적격증빙이 없는 의약품비를 필요경비로 산입할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2013.4.22. OOO에서 OOO(이하 ‘쟁점사업장’이라 한다)이라는 상호로 의료업(내과)을 영위하다가 2019.5.31. 폐업하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 업무 감사 결과, 필요경비 신고된 의약품비 중 적격증빙이 없는 의약품비(2016년 OOO, 2017년 OOO)를 필요경비 부인하 여 종합소득세를 경정․고지할 것을 감사지적하였고, 처분청은 청구인에게 2019.8.5. 종합소득세 OOO(2016년 귀속 OOO, 2017년 귀속 OOO)을 경정․고 지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020.4.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점사업장이 소재한 OOO은 폐광된 농촌지역이며, 의원이나 약국도 없는 무의 촌으로 원내처방도 할 수 있는 의약분업 예외지역이라는 특수성이 있어 의약품비 가 매출액에서 차지하는 비중이 높은데 증빙이 없다는 이유로 의약품비를 부인한 것은 쟁점사업장의 특수성을 감안하지 않은 것이다. 쟁점사업장은 검사실과 X-선실도 없어 소득은 진찰료, 투약료(의약품료)로 구성 되며 의약품비에 대하여는 건강보험관리공단에서 심사하여 소득을 지급하고 있으 므로 소득을 인정한다면 의약품 경비도 인정해야 한다. 청구인이 나이가 많아 제약회사 영업사원을 통해 현장에서 바로 현금으로 결제하 는 방식에 익숙하여 금융증빙을 갖추지 못했고, 현금결제내역을 거래 당시에는 기 록했으나 현재는 그 기록을 찾을 수 없다. 소득세법 기본통칙 160-208…1 (장부의 요건)에서 “장부가 세금계산서․계산서 또 는 신뢰할 수 있는 객관적 자료와 증거에 의하여 기록되어야 한다”라고 규정하고 있으므로 건강보험공단에 신고한 의약품비는 공단의 심사를 거친다고 할 수 있고, 증거로 제시한 약품구입에 관한 목록과 약품소모량표는 구입한 약품명, 수량, 단 가, 소모량, 제약회사, 약품도매상이 기록되어 있어 증빙 서류로 인정해야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 증거서류로 제출한 약품소모량에 대하여 건강보험관리공단에서 심사하 고 소득을 지급하므로 소득이 인정되면 경비도 인정되어야 하며, 약품명, 수량, 단가, 소모량, 제약회사, 약품도매상이 기록되어 있어 객관적인 자료와 근거에 의해 기록된 장부로 볼 수 있다고 주장하나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세 의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용 인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된 다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결)고 할 것이다. 청구인은 의약품비를 약품소모량 기준으로 신고하였으나, 약품 매입처, 거래내 역, 대금지급 증빙에 대한 어떠한 증명자료도 제출하지 아니하였고, 병원에서 임 의로 작성이 가능한 약품소모량만으로는 대금지급 등 실제 거래여부를 알 수 없 으며, 청구인은 약품도매상이 기록되어 있다고 하나 확인되지 않는 점 등에 비추 어 약품소모량표를 의약품비에 대한 실제 매입금액 증빙자료로 볼 수 없다. 약품소모량에 따른 공단 지급 금액 또한 보건복지부 실사결과 2017년 지급분 중 OOO(진료비+의약품비)이 환수되어 청구인이 의약품비를 구분하여 입증하지 않 는 이상 정확한 약품원가를 알 수 없으며, 청구인이 적격증빙으로 신고한 2016 년 OOO, 2017년 OOO이 실제 의약품비 매입원가일 가능성을 배제할 수 없는 점에 비추어 적격증빙으로 확인되는 이외의 의약품비를 필요경비로 인정할 수 없고, 물리치료실도 운영하고 있어 의약품비가 반드시 필요하다고 볼 수 없다. 청구인은 장부 및 증빙서류를 근거로 하여 종합소득세를 신고한 납세의무자로서 필요경비로 계상한 금액 중 정규증빙 미수취분에 대해서는 기타 객관적이고 구 체적인 증빙서류가 있어야만 필요경비로 인정이 가능하므로 이러한 증빙서류가 없는 금액에 대해서는 필요경비로 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점 적격증빙이 없는 의약품비를 필요경비로 산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경 우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료 에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사 실에 따라 결정할 수 있다.

(2) 소득세법 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2013.4.22. OOO에 쟁점사업장을 개업하여 2019.5.31. 폐업하였으 며, 청구인의 2016년 및 2017년의 종합소득세 신고내역은 아래의 <표1>과 같다.

(2) 처분청은 쟁점사업장의 필요경비 항목 중 기타1(의약품비), 기타2(의약소모품 비)에서 적격증빙 수취금액(2016년 OOO, 2017년 OOO)을 제외한 부분을 필 요경비 부인하였으며 아래의 <표2>와 같다.

(3) 국민건강보험공단은 보건복지부 실사에 따라 쟁점사업장의 2017년 3월 지급 분 요양급여비용 중 OOO을 2018.10.9. 아래와 같이 환수 결정하였다.

(4) 청구인은 실제 의약품 매입이 있었다는 취지로 제약회사, 거래처별 내역이 담 긴 <표3>의 계정별 원장과 <표4>의 수가, 명칭, 소모량, 단가, 금액이 적힌 약품소모량을 증빙으로 제출하였다. (5) 청구인은 2020.7.7. 조세심판관회의에서 약품을 직접 구입하거나 도매상을 통해 구입하 였으나 관련 증빙에 대한 서류는 현재 갖고 있지 않다고 전화 진술하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 제출한 계정 별 원장과 약품소모량표를 적격증빙자료로 인정해야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 약품소모량표와 계정별 원장은 임의로 작성하기 용이하여 세 금계산서 등과 같은 객관적인 적격증빙 자료와 동일하게 볼 수 없는 점, 수천만 원의 약품을 구입하면서 현금으로만 거래하였고 관련 도매상을 확인할 수 있는 어떠한 증명자료도 없다는 것은 수긍하기 어려운 점, 보건복지부 실사결과 2017 년 지급분 중 일부가 환수되어 의약품비에 대한 원장과 소모량표를 신뢰하기 어 려운 점, 쟁점사업장이 물리치료실도 운영하고 있어 의약품비가 매출액의 대부분 을 차지한다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 청구인이 적격증빙을 갖추지 못 한 의약품비에 대해 처분청이 필요경비 부인한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.