법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 받은 청구인이 당해주식 100분의 50 이상을 처분한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 본인 소유 OOO 소재 사업장[토지 3,348㎡, 건물 351.3㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)]에서 배우자 OOO과 공동으로 OOO이라는 상호로 식품가공․제조업을 영위하다가 법인으로 전환하기 위하여 2010.4.23. 설립한 농업회사법인인 OOO(이하 “전환법인”이라 한다)에 2017.9.25. 쟁점부동산을 현물출자하여 전환법인 발행주식 74,954주(지분율 79.94%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 쟁점부동산의 현물출자에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았으며, 2017년 중 쟁점주식 중 10,000주를 자녀 OOO에게, 나머지 64,954주를 OOO에게 각각 증여하였다.
• 나. 감사원에서 2019.6.27.〜2019.7.26. 기간 동안 국세청에 대한 “과세자료 처리 및 활용실태” 감사를 실시하여 청구인이 전환법인으로부터 취득한 쟁점주식을 전부 증여하여 처분하였으므로 이월과세된 양도소득세를 징수하는 방안을 마련하도록 통보처분 하였고, 이에 처분청은 청구인이 법인전환으로 취득한 쟁점주식 전부를 배우자 등에게 증여한 것은 조특법 제32조 제5항 제2호 규정에 따라 이월과세액 양도소득세 납부요건에 해당되는데도 이를 자진 신고납부하지 아니하였다고 보아 2020.1.30. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조특법 제32조 제1항에서 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 사업용고정자산에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있고, 제5항 제2호에서 양도소득세 이월과세를 적용받은 거주자가 법인의 설립등기일로부터 5년 이내에 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 위와 같은 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 규정은 사업용고정자산은 개인에 이어 법인에서도 계속하여 소득발생 원천이 되고, 법인전환은 단순한 조직변경에 지나지 않음에도 이에 대해 양도소득세가 과세될 경우 구조조정의 걸림돌이 될 수 있는 점을 고려하여 개인의 양도소득세를 법인으로 이월해 주고 있는 것인데, 양도소득세 이월과세 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제2호 규정의 100분의 50 이상을 처분하였는지 여부를 판단함에 있어 공동사업자인 경우에는 공동사업자 전체를 기준으로 처분비율을 산정하여야 하고, 이 건의 경우 청구인은 배우자와 공동사업을 영위하다가 전환법인에 쟁점부동산을 현물출자하여 취득한 전환법인 발행주식을 배우자에게 증여한 것이라서 공동사업자 전체의 지분율에는 변함이 없으므로 조특법 제32조 제5항 제2호에 해당되지 않는 것으로 보아야 할 것임에도 처분청이 청구인에게 쟁점부동산 이월과세액을 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 양도소득세는 거주자별로 납세의무를 부담하는 조세로 법인전환 등에 따른 양도소득세 이월과세 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제2호에서 “거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우”라고 규정하고 있고, 여기서 100분의 50 이상을 처분하였는지 여부는 공동사업자라 하더라도 조특법 제35조 제1항 규정에 따라 양도소득세 이월과세 적용을 받은 거주자 개인별 취득 지분의 100분의 50 이상을 처분하였는지 여부로 판단하여야 할 사항이라서 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 받은 청구인이 당해 주식 100분의 50 이상을 처분한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 ＜조세특례제한법＞ 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2017.10.31. 처분청에 제출한 쟁점부동산 양도소득세 이월과세적용 신청서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 소멸하는 사업장의 순자산가액은 OOO(사업용자산가액의 합계액 OOO–부채 OOO)으로 기재되어 있다. (나) 쟁점부동산의 취득가액은 OOO, 양도가액 OOO, 이월과세액은 OOO으로 각 기재되어 있다.

(2) 전환법인 2017사업연도(2017.8.1.〜2017.12.31.) ‘주식등변동상황명세서’에 의하면 전환법인 발행주식 중 청구인이 74,954주(쟁점주식, 지분율 79.94%)를, OOO이 18,813주(지분율 20.06%)를 각각 취득하였다가 청구인은 자녀 OOO에게 10,000주, OOO에게 64,954주를 각각 증여함에 따라 2017년말 기준 OOO이 83,767주(지분율 89.34%)를, OOO가 10,000주(지분율 10.66%)를 각각 보유하고 있는 사실이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 배우자와 공동사업을 영위하다가 쟁점부동산 등을 현물출자하여 법인전환하였고, 이에 따라 취득한 쟁점주식 74,954주 중 공동사업자인 배우자에게 64,954주를 증여하였으므로 공동사업자 지분율은 기존 100%에서 89.34%(청구인 배우자 증여 이후 지분율)이므로 50% 이상을 공동사업자 외의 자에게 처분하지 않았으므로 조특법 제32조 제5항 제2호 규정의 적용대상이 아니라는 취지로 주장한다. (나) 조특법 제32조 제1항은 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제2호는 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환함에 따라 양도소득세 이월과세를 적용받은 거주자가 해당 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우에는 해당 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, (다) 양도소득세는 거주자별로 납세의무를 부담하는 조세로서 청구인과 같이 공동사업을 영위하다가 각자 소유한 사업용고정자산을 법인에 현물출자하여 법인전환함으로써 조특법 제32조 제1항 규정에 따라 적용받게 되는 양도소득세 이월과세액은 각 거주자별로 산정되므로 양도소득세 이월과세 사후관리에 대해 규정하고 있는 같은 조 제5항 제2호 규정의 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하였는지 여부 또한 거주자별로 판단하여야 할 것인 점, 동 사후관리 규정에 공동사업자의 양도소득세 이월과세 사후관리에 대한 별도 특례규정을 두고 있지 않고 있어 청구주장은 세법의 엄격해석원칙에도 반하는 점, 양도소득세 이월과세 사후관리 규정상 공동사업자 간의 지분 처분에 대해 특례를 적용할 만한 합리적인 사유도 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.