[요지] 청구인이 양도소득세 예정신고시 제출한 쟁점계약서와 달리 부동산매매계약서에 쟁점토지의 가액이 구분되어 있지 아니한 것으로 나타나고, 쟁점토지 매수자가 매수자로 되어 있는 연접토지 매매관련계약서에도 여러 필지의 매매가액이 구분되어 있지 않은 것으로 나타나는 사실에서 쟁점계약서의 특약사항은 사후에 임의로 기재된 것으로서 여기에 신빙성이 있다고 보기 어려우므로 쟁점토지의 구분가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의해 안분계산한 가액을 양도가액으로 하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 조세부과의 대원칙인 실질과세의 원칙에 위배된다. (가)국세기본법제14조에서는 실질과세의 원칙에 관하여 규정하고 있는데, 조세법에 있어서 가장 중요한 원칙 중 하나인 이 실질과세의 원칙은 조세부담의 공평이 이루어지도록 경제적 의의 또는 실질을 기준으로 하여 세법을 해석하고 과세요건사실을 인정하여야 한다는 원칙으로서 세법의 기본원칙인 조세평등주의를 실현하기 위한 실천적 원리라 할 것이고, 이러한 실질과세의 원칙은 과세요건사실의 인정에 있어서는 물론이고 해당 조세법령을 해석함에 있어서도 반드시 고려하여야 할 원칙이라 할 수 있다. 특히, 같은 조 제2항에 따르면 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다’라고 하여 실질과세의 원칙 중 하나인 ‘실질내용 과세의 원칙’을 천명하고 있는데, 실질내용 과세의 원칙은 세법의 적용에 있어 특정한 거래 등이국세기본법제14조 제2항의 적용요건을 충족하면 그 실질내용에 따라 과세한다는 것으로 이 경우 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래 당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단(“국세기본법 기본통칙” 14-0…5)하여야 할 것이다. 결국, 세법 규정을 적용하여 과세하기 위해서는 먼저 거래의 경제적 실질에 따라 과세요건사실을 인정하고 그에 적용할 조세법령의 의미ㆍ내용을 확정한 후, 해당 조세법령을 적용하여 과세를 행하여야 하는데, 이러한 실질과세의 원칙은 과세관청에서만 그 적용을 주장할 수 있는 것이 아니고, 납세자에 의해서도 그 적용을 주장할 수 있음은 당연하다(대법원 2009.7.9. 선고 2007두4049 판결 외 다수). 한편,국세기본법제18조 제1항에서는 ‘세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’ 고 규정하여 세법 적용의 원칙 중 세법 해석의 기준을 제시하고 있는바, 조세를 부과함에 있어서는 해당 조세법령의 적용에 앞서 해당 규정의 해석상 실질과세의 원칙에 부합되는지에 대한 판단이 선행되어야 한다. (나) 이에 근거하여 이 건과 관련된소득세법제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조와부가가치세법 시행령제64조 규정을 살펴보면, ‘양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 안분 계산한다’고 규정하고 있는데, 동 조항은 자산별 가액의 임의적 구분을 허용할 경우 보유기간이 상이한 자산이면 환산취득가액과 보유기간별 장기보유특별공제율 차이로 인해 양도소득세액이 부당히 계산되고 또한 취득자의 장래 감가상각이 부당하게 계산되므로 이에 따른 조세회피를 방지하고자 하는데 그 취지가 있다 할 것이다. 여기서 ‘토지와 건물 등’이라 함은 그 문언상 ‘토지와 건물’이 일괄 양도되는 경우만 해당되는지, ‘토지와 토지’, ‘건물과 건물’ 등 수 개의 자산이 일괄양도되는 경우도 해당되는지에 대해 그 문언상 의미를 해석함에 있어 다툼이 있다 할 것인데, 동 규정을 ‘토지와 건물’ 뿐만 아니라 ‘토지와 토지’ 등 양도에도 적용되는 것으로 해석하는 것은 그 문언의 의미를 넘은 유추, 확장해석이므로 위 규정을 적용하여 양도소득세를 산정, 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다는 납세의무자 입장에서의 주장이 다수 제기된 바 있으나, 위 규정이 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있는 점을 고려하면, 토지와 건물 사이에 가액구분이 불분명한 때뿐만 아니라 토지와 토지 사이의 가액이 불분명한 경우도 포함하는 취지로 해석하여야 할 것이므로(서울행정법원 2010.1.13. 선고 2009구단11174 판결, 대법원 2011.2.24. 선고 2010두23651 판결 외 다수), 쟁점토지 양도(‘토지와 토지’ 양도)에 동 조항이 적용되는 것은 정당하다 할 것이다. 다음으로 토지와 건물 등의 ‘가액 구분이 불분명한 때’라 함은 ‘자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함’하는 취지로 해석하여야 할 것이고(서울행정법원 2019.9.3. 선고 2019구단50406 판결, 대법원 2014.5.29. 선고 2014두3785 판결 참조), 이러한 취지에 비추어 볼 때, 계약서 등에는 가액의 구분이 기재되어 있지 않지만 다른 제반 입증자료를 통해 그것이 거래관행에 따른 당사자 사이의 합리적인 가액 결정의 결과임이 입증되는 경우에는 당사자가 입증한 가액에 의하도록 하는 것이 관련 규정의 해석상 타당하다. (다) 한편,소득세법제100조 제3항에서는 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는데, 여기에서 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’는 규정의 경우 문언상 간주규정의 형식을 취하고 있으나 이를 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석하는 경우, 당사자 사이의 가액 구분이 위 조항의 요건에는 해당하지만 그것이 거래관행에 따른 당사자 사이의 합리적인 가액 결정의 결과라는 반증이 있는데도 그에 따른 가액 구분을 허용하지 아니함으로써 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액을 원칙적으로 실지거래가액에 의하도록 하고 있는소득세법의 체계에 반하고, 실제 발생한 양도차익보다 소득을 높게 평가함으로써 과도한 조세를 부과하는 결과를 초래하게 되므로, 결국 동 조항은 그 문언에도 불구하고 위 규정의 요건에 해당하는 경우에는 일응 가액구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 해석하여야 한다(서울행정법원 2019.9.3. 선고 2019구단50406 판결 참조). 주장컨대,소득세법제100조 제3항 규정을 간주규정으로 해석하게 되면 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액이 있음에도 이러한 가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우, 진정한 합의에 의한 가액으로 구분한 결과가 가액의 임의적 구분에 의해 100분의 30 미만으로 구분한 결과보다 양도소득금액을 높게 평가함으로써 과도한 조세를 부담하는 결과를 초래할 수 있어, 오히려 임의적 구분을 조장하는 결과를 초래하여 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는소득세법제100조의 취지에 반하게 되므로, 동 조항은 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액을 원칙적으로 실지거래가액에 의하도록 하고 있는소득세법의 체계에 부합함은 물론, 세법 해석ㆍ적용의 원칙과 조세부과의 대원칙인 실질과세의 원칙에 부합할 수 있도록 추정규정으로 해석하여야 함이 타당하다. 그럼에도 감사청은 청구인이 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고시 적용한 필지별 ㎡당 거래가액을 ㎡당 기준시가와 비교하면서 쟁점①토지는 ㎡당 기준시가가 OOO이고, 신고된 ㎡당 양도가액은 OOO이나, 쟁점②토지는 ㎡당 기준시가가 OOO이고, 신고된 ㎡당 양도가액은 OOO으로, 양도 당시의 기준시가를 기준으로 안분 계산한 양도가액과 신고된 양도가액이 100분의 30 이상 차이가 나는 경우에 해당하여 양도가액의 구분이 불분명한 때에 해당하므로 매매계약서 특약사항에 기재된 물건별 거래가액은 임의로 구분된 가액으로 보아야 한다고 판단한 한편, 당초 계약서에 그 매매가액이 구분되어 있다고 하더라도소득세법제100조는 문언상 그 구분기장한 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 ‘가액 구분이 불분명한 때로 보는 것’이므로 가액 구분이 불분명할 때 기준시가로 안분계산하여야 한다는 동 규정을 벗어나 달리 적용할 여지가 없다고 하였으므로 이는 부당하다.
(2) 쟁점계약서의 특약사항에 구분 기재된 토지별 매매금액은 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액이다. (가) 청구인이 제출한 양수인 사실확인서와 미디어 매체 자료를 통해 청구인과 양수인의 매매계약과정을 살펴보면 쟁점토지 소재지는 OOO 내에서도 중심상업지구와 근린공원이 예정된 중심지역으로서 총 OOO 규모 대단지 OOO 아파트 건설 예정지임을 확인할 수 있는바, 쟁점②토지는 청구인의 단독소유이므로 쟁점①토지와는 별도로 양수인과 우선하여 충분한 협의를 통해 인근 지역의 거래사례와 가격수준을 참고하여 시세를 최대한 반영하여 2017.12.15. 매매가격에 대한 합의(OOO)가 이루어져 매매계약이 성사되었음을 확인할 수 있고, 쟁점①토지는 공동 상속받은 토지(공동상속인 5명)로 상속인 간 이해관계가 복잡하고 의견 다툼이 있어 단일한 거래가격으로 매매가격을 정하기에는 어려움이 있는 관계로 양수인은 신속·원활한 매수진행을 위해 동일 지번임에도 공동상속인 각각에 대하여 다른 거래가격으로 매매가격에 대한 합의를 이루었으며, 이 과정에서 청구인도 쟁점②토지 매매가격에 대한 합의 후 별도로 양수인과 추가 협의를 통해 2017.12.30. 쟁점①토지 매매가격에 대한 합의(OOO)가 이루어져 매매계약이 체결되었음을 확인할 수 있다. 따라서, 청구인이 제출한 양수인 사실확인서를 통해 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액임을 확인할 수 있음에도 청구인이 신고한 양도가액이 임의로 구분된 가액 또는 총매매가액을 먼저 정한 후 신고 등의 목적으로 그 매매금액을 구분하는 합의를 사후에 한 것이라는 감사청과 처분청의 의견은 부당하다. (나) 청구인이 제출한 쟁점토지 인근 거래사례 및 가격수준 자료와 청구인이 제출한 쟁점토지 위치도 및 전경사진을 통해 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액임을 확인할 수 있는바, 쟁점토지 위치도 및 전경사진을 살펴보면 쟁점①토지는 소로를 접한 토지(폭 8ｍ이상 12ｍ미만의 도로)이고, 형상지세는 세장형 평지(비준표 낮은 수치)이며, 쟁점토지 인근 거래사례와 쟁점토지 인근 가격수준을 볼 때 상대적으로 쟁점②토지보다 낮은 가격으로 형성되어 있음을 확인할 수 있고, 쟁점②토지는 ‘OOO’로 2015년 11월부터 도로공사가 착공되어 진행중인 상태로 거래 당시 광대한 면을 접한 토지(폭 25ｍ이상의 도로)이고, 형상지세는 가장형 평지(비준표 높은 수치)이며, 쟁점토지 인근 거래사례와 가격수준을 보더라도 쟁점 ①토지보다는 월등히 높은 가격으로 형성되어 있음을 확인할 수 있다. 쟁점토지 소재지는 OOO 내에서도 중심상업지구와 근린공원이 예정된 중심지역으로서 양수인은 쟁점토지 소재지 일대에 총 OOO 규모 대단지 OOO 아파트 건설을 추진하고 있었기 때문에 도로 접근성을 중점기준으로 사업구역 내 토지의 등급을 나누고 거래사례 등을 고려하여 가액 평가와 협의를 하였는데, 쟁점①토지와 쟁점②토지는 도로 접근성에 있어 차이를 보이고 있고, 특히 쟁점②토지는 도로교통이 광대한 면을 접하고 있어 공사 완공시 아파트 주 출입구에 해당하는 위치이며, 쟁점토지 위치도 및 전경사진을 통해 거래 당시 쟁점①토지는 적치장, 고물상 등으로 이용된 상황을 알 수 있고, 쟁점②토지는 상가예정부지로 거래 당시 교회, 근린생활시설 등으로 이용되어 토지사용 용도가 서로 다른 것을 확인할 수 있으며, 청구인이 제출한 토지가격비준표를 통해서도 OOO 주거지역의 2018년 토지가격비준표와 주택지대 가치형성요인을 보면 주택지대는 접면도로(가로의 폭)에 따라 가치의 차이를 보이는 것을 확인할 수 있다. 사실관계가 이러함에도 감사청은 실거래가액으로 볼 수 있는 유사매매가액이란 당해 재산과 면적·위치·용도, 종목 및 기준시가가 동일하거나 유사한 다른 재산의 매매가액을 유사매매가액으로 볼 수 있다고 하면서, 청구인이 주장하는 연접필지의 매매가액은 각 필지의 개별공시지가 다르고, 쟁점②토지의 경우 청구인이 주장하는 ㎡당 거래가액은 OOO이나, 연접한 필지인 OOO(쟁점②토지와 공시지가가 동일)의 ㎡당 거래가액은 OOO으로 현저한 차이가 있어 이를 유사매매사례가액으로 보기 어렵다는 의견을 제시하였는바,소득세법 시행령제176조의2 제3항에서 유사매매사례가액이라 함은 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액에 의하는 것으로 규정하고 있는데, 즉 유사매매사례가액은 단순히 개별공시지가가 동일 또는 유사한 자산만을 의미하는 것이 아니라 해당 자산과 위치나 환경, 입지 등 전반적인 상황이 유사한 경우를 의미하는 것이라 할 수 있고, 이에 따라 쟁점토지의 경우 가격 형성에 있어 각 필지의 개별공시지가보다는 도로 접근성 등 사업성에 의해 결정되는 일반 상거래와는 다른 지구단위계획구역 내 아파트공사 부지매입이라는 특수성을 고려하여 적용하여야 할 것이므로, 결국 감사청이 내세우는 사례는 쟁점토지 인근 거래사례에서 확인할 수 있듯이 거래시점이 2018.9.21.로 쟁점②토지 양도일인 2018.6.1. 전후 각 3개월 이내에 해당되지도 않아 유사매매사례가액으로 적용도 불가능하므로(국세청 재산세과-484, 2009.10.16. 참조) 감사청의 의견은 부당하다. (다) 청구인은 2018.5.1. 매매계약서 작성 과정에서 토지별 매매금액의 구분 기재 없이 쟁점토지 총 매매금액 OOO을 기재하여 계약서를 작성하였고, 이를 근거로 2018.6.1. 관할구청인 OOO에 부동산거래계약신고서 및 신고필증(수정 전 부동산거래계약신고필증)을 제출하였는바, 계약서 작성에 있어 서로 합의된 바에 따라 쟁점토지별로 각각의 매매계약서를 작성하여야 함이 원칙이라 할 수 있으나, 청구인은소득세법제100조 제2항의 ‘가액 구분이 불분명한 때’의 의미를 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것으로 받아들여, 토지별 각각의 매매계약서를 작성하거나 특약사항에 토지별 매매금액을 구분 기재하는 것은 형식적인 요식행위일 뿐이므로 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액이 있으면 하나의 계약서를 작성하거나 단지 매매계약서에 구분 기재하지 않은 이유만으로 ‘가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는 것은 아닌 의미로 해석하였고, 이러한 이유로 2018.5.1. 양수인과 당초 매매계약서 작성 과정에서 쟁점토지별로 각각의 매매계약서를 작성하지 않고 편의상 하나의 계약서로 작성하였고, 특약사항에 토지별 매매금액을 구분 기재하지 않았던 것이다. 이후 양도소득세 신고과정에서 매매계약서에 토지별 매매금액을 구분 기재하지 않으면 가액 구분 없이 양도한 경우로 보고 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액이 있음에도 ‘가액 구분이 불분명한 경우’로 보아 양도가액을 기준시가 등에 따라 안분계산할 수 있음을 알게 되어 당초 양수인과 합의된 금액을 특약사항에 기재하였고, 법무사사무소 직원이 2018.6.1. OOO에 위의 임의구분 가액(쟁점①토지 OOO, 쟁점②토지 OOO)으로 신고하였으나, 이는 실수로 잘못 신고한 것이며(법무사사무소 사실확인서 제출), 청구인은 당시 이러한 사실을 알지 못하였다가 추후 쟁점계약서와 다르게 기재되었다는 사실을 알게 되어 2019.11.27. 수정신고를 하게 된 것이다(수정 후 부동산거래계약신고필증). (라) 감사청은 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점계약서의 특약사항에는 쟁점토지의 양도가액이 필지별로 기재되어 있으나, 청구인과 동일한 매수인에게 양도한 다른 토지소유자들이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서에는 청구인과 같이 다수 필지를 양도한 경우에도 특약사항에 각각의 토지 필지에 대한 거래가액을 별도로 기재한 사례가 없다는 이유로 매매계약서 특약사항에 기재된 물건별 거래가액은 임의로 구분된 가액으로 보아야 한다고 하였다. 그렇다면 다른 토지소유자들, 특히 쟁점①토지 공유자들이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서의 거래가액은 하나의 필지를 양도하였다면 그것이 실지거래가액이고, 다수의 필지를 양도하였다면 총 실지거래가액을 기준시가 등에 따라 안분계산하였다는 것인데, 쟁점토지의 양도가액을 기준시가 등에 따라 안분계산하여 토지공유자들이 매매한 단가와 비교하여 보면 청구인 소유 쟁점①토지의 매매단가는 다른 공유자들에 비해 현저히 높게 나타나고, 이는 쟁점①토지보다 월등히 높은 가격으로 형성되어 있는 쟁점②토지의 매매금액이 쟁점 ①토지의 매매금액에 이전되는 효과로, 결국 쟁점토지별 실지거래가액을 왜곡시키는 결과라 할 수 있으므로 이러한 기준시가 등 안분계산 비교를 통해 청구인이 신고한 양도가액이 통상의 거래 관행에 의해 산정된 합리적인 가액임을 확인할 수 있다. 감사청의 의견과 같이 청구인이 신고한 양도가액이 임의로 구분된 가액 또는 총매매가액을 먼저 정한 후 신고 등의 목적으로 그 매매금액을 구분하는 합의를 사후에 한 것이라면소득세법제100조 제3항의 적용요건을 피할 수 있는 기준시가 등 안분(29.9%)을 선택하여 조세부담이 최소화되는 선택을 하였을 것이지만, 청구인은 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 가액이 존재하므로 그러한 가액으로 구분 기장하여 양도소득세를 신고하였으며, 청구인의 이러한 행위는 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는소득세법제100조의 취지에 비추어 볼 때 당연하다 할 것이므로, 감사청의 의견은 막연한 일방적 주장에 불과하여 부당하다. 대법원은 양도소득세를 부과함에 있어 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 따르고(소득세법제96조 제1항), 양도소득세 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서, 인감증명서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 각 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 각 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도소득을 산정하여야 할 것이고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 어디까지나 과세관청이 이를 입증하여야 한다고 하였는바(대법원 1996.6.25. 선고 95누3183 판결), 청구인이 위에 언급한 바와 같이 쟁점계약서의 특약사항에 구분 기재된 토지별 매매금액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액 구분임을 입증하였으므로, 이에 대한 반증은 구체적 증거를 통해 처분청이 하여야 하는 것이다.
(1) 청구인은 법원 판결문(서울행정법원 2019.9.3. 선고 2019구단50406 판결)의 취지에 따라소득세법제100조 제3항은 간주규정이 아닌 추정규정으로 보아야 하고, 청구인의 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 것이 입증되면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 해석하여야 한다고 주장하나, 법률조항의 해석과 관련하여 대법원의 입장은 법률의 조항은 원칙적으로 가능한 범위 안에서 합헌적으로 해석함이 마땅하나 법률의 조항을 합헌적으로 해석할 때에도 법률조항의 문구가 간직하고 있는 말의 뜻을 넘어서 말의 뜻이 완전히 다른 의미로 변질되지 아니하는 범위 내여야 한다는 문의적 한계와 입법권자가 그 법률을 제정함으로써 추구하고자 한 입법의 목적을 헛되게 하는 내용으로 해석할 수 없다는 법목적에 따른 한계가 존재하고(헌법재판소 1989.7.14. 선고 88헌가5, 8, 89헌가44 결정), 더욱이 법률의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다고 하고 있다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결 참조). 소득세법제100조의 개정과정을 보면, 같은 조 제3항이 추가되기 전에도 제2항에서 ‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다.’라고 규정되어 있다가 제3항을 추가하여 ‘토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 본다.’고 규정하는 등 자산별 가액의 임의적 구분에 따른 조세회피를 방지할 목적으로 개정되었던 것임을 알 수 있다. 이와 같이,소득세법제100조 제3항은 조세회피방지라는 조세정책적 목적으로 신설된 조항으로 거래당사자간의 합의에 의한 실지거래가액이라고 하더라도 입법권자가 설정한 정상적 범위 즉 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 이를 정당한 양도가액으로 인정하지 않겠다는 조세정책목적상 공익목적 달성을 위한 입법권자의 의지의 발현으로 이를 추정규정으로 해석할 수는 없는 것이고, 청구인이 제시한 판결은 항소심이 진행 중인 사건으로 일반적으로 법원에서 받아들여진 견해가 아니다. 결국,소득세법제100조 제3항이 간주규정이 아니라 추정규정이라는 것은 잘못된 주장이고, 쟁점토지의 구분 기장한 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하는 것이 명백한 이상, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당하는 것으로 보아 처분청이 기준시가에 따라 양도가액을 안분계산한 것은 정당하다.
(2) 청구인은 쟁점계약서의 특약사항에 구분 기재된 토지별 매매금액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액 구분이라고 주장하나,소득세법에서는 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 따르도록 규정되어 있고, 토지와 건물 등을 양도한 경우 이를 각각 구분하여 기장하도록 하며, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있는바, 토지와 건물 등을 함께 실지거래가액으로 양도하는 경우에는 양도한 시점에 토지와 건물의 실지거래가액이 확정된다고 볼 수 있는데, 양도자와 양수자가 양도 이후 양도소득세 신고시까지 토지와 건물의 가액을 각각 구분하여 기장할 수 있다고 보면, 양도 이후 거래 당사자가 임의적으로 토지와 건물의 가액을 구분하여 기장하였다는 후발적 사정에 따라 양도소득세 납세의무의 액수가 변경되는 결과가 초래되므로, 양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우 토지와 건물을 각각 구분하여 기장할 수 있는 시기는 토지와 건물 등을 함께 양도한 때까지라고 할 것이고, 토지와 건물 등을 양도한 이후에는 임의로 토지와 건물을 각각 구분하여 기장할 수 없다고 보아야 하므로(광주고등법원 2018.5.17. 선고 2017누5934 판결 참조), 이 건에 있어 청구인이 사후에 쟁점계약서의 특약사항에 구분 가액을 임의로 기재하여 처분청에 제출한 것으로 보이는 이상 구분 가액에 대한 진정한 합의가 있었다고 보기 어렵다. 첨언하면, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서상의 특약사항 란에는 쟁점토지에 대해 구분 기장한 금액이 별도로 표시되어 있으나, 재결청에서 과세전적부심사과정에서 OOO 및 매수법인으로부터 제출받은 매매계약서상에는 특약사항이 별도로 기재되어 있지 않은 점에서 매매계약 당시에는 쟁점토지에 대하여 별도의 구분 기장한 금액이 없다가 이후 양도소득세 신고시에 특약사항을 소급하여 기재한 것으로 볼 수밖에 없고, 이는 앞서 살펴본 법원 판례에서와 같이 양도 이후 거래 당사자가 임의적으로 토지와 건물의 가액을 구분하여 기장한 것이라 보아야 한다. 또한, 청구인은 기준시가 등 안분계산 비교를 통해 볼 때 청구인이 신고한 양도가액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액임을 확인할 수 있다고 주장하나, 매수인이 OOO과 등기소에 제출한 계약서에는 특약사항에 아무런 내용이 기재되지 않은 채로 공란으로 비워져 있는 반면, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점계약서에는 그 특약사항에 쟁점①토지의 매매금액을 OOO으로, 쟁점②토지의 매매금액을 OOO으로 정하고 있는 점, 실질적인 매매조건의 변경이 없음에도 OOO과 등기소에 제출된 매매계약서와 달리 청구인이 신고시 제출한 계약서 상에는 각 필지별 거래가액을 구분한 것은 양도소득세를 회피하기 위한 목적에서 형식적으로 구분 기장하였을 개연성이 높은 점, 연접한 필지의 다수 유사거래에서는 매매계약서상에 각 필지별 거래가액의 구분이 없고 청구인의 경우에만 각 필지별 거래가액이 특약사항에 기재되어 있는 점, 쟁점토지 매수법인과 같이 개발사업을 영위하는 법인의 입장에서 보면 통상적으로 토지를 일괄하여 매입하면서 각 필지별 토지의 가액을 구분할 필요성이 없는 점, 다른 상속인들과 공동지분권자로서 체결한 매매가액을 당해 토지의 실지거래가액과 비교할 수는 있으나, 비록 지분권자라고 하더라도 다른 소유자가 정한 매매사례가액을 실지거래가액이라 할 수는 없고,소득세법제100조 및부가가치세법 시행령제64조에서 그 구분이 불분명할 경우 기준시가로 안분계산할 것을 명확하게 규정하고 있는 점 등에서 청구인이 신고한 양도가액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액이라는 청구인의 주장은 잘못된 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
(2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여부가가치세법 시행령제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
(3) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
(1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 2013.12.8. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 OOO 답 1,686㎡의 281분의 43 상당인 쟁점①토지를 취득하였고, 1995.10.19. 교환으로 쟁점②토지를 취득하였으며, 2018.6.1. OOO에 쟁점토지를 총 매매가액 OOO에 양도한 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고시 처분청에 제출한 쟁점계약서에 의하면, 특약사항에 쟁점토지의 총 매매가액이 쟁점①토지는 OOO으로, 쟁점②토지는 OOO인 것으로 구분 기재되어 있으나, 감사청이 2019년 11월 OOO과 매수자인 OOO로부터 제출받은 쟁점토지 부동산매매계약서에는 특약사항이 공란인 것으로 나타난다.
(2) 청구인이 2018.8.3. 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고서에 의하면, 쟁점계약서 특약사항의 구분 기재가액에 따라 쟁점①토지의 양도가액을 OOO으로 하고, 쟁점②토지의 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세 OOO을 예정신고한 것으로 나타난다.
(3) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 감사청은 처분청에 대한 정기감사를 실시하여 청구인이 양도소득세 예정신고시 제출한 쟁점계약서에 기재된 쟁점①토지와 쟁점②토지의 구분 양도가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 가액 구분이 불분명하다고 보았고, 이에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 기준시가에 따른 안분가액으로 양도가액을 재계산한 후 ＜표2＞와 같이 과세표준을 경정할 것을 감사지적 통보한 것으로 나타난다. ＜표1＞ 기준시가에 따른 안분가액 계산 내역 ※ 차이 = (안분가액-구분기장가액)/안분가액×100 ＜표2＞ 감사지적에 따른 과세표준 경정 내역
(4) 청구인과 처분청이 쟁점①토지와 쟁점②토지의 유사매매사례가액으로 제시한 연접토지의 ㎡당 거래가액은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같은바, 쟁점②토지의 연접토지는 ＜표4＞의 OOO이고, 청구인 제출 사례인 OOO와 처분청 제출 사례인 OOO 토지의 경우, 토지소유자들이 청구인과 같이 다수의 필지를 OOO에 양도하였으나, 매매계약서에 필지별 거래가액을 별도로 기재하지 않았고, 양도소득세 예정신고시 각 필지별 양도가액을 기준시가에 의하여 안분계산한 가액으로 신고·납부한 것으로 처분청의 심리자료상 확인된다. ＜표3＞ 쟁점①토지 유사매매사례가액 ＜표4＞ 쟁점②토지 유사매매사례가액
(5) 청구인은 쟁점계약서의 특약사항에 구분 기재된 토지별 매매금액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의해 산정된 합리적인 가액이라고 주장하며 제시한 이유는 다음과 같다. (가) 쟁점①토지는 공동 상속받은 토지(공동상속인 5명)로 상속인 간 이해관계가 복잡하고 의견 다툼이 있어 단일한 거래가격으로 매매가격을 정하기에는 어려움이 있는 관계로 양수인은 신속·원활한 매수진행을 위해 동일 지번임에도 공동상속인 각각에 대하여 다른 거래가격으로 매매가격에 대한 합의를 이루었고, 이 과정에서 청구인도 별도로 양수인과 추가 협의를 통해 2017.12.30. 쟁점①토지 매매가격에 대한 합의(㎡당 OOO)가 이루어져 매매계약이 체결되었다. (나) 쟁점토지의 양도가액을 기준시가 등에 따라 안분계산하는 경우 쟁점①토지의 매매가액은 OOO이 되는데, 이를 공유자들의 매매단가와 비교해 보면 다른 공유자들에 비해 현저히 높게 나타나게 되고, 이는 월등히 높은 가격으로 형성되어 있는 쟁점②토지의 매매금액이 쟁점①토지의 매매금액에 이전되는 효과에 의한 것으로서, 결국 쟁점토지별 실지거래가액을 왜곡시키는 결과를 초래하게 되는바, 이러한 기준시가 등 안분계산 비교를 통해 청구인이 신고한 양도가액이 통상의 거래 관행에 의한 합리적인 가액이라는 것은 확인된다 할 것이다.
(6) 청구인이 쟁점토지의 양도와 관련하여 2018.6.1. OOO에 제출한 부동산거래계약신고서 및 부동산거래계약 신고필증상 물건별 거래가액은 쟁점①토지 OOO, 쟁점②토지 OOO으로 신고되어 있으나, 청구인이 2019.11.27. 제출한 수정 후 부동산거래계약 신고필증상 물건별 거래가액은 쟁점①토지 OOO, 쟁점②토지 OOO인 것으로 나타난다.
(7) 쟁점토지 매수자인 OOO의 대표이사가 2020년 1월 작성한 사실확인서에 의하면, 쟁점토지를 거래함에 있어 쟁점①토지의 경우, 공유자들과 단일한 거래가격으로 맞추기에는 이해관계가 복잡하여 자유의사로 각기 조금 다른 거래가액으로 매수하였고, 쟁점②토지의 경우, 거래당사자간의 진정한 합의에 의해 매수하였다고 기술한 것으로 나타난다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법제100조 제3항 규정이 추정규정에 해당하고, 쟁점계약서의 특약사항에 구분 기재된 토지별 매매금액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의해 합리적으로 산정되었으므로 처분청이 이를 인정하여야 한다고 주장하나,소득세법제100조 제3항의 개정취지가 자산별 가액을 임의적으로 구분함에 따라 이루어지는 조세회피를 방지하는 데에 있고, 동 규정이 구분 기장한 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 그 구분 가액이 불분명한 때에 해당하는 것으로 본다는 것으로 이를 추정규정으로 보기 어려운 점, 청구인이 양도소득세 예정신고시 제출한 쟁점계약서와 달리 OOO과 매수자가 제시한 부동산매매계약서에 쟁점토지의 가액이 구분되어 있지 아니한 것으로 나타나고, 쟁점토지 매수자가 매수자로 되어 있는 연접토지 매매관련 계약서에도 여러 필지의 매매가액이 구분되어 있지 않은 것으로 나타나는 사실에서 쟁점계약서의 특약사항은 사후에 임의로 기재된 것으로서 여기에 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, 그 밖에 청구인이 쟁점계약서의 특약사항에 기재된 쟁점토지의 구분 가액이 당사자 사이의 진정한 합의 및 통상의 거래관행에 의한 합리적인 가액이라는 사실에 대하여 구체적인 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에서 처분청이 쟁점토지의 구분가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의해 안분계산한 가액을 양도가액으로 하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.