당해 자산에서 직접 차감한 잔액으로 기재한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.