조세심판원 심판청구 양도소득세

환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-광-1947 선고일 2020.11.30

그 실지취득가액이 불분명하므로 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO, OOO, OOO, OOO 대지 4필지 합계 426㎡(이하 “상가부수토지”라 한다)에 그 지상의 지하 1층〜지상 6층 연면적 2,592.79㎡의 업무시설 및 1종 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 하고, 상가부수토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 1993.6.26. 신축하여 부동산임대업과 의료업(내과의사)을 운영하다 2019.9.25. 매수인 OOO에게 OOO원에 양도한 후, 2019.11.1. 양도소득세 예정신고(납부세액: OOO원)를 하였다가 2020.1.31. 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 하여 양도소득세 수정신고(납부세액: OOO원)를 하였다.
  • 나. 처분청은 2020.2.24.부터 2020.3.13.까지 청구인의 2019년 귀속 양도소득세에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 계상한 쟁점건물의 장부가액이 실지거래가액에 해당하지 아니하는 것으로 보아 그 취득가액을 환산가액으로 산정하고, 양도소득의 필요경비 등도 경정하여 2020.5.8. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.5.18. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점건물에 대한 양도소득세 신고내역 및 그 근거 등은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점건물 등을 신축당시 보다 낮은 가액으로 매도하였기에 27년 전에 쟁점건물을 신축한 유한회사 OOO로부터 그 공사대금에 대한 사실확인서(공사대금 OOO원, 부가가치세 포함)를 받아 동 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. (나) 그러나, 현재 위 사실확인서를 뒷받침할 증거서류가 없어 부동산임대업 및 의료업의 사업용 자산으로 사용되어진 쟁점건물의 양도 직전 과세연도말 재무상태표의 미상각잔액(쟁점가액)을 그 취득가액으로 하여 양도소득세 수정신고를 하였다. (다) 청구인이 쟁점건물에서 운영한 의원은 2018년말 현재 결산기가 39기에 이르고, 쟁점건물에서 운영한 부동산 임대업도 2018년말 현재 결산기가 27기에 이른다. 청구인은 그 동안 복식부기에 의하여 재무제표를 작성하여 매년 종합소득세 신고·납부하여 왔다. (라) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사시 쟁점건물 중 부동산임대업에 사용한 건물 부분의 장부가액이 1995년부터 2006년까지 OOO원인데, 2009년부터는 OOO원으로 증액된 사유와 신축당시 계약서·세금계산서·입금표 등에 의하여 소명요구를 하였으나, 오래 시간이 흘러 그 근거자료는 제시하지 못하였다. (마) 대신 쟁점건물 전체에 대한 2008.12.31. 현재의 건물 기준시가계산서를 작성한바, 청구인이 계상한 2018년 현재 장부가액과 유사한 수준인 OOO원으로 산출되어 이를 참고자료로 제시하였다.

(2) 청구인이 제시하는 판례 등의 내용은 다음과 같다. (가) OOO지방법원 2013.3.26. 선고 2012구합794 판결과 국세청 심사결정사례(심사-양도-2016-8. 2016.4.14.)는 납세자가 장기간 종합소득세 신고시 복식기장에 의한 재무제표를 제출한 점, 쟁점부동산을 취득한 이후 증축 비용이 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상 장부가액에 반영되어 있는 것으로 보이는 점, 납세자가 신고한 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 없는 한 납세자가 제출한 신고서 등은 진실한 것으로 추정되는 점 등을 종합하여 납세자가 제출한 재무제표상 장부가액을 실지거래가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정이 입증되었다고 볼 수 있으므로 처분청이 장부가액을 실지거래가액으로 보아 결정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다고 재결한 사례이다. (나) 이에 따르면 납세의무자가 건물 신축과 관련한 제반 자료를 수집하여 장부가액이 실지취득가액과 일치한다는 점을 증명하도록 요구하는 것은 불가능에 가깝고, 납세의무자가 종합소득세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 그 외의 조세에서 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간이 뒤흔들리게 되며, 결국 취득가액의 결정에 있어 환산가액의 적용 여부를 납세의무자로 하여금 취사선택할 수 있게끔 하는 결론에 이르게 하는 것은 부당하므로 취득 관련 증빙서류에 의하여 취득가액이 확인되는 때에 한하여 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있다고 한정적으로 볼 것은 아니고, 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지거래가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하면 족한 것이다. (다) 그리고, 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로 실지취득가액을 원칙적으로 과세관청이 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에 한하여 환산가액 등에 의하여 추계결정하는 것이다.

(3) 청구인이 1993년에 신축한 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 장부가액으로 인정하여야 하는 이유는 다음과 같다. (가) 처분청이 제시한 장부가액 내역을 보면 쟁점건물의 부동산임대용 건물부분에 대한 장부가액 변동이 있었으나, 2007년과 2008년 귀속은 기준경비율 등에 의한 추계로 신고가 된 것으로 보이고, 이후 2009년 귀속분부터는 신축가액에 근접하게 산출되어진 OOO원을 적정가격으로 기장하여 2019년까지 11년 동안 종합소득세를 신고·납부하였다. (나) 쟁점건물 전체에 대한 2008.12.31. 현재 기준시가계산서를 작성해 본 결과, 장부가액과 유사한 OOO원으로 산출된다. (다) 쟁점건물의 건축허가일(1992.07.30.)과 준공일(1993.06.26.)이 속한 연도에 청구인의 OOO은행 보통예금 계좌 (OOO)의 거래내역조회결과 인출액이 OOO원에 달한다. (라) 비록 입증서류는 제출이 불가능하나, 유한회사 OOO이 당시 공사대금이 OOO원이라는 사실확인서를 작성해 주었다. (마) 납세자가 그 동안 신고한 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 없는 한 납세자가 제출한 신고서 등은 진실한 것으로 추정되어야 한다. (바) 쟁점건물이 신축 후 양도시까지 이르는 기간 동안 쟁점건물이 소재하고 있는 OOO 소재 골목은 황폐하게 변하였고, 2019.09.30. 임대업 폐업 당시 쟁점건물에는 세입자가 단 1개 업체 밖에 없었다. (사) 인근에 2019.8.5. 양도된 경매물건(OOO 건물 1,159㎡ 및 토지 588㎡, 사용승인일자: 1980.11.1., 양도가액: OOO원)과 쟁점부동산을 비교해보면, 쟁점부동산의 양도가액이 현저하게 낮음을 알 수 있다.

(4) 위와 같은 사항을 종합하면, 비록, 27년 전에 청구인이 쟁점건물을 신축한 것과 관련된 서류나 도중에 쟁점건물의 장부가액이 증액된 근거서류가 보관되어 있지는 아니하나, 증빙서류에 의하지 않더라도 청구인이 장부에 기재한 가액을 쟁점건물의 실지거래가액으로 볼 수 있는 상당한 사정이 입증된 것으로 보아야 하고, 쟁점건물에 대한 양도차익이 실제로 없었음도 입증된다고 보아야 한다.

(5) 청구인이 양도한 쟁점건물은 쇠락하는 OOO 구도심에 위치하여 있고, 실제로 취득가액에도 못 미치는 가격에 양도하였는데, 청구인이 고액의 양도소득세 및 지방소득세를 부담하도록 하는 것은 모순이다. 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점건물을 1993년에 신축하였고, 이를 2019년에 양도한 후 양도소득세 예정신고서 신축 비용과 관련한 어떠한 증빙도 제출하지 않았으며, 수정신고시 실지취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하는 장부가액에 대한 증빙도 제출하지 아니하여 현재까지 제출받은 관련 증빙이 없다.

(2) 쟁점건물을 신축한 1993년의 장부가액은 확인할 수 없고, 1995년 귀속분부터 장부가액(OOO원)을 신고한 것으로 나타나는바, 취득 후 2년이 경과하여 계상한 장부가액을 취득당시의 장부가액으로 인정하기 어렵다. 또한, 이는 쟁점건물을 신축할 당시의 기준시가인 OOO원 보다 현저히 낮은 금액인바, 위 계상액을 실지취득가액으로 보기 어렵다.

(3) 청구인이 심판청구시 실지취득가액으로 인정하여야 한다고 주장한 쟁점건물의 장부가액(OOO원)은 당초 계상한 장부가액이 아니라 2009년 귀속 장부가액이고, 이는 당초 계상한 쟁점건물의 장부가액인 OOO원보다 OOO원이 증가한 것이며, 이에 대한 입증책임이 있는 청구인이 관련 증빙자료를 제출하지 못하고 있고, 청구인이 산출하였다는 쟁점건물의 기준시가는 청구인이 2009년에 계상한 쟁점 건물의 장부가액이 그 실지취득가액임을 입증하는 증거로 보기 어렵다.

(4) 또한, 청구인이 2009년에 계상한 장부가액으로 그 이후에 계속하여 신고하였다는 이유로 이를 그 실지취득가액을 입증하는 근거로 볼 수 없다.

(5) 청구인은 쟁점건물을 신축할 무렵에 청구인의 계좌에서 인출한 OOO원이 쟁점건물의 신축과 관련된 인출액임을 입증할만한 증빙을 제출하지 못하고 있고, 증빙 자료 없이 거래상대방이 임의로 작성한 사실확인서상 기재금액은 청구인의 쟁점건물의 실지취득가액을 입증하는 증거로 보기에 부족하다.

(6) 청구인이 제시한 판례 등은 장부가액을 실지거래가액으로 인정한 사례인데, 장부가액이 취득당시의 실지거래가액임을 입증할만한 관련 증빙 등을 확인할 수 있거나, 인정할만한 사유가 있어야한다는 것을 전제로 장부가액을 실지거래가액으로 인정한 것이지 청구인처럼 아무런 증빙이 없고, 쟁점건물을 취득당시의 장부가액이 아닌 취득 후 16년이 경과하여 신고한 장부가액도 취득당시의 실지거래가액으로 인정하여야 한다는 취지의 판례가 아니다.

(7) 청구인과 사실관계가 유사한 경우에 대한 해석사례들은 장부가액이 실지거래가액으로 인정되지 않았고, 청구인이 쟁점건물을 양도할 당시 대부분 공실이었다거나 그 양도가액이 낮았다는 사정 등은 이 건 쟁점인 쟁점건물의 취득가액과 무관한 것이다.

(8) 따라서 청구인이 주장하는 장부가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정할 수 없고, 그 실지취득가액이 불분명하므로 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 산정한 것은 잘못이 없다. 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분을 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인의 쟁점건물 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 처분청이 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  • 가. 제1항 제1호나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
  • 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 처분청의 세무조사보고서상 주요 내용을 요약하면 다음과 같다. (나) 처분청이 일괄양도된 쟁점부동산의 양도가액을 각 자산별로 안분(기준시가 비율)하여 경정한 내역은 다음과 같다. (다) 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 경정(장부가액: OOO원 → 환산가액: OOO원)한 내역 및 그 사유는 다음과 같다.

1. 청구인은 쟁점건물의 실지취득가액을 장부가액으로 하여 OOO원으로 신고하였다.

2. 청구인은 1980년 4월에 의원을 개업하여 운영하다가 1993년 6월에 쟁점건물을 신축하고 부동산임대업으로 신규 사업자등록을 하였으며, 양도일까지 의료업과 부동산임대업을 계속하여 영위하였다. 현재는 부동산임대업은 폐업하고, 의료업(의원)은 해당 건물 일부를 임차하여 영위하고 있는 상태이다.

3. 청구인의 종합소득세 신고내용을 검토한바, 쟁점건물을 신축한 1993년의 쟁점건물 장부가액을 확인할 수 없으나, 1995년부터 쟁점건물의 장부가액이 확인된다.

4. 1995년 현재 쟁점건물의 장부가액은 OOO원(의료업 OOO원, 임대업 OOO원)으로 확인되고, 2006년까지 5회 총 OOO원을 감가상각비로 공제한 것을 제외하고는 변동 없이 위 금액을 장부가액으로 계상하여 오다가 2009년에 특별한 사유 없이 임대업의 장부가액이 OOO원이 증가시켜 건물의 장부가액을 OOO원(의료업 OOO원, 임대업 OOO원)으로 신고한 사실이 확인된다. 그 이후 1회 OOO원을 감가상각비로 공제한 것을 제외하고 변동없이 동 금액을 장부가액으로 계상하였다.

5. 청구인은 2018년말 현재 쟁점건물의 장부가액인 OOO원(의료업 OOO원, 임대업 OOO원)을 그 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

6. 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액에 대하여 그 적정 여부를 검토한바, 최초 장부가액 OOO원은 신축당시(1993년)의 기준시가(OOO원)에도 미치지 못하고, 2009년에 증가된 쟁점건물의 장부가액을 입증할 증빙도 제출하지 못하였으며, 이를 인정할 합리적인 근거도 제시하지 못하므로 청구인이 신고한 쟁점건물의 장부가액(OOO원)을 그 실지취득가액으로 그대로 인정할 수 없다.

7. 청구인의 쟁점건물 취득가액으로 볼 만한 매매사례가액과 감정가액이 없으므로 환산가액으로 그 취득가액(환산가액 OOO원 - 감가상각비 OOO원 = OOO원)을 경정한다. (라) 처분청은 위의 사항 외에 쟁점부동산의 양도소득의 필요경비(개산공제액) 등도 경정하였다.

(2) 청구인의 쟁점건물에 대한 장부가액 계상내역은 다음과 같다.

(3) 청구인이 제시한 쟁점건물의 2008.12.31. 현재 기준시가는 OOO원이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 청구인이 제시한 장부가액으로 하여야 한다고 주장하나, 청구인은 당초 쟁점건물의 장부가액을 이를 신축한 1993년이 아니라 1995년에 최초로 계상한 점, 당초 장부가액 계상액이 OOO원이었으나, 이를 2009년에 OOO원을 증액시킨 사유와 그 근거를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 이러한 장부가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정하기 어렵고, 그 실지취득가액이 불분명하므로 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)