청구법인이 제시한 수수료산정규칙은 사업비 추정을 통해 산출된 것으로 실제 발생된 원가 내지 수익과 괴리가 있는 반면, 청구법인의 감사보고서상 쟁점수탁사업별 수익 대비 원가 발생 내역을 보면 쟁점환경시설설치지원사업에서 매년 원가를 상회하는 수익을 얻고 있는 사실이 나타나 청구주장을 받아들이기 어려움
청구법인이 제시한 수수료산정규칙은 사업비 추정을 통해 산출된 것으로 실제 발생된 원가 내지 수익과 괴리가 있는 반면, 청구법인의 감사보고서상 쟁점수탁사업별 수익 대비 원가 발생 내역을 보면 쟁점환경시설설치지원사업에서 매년 원가를 상회하는 수익을 얻고 있는 사실이 나타나 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인은 2009년 제2기 부가가치세 과세기간까지 OOO 전체가 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 전액 공제받는 것으로 하여 부가가 치세를 신고·납부해 오고 있었다.
(2) OOO지방국세청장은 2010.4.19.〜2010.5.20. 기간 동안 청구법인OOO에 대하여 법인제세통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 직접 OOO을 판매하거나 자체 재활용처리로 생산한 가공품 등을 판매한 것은 부가가치세 과세사업에 해당하지만, 그 외에 외부업체에 위탁하여 처리한 것은 비과세사업에 해당한다는 이유로, ① 외부 위탁처리에 관련된 매입세액과 ② 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금(이하 “국고보조금 등”이라 한다)을 비과세 공급가액으로 보아, 부가가치세법 시행령제61조 제1항을 유추적용하여 직접 판매 및 자체 재활용처리와 관련된 공통매입세액을 과세사업의 공급가액과 국고보조금 등의 비율에 따라 안분하여 산정한 매입세액을 각각 불공제하고, 청구 법인 각 사업장 관할 세무서장에게 과세자료를 통보하여 청구법인에게 OOO 관련 2005년 제1기～2009년 제2기 부가가치세를 과세하도록 하였다.
(3) 청구법인이 이에 불복하여 행정소송을 제기한 결과 대법원은 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위하는 청구법인이 비과세사업을 수행하는 과정에서 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하는데, 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 국가나 지방자치단체로부터 지급받는 국고보조금 등은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 부가가치세법 시행령제61조 제1항을 유추적용할 수 없고, 다른 합리적인 안분계산방법을 적용하여야 한다는 취 지로 판시(2016.3.24. 선고 2013두19875 판결, 파기환송)하였고, 동 판결의 취지에 따라 OOO고등법원에서 OOO의 공통매입세액을 과세사업과 비과세사업에 9(공제): 1(불공제)의 비율로 안분하는 내용의 조정권고안(이하 “쟁점조정권고안”이라 한다)을 제시 하자, 당사자들이 이를 수락(2016누409호 조정권고안, 2016.11.2.)하였다. <쟁점수탁사업 관련>
(1) 청구법인은 통합 이전인 2009년 제2기까지의 쟁점수탁사업 관련 용역이 구부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제37조 제1호 소정의 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였다.
(2) 한편,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제6호에서 대통령령으로 정하는 정부업무대행 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는데, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조특법 시행령 제106조 제7항 제47호(이하 “개정조특령규정”이라 한다)에서 위 정부업무 대행단체로 “OOO에 따른 OOO”을 규정(동 개정규정은 부칙에 따라 2011.1.1. 이후 최초로 계약을 체결하여 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용됨)하였다.
(3) OOO지방국세청장은 2011.3.19.〜2011.4.29. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인제세통합조사를 실시한 결과, 쟁점수탁사업 관련 용역은 실비로 공급하는 용역에 해당하지 않아 부가가치세 과세대상에 해당된다는 내용의 과세자료를 관할 세무서장들에 통보하였고, 관할 세무서장들은 이에 따라 쟁점수탁사업 관련 수입금액을 부가가치세 과세대상에 포함하여 청구법인에게 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세를 과세하였으며(청구법인이 이에 행정소송을 제기하여 현재 법원에 사건 계류 중임), 청구법인은 2010년 제1기～2016년 제2기 부가 가치세 과세기간 동안 개정조특령규정 시행일 이전에 쟁점수탁사업 관련 계약을 체결하여 재화 또는 용역을 공급하는 분에 대해여는 위 세무조사 결과에 따라 부가가치세 과세대상에 포함하여 부가가치세를 신고하였다.
(1) OOO은 구체적인 사실관계와 쟁점이 동일한 선행 사건의 안분계산방법에 따라 공통매입세액을 안분하여야 한다. (가) 과세관청은 이 건과 구체적인 사실관계와 쟁점이 동일하고 과세기간만 다른(2005년 제1기〜2009년 제2기) 불복건에 대한 법원의 쟁점조정권고안을 수락한 바 있으므로 다른 합리적인 이유 없이 쟁점조정권고의 공통매입세액 안분비율을 배척하는 것은 부당하다. (나) 청구법인이 OOO의 공통매입세액 안분과 관련하여 부가가치세 경정청구를 한 청구법인의 각 사업소 관할 세무서장 중 OOO세무서장, OOO세무서장, OOO세무서장은 청구법인과 과세관청이 쟁점조정권고안을 수용한 점을 들어 그 관할 사업소의 OOO 관련 부가가치세 경정청구(2013년 제1기 및 제2기)를 모두 인용해 주었다. 따라서 이 건의 경우에도 구체적인 사실관계와 쟁점이 동일한 쟁점조정권고안 및 OOO세무서장, OOO세무서장, OOO세무서장의 경정청구 인용결정 취지에 따라 공통매입세액 안분비율을 9(공제): 1(불공제)로 정하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점환경시설설치지원사업은 공익법인인 청구법인이 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다. (가) 부가가치세법 시행령제37조 제1호의 문언 및 그 규정취지에 비추어 보면 “실비”란 실제로 들인 비용 상당액으로 이윤을 포함하지 않은 것을 의미한다. 1)부가가치세법제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호는 ‘공익법인 등이 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역’을 부가가치세 면제대상으로 정하고 있다. 여기서 말하는 공익법인 등이란 사회일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체를 의미하고(대법원 1996.6.14. 선고 95누14428 판결) 그러한 공익법인이 공급하는 재화 또는 용역은 조세정책적으로 그 공급을 장려할 필요가 있다는 점, 공익법인이 재화 또는 용역을 공급하면서 실비 수준의 대가만을 지급받는다면 부가가치세 면제혜택이 최종소비자가 아닌 공익법인에 돌아갈 우려가 없다는 점, 근본적으로 공익법인이 실비 수준의 대가만을 지급받을 경우 그 거래과정에서 부가가치가 창출될 수도 없다는 점 등을 종합하여 보면, 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 소정의 “실비”는 용역의 공급대가에 ‘이윤(부가가치)’이 포함되지 않은 경우만을 의미하는 것으로 해석함이 타당하다(다수의 하급심 판결도 ‘재화 또는 용역을 제공함에 있어 실제로 들인 비용 상당액으로 이윤을 포함하지 않는 개념’으로 판시). 2) 재화 또는 용역의 공급대가가 ‘실비’에 해당하는지 여부는 거래 당사자들이 그 대가를 이윤이 포함되지 않은 실비 수준으로 정하였는지를 기준으로 판단하여야 한다. 대법원은 공익법인이 실비로 공급한 용역의 판단기준과 관련하여, 주무부장관의 허가를 얻어 설립된 특수공법인이 정부의 보조금(직접보조금) 등으로 조달한 재원을 바탕으로 아무런 이익을 남기지 않고 국가가 정하여 준 실비기준으로 위 각 공익사업을 수행하였다면 그와 같이 공급된 용역은 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적 사업인 농지개량사업 등을 위하여 실비로 공급한 용역에 해당되어 부가가치세 면제대상에 해당한다고 일관되게 판시한 바 있다(대법원 1985.4.9. 선고 83 누399 판결, 대법원 1984.6.26. 선고 84누100 판결 외 다수, 같은 뜻임). 이 건의 경우에도 청구법인은 (i) 정부OOO가 설립한 무자본특수법인으로 관련 법령상 정부 및 지방자치단체의 업무로 지정된 환경 보전 및 개선 관련 업무를 위탁받아 수행하고, (ii) 청구법인의 예산은 당초부터 정부로부터 받는 정부출연금과 지방자치단체 등으로부터 받는 직접경비 및 수수료만으로 구성되어 이윤이 남지 않는 구조로 편성되어 있으며, (iii) 청구법인은 쟁점수탁사업을 수행하면서 아래 (나)항과 같이 정부가 책정한 실비 수준의 수수료만을 징수하였는바, 부가가치세 면제대상에 해당함이 분명하다. (나) 정부는 청구법인이 쟁점수탁사업에서 아무런 이익을 남길 수 없도록 청구법인을 운영하고 있고, 청구법인도 사업을 수행하며 정부가 실비 수준으로 정한 수수료만을 수취하고 있다는 점에 비추어 보면, 쟁점 환경시설 설치지원사업은 부가가치세 면제대상에 해당함이 분명하다. 1) 청구법인은OOO에 따라 설립된 특수 비영리법인으로서 수입의 대부분을 정부지원에 의존하는 준정부기관이다. 청구법인은OOO제17조에서 정하고 있는 환경오염방지사업, 방지시설의 개발 및 환경오염으로 인한 피해의 구제, 환경오염방지를 위하여 국가나 지방자치단체가 위탁하는 사업 등만을 영위하여 왔고, 위와 같은 사업을 영위하는 과정에서 청구법인은 총 수입 대부분을 ① 청구법인의 지출예산과 수입예산의 차이를 보전하기 위한 정부출연금, ②보조금관리에 관한 법률에 따라 청구법인이 수행하는 특정 사업을 지원하기 위한 정부보조금(직접 보조금), ③ 국가 또는 지방자치단체 등으로부터 이 건 각 사업을 위탁받아 수행하고 수취한 수수료(간접 보조금)에 의존하여 왔으며, 이와 같은 청구법인의 예산 구조를 고려하여 정부는 청구법인을 그 수입의 대부분을 정부지원액에 의존하는 공공기관인 준정부기관으로 지정하여 운영하고 있다(공공기관의 운영에 관한 법률제5조 제2항 및 제3항). 2) 정부는 청구법인의 수입과 지출이 매년 일치하도록 하여 쟁점수탁사업에서 아무런 이익이 발생할 수 없는 구조로 청구법인을 운영하고 있다. 청구법인은 ① OOO의 승인을 얻은 사업만을 수행할 수 있고, ② 해당 사업을 수행함에 있어서도 OOO 또는 OOO의 승인을 얻은 수수료 산정 기준 등에 따른 대가만을 지급받을 수 있으며, ③ 개별 사업을 수행함에 있어서도 OOO이 승인한 사업운영계획과 예산의 범위에서 비용을 지출할 수 있다. 그리고 OOO은 청구법인의 수입이 지출을 초과할 수 없도록 청구법인의 사업운영계획, 예산, 사업 실시계획 등을 승인하고 있으므로 청구법인의 각 사업연도 수입현황과 지출현황은 항상 일치할 수밖에 없는바, 쟁점수탁사업에서 ‘이윤’이 발생할 수 없는 구조로 청구법인을 운영하고 있는 것이다.
3. 실제로 청구법인은 쟁점환경시설설치지원사업을 수행하면서 거래 상대방으로부터 정부가 승인한 실비 수준의 수수료만을 지급받고 있다. 청구법인은 쟁점환경시설설치지원사업을 수행하면서 OOO의 승인을 받은환경시설설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 규칙(이하 “수수료산정규칙”이라 한다)에 따라 산정한 위탁수수료를 거래상대방으로부터 수취하고 있다. 동 규칙은 청구법인이 1995년경 OOO에 의뢰한 연구용역을 기초로 제정된 것인데, OOO는 청구법인이 의뢰한 연구용역을 수행하는 과정에서, ① 청구법인이 1993.1.1.부터 수행한 환경시설설치지원사업의 원가구성체계를 조사한 후, ② 비영리법인인 청구법인의 특성을 고려하여 이윤을 포함하지 않은 실비 수준으로 산정한 수수료 요율 개선안을 마련하여 청구법인에게 보고하였다. 청구법인은 위 연구보고서를 바탕으로 1997년경 수수료산정규칙을 제정하고 OOO의 승인을 받았다(동 규칙은 통합 이후환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 예규로 변경되었음). 4) 청구법인은 매 사업연도 결산 결과에 따라 잉여금이 발생하는 경우에도 이를 이윤으로 배당할 수 없고 정부 사업의 재원으로 사용하여야 한다.
(1) OOO은 구체적인 사실관계와 쟁점이 동일한 선행 사건의 안분계산방법에 따라 공통매입세액을 안분하여야 한다는 청구주장에 대하여 (가) 세무조사에 따른 과세처분에 대한 불복소송 결과 2005년 제1기∼2009년 제2기의 매입세액에 대하여 외부위탁처리와 관련된 매입세액을 제외OOO한 불공제 매입세액에 대하여 처분청이 쟁점조정권고안의 산정기준을 적용하여 환급한 바 있으나, 당시 청구법인에 대한 세무조사는 청구법인이 2010.1.1. 청구법인으로 통합되기 이전 OOO에 대한 세무조사로 동 조사에 대하여 청구법인이 불복한 결과 2005년 제1기∼2009년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 법원의 조정권고가 이루어진 것이었다. (나) 그러나 이 건의 경우 경정청구의 대상이 통합OOO 이후의 부가가치세 과세기간에 관련된 것이라서 쟁점조정권고에 따른 산정기준을 적용하는 것은 적합하지 않고, 동일한 쟁점으로 과세기간을 달리하는 사건(2013년 제1기∼2013년 제2기)도 조세심판원에서 모두 기각결정OOO되어 현재 행정소송 진행 중이므로 그 결과에 따라 결정하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점수탁사업인 쟁점환경시설설치지원사업은 공익법인인 청구법인이 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다는 청구주장에 대하여 (가) 구 OOO의 쟁점수탁사업은 사업상 수입과 정부출연금을 재원으로 운영되었고, 영업이익이 발생하면 동 이익금은 정부출연금 보전으로도 부족한 기관운영비에 충당되었으며, 기관운영비 등을 충당한 후 잔액이 발생할 경우 잉여금으로 적립되어 2004∼2009사업연도 기간 동안 누적이익잉여금이 OOO에 달한다. 이는 청구법인이 사업을 통하여 수령하는 대가가 실비 이상의 대가에 해당한다고 할 수 있으므로 청구법인이 제공하는 용역이 무상 또는 실비에 해당하지 않는다(조심 2014중949, 2014.5.27.). (나) 또한 2013년 제1기 부가가치세 과세기간의 쟁점수탁사업의 면세 여부와 관련하여 이 건과 동일한 쟁점으로 과세기간을 달리하는 사건(2010년 제1기∼2013년 제2기)에 대하여 조세심판원 및 감사원에서 위와 같은 취지로 기각결정이 내려졌고, 관련 행정소송이 진행 중이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
① 2014년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 과세기간에 법원의 쟁점조정권고안에 따라 OOO 관련 공통매입세액의 90% 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점환경시설설치지원사업이 부가가치세 면제대상인지 여부
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한 다)에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제37조【종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위면세】법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.(이하 생략) (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 일부개정되기 전의 것) 제12조【공익법인 등의 범위】법 제16조 제1항에서 "공익법인 등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인 등"이라 한다)를 말한다.
7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업
(4) 조 세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것) 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (5) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제106조【부가가치세의 면제 등】 ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 47.한국환경공단법에 따른 한국환경공단
(1) OOO과 관련하여 이 건과 다른 과세기 간에 과세한 처분에 대한 청구법인의 불복결과 등은 아래 <표2>와 같다. <표2> 전체 과세기간(2005〜2013년) 요약 (2) 처분청 및 청구법인 수용한 쟁점조정권고안의 주요내용은 아래와 같다.
(3) 쟁점수탁사업과 관련하여 이 건과 다른 과세기간에 과세한 처분에 대한 청구법인의 불복결과 등은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점수탁사업 불복제기 사건 진행 경과
(4) 처분청은 청구법인 감사보고서를 근거로 아래와 같이 2014～2016년 쟁점수탁사업에서 발생된 수익이 원가를 지속적으로 초과하고 있는 등 영업이익이 발생(2014년 결손)하고 있어 부가가치세 면제대상으로 볼 수 없다는 의견이다. OOO
(5) 청구법인의 2012～2016년 고유사업 재무현황은 다음과 같다. OOO
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 OOO의 공통매입세액 공제와 관련하여2005〜2009년의 각 부가가치세 과세기간에 대하여 처분청과 청구법인이 수용하였던 쟁점조정권고안을 2014년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 과세기간에 대해서도 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점조정권고안은 청구법인이 2010.1.1. 통합되기 전 구 OOO가 2005〜2009년 수행한 사업에 관련된 것으로 2010.1.1. 통합 이후 청구법인이 영위하고 있는 OOO이 법원에서 쟁점조정권고안을 제시할 당시와 과세사업과 비과세사업의 비중이 같거나 유사한 수준이라고 단정하기 어려운 점, 청구법인은 쟁점조정권고안의 산출근거 내지 이 건 과세대상 기간 동안의 OOO 실적 등을 토대로 청구주장을 입증할 수 있는 어떠한 근거자료도 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점수탁사업 중 쟁점환경시설설치지원사업은부가가치세법제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 용역의 제공에 해당된다고 주장하나, 청구법인이 제시한 수수료산정규칙은 사업비 추정을 통해 산출된 것으로 실제 발생된 원가 내지 수익과 괴리가 있는 반면, 처분청이 제시한 청구법인의 감사보고서상 2014～2016년 기간 동안 쟁점수탁사업별 수익 대비 원가 발생 내역을 보면 쟁점환경시설설치지원사업에서 매년 원가를 상회하는 수익을 얻고 있는 사실이 나타나 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.