처분청이 청구법인의 201x사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
처분청이 청구법인의 201x사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO 세무서장이 2019.5.28. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점사업에 대한 산자부의 인정은 세액공제대상의 확인을 위한 형식적 요건에 지나지 않기 때문에 이 건 불복절차 중에 그 요건을 충족하는 경우 쟁점세액공제의 적용대상에 해당한다. (가) 국내 유일의 이차전지 음극재 생산법인인 청구법인은 신기술(리튬이차전지용 음극재 제조기술)을 국내에 최초로 기업화하였다는 사실을 형식요건으로서 산자부에 사후적으로 신청ㆍ인정을 받은 것으로, 투자 당시 및 이 건 심판청구일 현재 변한 바가 없다. (나) 청구법인은 관련 법령 상 산자부의 인정이 쟁점세액공제의 적용요건임을 알고 사후에 신청하였던 것이고, 일반적으로 신청 후 인정까지 3∼6개월 정도의 장시간이 소요되므로 경정청구기한을 경과하여 불복절차 중에 그 인정을 받았다.
(2) 관련 법령상 쟁점사업의 인정 시기에 대하여는 별도의 명문 규정이 없고, 사후에라도 쟁점세액공제의 요건을 충족한 이상, 그 투자일이 속하는 사업연도에 동 세액공제를 적용하여야 한다. (가) 조특법 시행령 제10조 제3항은 쟁점세액공제의 적용과 관련하여 산자부의 인정을 요건으로 규정하고 있을 뿐, 그 인정 시점에 대해서는 별도로 규정하고 있지 않다. (나) 국세청은 회사가 신기술기업화의 인정을 사후적으로 받는 경우 관련 세액공제 적용 대상연도가 쟁점이 된 사례에서, 신기술 사업용 자산에 대한 투자를 완료한 날이 속하는 사업연도에 투자세액공제 등을 적용받을 수 있다는 취지로 해석(법인 22601-3588, 1988.12.9.)한 바가 있다. (다) 조특법 제6조 제2항은 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 요건에 대하여 ‘창업 후 3년 이내’에 관련 법률에 따라 벤처기업으로 확인을 받아야 한다고 규정하고 있고, 이 건의 경우 관련 법령 상 통상의 부과제척기간이나 특례제척기간(2019.5.31.) 내에 산자부의 인정을 받아야 한다고 명시되어 있지 아니함에도 처분청이 그 기간을 경과하여 인정받았다는 이유로 청구주장을 배척하는 것은 자의적인 해석에 불과하다. (라) 법 원은 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송과 관련하여 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 해당 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·ᆞ변경할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라는 취지로 판시(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결 참조)하고 있다. 따라서 경정청구 당시 쟁점세액공제의 요건 미비로 거부처분을 받았다 하더라도, 불복절차 중에 청구주장을 뒷받침할 수 있는 추가자료를 제출하여 다툴 수 있는 것으로 청구법인이 산자부의 인정을 제시하였음에도 처분청은 이를 종합적으로 검토하여 처분의 적법 여부를 판단하지 아니하고 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이 건 처분은 부당하다.
(3) 처분청은 납세자가 필요한 처분을 받지 못했을 때에만 특례제척기간(이의신청에 따른 결정이 있는 경우 그 날부터 1년)을 적용받는 것이라는 의견이나, 이는 특례제척기간과 관련한 법 규정의 법리를 오해하여 해석한 것이다. (가) 세법이 국세부과의 제척기간을 규정하는 것은 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리·의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위함에 있고,국세기본법제26조의2는 획일적으로 통상의 제척기간을 적용함에 따라 초래되는 불합리함을 해소하고 납세자의 권익침해 등을 방지하기 위하여 특례제척기간을 규정하고 있다. (나) 법원은 특례제척기간의 적용과 관련하여 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니라는 취지로 판시(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결 참조)하고 있다. (다) 따라서국세기본법은 특례제척기간의 적용에 관하여 어떠한 단서 조항을 두고 있지 아니하고 납세자가 필요한 처분을 받지 못한 경우에만 적용된다고 해석한 바도 없으므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2019.3.29. 2013사업연도경 쟁점사업에 투자한 쟁점투자자산이 조특법 제11조 제2항 제3호의 신기술기업화사업의 투자대상임을 확인하고 법인세 신고 시 적용하였던 고용창출투자에 대한 세액공제를 쟁점세액공제로 변경․적용하여 아래 <표1>과 같이 처분청에 과다납부한 법인세 OOO원(농어촌특별세 포함)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.5.29.국세기본법제26조 의2 제1항 제3호 및 제2항 제3호의 정한 기간 내에 산자부의 인정을 받지 못하였다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (나) 청구법인은 2019.7.12. 쟁점투자자산이 조특법 제11조 제2항 제3호의 투자대상임을 확인하고 산자부에 쟁점사업의 인정을 신청하였고, 산자부는 2019.9.2. 유관기관 및 전문가들로 구성된 심의위원단의 사전심의, 현장실사, 최종심의 등을 거쳐 다음과 같이 동 사업을 인정하였다. (다) 산자부의 청구법인에 대한 쟁점사업 인정 심사결과 통보(산업기술시장혁신과-815, 2019.9.2.) 상 주요내용은 다음과 같다.
(2) 국세청은 특허 등록절차 상의 이유 등으로 회사가 신기술기업화 인정을 사후적으로 받는 경우, 신기술기업화 관련 세액공제는 신기술기업화 사업용 자산의 투자가 완료한 날이 속하는 과세연도에 적용받을 수 있다는 취지로 해석(법인 22601-3588, 1988.12.9.)한 것으로 확인된다.
(3) 청구법인은 2019.10.18. 2014∼2016사업연도 법인세 신고 시 적용하였던 고용창출투자에 대한 세액공제 등을 쟁점세액공제로 변경ㆍ적용하여 처분청에 과다납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.12.17. 아래 <표2>와 같이 청구법인에게 환급결정ㆍ통지를 한 것으로 확인된다.
(4) 청구법인은 이 건과 유사한 우리 원 선결정례(조심 2016중4318, 2017.5.17.)를 다음과 같이 제시하면서, 불복절차 중에 당초 처분의 취소사유(산자부의 인정)가 발생하였으므로 부과제척기간의 경과 여부에 관계 없이 직권으로 경정(환급) 결정을 하여야 한다고 주장한다.
(5) 2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된국세기본법 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 그 부칙 제7조 제2항은 제1항에도 불구하고 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 따라서 이 건 경정청구는 2013사업연도분에 대한 것으로서, 위 개정 법률 시행(2015.1.1.) 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간(3년 이내, 2017.3.31.)이 경과하지 아니하였으므로 5년의 경정청구기간 내의 적법한 청구인 것으로 확인된다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세액공제가 주무부처인 산자부의 인정을 요건으로 하고 있고 불복절차 중에 그 요건이 충족(2019.9.2.)되었다고 하더라도, 그 시점이 국세부과의 제척기간(2019.3.31.)을 경과하였으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 부과처분취소소송 뿐 아니라 경정청구거부처분의 소송물 또한 ‘과세관청이 결정하거나 과세표준신고서에 기재된 세액의 객관적 존부’로서 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분취소소송에서 새로이 주장할 수 있고(대법원 2004.8.16. 선고 2002두9261 판결 참조), 청구법인은 쟁점세액공제와 관련하여 부과제척기간이 만료되기 전에 경정청구를 제기하였고 처분청의 거부처분에 대하여 기한 내에 불복절차를 진행하였으며, 그 기간 중에 주무부처인 산자부에 쟁점사업의 인정을 신청하여 2019.9.2. 쟁점사업의 인정을 받은 것으로 확인되는 점, 쟁점사업이 국내에 신기술을 최초로 기업화한 투자라는 것에 대하여는 처분청의 이견이 없는 점, 이 건 조특법 시행령 제10조 제3항에 쟁점세액공제의 적용과 관련하여 산자부의 인정을 요건으로 하고 같은 조 제6항에 따라 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 제출하도록 규정되어 있을 뿐, 그 인정 시점 또는 기한 등에 대하여는 구체적으로 명시되어 있지 아니하며, 공제신청 시 산자부장관의 사업인정서 첨부를 요하지도 않은 점, 처분청이 쟁점세액공제와 관련하여 청구법인의 2014∼2016사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 받아들여 직권으로 (환급)결정을 한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 2013사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2015년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분 의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. 대통령령으로 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산
③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정된 것) 제10조(연구시험용시설의 범위 등) ③ 법 제11조 제2항 제3호의 적용대상이 되는 사업용자산은 산업통상자원부장관이 주무부장관의 의 견을 들어 인정하는 다음의 사업에 사용하기 위한 사업용자산을 말한다. 2.산업기술혁신 촉진법제15조의2에 따라 신기술로 인정한 것을 처음으로 기업화한 것
④ 산업통상자원부장관은 제3항의 규정에 의하여 신기술기업화사업으로 인정한 경우에는 즉시 그 내용을 기획재정부장관에게 통지하여야 한다
(3) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,감사원법에 따른 심사청구 또는행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우
3. 제45조의2 제2항 또는국제조세조정에 관한 법률제10조의2 제1항 및 제19조 제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3 제1항에 따른 조정권고가 있는 경우 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다
(4) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. 부칙(2014.12.23. 법률 제12848호) 제1조(시행일) 이 법은 2015.1.1.부터 시행한다. 제7조(경정 등의 청구기간 연장에 관한 적용례 등) ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.
② 제1항에도 불구하고 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (5) 국세기본법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정된 것) 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
(6) 산업기술혁신촉진법 제15조의2(신기술 인증 및 신기술적용제품 확인) ① 산업통상자원부장관은 국내에서 최초로 개발된 기술 또는 기존 기술을 혁신적으로 개선ㆍ개량한 우수한 기술을 신기술로 인증할 수 있다.
② 제1항에 따른 신기술 인증은 유효기간을 정하여 하되, 필요한 경우에는 연장할 수 있다.
③ 산업통상자원부장관은 제1항에 따라 인증된 신기술을 실증적으로 구현 가능하게 적용한 제품을 신기술적용제품으로 확인할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 신기술의 인증 및 인증 유효기간의 연장 또는 신기술적용제품의 확인을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산업통상자원부장관에게 신청하여야 한다. (7) 산업기술혁신촉진법 시행령 제18조(신기술 인증의 절차) ① 법 제15조의2 제1항에 따라 신기술 인증을 받으려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 갖추어 산업통상자원부장관에게 인증을 신청하여야 한다.
② 제1항에 따른 신청을 받은 산업통상자원부장관은 제18조의2 제1항에 따른 신기술 인증의 기준에 따른 심사를 한 결과 그 기준에 적합한 것으로 판정된 경우에는 신기술로 인증하여야 한다.
⑥ 산업통상자원부장관은 제2항에 따라 신기술 인증을 할 때에는 신청인에게 산업통상자원부령으로 정하는 신기술 인증서를 발급하여야 한다. 제18조의2(신기술 인증의 기준 및 대상) ① 법 제15조의2 제5항에 따른 신기술 인증의 기준은 다음 각 호와 같다.
1. 국내에서 개발된 독창적인 선진국 수준 이상의 기술로서 상용화가 가능한 기술일 것.
2. 기술적ㆍ경제적 파급효과가 커서 국가기술력 향상과 대외경쟁력 강화에 이바지할 수 있는 기술일 것.
3. 제품의 품질 및 안정성에서 개발목표로 제시한 제품의 성능을 유지할 수 있는 품질경영체계를 구축ㆍ운영하고 있을 것
4. 신기술 인증에 따른 지원의 효과 및 필요성이 있을 것 제18조의3(신기술 인증의 유효기간 등) ① 법 제15조의2에 따른 신기술 인증의 유효기간은 제18조 제7항에 따른 공고일부터 3년의 범위에서 신기술 인증을 할 때 정하는 기간으로 한다.
② 법 제15조의2 제5항에 따른 신기술 인증의 유효기간 연장의 대상은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신기술로 한다.
1. 인증기간 만료일까지 상용화가 되지 아니한 신기술
2. 상용화 개시일부터 인증기간 만료일까지의 기간이 1년 이내인 신기술
결정 내용은 붙임과 같습니다.